Comparison of methylation patterns in ancient hunter-gatherers and farmers

Neolitik geçişin insalığın yaşam tarzını ve diyetini önemli ölçüde değiştirmesiyle neolitik öncesi ve sonrası toplumlar arasında epigenetik değişikliklerin olması beklenebilir (Childe, 1940). Bu çalışmada Neolitik öncesi ve Neolitik bireyler arasındaki metilasyon profili farklılıklarını bulmaya çalışmaktayız. aDNA verilerinden CpG pozisyonu başına bir metilasyon skoru (MS) hesaplayan epiPALEOMIX gibi programları kullanarak aDNA örneklerinin metilasyon modellerini çıkarmak günümüzde mümkün hale gelmiştir (Hanghoj vd., 2016). Bu yaklaşım, urasil-DNA glikosilaz (UDG) uygulanan antik DNA kütüphanelerinde CpG başına bir MS atamak için deaminasyon yolaklarını kullanır. Burada, UDG kullanılarak, shotgun dizilimi veya 1240K SNP yakalama yoluyla, kemik ya da diş kalıntılarından üretilen yayınlanmış avcı-toplayıcı ve neolitik çiftçi genomlarını derledik. Genom başına MS değerlerini tahmin ettikten sonra, geçim türleri, avcı-toplayıcılar ve neolitik çiftçiler arasındaki metilasyon modeli farklılıklarını bulmak için istatistiksel analizler uyguladık. Tarih öncesi avcı-toplayıcılar ve neolitik çiftçiler arasında önemli ölçüde farklı MS değerleri gösteren 1147 gen bulduk. Geçim türü etkisinin, cinsiyet veya dokudan daha fazla geni etkilediğini gördük. Şaşırtıcı bir şekilde, antik örneğimizde tanımladığımız avcı-toplayıcı ve neolitik çiftçi metilasyon farklılıkları ile Afrika popülasyonlarında tanımlanan günümüz avcı-toplayıcı ve günümüz çiftçilerinin genom çapında metilasyon farklılıkları arasında önemli bir korelasyon gözlemledik. Bu sonuç, Neolitik geçişe eşlik etmiş olabilecek evrensel metilasyon yolaklarının mevcudiyeti olasılığını ortaya çıkarmaktadır.