Automation of PRISM algorithm for prediction of protein-protein interactions

Çok sayıda protein arasındaki etkileşimler biyolojik ağların yapıtaşlarını oluşturur. Bir hücrenin fonksiyonunu anlamak için, hücre içinde gerçekleşen biyolojik süreçleri incelemek gerekir. Hücredeki birçok biyolojik süreç de biyolojik ağlara bağlıdır. Bu yüzden biyoloji alanındaki araştırmacılar her zaman bu ağlara ve etkileşimlere önem vermiştir. Proteinler arasındaki etkileşimleri öngören birçok deneysel yöntem mevcuttur. Ayrıca özellikle son yıllarda, bu amaç için birçok hesaplamalı yöntem de geliştirilmiştir. Bu projede, protein etkileşimlerini tahmin etmek için kullanılan bir algoritma bir internet sunucusu aracılığıyla otomatik hale getirilmiştir. PRISM algoritması, bilinen şablon protein arayüzlerine yapısal ve evrimsel benzerlik kullanarak çeşitli proteinler arasındaki etkileşimleri tahmin eder. Bizim yazılımsal sistemimiz, önceden hesaplanmış protein etkileşimlerinden ve bu etkileşimleri hesaplamak için kullanılan şablon ve hedef yapılarından oluşan ilişkisel bir veritabanı oluşturur. Yazılımsal sistem; şablonlar, hedefler ve tahminler olmak üzere üç bölümden oluşur. Veritabanının içeriği uygun PRISM internet sayfası kullanılarak sorgulanabilir. Ayrıca, JMol eklentisi kullanılarak şablon ve hedef yapıların görselleştirilmesi sağlanmıştır. İnternet sunucumuzun bir başka önemli amacı, mevcut protein yapıları ilişkisel veritabanımızda bulunmadığı zaman PRISM algoritmasını en baştan çalıştırmaktır. Bu durumda, algoritmanın adımları sırasıyla uygulanır ve bu adımlar arasındaki elle yapılan bütün işlemler elenmiş olur. PRISM algoritmasının hesaplaması fazla zaman alabilir ve çaba gerektirebilir. Dört katmanlı bir internet veritabanı uygulama mimarisi ve mesaj sıra sistemi kullanılarak birçok hesaplama aynı anda çalışabilir ve kullanıcılar protein yapılarını girmek harici elle yapılan herhangi bir işlem yapmak zorunda kalmazlar. Elle yapılan işlemler elendiği için, kullanıcılar algoritmanın bir sonraki aşamasına geçmek için önceki aşamanın bitmesini beklemek zorunda kalmazlar.