Üçlü negatif meme kanserinde tedavi direncini kırabilecek epigenetik faktörlerin belirlenmesi

Üçlü Negatif Meme Kanseri (TNBC), meme kanseri alt türleri arasındaki en agresif, metastatik ve kötü prognozlu meme kanseri türüdür. Hormon reseptörleri (HR) ve Her2 ifadesinin olmaması nedeniyle, TNBC'de hedefe yönelik tedaviler uygulanamamakta ve kemoterapi ana ve tek tedavi yöntemi olarak devam etmektedir. Bununla birlikte, hastaların büyük bir çoğunluğu kemoterapiye karşı direnç kazanmakta ve tedaviye dirençli tümörler nüksetmektedir. Kemoterapi direnci, genellikle genetik ve epigenetik olayların bir bütün olarak çalışmasıyla oluşmaktadır. Bu çalışmada, epigenetik faktörlerin rollerinin hem kemoterapiye duyarlı hem de dirençli TNBC hücre hatlarında aydınlatılması amaçlanmıştır. Bunun için tüm epigenetik yazıcıları, okuyucuları, silicileri, kromatin yeniden şekillendiricilerini ve epigenetik komplekslerin yapısal alt birimlerini hedefleyen epigenom çapında bir CRISPR knockout kütüphanesi (EPIKOL) oluşturulmuştur. Öncelikle, tedaviye duyarlı TNBC hücre dizilerinde yapılan taramalar sonucunda, NSL kompleks üyelerinin (KANSL2, KANSL3 ve KAT8) ve SS18L2'nin TNBC hücre büyümesi üzerinde etkili olduğunu bulunmuştur. Ayrıca, MDA-MB-231 hücre hattında EPIKOL ile yapılan in vivo taramada da, SS18L2, tümör büyümesini düzenleyen bir epigenetic faktör olarak belirlenmiştir. Bu tez kapsamında, kemoterapi direncini in vitro ortamda modellemek amacıyla, 3 farklı TNBC hücre hattını bir antrasiklin (doxorubicin) veya bir taksanın (paclitaxel, taxol) artan dozlarına maruz bırakılarak kemoterapi dirençli hücreler geliştirilmiştir. SUM159PT taxol'e dirençli hücrelerde ABCB1 ifade seviyelerinin arttığı ve çoklu ilaç direnci fenotipi gösterdikleri belirlenmiştir. Taxol'e dirençli SUM159PT hücrelerinden birinde yapılan EPIKOL ve epigenetik probe kütüphanesi taramaları sonucunda bromodomain'e sahip bir okuyucu olan BRPF1'in taxol direncini kırdığı tespit edilmiştir. BRPF1'in ilaçlarla inhibisyonu veya CRISPR yöntemiyle susturulması üzerine yapılan transkriptom analizi, BRPF1 aktivite kaybının ribozom biyogenezi için gerekli genlerde ve ABCB1 ifadesinde önemli bir azalmaya sebep olduğunu ortaya çıkarmıştır. Ek olarak, ChIP deneyi sonucunda, BRPF1'in ABCB1 promotörüne bağlandığı ve bu sayede ABCB1 ifadesini arttırarak ilaç direncini koruyor olabileceği tespit edilmiştir. Sonuç olarak bu bulgular, TNBC hücre canlılığını ve kemoterapi direncini kıracak epigenetik tabanlı kombinasyon tedavilerinin geliştirilmesine katkıda bulunmaktadır.