Tek hücre RNA dizileme veri setlerinin entegrasyonu için ağ hizalama tabanlı bir yöntem geliştirilmesi

Tek hücre RNA dizileme tekniğinin verimi ve maliyeti sürekli bir iyileşme halindedir. Daha büyük ölçekli tek hücre RNA dizileme verilerinin artışı farklı deney sonuçlarının entegrasyonunu gerektirmektedir. Farklı laboratuvarlarda, farklı zaman dilimlerinde, farklı cihaz ve teknolojilerle üretilen verilerde yığın etkisinin sonuçları etkilediği gözlemlenmektedir. Yığın etkisinin düzeltilmesi sonraki analizlerin doğruluğunu artırmak için gereklidir. Tek hücre RNA dizileme verilerinin entegrasyonundaki zorluk entegrasyonu gerçekleştirirken hücre popülasyonlarını ayrı tutmak ve verilerin yerel dağılımlarını korumaktadır. Bu tezde, ağ hizalama tekniği kullanarak farklı tek hücre RNA dizileme veri setlerindeki yığın etkisini düzelten ve bu veri setlerinin entegrasyonunu sağlayan sciTuna isimli bir yöntem önerilmektedir. Yöntemimiz iki yığın arasında hücreleri eşleştirdikten sonra iteratif bir yolla bu hücrelerin enyakın komşuluklarını da göz önünde bulundurarak entegrasyonu iyileştirmektedir. Simulasyon, yarı-gerçek ve gerçek verilerdeki sonuçlar SciTuna'nın literatürdeki mevcut entegrasyon yöntemlerinden daha iyi performans verdiğini göstermektedir. Son olarak, karşılaştırmalı diferensiyal ifade analizi ile yığın etkisinin nasıl ortadan kalktığı ve yöntemin sağlamlığı gösterilmiştir.