4
Arşivlenen Tez
0
DOI Atanmış
0%
DOI Oranı
Arşivlenen Tez
Nonketotik hiperglisinemi hastalarında genotip-fenotip ilişkisinin değerlendirilmesinde etkin mikrorna'ların belirlenmesi
Nonketotik hiperglisinemi (NKH), glisin ensefalopatisi olarak bilinen otozomal resesif (OR) geçişli bir amino asit metabolizma bozukluğudur. Glisin parçalayıcı enzim kompleksindeki bozukluktan dolayı glisin vücutta birikir. Tanı beyin omurilik sıvısı (BOS) ve plazma glisin seviyelerindeki artış ile tespit edilir. NKH'de BOS/plazma glisin oranı genellikle 0,08-0.25 µmol/L'dir. BOS glisin seviyesindeki artış NKH'nin önemli bir göstergesidir ancak NKH için en güvenilir tanı yöntemi genetik analizdir. NKH'de ilk bulgular genellikle doğumda ya da ilk haftalarda meydana gelir. Glisin yüksekliği ketotik hiperglisinemi olarak adlandırılan propiyonik asidemi, metilmalonik asidemi ve beta ketothiolaz enzim eksikliğinde de görülebilmektedir. Bu hastalarda glisin yüksekliği ile ciddi asidoz ve ketozis bir aradadır. Bu duruma ketotik hiperglisinemi denilir. Ketozis, ketotik hiperglisinemide erken müdahale için uyarıcıdır. Literatürde NKH'nin ketotik hiperglisinemiden yaklaşık iki kat daha sık görüldüğü bildirilmiştir. BOS'da glisin artışı yapan bu durumlar BOS/plazma glisin oranında da yüksekliğe sebep olmaktadır. Bu durum NKH'de tanı için BOS/plazma glisin oranın yeterli bir kriter olmadığını göstermektedir ve NKH için daha spesifik bir tanı yönteminin varlığının önemini vurgulamaktadır. NKH'ye neden olan glisin parçalayıcı enzimdeki dört proteinden herhangi birindeki değişikliklerden kaynaklanan biyokimyasal patoloji iyi anlaşılmıştır ancak literatürde henüz genotip-fenotip ilişkisi bulunmamaktadır. MikroRNA'lar (miRNA) gen ifadesinin transkripsiyon ve transkripsiyon sonrası düzenleyicileri olarak fonksiyon gösteren, küçük kodlanmayan RNA'lardır. Düzenleyici rolleri nedeniyle hastalıklarda tanı ve tedavi bakımından yeni bakış açıları sağlayabilirler. Hastalıkla ilişkili miRNA'ları ve ilgili hedeflerini belirlemek, hastalığa yeni moleküler bakış açısı sağlayarak yeni terapötik stratejilerin tasarlanmasını sağlar. miRNA'lar vücut sıvılarında stabil formda bulunurlar, bu da onları rutin klinik işleme ve analize uygun hale getirir ve yeni hastalık biyobelirteçleri olarak kullanımlarının ve tedaviye yanıtın değerlendirilmesinde kullanılır. NKH gibi metabolik blok sonucu toksik madde birikimi ile giden kalıtsal metabolik hastalıklarda erken tanı hayati önem taşımaktadır. Dolayısıyla kalıtsal metabolik hastalıklarda erken tanı için alternatif metotların geliştirilmesi önemlidir. miRNA'ların NKH gibi kalıtsal metabolik hastalıkların erken tanı için daha spesifik ve daha hızlı bir biyobelirteç olarak kullanılabileceğini düşünmekteyiz. Dolaşımdaki miRNA'ların biyobelirteç olarak kullanımları sayesinde; hızlı müdahale için bir hastalığın erken evrelerini tespit etmek, böylece hastalığı önlemek, iyileştirmek veya yavaşlatmak, benzer etiyolojilere sahip patolojileri ayırt etmek, prognozu tahmin etmek ve tedaviye yanıtın izlenmesinde faydalı olacağı düşünülmektedir. Literatürde pek çok kalıtsal metabolik hastalık miRNA çalışması yapılmış olmasına rağmen daha önce NKH miRNA ilişkisini inceleyen bir araştırma bulunmamaktadır. Bu çalışmasında NKH hastalığı ve miRNA'lar ile ilgili daha önce elde ettiğimiz bilgi birikimizi kullanarak NKH'daki miRNA'ların rolünü araştırmayı amaçlıyoruz. Çalışmada NKH hastaları ve sağlıklı bireylerden oluşan kontrol grubuna ait kan, idrar ve BOS sıvılarından izole edilen miRNA'lar karşılaştırılıp büyük ölçekli miRNA profillemesi gerçekleştirilecektir. Elde edilen miRNA'ların ifadesi analiz edilecek ve elde edilen sonuçlara göre kontrol ve hasta grubu arasında ifadesi önemli derecede farklılık gösteren miRNA'lar seçilerek qRT-PCR analizi ile doğrulanacaktır. Son olarak aday miRNA'nın NKH'de fenotipe olan etkisine bakılacaktır. Çalışmamız NKH miRNA ilişkisini inceleyen ilk çalışma olacaktır.
Nörofibromatozis tip 1 tümör doku örneklerinde mitokondriyel miRNA verilerinin analizi ve değerlendirilmesi
Nörofibromatozis tip 1 (NF1, von Recklinghausen), toplumda 1/2500 insidansı ile ortaya çıkan bir otozomal dominant hastalık olup ciltte sütlü kahve lekeler (café au lait - CALM), çillenmeler, nörofibrom olarak isimlendirilen farklı boyutlarda iyi huylu tümörler ve malin periferik sinir kılıfı tümörleri (MPNST) gibi belirtiler verir. Bunun yanı sıra omurilikte, kafa sinirlerinde, beyinde tümörler gelişebilmekte ve omurga eğriliği gibi kemik şeklinde bozukluklar meydana gelebilmektedir. NF1 hastalarında saptanan mutasyonlar ile hastalığın fenotipi arasında bir ilişki mevcut değildir. Klinik çok değişkenlik gösterir. Hatta aynı aile içinde bile aynı mutasyonu gösteren bireylerin farklı klinik tablo gösterdiği de bilinen bir durumdur. Bu klinik değişkenliğin ortaya çıkmasındaki görüşlerden biri NF1 geni üzerindeki modifiye edici faktörlerin varlığıdır. Bu aday modifiye edici faktörlerden bir tanesi mikroRNA'lardır (miRNA). Ayrıca son yıllarda yapılan çalışmalar mitokondrilerin fonksiyonundaki değişikliklerin de bir modifiye edici faktör olarak NF1 hastalarının farklı fenotipler göstermesinde rol oynayabileceğini göstermektedir. Mitokondriler, kendine özgü sinyal yolaklarının varlığı ve hücrenin enerji üretim merkezi olmaları nedeniyle önemli organellerdir. Son yıllarda mitokondrilerle yapılan çalışmalar büyük oranda artmıştır. Mitokondrilerin, atasal bir anaerobik ökaryotik hücre tarafından hücre içine alınan bir bakteriden köken aldığı bilinmektedir, karşılaştırmalı analizler ile mitokondriyel fizyolojik süreçler ve bakterilerin olası katılımı gözden geçirilmektedir. Küçük kodlanmayan RNA'lardan olan miRNA'lar, gen ifadesinin post transkripsiyonel düzenleyicileri olarak fonksiyon gösteren RNA'lardır. Son zamanlarda, mitokondriyel miRNA'ların (mitomiR), mitokondriyel genomun translasyonel aktivitesini modüle ettiği ve mitokondriyel protein ifadesini ve fonksiyonunu düzenlediği gösterilmiştir. Mitokondrinin gelişim için gerekli olduğu doğrulanmış olsada, mitomiR'lerin enerji metabolizması, oksidatif stres, inflamasyon ve apoptoz dâhil önemli biyolojik süreçlerin düzenlenmesindeki rolleri daha yeni anlaşılmaya başlamıştır. Bu tez çalışmasında, NF1 hastalarından elde edilen kütanöz ve pleksiform nörofibrom tümör dokularındaki mitomiR'lerin ifadelerinin kontrol dokuya (CALM) göre değerlendirilmesi amaçlandı. Bunun için taze dondurulmuş 11 doku seçildi (Bir kontrol (CALM), beş kütanöz nörofibrom ve beş pleksiform nörofibrom tümör dokusu) ve bu dokularda seçilen 11 mitomiR'in ifadesi kantitatif gerçek zamanlı PZR (kRT-PZR) yöntemi ile değerlendirildi. Yapılan analiz sonucunda seçilen mitomiR'lerde anlamlı bir ifade artışı görülse de kütanöz ve pleksiform nörofibromlar arasında istatistiksel olarak bir fark görülmedi. Araştırılan mitomiR'lerin sayısının az olması nedeniyle daha geniş kapsamlı araştırmalar yapılması gerektiği öngörüldü.
Nörofibromatozis tip 1 tümör doku örneklerinde mitokondriyel miRNA verilerinin analizi ve değerlendirilmesi
Nörofibromatozis tip 1 (NF1, von Recklinghausen), toplumda 1/2500 insidansı ile ortaya çıkan bir otozomal dominant hastalık olup ciltte sütlü kahve lekeler (café au lait - CALM), çillenmeler, nörofibrom olarak isimlendirilen farklı boyutlarda iyi huylu tümörler ve malin periferik sinir kılıfı tümörleri (MPNST) gibi belirtiler verir. Bunun yanı sıra omurilikte, kafa sinirlerinde, beyinde tümörler gelişebilmekte ve omurga eğriliği gibi kemik şeklinde bozukluklar meydana gelebilmektedir. NF1 hastalarında saptanan mutasyonlar ile hastalığın fenotipi arasında bir ilişki mevcut değildir. Klinik çok değişkenlik gösterir. Hatta aynı aile içinde bile aynı mutasyonu gösteren bireylerin farklı klinik tablo gösterdiği de bilinen bir durumdur. Bu klinik değişkenliğin ortaya çıkmasındaki görüşlerden biri NF1 geni üzerindeki modifiye edici faktörlerin varlığıdır. Bu aday modifiye edici faktörlerden bir tanesi mikroRNA'lardır (miRNA). Ayrıca son yıllarda yapılan çalışmalar mitokondrilerin fonksiyonundaki değişikliklerin de bir modifiye edici faktör olarak NF1 hastalarının farklı fenotipler göstermesinde rol oynayabileceğini göstermektedir. Mitokondriler, kendine özgü sinyal yolaklarının varlığı ve hücrenin enerji üretim merkezi olmaları nedeniyle önemli organellerdir. Son yıllarda mitokondrilerle yapılan çalışmalar büyük oranda artmıştır. Mitokondrilerin, atasal bir anaerobik ökaryotik hücre tarafından hücre içine alınan bir bakteriden köken aldığı bilinmektedir, karşılaştırmalı analizler ile mitokondriyel fizyolojik süreçler ve bakterilerin olası katılımı gözden geçirilmektedir. Küçük kodlanmayan RNA'lardan olan miRNA'lar, gen ifadesinin post transkripsiyonel düzenleyicileri olarak fonksiyon gösteren RNA'lardır. Son zamanlarda, mitokondriyel miRNA'ların (mitomiR), mitokondriyel genomun translasyonel aktivitesini modüle ettiği ve mitokondriyel protein ifadesini ve fonksiyonunu düzenlediği gösterilmiştir. Mitokondrinin gelişim için gerekli olduğu doğrulanmış olsada, mitomiR'lerin enerji metabolizması, oksidatif stres, inflamasyon ve apoptoz dâhil önemli biyolojik süreçlerin düzenlenmesindeki rolleri daha yeni anlaşılmaya başlamıştır. Bu tez çalışmasında, NF1 hastalarından elde edilen kütanöz ve pleksiform nörofibrom tümör dokularındaki mitomiR'lerin ifadelerinin kontrol dokuya (CALM) göre değerlendirilmesi amaçlandı. Bunun için taze dondurulmuş 11 doku seçildi (Bir kontrol (CALM), beş kütanöz nörofibrom ve beş pleksiform nörofibrom tümör dokusu) ve bu dokularda seçilen 11 mitomiR'in ifadesi kantitatif gerçek zamanlı PZR (kRT-PZR) yöntemi ile değerlendirildi. Yapılan analiz sonucunda seçilen mitomiR'lerde anlamlı bir ifade artışı görülse de kütanöz ve pleksiform nörofibromlar arasında istatistiksel olarak bir fark görülmedi. Araştırılan mitomiR'lerin sayısının az olması nedeniyle daha geniş kapsamlı araştırmalar yapılması gerektiği öngörüldü.
Nörofibromatozis tip 1 tümör doku örneklerinde mitokondriyel miRNA verilerinin analizi ve değerlendirilmesi
Nörofibromatozis tip 1 (NF1, von Recklinghausen), toplumda 1/2500 insidansı ile ortaya çıkan bir otozomal dominant hastalık olup ciltte sütlü kahve lekeler (café au lait - CALM), çillenmeler, nörofibrom olarak isimlendirilen farklı boyutlarda iyi huylu tümörler ve malin periferik sinir kılıfı tümörleri (MPNST) gibi belirtiler verir. Bunun yanı sıra omurilikte, kafa sinirlerinde, beyinde tümörler gelişebilmekte ve omurga eğriliği gibi kemik şeklinde bozukluklar meydana gelebilmektedir. NF1 hastalarında saptanan mutasyonlar ile hastalığın fenotipi arasında bir ilişki mevcut değildir. Klinik çok değişkenlik gösterir. Hatta aynı aile içinde bile aynı mutasyonu gösteren bireylerin farklı klinik tablo gösterdiği de bilinen bir durumdur. Bu klinik değişkenliğin ortaya çıkmasındaki görüşlerden biri NF1 geni üzerindeki modifiye edici faktörlerin varlığıdır. Bu aday modifiye edici faktörlerden bir tanesi mikroRNA'lardır (miRNA). Ayrıca son yıllarda yapılan çalışmalar mitokondrilerin fonksiyonundaki değişikliklerin de bir modifiye edici faktör olarak NF1 hastalarının farklı fenotipler göstermesinde rol oynayabileceğini göstermektedir. Mitokondriler, kendine özgü sinyal yolaklarının varlığı ve hücrenin enerji üretim merkezi olmaları nedeniyle önemli organellerdir. Son yıllarda mitokondrilerle yapılan çalışmalar büyük oranda artmıştır. Mitokondrilerin, atasal bir anaerobik ökaryotik hücre tarafından hücre içine alınan bir bakteriden köken aldığı bilinmektedir, karşılaştırmalı analizler ile mitokondriyel fizyolojik süreçler ve bakterilerin olası katılımı gözden geçirilmektedir. Küçük kodlanmayan RNA'lardan olan miRNA'lar, gen ifadesinin post transkripsiyonel düzenleyicileri olarak fonksiyon gösteren RNA'lardır. Son zamanlarda, mitokondriyel miRNA'ların (mitomiR), mitokondriyel genomun translasyonel aktivitesini modüle ettiği ve mitokondriyel protein ifadesini ve fonksiyonunu düzenlediği gösterilmiştir. Mitokondrinin gelişim için gerekli olduğu doğrulanmış olsada, mitomiR'lerin enerji metabolizması, oksidatif stres, inflamasyon ve apoptoz dâhil önemli biyolojik süreçlerin düzenlenmesindeki rolleri daha yeni anlaşılmaya başlamıştır. Bu tez çalışmasında, NF1 hastalarından elde edilen kütanöz ve pleksiform nörofibrom tümör dokularındaki mitomiR'lerin ifadelerinin kontrol dokuya (CALM) göre değerlendirilmesi amaçlandı. Bunun için taze dondurulmuş 11 doku seçildi (Bir kontrol (CALM), beş kütanöz nörofibrom ve beş pleksiform nörofibrom tümör dokusu) ve bu dokularda seçilen 11 mitomiR'in ifadesi kantitatif gerçek zamanlı PZR (kRT-PZR) yöntemi ile değerlendirildi. Yapılan analiz sonucunda seçilen mitomiR'lerde anlamlı bir ifade artışı görülse de kütanöz ve pleksiform nörofibromlar arasında istatistiksel olarak bir fark görülmedi. Araştırılan mitomiR'lerin sayısının az olması nedeniyle daha geniş kapsamlı araştırmalar yapılması gerektiği öngörüldü.