Identification of gene targets of transcription factor NeuroD2

Bir organizmanın hayatta kalabilmesi için, etrafını gözlemleyebilmesi ve herhangi bir tehlikeye karşı bir davranış geliştirebilmesi temeldir. Sinir sistemi bilgi toplanması ve kaç ya da savaş cevabını oluşturması için merkezi rol oynamaktadır. Yüksek organizmalarda, beyin bu organizmanın merkezidir. Beynin eşsiz karışıklığının sebebi çok fazla hücre tipinin olması ve bu hücrelerin birbirleri arasındaki iletişimleridir. Bu karışıklık bizim öğrenmemizi, hatırlamamızı ve en basit hareketleri yapmamızı sağlamaktadır. Sinir sisteminin gelişimi, birçok transkripsiyon faktörünün kontrolü altındadır. Bazik sarmal-ilmek-sarmal transkripsiyon faktörleri bunlar içerisindeki en büyüğüdür. Nöron Farklılaştırma faktörü 2 (NeuroD2), bazik sarmal-ilmik-sarmal transkripsiyon faktör ailesine ait nörojenez için anahtar oyuncudur. Transkripsiyon faktörlerinin direkt hedef genlerinin genom kapsamlı belirlenmesi gen yönetme ağının karışıklığına geniş kapsamlı bakış açısı sunmaktadır. Her ne kadar NeuroD2 nörojenez için önemli bir transkripsiyon faktörü olsa da direkt hedef genleri genom bazında çok az bilinmektedir. Kromatin immunopresipitasyonu takiben sekanslama, transkripsiyon faktörlerinin genom bazında belirlenmesi için güçlü bir yöntemdir. Bu çalışmada, doğar doğmaz alınan farelerin beyin serebral kortikal düzlem dokusunda bazik sarmal-ilmik-sarmal transkripsiyon faktörü NeuroD2'nin genom bazında direkt hedef genleri kromatin immunopresipitasyonu takiben yüksek verimli sekanslama ile fizyolojik koşullar altında belirlenmiştir.