Identification of the role of the nuclear matrix protein C1D in DNA repair and recombination

Nükleer matriks proteini C1D, DNA çift sarmal kırıklarının (DNA-DSBs) tamiri için gerekli olan, DNA-PK'nm aktivatörüdür. CID'nin DNA-PK tarafından fosforlanması ve mRNA ile protein miktarının y-radyasyonu sonucunda artması, in vivo koşullarda CID'nin DNA-DSB'in tamirinde rol alabileceğini göstermektedir. CID'nin ve nükleer matriksin olası biyolojik fonksiyonlarını tanımlamak amacıyla iki yaklaşımda bulunuldu. Birinci strateji, C1D ile etkileşen polipeptidleri maya-ikili hibrid sistemini uygulayarak taramaktı. Bu tarama sonucunda rekombinasyon, DNA tamiri ve transkripsiyonda rol alan proteinleri kodlayan bir grup cDNA klonu açığa çıkarıldı. Bulunan proteinler arasında TRAX (Translinle etkileşen X proteini), daha detaylı olarak incelenmek üzere seçildi. TRAX'm biyojik fonksiyonu bilinmemesine rağmen, içerdiği ikili çekirdek hedefleme dizini sayesinde, aralarında Translin'in de bulunduğu proteinleri, hücre çekirdeğine taşıdığı düşünülmektedir. TRAX cDNAsının proteine kodlanan kısmının tümü, bakteri ve memeli ekspresyon vektörlerine klonlandıktan sonra, TRAX ve C1D arasındaki etkileşimin özgün olup olmadığı hem in vivo hem de in vitro koşullarda doğrulandı. Özellikle, memeli hücrelerinde C1D ve TRAX'm ancak y-radyasyonu sonrasında etkileşimde bulundukları gösterildi. Buna ek olarak, y-radyasyonuna bağlı olarak oluşan TRAX ve C1D arasındaki bu etkileşimin, bu proteinlerin hücre içi lokasy onlarını değiştirmelerine değil, fakat oluşan olası bir post-translasyonel değişimden kaynaklandığı gösterildi. İkinci strateji CID'nin S.cerevisiae homologunu tanımlamaktı. Maya ve memeli CID'si arasındaki yüksek benzerlikten ötürü, Ycld'nin fonksiyonunu tanımlamak amacıyla, S.cerevisiae model organizma olarak kullanıldı. YC1D geni maya genomundan yok edilerek, bunun fenotipik ve fonksiyonel sonuçlan araştırıldı. ycld mutant maya neslinin y-radyasyona karşı hafif bir duyarlılık göstermesi ve DNA-DSB tamirinde kusurlu olması, maya ve insan CID'sinin fonksiyonel olarak da homolog olabileceklerini düşündürmektedir. IV