Diyagnostik ve prognostik biyobelirteç belirlemesi için şeffaf hücreli tip renal hücreli karsinomun kantitatif proteomik analizi

Şeffaf hücreli renal hücreli karsinom (clear cell Renal Cell Carcinoma, ccRCC) ürolojik kanserler arasında üçüncü en sık görülen ve aynı zamanda en kötü huylu olanıdır. İleri evre tümörlü hastaların sadece 10% teşhisten 5 sene sonra hayatta kalmaktadır. Erken tespit sayıların artmasına rağmen, hastaların üçte biri teşhis konulduğunda metastaz göstermektedir. Ancak RCC'de, kemoterapi veya radyoterapi gibi geleneksel tedaviler yetersiz kaldığı için, direkt cerrahi yöntem ile tümörün çıkarılması yoluna gidilmektedir. Biyobelirteçler kansere neden olan mekanizmaları tanımlamaya ve tümör heterojenliği sorununu aşmaya yardımcı olabilir, fakat şu anda RCC için klinikte kullanılabilecek evrensel biyobelirteçler bulunmamaktadır. Bu çalışmada, ccRCC tümörleri tespit etmek için (ilk kısım), sınıflandırmak için (ikinci kısım) ve fosforilasyon sinyal yolaklarını anlamak için (üçüncü kısım) kantitatif proteomik analizi uygulanmıştır. Bulgular dört aday proteinin (PLOD2, FERMT3, SPARC ve SIRPα) normal doku ile karşılaştırıldığında tümörde önemli seviyede artmış olduğunu, ve CDK, PAK ve MAPK kinaz gruplarından farklı kinazların tümörde aktif olduğunu göstermektedir. Üstelik, tümör hücre büyümesini ve metastazı destekleyen MAPK ve VEGF fosforilasyon sinyal yolaklarının tümörde artmış olduğu tespit edildi. Ayrıca, ccRCC hastaların heterojen proteom profillerine göre bilişimsel bir yaklaşım ile iki ayrı grupta kümelendirilmesi öngörüldü. Hasta grupların farklı toplam sağkalımı ve farklı kötü huylu yolakların zenginleşmiş olduğu tespit edildi.