Damlacık tabanlı platformda ilaca maruz bırakılmış hücrelerin hızlı çıktı görüntülemesi

2000li yıllardan beri sürekli gelişmekte olan damlacık tabanlı mikro-akışkan sistemler, gelişmiş hassasiyette olmaları, otomatize edilebilmeleri ve yüksek çıktı alınabil- mesi itibariyle geleneksel yöntemlere kıyasla daha faydalıdır. Bu tezde, mühendislik ve biyoloji, damlacık tabanlı mikroakışkan sistemde birleştirilmiş; farklı mikroakışkan bi- yoreaktör tasarımları test edilmiş, sürfaktan konsantrasyonu hücrelere olan toksisitesine karşı belirlenmiş ve akış oranları ayarlanmıştır. Deneysel çalışmalarda, RPL5 proteini yeşil floresan etiketli BY4743 ve NOP56 proteini kırmızı floresan etiketli EY0987 suşlarına hidroksiüre ve temsirolimus ilaçları uygulanmasıyla, bu proteinlerin ribozom biyojenezindeki işlevleri açıklanmaya çalışılmıştır. Hücrelerin tepkileri hücre alanlarına ve protein ifadelerine bakılarak ölçülmüştür. SOM analiz ile elde edilen çeşitli kümeleme yaklaşımları, aşırı/az ifade edilmiş genleri bir araya getirmiştir. Bu kümeler- deki genlerin genel fonksiyonlarını anlamak için bu kümelere gen zenginleştirme analizi uygulanmıştır. Hem deneysel hem de hesaplamalı elde edilen sonuçlar, ribozom bi- yojenezi kapsamında yorumlanmıştır. HU'nun hücre büyümesini engellediği ve NOP56 ve RPL5 genlerinin protein ifadesini azalttığı açıkça görülmüştür. Temsirolimus'un EY0987 suşu üzerinde hücre büyümesini engellemek ve Nop56 protein ifadesini azaltmak gibi etkileri varken, BY4743 suşu üzerindeki hücre büyümesi ve Rpl5 protein ifadesine etkisi açık değildir. SOM analizi, NOP56, NOP58 ve RPL5 genlerinin dahil olduğu kümelerin, ribozom biyojenezi, rRNA işleme ve nükleolus ile ilişkili olduğunu göstermektedir ve bu kümelerdeki genlerin 10-14 dakikalık rapamisin tedavisinden sonra bastırıldığını ortaya koymaktadır. Bu çalışma, nükleolar bileşenlerin ribozom biyojenezindeki rollerini açıklamaktadır ve ribozomal proteinlerle alakalı hastalıklara karşı yeni terapötik stratejilerin gelişmesine liderlik edeceği düşünülmektedir.