HERC5 hect alaninin yapisal kararliliğinin ve oligomerik durumunun SAXS ile çözülmesi

ISG15, interferonla uyarılan gen 15, tip I interferon (IFN) tarafından indüklenen ubikitin benzeri bir proteindir. ISG15'in hücre içindeki işlevleri ve etkileşimleri iki ubikitin benzeri alan tarafından belirlenir. Ubikitine benzer şekilde ISG15, ISGilasyon olarak bilinen E1-E2-E3 enzim kompleksinin etkisiyle hücresel proteinlere bağlanır. HERC5 (E3 Ubiquitin Protein Ligaz 5 İçeren HECT ve RLD Alanı) , ISG15'in konjugasyonunda kritik bir rol oynayan ve viral replikasyonu inhibe ederek antiviral yanıtı artıran bir E3 ubikitin ligazdır. HECT (E6-AP Karboksil Sonuna Homolog) alanı, HERC5'in 944. pozisyonda sisteinin katalitik bağlanması yoluyla konjugasyon sürecini katalize eden alanlarından biridir. Başlangıç bölgesi ve HECT bölgesinin uzunluğu konusunda bir fikir birliği yoktur. Bazı araştırmacılar bu bölgeye ek bir N-terminal alfa heliks yapısının dahil edilmesini önermişlerdir. Bölüm 2'de, HERC5 HECT alanının sınırlarının kararlılığı etkileyen faktörleri araştırmak için farklı ifade plazmidleri (pQE-60, pET42), füzyon etiketleri (SUMO,GST), ifade konakçıları (pQE-60 ve pET42 için E. coli Rosetta 2 suşu ve pQE-60 için Gami suşu), bir dizi sıcaklık (30°C, 25°C, 21°C ve 16°C) ve değişen IPTG konsantrasyonları (0,2 μM ve 0,04 μM) kullanılarak üretilmiş ve saflaştırılmıştır. Proteinler, Ni-NTA reçineli yerçekimi akışlı kolon olan afinite kromatografisi ile saflaştırılmıştır. Tüm örnekler %15'lik jellerle sodium dodesil sülfat poliakrilamid jel elektroforezi ile analiz edilmiştir. HERC5'in HECT alanına özgü oligomerizasyon kapasitesi tam olarak açıklığa kavuşturulmamıştır. Bölüm 3'te, HERC5 HECT afinite kromatografisi ve boyut dışlama kromatografisi (SEC) saflaştırılmış, ardından çözeltideki moleküler organizasyonu ve oligomeric durumu, küçük açılı X-ışını saçılma (SAXS) ile karakterize edilmiştir. Sürdürülebilir enerji üretimi ve çevre korumanın yaygınlaşmasıyla birlikte, metal içermeyen fotokatalizörlerin kullanımı birçok kimyasal dönüşümde giderek daha önemli hale gelmiştir. Grafit karbon nitrür (g-CN), 2,7 eV civarında bant aralığına sahip, metal içermeyen, kimyasal ve fiziksel kararlılığa sahip bir yarı iletken fotokatalizördür. Tüm bu özelliklerinin yanı sıra, g-CN'nin hızlı yük foto-indüklenmiş taşıyıcı rekombinasyonu, zayıf görünür ışık absorbsiyonu gibi bazı eksiklikleri vardır. Bunu ele almak için, kusur mühendisliği kullanılarak elde edilen azot boşlukları modifiye edilmiş grafitik karbon nitrür (Nk-gCN) sentezi ortaya çıkmıştır. Bölüm 4'te, g-CN ve Nk g-CN'nin morfolojik, yapısal ve optik özellikleri X-Işını Kırınımı (XRD), Geçirimli Elektron Mikroskobu (TEM), Yüksek Açılı Açısal Karanlık Alan (HAADF)-Taramalı Tem, Element haritalama, X-ışını Fotoelektron Spektroskopisi (XPS), UV-Vis-NIR Dağınık Yansıma Spektroskopisi (DRS) ve Fotolüminesans (PL) ile karakterize edilmiş ve karşılaştırılmıştır. Benzil alkolün benzaldehite seçici oksidasyonu gCN ve Nv-gCN fotokatalizörü kullanılarak başarıyla gerçekleştirilmiştir. GC-MS (Gaz Kromatografisi- Kütle Spektroskopisi) ile yapılan kalitatif analiz kullanılarak oksidasyon reaksiyonları için gCN ve N-vacancy g-CN'nin verimliliğini ve seçiciliğini karşılaştırmıştır.