Investigating the interactions of azacyanines with triplex nucleic acids

Üçlü DNA sarmal yapıları anti-gen ve anti-sense stratejilerinin ortaya çıkması ile önem kazanmıştır. Anti-gen stratejilerinde temel hedef örneğin transkript olacak genin büyük oluğuna (major groove) üçüncü bir dizinin bağlanması ile üçlü sarmal yapı oluşturularak, örneğin transkripsiyonda görev alan proteinlerin, polimerazların vb. gene bağlanmalarını ve görevlerini yerine getirmelerini engellemektir. Anti-gen stratejilerindeki en temel sorunlardan biri oluşturulan üçlü sarmal yapıların yeterince sağlam olmaması ve üçüncü dizinin kolaylıkla ikili sarmaldan ayrılmasıdır. Bu sorunun bir çözümü üçlü sarmal yapıların sağlamlığını bu yapılara bağlanan küçük molekülleri kullanarak arttırmaktır. Bu çalışma kapsamında UV-vis, CD ve Floresans spektroskopileri kullanılarak belirli üçlü sarmal yapılarına kuvvetli ve seçici bir şekilde bağlandığı tespit edilen benzimidazol türevi Azasiyanin moleküllerinin polyd(A)·polyd(T)·polyd(T) yapısının kararlılığının arttırılmasında benzimidazol halka yapısındaki alkil zincirin uzunluğunun ve yapısının önemli bir rol oynadığı termal denatürasyon ve titrasyon çalışmaları ile açığa çıkartılmıştır. Ayrıca, proje kapsamında pH ve tuz derişiminin polyd(A)·polyd(T)·polyd(T)-Azasiyanin etkileşimleri üzerindeki etkisi CD spektroskopisi ile belirlenmiştir. Viskozite ölçümleri ile de Azasiyaninlerin polyd(A)·polyd(T)·polyd(T)-sarmalina bağlanma modu belirlenmiştir.