Identification of the cherry fly microbiome and determination of potential microbial control agents

Kiraz, dünyanın her yerinde yetişen tatlı ve besleyici bir meyvedir. Türkiye, dünya kiraz üretiminde ve ihracatında önemli bir yere sahiptir. Ancak birçok faktör kiraz üretiminde verim ve kaliteyi olumsuz etkilemektedir. Kiraz meyve sineği (Rhagoletis cerasi) dünyanın hemen her yerinde olduğu gibi Türkiye'de de kiraz üretimine ve kalitesine büyük zarar veren ciddi bir zararlıdır. Bu zararlı ile mücadelede kültürel önlemler ve amonyum tuzu içeren yapışkan tuzakların kullanımının yanı sıra kimyasallar da tercih edilmektedir. Ancak kimyasalların hedef dışı organizmalara zarar vermesi, meyvelerde kimyasal kalıntı oluşturması, zararlı böceklerin kimyasallara karşı direnç kazanması ve organik kiraz üretimi açısından sorun teşkil etmesi kimyasalların yeniden gözden geçirilmesine neden olmuştur. Biyolojik kontrol ajanları, böcek zararlılarının kontrolü için ideal bir alternatiftir. Biyolojik pestisitler arasında entomopatojenik organizmaların (bakteriler, mantarlar, nematodlar, virüsler ve protozoanlar) yeri şüphesiz en önemlisidir. Bu çalışma, kirazlarda bu zararlının neden olduğu zararın ortadan kaldırılması veya azaltılması için kiraz meyve sineğinin mikrobiyomunu aydınlatmayı amaçlamaktadır. Bu amaç doğrultusunda, belirli istasyonlardan 317 kiraz sineği toplanmış, böceğin larva ve erginlerinden total RNA ekstrakte edilmiş ve kiraz sineğinin mikrobiyomunun tespiti için yüksek verimli dizileme (HTS) teknolojisi ve biyoinformatik araçlar kullanılmıştır. Veri analizi, kiraz meyve sineklerinde en bol bulunan entomopatojenlerin bakteriyel entomopatojen olarak Pseudomonas fluorescens, Serratia entomophila, Serratia proteamaculans, Enterococcus gallinarum, Lysinibacillus sphaericus ve Pseudomonas aeruginosa ve aynı zamanda daha az bolluğa sahip diğer potansiyel viral ve fungal entomopatojenlerin olduğunu göstermiştir. Kiraz meyve sineği mikrobiyomunun kommensal, simbiyotik veya entomopatojen mikroorganizmalar açısından sınıflandırılması literatürdeki bilgilerle karşılaştırılarak yapılmıştır.