Theoretical and experimental investigation of binding of small molecular weight drugs to proteins

Bu çalışmada, küçük molekül ağırlıklı ilaçların proteinler ile etkileşimleri incelenmiştir. İlk olarak, bu etkileşimin bağlanma sabitleri teorik olarak simülasyon programıyla hesaplanmıştır. Sonrasında, ilgili bağlanma sabitleri Yüzey Plazmon Rezonansı (YPR) tekniği yardımıyla deneysel olarak belirlenmiştir. Hesaplanan teorik bağlanma sabitleri, KD, ile YPR'den alınan deneysel veriler karşılaştırılmıştır. Bu tez çalışmasında, kristal yapısı bilinen Escherichia coli (E. coli) DNA photolyase enzimi, model protein olarak kullanılmıştır. İlgili protein ve sekiz ilacın etkileşimleri, hem teorik olarak hem de deneysel olarak incelenmelerinin sonunda, iki teknikle de elde edilen verilerin benzer olduğu görülmüştür. Bu çalışmada uygulanan tekniklerin, ilaçların henüz bilinmeyen yan etkilerinin ortaya çıkartılmasında önemli olabileceği gösterilmiştir.