149
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Archived Theses
Picoa juniperi, picoa lefebvrei türlerinin sekonder metabolitlerinin saflaştırılması, karakterizasyonu ve biyolojik aktivitelerinin incelenmesi
Bu tez çalışmasında, Anadolu'da doğal olarak yayılış gösteren, ticari potansiyeli olan, Picoa juniperi ve Picoa lefebvrei türlerinin biyolojik aktiviteleri, kimyasal bileşenleri ve bu aktiviteye sahip olan bileşenler araştırıldı. Çalışmada Elazığ-Malatya civarından toplanan Picoa juniperi Vittad ve Denizli'den toplanan Picoa lefebvrei (Pat.) Maire türleri uygun koşullarla kurutulduktan sonra, sırasıyla n-hekzan, kloroform, aseton ve metanol ile oda koşullarında ekstrakte edildi. Metanol ekstresinden geriye kalan trüflerin 80˚C'deki su ile ekstraksiyonu yapıldı ve farklı polaritelerde 5 farklı ekstre elde edildi. İlgili türlerin biyolojik aktivitelerini belirlemek için her bir türden elde edilen ekstrelerin antioksidan aktivitesi, enzim inhibisyon aktivitesi (antikolinesteraz ve üreaz) ve in vitro koşullarda Akciğer Kanseri (H1299), Meme Kanseri (MCF-7), Prostat Kanseri (PC-3) hücre hatları ve Fare Fibroblast hücrelerine (L929) karşı toksisiteleri test edildi. Ektrelerin antioksidan aktivite testleri, β-karoten renk açılımı yöntemi, DPPH serbest radikali giderim aktivitesi, ABTS katyon radikali giderimi aktivitesi, CUPRAC yöntemi ve metal şelatlama kapasitesi olmak üzere 5 farklı metotla araştırıldı. Antikolinesteraz enzim aktivitesi ise asetilkolinesteraz (AChE) ve bütirilkolinesteraz (BChE) enzim inhibisyon aktiviteleri yöntemi kullanılarak belirlendi. P. juniperi ve P. lefebvrei'nin metanol ekstresinin 800 µg/mL'de DPPH serbest radikal giderim aktivitesi inhibisyonu sırasıyla %58,27±0,19; %57,54±0,01 iken, ABTS katyon radikali giderimi %91,56±0,10; %91,47±0,02 olarak hesaplandı. Her iki trüf türünün, metanol ve su ekstreleri üreaz enzim inhibisyon aktiviteleri standart olarak kullanılan tiyoüreye kıyasla orta standartta aktivite göstermektedir (%53,79±0,40, %40,96±0,07; %55,42±0,86, %41,59±0,74). İlgili kanser hücrelerine karşı ekstrelerin gösterdiği toksisiteler, onların %50 canlılık değerleri hesaplanarak belirlendi. Bu sonuçlara göre, Picoa lefebvrei su ekstresinin Akciğer Kanseri (H1299) ve Prostat Kanseri (PC-3) hücre hattına karşı toksik etkileri yüksek iken, L929 fibroblast hücresi üzerine toksisitesi düşüktür. Prostat Kanseri (PC-3) hücre hattında P. lefebvrei % canlılık %38,2'ye kadar düşerken P. jüniperi'de %49,9'a kadar düşmüştür. Meme Kanseri (MCF-7) hücre hattında ise P. lefebvrei metanol ekstresi %41,5'e düştüğü; buna karşılık, Picoa juniperi'de %54,2'ye kadar düştüğü hesaplanmıştır. Meme Kanseri (MCF-7) ve Prostat Kanseri (PC-3) hücre hattı üzerinde yapılan çalışmada her iki türün metanol ekstresinin daha yüksek toksisiteye sahip olduğu, ancak P. lefebvrei su ekstresinin Akciğer Kanseri (H1299) hücre hattına karşı diğer ekstrelerden çok daha etkili olduğu görülmüştür (200 µg/mL oranında %25,6'dır). Elde edilen antioksidan ve sitotoksik aktivite sonuçlarına göre her iki türün metanol ve kloroform ekstrelerinin, antioksidan aktivite kontrollü olarak, izolasyonları gerçekleştirildi. Buna göre, sırasıyla n-hekzan, kloroform, aseton, metanol ve sıcak su ekstrelerinden elde edilen biyoaktif bileşiklerin izolasyonları, kolon kromatografisi, ince tabaka kromatografisi, preperatif HPLC teknikleri kullanılarak gerçekleştirildi. Saflaştırılan bileşiklerin 1H-NMR, 13C-NMR, 2D-NMR, FTIR ve MS spektrumları alınarak yapıları aydınlatıldı. Buna göre, Picoa lefebvrei ve Picoa juniperi'den toplam 17 bileşiğin yapısı tam olarak aydınlatıldı. Picoa juniperi'den elde edilen bileşikler Brassikasterol (1), Ergosterol (2), Ergosterol endoperoksit (3), Ergosta 5,22-dien 3-O-β-ᴅ-glukopiranozit (4), Juniperon A (5), Juniperon B (6), Mannitol (7), Adenozin (8), Linoleik asit, Oleik asit (9) iken; Picoa lefebvrei'den elde edilen bileşikler Brassikasterol (10), Ergosta 5,22-dien 3-O-β-ᴅ-glukopiranozit (11), Urasil (12), 1-β- L-xylofuranosil (13), Eritriol (14), α-ᴅ-glukopiranozil-α-ᴅ-glukopiranozit (15), Brasskcasteril linoleat (16), 5α-6α epoksi ergosta-7,22-dien-3β-ol (17)'dur. Bu bileşiklerden Picoa juniperi'den elde edilen Juniperon A (5), Juniperon B (6) bileşikleri bu tez çalışmasıyla ilk defa izole edilip yapısı aydınlatılmıştır. Ayrıca her iki türün polisakkaritleri uygun yöntemlerle ayrıştırıldı ve HPLC ve FTIR ile yapıları karakterize edildi. Saflaştırılan polisakkaritlerin antioksidan aktiviteleri belirlendi. Bunlara ek olarak her iki türün fenolik bileşenleri HPLC-DAD sistemiyle araştırıldı. Elde edilen sonuçlara göre fumarik asitin hem P. juniperi'de hem de P. lefebvrei'de ana bileşik olduğu tespit edildi (165,2 µg/g;12,6 µg/g). Bu tez çalışmasında izole edilen 17 bileşiğin miktarı yeterli olanların DPPH serbest radikal giderimi, ABTS katyon radikali giderimi ve Meme Kanseri (MCF-7) ve Fare Fibroblast (L929) hücre hatlarına karşı toksisiteleri in vitro testlerle belirlendi. Yapısı aydınlatılan bileşikler arasında, Brassikasterol, Ergosterol, Ergosta 5,22-dien 3-O-β-ᴅ-glukopiranozit, Adenozin, 1-β-L-xylofurasil, 5α-6α epoksi ergosta-7,22-dien-3β-ol'ün kanser hücrelerine karşı toksik etki gösterdiği; 1-β-L-xylofurasil, Adenozin bileşiklerinin antioksidan etkilerinin olduğu tespit edildi.
A numerical study on the deformation behaviour of geotextile encased stone column
Construction of embankments over soft soils is considered to be risky due to its inadequate load carrying capacity and high factor of compressibility. Majority being close to a sea or between rivers, large part of world is covered with soft clayey grounds, yet excessive need for new areas for urbanisation enforces the improvement of these weak grounds. Providing the rapid construction, consolidation acceleration, total and differential settlement reduction and adjacent facility protection advantages; stone column supported embankments become one step forward among variety of available techniques. Stone column is a cost-effective method for improving especially the weak ground under highways, railways and urban infrastructure. The stone column ensures its bearing capacity by means of the passive earth pressure resistance against the lateral deformation provided by the surrounding soil thus its performance depends on the shear strength of the soft clay soil. The encasement of stone column with a proper type of geosynthetic material is a widely used method to provide the required lateral confinement and to avoid dispersion of granular material into the soft clay. Along with improving the bearing capacity and reducing the settlement and bulging, geosynthetic encasement preserves stone columns easy drainage ability. Despite being widely investigated by many precious researchers with numerous valuable laboratory and in-situ experiments and numerical studies, there are still additional efforts needed to determine the performance, to fully understand the deformation behaviour and to predict long term serviceability of geosynthetic encased stone column. This study presents the results of finite element analyses of a hypothetical geotextile encased column supported embankment on a soft soil deposit which is improved by a geogrid reinforced sand mat on top. Numerical results of 2D analyses were validated by using field and experimental data of former studies at first, afterward parametric studies were carried out on two-dimensions finite elements model considering the effect of the soft soil thickness, the geosynthetic encasement length and stiffness, basal reinforcement (sand mat) thickness and geosynthetic reinforcement stiffness. Also, a group of floating stone columns in soft ground were modelled in two-dimensions and differential settlement behaviour was determined. By the parametric studies performed in the study; the optimum sand mat layer thickness, the geosynthetic stiffness, the optimum encasement length and the geosynthetic stiffness will be advised to be used for the preliminary design. This will contribute to the development of economic design methods for end-bearing and floating types of vertically encased stone columns and geosynthetic reinforced sand mat layers. Thus, the usage of stone columns on soft clay soils which is an easy and economical ground improvement method because of providing the design flexibility through the soil material in the field, can become widespread.
Escherichia coli'de aşırı ifade edilen genlerin bor toleransına etkisinin araştırılması ve bora bağlı gen ekspresyon analizleri
Bor, birçok açıdan stratejik ve enigmatik bir elementtir. Borik asit ve bor bileşiklerinin birçoğu çeşitli bakteri hücrelerini öldürmekte veya üremesini inhibe etmektedir. Ancak bunu, hücredeki hangi molekülleri etkileyerek yaptıkları ve bu bileşiklere karşı kullanılan hücresel cevap mekanizmaları yeterince bilinmemektedir. Bundan dolayı, uygun model organizmalar kullanılarak, bor ile ilgili biyomoleküller, özellikle genler, proteinler ve metabolitler bulunmalıdır. Bu hedeflere ulaşabilmek için bu tez çalışmasında, genomik, proteomik, metabolomik ve gen ekspresyon analizlerini içeren yaklaşımlar kullanılmıştır. Bu tez çalışmasının ilk basamağında genomik yaklaşımı esas alınmıştır. Escherichia coli ASKA klon setinde yer alan 4123 adet suş, artan borik asit ortamında, genom boyu tarama deneylerine tabii tutulmuştur. Plazmitlerdeki genlerin ekspresyonunu indüklemek için 100 µM ve 33 µM IPTG kullanılmıştır. Kontrol suşuna kıyasla göreceli olarak yüksek borik asit konsantrasyonlarında yaşayan suşlar seçilmiştir. 100 µM IPTG kullanılarak yapılan genom boyu taramalardan 17 adet suşun göreceli olarak yüksek borik asit ortamında üreme gösterdiği bulunmuş ve sonuçlar çeşitli ek tekniklerle onaylanmıştır. 33 µM IPTG kullanılarak yapılan taramalardan bulunan ve onaylanan suşlar ise 52 adet olup, bu suşların içerdikleri genlerin fazla ifadesiyle, göreceli olarak yüksek borik asit konsantrasyonlarında üreyebildikleri belirlenmiştir. Göreceli olarak yüksek bor toleransına sahip suşlar, aceK, rfaQ, yjcF, ymdE, bdm, yeeY, yddV, recQ, ygcU, ptsA, ydeE, lacI, lacA, cobT, gatD, paaE, ugpC, prfH, yaiB, nusB, cbpM, malI, ydhD, yeaC, yeeT, yfjL, hcaD, ,elaB, hypC, yfjU, yqeK, yhiJ, rep, thiC, yifB, aceA, sgbE, fre, ytfG, sgcQ, rpsJ, yhcE, yhdL, tnaC, ytfA, ulaB, yjgX, yjhX, sgcA, chpS, yceP, yjhD, yrbB, gatR, yoeF, arpB, hybF, ygeM, ymfP, yicR, hpt, frlC, menD, yadI, ydiA, yfcT, arsB, yeiQ ve yddK genlerini taşımaktadır. Çalışmanın ikinci basamağında, 4123 gen klonunu içeren, "ASKA klon genomik kütüphane havuzu" elde edilmiş ve yüksek borik asit içeren ortamlarda zenginleştirme yöntemiyle seleksiyon yapılmıştır. Ayrıca, ASKA klon genomik kütüphane havuzunun, 'in vitro' plazmid kütüphanesi oluşturulmuştur. Plazmitler DH10b suşuna transforme edildikten sonra, yine zenginleştirme yöntemi ile seleksiyona tabii tutulmuş ve tolerant koloniler seçilmiştir. Her iki çalışmadan elde edilen tolerant klonların rekombinant plazmidlerinde yer alan genler Sanger sekanslama yöntemi ile belirlenmiş ve 9 adet gen bilgisine ulaşılmıştır. Bu genlerin isimleri dtd, yedL, yjbO, elfC, yfjK, yfiC, sufD, yecF, idnR'dir. Üçünçü aşamada proteomik teknolojisine başvurulmuştur. 2-DE (iki boyutlu jel elektroforezi) analizleri için, göreceli olarak yüksek borik asit ortamında üreme gösteren AG1(pCA24N::aceK) ve AG1(pCA24N::ptsA) suşları seçilmiştir. Plazmitte ifade edilen genden dolayı borik asit stresi ile baş edebilen ve bu ortamda yaşayabilen klonların protein profilleri karşılaştırılmıştır. Bu çalışma sonucu AG1(pCA24N::aceK) suşu için up-regüle olduğu gözlenen 8 adet protein spotı, AG1(pCA24N::ptsA) suşu için ise up-regüle olan 7 protein spotı seçilmiştir. Borik asite cevap oluşturmada görevli olduğu düşünülen proteinleri içeren bu spotların MALDI-TOF-TOF analizi ile protein kimlikleri belirlenmiştir. AG1(pCA24N::aceK) suşunun proteomik analizi sonucu, PykF, Pgk, EftS, OmpA, CysK, KduD, AtpA, PrpD proteinleri, AG1(pCA24N::pstA) suşunun proteomik analizi sonucu, PykF, MalE, G3P1, AhpC, Alf, Mdh, KduI proteinleri belirlenmiştir. Tezin dördüncü aşamasında daha önceki çalışmalardan elde edilen gen bilgileri değerlendirilerek, gen ekspresyon analizleri yapılmıştır. Seçilen genler üzerinde, gerçek-zamanlı PCR deneyleri yapılmış ve kontrol dahil 30 adet genin farklı borik asit konsantrasyonlarında göreceli mRNA seviyeleri ortaya çıkarılmıştır. Test edilen genlerden özellikle, kduD, kduI, sodA, ompR, deoB, yoaC ve icd genlerinin transkript seviyelerinin, borik asit stresine bağlı olarak, dramatik bir şekilde arttığı bulunmuştur. Son olarak metabolomiks yaklaşımı kullanılarak, bor stresi ile ilgili metabolitlerin belirlenebilmesi için, NMR (nükler manyetik rezonans) analizlerine başvurulmuştur. Borik asit içermeyen ve artan 3 farklı borik asit konsantrasyonuna maruz bırakılarak yetiştirilen AG1(pCA24N::aceK) ve E. coli DH10b suşlarından metabolit ekstraktları elde edilmiş ve 1H-NMR deneyleri yapılmıştır. AG1(pCA24N::aceK) suşu için borik asit ortamında Adenine, Galactarate, Gluconate, Glutamate, Guanidoacetate, Guanosine, Inosine, Lactulose, Oxypurinol, Putrescine, Pyroglutamate, Threonine, Uridine metabolitlerinin seviyeleri artmış, Erythritol ve Saccharopine metabolitlerinin seviyeleri azalmıştır. E. coli (DH10b) suşunun borik asit ortamında Oxypurinol, Uracil, Xanthine, Glucarate, Putrescine, Thymine, Galactonate, Hypoxanthine, Maleate, Adenosine, Pantothenate, 1,6-Anhydro-β-D-glucose, Galactarate, Nicotinate, Nicotinurate, Pyridoxine, Thymidine, Uridine, Xanthosine metabolitlerin seviyeleri artmıştır. Seviyeleri azalan metabolitler ise Inosine, Niacinamid, Saccharopine, Glycine ve Lactate'dır. Bu tez çalışması, genomik, proteomik, metabolomik, moleküler genetik ve mikrobiyolojik yaklaşımları kullanarak, bor (tolerans)-bakteri ilişkisinde rol alan genlerin, proteinlerin ve metabolitlerin belirlenebilmesi adına, değerli veriler üretmiş olan önemli ve kapsamlı bir çalışmadır. Anahtar Kelimeler: Bor, Tolerans, E. coli, Gen, Genomik, Proteomik, Metabolomik
Dalyan kanallarında (Köyceğiz-Muğla) bazı ekolojik parametrelerinin belirlenmesi
Köyceğiz-Dalyan Lagün Havzası, Türkiye'nin en büyük sulak kıyı alanlarından bir tanesi olup, flora ve fauna yönünden oldukça zengin bir konumdadır. Ramsar Alanı özelliği taşıyan, Köyceğiz Gölü ve Dalyan Lagün Havzası su kuşları ve balıkların beslenme ve bazılarının üreme alanı olması bakımından önemli bir yere sahiptir. Çalışmanın yapıldığı Dalyan kanalları Köyceğiz-Dalyan Lagün Havzası'da önemli bir ekolojik yapıya sahiptir. Bu çalışma Aralık 2017 yılı ve Kasım 2018 tarihleri arasında, Dalyan kanallarının su kalitesindeki mevcut durumu belirleyerek buna göre önlem planları oluşturmak amacıyla denizle bağlantı noktalarına kadar olan 8 stratejik istasyonda yürütülmüştür. Alınan su numunelerinde bazı fiziko-kimyasal parametreler; Su sıcaklığı, pH, çözünmüş oksijen, doymuş oksijen, elektriksel iletkenlik, tuzluluk, nitrit azotu, nitrat azotu, amonyum azotu, orto-fosfat, toplam fosfor, askıda katı madde, BOİ5, klorofil-a ve bulanıklık aylık olarak incelenmiştir. Seçilmiş istasyonlardan alınan su numunelerinin analizleri Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi'nde akredite olmuş Araştırma Laboratuarları Merkezi Su Analiz Laboratuarında yapılmıştır. Elde edilen analiz sonuçlarına göre, kış aylarında kendi doğal yapısında olan çalışma sahası turizm mevsimi olan Mayıs-Ekim tarihlerinde yoğun turizm faaliyetlerinin etkisinde olup, seçilmiş bazı istasyonlarda su kalitesi ve çevresel anlamda kirlenmeler olduğu tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Dalyan Kanalları, Köyceğiz-Dalyan Lagün Havzası, Su Kalitesi, Fiziko-Kimyasal Parametreler, Turizm Faaliyetleri Çevresel Faktörler
Kesirli mertebeden difüzyon denklemi için nümerik yaklaşımlar üzerine
Bu çalışmada iki boyutlu, kesirli mertebeden difüzyon denkleminin yerel bir boyut yöntemi (locally one dimensional-LOD yöntemi) ile nokta sayısına bağlı olarak nümerik çözüm yöntemleri geliştirilmiştir. LOD yöntemi uygulanarak türevlerin yerine, uygun sonlu fark yaklaşımları kullanılarak denklem kesikli hale getirilmiştir. Zaman boyutunda türev için literatürde sıkça kullanılan Caputo anlamında kesirli türev tanımı kullanılırken, tam sayı metebeden türev yerine, uygun merkezi sonlu fark tanımları kullanılmıştır. Sonlu fark tanımları nokta sayıları arttırılacak şekilde ele alınmıştır. Her bir durum için elde edilen denklem sistemleri çözülerek nümerik sonuçlara ulaşılmıştır. Sonuçlar, tablo ve grafiklerle analiz edilmiş ve yapılan yaklaşımların yeteri kadar hassasiyete sahip olduğu görülmüştür. Yöntemin hata analizi ve kararlılığı incelenmiştir.
Kesirli mertebeden integro diferansiyel denklem sistemleri için nümerik yaklaşımlar
Bu tez çalışmasında, çok katlı diferansiyel denklem sistemlerinin kesirli Bernoulli sıralama yöntemi ile nümerik çözümleri geliştirilmiştir. Kesirli hesabın, gerçek yaşam problemlerine uygulanabilir oluşu sebebiyle günümüzde pek çok araştırmacı tarafından çalışılmaktadır. Kesirli hesabın klasik anlamdaki analize göre daha yeni çalışılıyor olması birden fazla kesirli türev tanımının doğmasına da sebep olmuştur. Bu çalışmada, problemlere uygunluğu açısından Caputo anlamında kesirli türev tanımı kullanılmıştır. Problemlerin çözümünde yararlanılan gama fonksiyonu, kesirli türev ve integral tanımlarına yer verilmiştir. Tezin üçüncü bölümünde kesirli mertebeden lineer diferansiyel denklemler, kesirli mertebeden lineer Fredholm integro diferansiyel denklemler, kesirli mertebeden lineer diferansiyel denklem sistemleri ve kesirli mertebeden lineer integro diferansiyel denklem sistemleri kesirli Bernoulli polinonumları cinsinden çözmek için kesirli Bernoulli sıralama yöntemi verilmiştir. Dördüncü bölümde yukarıda bahsedilen denklemler ile ilgili örnekler çözülmüş, elde edilen sonuçlar grafik ve tablolar yardımıyla incelenmiş yöntemin yeteri kadar hassasiyete sahip olduğu görülmüştür. Bu tez çalışmasındaki tüm hesaplamalar Maple ve Matlab programları ile yapılmıştır.
Atık su ve aktif çamur karakteristiklerinin sınıflandırılması ve uygulanan analiz yöntemlerinin değerlendirilmesi
Arıtım süreçlerin izlenebilmesi ve gerekli kontrollerin sağlanabilmesi ancak atık su ve aktif çamur karakteristiklerinin sürekli olarak belirlenmesine dayanmakta olup, atık su arıtma tesislerine gelen ham atık su veya arıtılmış atık sudan alınan örneklerle yapılacak olan asitlik (pH), sıcaklık (T), iletkenlik (C), çözünmüş oksijen (DO), oksijen doygunluğu (SO), tuzluluk (SA), elektriksel iletkenlik (EC), kimyasal oksijen ihtiyacı (COD), askıda katı madde (LSS), toplam azot (TN), toplam fosfor (TP) ve biyolojik oksijen ihtiyacı (BOD5) gibi yapılan analizler ile biyolojik arıtma için kullanılan aktif çamur örneklerine ait prosesin tasarım parametrelerine ilişkin yapılan ölçümlere ilişkindir. Bunlar da havalandırma süresi (AT), çamurun ölçülecek olan askıda katı madde konsantrasyonu (MLSS), askıda uçucu katı madde konsantrasyonu (MLVSS), sıcaklık (T), çamur üretim hızı (ASPR) ve biyo-kinetiği (BK) içeren katı alıkonma süresi (RT) ile geri çevrim oranıdır (FBR) Atık suların özelliklerinin belirlenmesinde Biyokimyasal oksijen ihtiyacı (BOD5), kimyasal oksijen ihtiyacı (COD), toplam organik karbon (TOC) ve çözünmüş oksijen (DO) miktarlarının tayini atık suyun karakterizasyonu açısından en temel ölçüm kriterleridir. Yapılan bu çalışmada, atık su ve aktif çamur karakteristikleri ayrıntılı olarak sınıflandırılmış, bu karakteristiklere uygulanacak analiz yöntemleri ile bu yöntemlerle ölçülmüş olan analiz verilerin istatiksel değerlendirilebilmesi ve modellenebilmesi için kullanılabilecek veri madenciliği yöntemleri araştırılmış ve bunlardan karar ağaçları yöntemi ayrıntılı olarak KNIME veri madenciliği platformu kullanılarak incelenmiştir. Muğla iline bağlı ilçelerden toplanan 334 adet evsel nitelikli atık suya ilişkin seçilen 7 adet parametrenin analiz sonuçlarına bakıldığında; diğerleri çok kısa sürede gerçekleştirilebilirken, ölçümü 5 gün süren BOD5 parametresinin tahminine çalışılmıştır. Sonuç olarak BOD5 (biyolojik oksijen ihtiyacı) değeri dağılımı % 53 oranında 100'den düşük bulunmuştur. BOD5 değeri 100-200 arasında olanların oranı % 15,3 iken 450-550 arasında olanların oranı % 12,6'dır BOD5 değerini en fazla etkileyen değişken kimyasal oksijen ihtiyacıdır (COD).
Basketbol maç sonuçlarının makine öğrenmesi yöntemleri ile tahmin edilmesi
Basketbol, dünyada en çok izlenen spor aktivitelerinden birisidir. Bu popülerlik sonucunda basketbol sporunda bilgi teknolojileri sık sık kullanılmaktadır. Veri bilimi ve veri depolama sistemlerinin gelişmesiyle maç istatistikleri, oyuncu özellikleri gibi parametreler artık çok kolay saklanabilmektedir. Müsabaka sonucu tahmini, insanlara müsabaka öncesi bilgi vermesi açısından önemlidir. Müsabaka sonucu tahmini ile ilgili olarak Amerikan basketbol ligleri üzerine çalışmalar mevcut iken Avrupa basketbolu ligleri üzerine çalışmaların sayısı azdır. Bu çalışmada, müsabaka sonucu tahmini için Türkiye Erkekler Basketbol Süper Ligi maçları makine öğrenmesi yöntemleri kullanılarak ele alınmıştır. Buna göre 2013-2014 ve 2017-2018 sezonları arasında oynanan maçlar 5 farklı veri seti olarak kullanılmış ve Dört Faktör ve DefansOfans modeli ile birlikte incelenmiştir. Veriler, makine öğrenmesi yöntemleri olan kNN, Lojistik Regresyon, Çok Katmanlı Sinir Ağı, Naive Bayes, j48 ve Oylama ile değerlendirilmiştir. Sonuç olarak %96,55'lik tahmin başarısı yakalanmıştır. Buna ek olarak ayrıca, EuroLeague 2012-2013 ve 2016-2017 sezonları arasında oynanan maçlar 5 farklı veri seti olarak kullanılmış ve Dört Faktör ve DefansOfans modeli ile birlikte incelenmiştir. Veriler kNN, Lojistik Regresyon, Çok Katmanlı Sinir Ağı, Naive Bayes, j48 ve Oylama yöntemleri ile değerlendirilmiş ve %98,90 tahmin başarısı yakalanmıştır. Sonuçlar, her iki lig için de Dört Faktör ve DefansOfans modellerinin birlikte kullanımının daha iyi doğruluk oranları verdiğini göstermektedir.
Statistical methods and tools for quantitative mass spectrometry-based proteomics
Mass spectrometry, which stands out with its high sensitivity, application variety and fast results, is an indispensable tool for molecular and cellular biology to find atomic composition and sequencing over the relative masses of substances such as the clarification of the structures contained in organic and biochemical molecules, the determination of the molar masses of peptides, proteins and oligonucleotides.MSstats is an open source R package for statistical relative quantification of proteins and peptides in data dependent, targeted and data-independent proteomics. It enables the identification of different abundant proteins for MS experiments by chromatography-based quantification with complex designs, characterizing MS assays in terms of limit of blank and limit of detection (LOB/LOD), system suitability testing (SST) and quality control (QC). Users have to install R to use the MSstats package and know the R programming language or use MSstats-Shiny, which is offered online. However, many users do not know the R programming language. On the other hand, many users who know the R programming language, experience time loss during installation and coding. In addition, many users prefer to use their own computers considering the privacy of MS test results. In this thesis, a desktop application has been developed that can be used MSstats package without any programming knowledge, without installation. It can be used offline, saving user's time with ease of use, and providing privacy by analyzing on a closed local computer. This tool was developed by synchronous operation of R and Java programming languages. An interface called MSstats-J-Plugin has been prepared with Java and R programming languages.Thanks to this interface, the results are processed, made sense, visualized and finally presented to the user.Analysis of mass spectrometry data in MSstats-J-Plugin is carried out in four basic steps. These steps are "data upload", "data processing", "group comparison" and "design sample size".MSstats-J-Plugin developed as free and open-source, is designed to be accessible to everyone on the internet.
Karbon ve cam yünü dokuma kumaşları ile odun plastik kompozitlerinin teknik özelliklerinin geliştirilmesi
Bu çalışmada, odun plastik kompozitleri cam ve karbon lifi dokuma kumaşlar ile güçlendirerek teknolojik özelliklerinin geliştirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla 2 farklı kumaş tipi (cam ve karbon lifi) ve 2 farklı dokuma yoğunluğu (~200 gr/m2 ve ~400 gr/m2) kullanılmıştır. Çalışma için 3 farklı odun unu oranı (% 40, 50 ve 60) ve 2 farklı termoplastik polimer türü (polietilen ve polipropilen) seçilmiştir. Ayrıca % 3 oranında uyumlaştırma ajanı kullanımının kompozit özelliklerine etkisi incelenmiştir. Örneklerin fiziksel (yoğunluk, su alma/kalınlığına şişme, yüzey pürüzlülüğü), mekanik (statik eğilme direnci ve eğilmede elastikiyet modülü, çekme direnci, vida tutma direnci, Janka sertlik) dış ortam dayanımı, termal (LOI ve TGA analizi) ve biyolojik dayanım özellikleri incelenmiştir. Ayrıca mikroskobik inceleme de yapılmıştır. Dokuma kumaşlar ile güçlendirme mekanik özellikleri dikkate değer derecede arttırmıştır. Eğilme direnci değerleri % 262'ye kadar arttırılırken, elastikiyet modülü değerleri % 246'ya kadar arttırılmıştır. Çekme direnci değerlerinde % 1325'e varan artışlar elde edilmiştir. Vida tutma direncinde ise % 83'e kadar artış sağlanmıştır. En yüksek mekanik özellikler 200 gr/m2 karbon ve 400 gr/m2 cam dokuma kumaşlar ile güçlendirilmiş örneklerden elde edilmiştir. Yüksek yoğunluklu polietilen en yüksek değerlerin elde edilmesini sağlamıştır. TGA analizi sonuçlarına göre cam ve karbon lifleri yüksek sıcaklıklara kadar bozunum göstermediği için kompozitin termal özellikleri de iyileştirilmiştir. Güçlendirme işleminin sertlik değerlerini olumlu etkilediği gözlemlenmiştir. Hızlandırılmış yaşlandırma testi sonrası en yüksek eğilme direnci ve eğilmede elastikiyet modülü değerleri kontrol örneklerine kıyasla güçlendirilmiş odun plastik kompozitlerinden elde edilmiştir. Dış ortam şartlarına maruz kalan örnek yüzeylerinde meydana gelen değişimler ATR-FTIR ve mikroskobik analiz ile incelenmiştir. Odun ve polimerin kimyasal yapısındaki oksidasyon reaksiyonları ATR-FTIR analizi ile ortaya çıkartılmıştır. Işık mikroskobu ile yüzeydeki bozunma net bir şekilde görüntülenmiştir. Artan odun unu miktarı çürüklük mantarlarına karşı hassasiyeti arttırmıştır. Taramalı elektron mikroskobu ile dokuma kumaşların odun/polimer karışımı içerisindeki durumu incelenmiştir. 200 gr/m2 karbon dokuma kumaşların matris içerisine daha iyi entegre olduğu görülmüştür.