Morita-baylis-hillman aktivitesi için proteinlerin hesapsal taranması

Morita-Baylis-Hillman (MBH) reaksiyonu α,β-doymamış karbonil bileşeni ve bir aldehit, aktive edilmiş keton ya da diğer karbon elektrofilleriyle bir nükleofilik katalist varlığında meydana gelen çok yönlü bir C-C bağlanma reaksiyonudur. MBH ürünleri geniş çeşitlilikte biyolojik aktivite gösteren yoğun biçimde fonksiyonel hale getirilmiş moleküllerdir. Ancak, en etkili organokatalistlerin bile kullanımında reaksiyon hızı, ilaç kullanımına ait bir hammaddenin üretimi söz konusu olduğunda oldukça yavaştır. Bu projenin amacı, MBH reaksiyonunu katalize eden, üç boyutlu dizilimlerinde gerekli katalitik mekanizmayı barındıran doğal proteinleri hesapsal olarak araştırmaktır. Çeşitli katalitik atom haritalarını (KAM) oluşturmak için iki ana teozim modeli şablon olarak kullanıldı ve daha sonra bunlar protein data bankasını taramak için kullanıldı. En fazla katalitik potansiyel gösteren protein eşleşmeleri (2BDB, 2NW6, 1FFE), moleküler dinamik simülasyonlarında (MD) kullanıldı ve katalitik kontaktlar dinamik çözeltili bir ortamda değerlendirildi. MD simülasyonları, 2BDB'nin potansiyel olarak aktif bölge yeniden tasarlamasıyla hızı arttırılabilecek MBH substratlarına yönelik katalitik aktivite sahibi olduğunu gösterdi.