Bağlantı analizi ve eksom dizileme yöntemleriyle hastalık genlerinin bulunması

Kalıtsal hastalıkların genetik temellerinin ortaya çıkarılması hastalık belirtilerinin altında yatan moleküler mekanizmaları aydınlatır ve genlerin işlevleriyle ilgili bilgi verir. Akraba evliliği yapmış aileler hastalık genlerinin haritalanmasında çok yararlıdır. Ayrıca, genotipleme ve yeni nesil dizileme teknolojilerinde son yıllarda meydana gelen gelişmeler ve bu teknolojilerin maliyetlerinin düşmesi hastalık genleri aramayı oldukça kolaylaştırmıştır. Bu tezde, yeni hastalık genleri belirlenmesi amacıyla, farklı çekinik kalıtımsal hastalık taşıyan üç aile çalışıldı: ataksi, azospermia ve distonya ile seyreden ilerleyici (progresif) miyoklonik epilepsi (progressive myoclonic epilepsy with dystonia, PMED). Ataksi kas hareketlerinde koordinasyon bozukluğu ile tanımlanan bir nörolojik hastalıktır. Bu tezde çalışılan ailede anne-baba akrabadır ve iki hasta erkek kardeş ataksi, spasitisite, lökodistrofi, okülomotor apraksi ve işitme kaybı sergilemektedir. Analizler sonucunda dört aday bölge belirlendi, bölgelerdeki yeni varyantlar eksom dizileme ile araştırıldı ve hastalık geni 3q21.1-22.1'de bulundu. Azospermi erkeklerde semende gözlenebilir spermatozoa bulunmaması durumudur. Bu çalışmada 4p16.2-p16.1 ve 18q12.1'de iki aday bölge bulundu. Bölgelerin eksom dizileme ile incelenmesi sonucunda hastalık geninin 18q12.1'de olduğu saptandı. PMED ailesel miyoklonik çocukluk epilepsisine (FIME, MIM 605021) benzeyen ancak çok daha hızlı ilerleyen yeni bir progresif miyoklonik epilepsi hastalığıdır. Bu çalışmadaki ailede hastalık geninin 16pter-p13.3'te olduğu biliniyordu. TBC1D24 geni ekson 3'te 2 nükleotidlik bir silinme (c.969_970delGT, p.S324TfsX3) bulundu. Bu silinme çerçeve kaymasına sebep olduğundan, biraz aşağısında bir stop kodonu oluştuğu yordandı. Bu mutasyon yalnızca bir transkript izoformunu etkilediğinden izoformların insan beyninin yedi ayrı bölgesindeki göreli anlatımları belirlendi. Bu çalışma sırasında ekson 3'ü içeren iki yeni transkript izoform daha bulundu.