Mixed-integer optimization approach for fragment-based design of drug candidates

Ila c tasar m i cin bilgisayar metotlar n n geli stirilmesi, son yirmi y ld r en cok cal s lan alanlardan biri olmu stur. Bu cal smalardaki as l ama c, bilinen ila clardaki topoloji ve etkile sim enerji de gerleri g oz on unde bulundurularak ba glanma ve kenetlenme enerjileri en d u s uk olacak sekilde yeni ila clar ke sfetmektir. B uy uk molek ullerce olu sturulan k ut uphaneleri kullanmak yerine bilinen ila clar n par calar n kullanarak yeni ila clar dizayn etmek, daha cok kombinasyon olu sumu sa glamaktad r. Bilinen ila clar n par calar kullan larak olu sturulan bu kombinasyonlar ile, var olan molek ullerden daha d u s uk enerjili ila clar n tasarlan lmas m umk und ur. Deneysel metotlar, par ca bazl ila c tasar m n etkili bir sekilde uygulamak ad na d u s uk molek uler a g rl kl molek ullerin hedef proteine ba glanmalar n test etmek i cin binlerce ur un taramaktad rlar. Par ca bazl ila c tasar m nda ba sar l sonu clar ise sadece bilgisayar metotlar n n yenilik ci NMR deneyleri ve X-Ray kristalogra si ile etkile simi durumunda elde edilmektedir.Varolan bir cok bilgisayar tekni gi, hangi par can n protein y uzeyine etkili bir sekilde ba glanaca g n d uzg un olarak tahmin edememektedir. Bu cal smada, ila c tasar m nda o grenme ve dizayn basamaklar ndan olu san bilgisayarl bir y ontem geli stirilmi stir. _Ilk olarak, yap s bilinen molek ullerin kenetlenme ve ba glanma enerjileri kullan larak, yap lardaki par calara enerji de gerlerine katk lar na g ore ayr ayr a g rl k katsay lar belirleyen bir o grenme algoritmas uygulan r. Daha sonra dizayn k sm na ge cilir ve ilk ad mda elde edilen a g rl k katsay lar kullan larak en d u s uk kenetlenme ve ba glanma enerjilerini veren par calar kullan larak tamamen yeni ila c tasar mlar yap l r.