6
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Ratlarda deneysel oluşturulmuş kronik stres üzerine carvacrol'un etkisi
Kronik Öngörülemeyen Hafif Stres (CUMS), insanlardaki depresyon etiyolojisine en yakın stres modelidir. Karvakrol (CAR), kekik bitkisinden elde edilen uçucu yağda bulunan bir etken maddedir. Nöroprotektif ve daha birçok faydalı özelliği ile insan ve hayvanlarda sıklıkla araştırılmaktadır. Bu çalışmada, Karvakrol'un CUMS modeli oluşturulmuş sıçanlarda davranışsal, anti-oksidan ve anti-inflamatuar etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Toplam 49 adet Wistar Albino erkek sıçan (250-350 gr) rastgele 7 gruba ayrıldı. Gruplar şu şekildeydi: Stres+DMSO (SDMSO); Stres+Karvakrol (40 mg/kg, SCAR); Stres+Fluoksetin (10 mg/kg, SFLU); Stres+Karvakrol+Fluoksetin (SCARFLU); Kontrol+Karvakrol (CCAR), Kontrol+DMSO (CDMSO); Kontrol+Salin (CSALIN). Stres modeli, orta şiddette ve öngörülemeyen zamanlarda belirli bir takvime göre altı hafta (42 gün) süresince uygulanmıştır. Tedaviler 20. günden itibaren günde bir defa uygulanmıştır. Anksiyete benzeri davranış için açık alan testi (OFT) ve yükseltilmiş artı labirent (EPM), depresyon benzeri davranış için zorunlu yüzme testi (FST), öğrenme ve hafıza için Barnes Maze testi (BMT) kullanıldı. Ayrıca serum kortizol, tiyol-disülfid homeostazı, total antioksidan seviyesi (TAS), total oksidan seviyesi (TOS), oksidatif stres indeksi (OSI) ve IL1-beta seviyeleri de değerlendirildi. CUMS ile indüklenen sıçanlarda serum kortizol, TOS, OSI seviyeleri arttı ve öğrenme hafıza bozuklukları tetiklendi. Tersine, CAR ve FLU verilmesi, anormal davranış değişikliklerini ve serum değerlerindeki değişiklikleri engelledi. CAR uygulanan sıçan grupları ile fluoksetin uygulanan sıçan grupları arasında anlamlı bir fark gözlenmedi. CAR ve FLU birlikte uygulanmaları, ayrı ayrı uygulanmalarına göre daha az etkiliydi. Elde edilen veriler, CAR'ın kronik stres üzerine terapötik potansiyelinin fluoksetininkiyle karşılaştırılabilir olduğu ve gelecekte yapılacak ilaç çalışmaları için CAR'ın potansiyel bir aday olduğunu düşündürmektedir.
Alzheimer hastalığı patofizyolojisinde Toxoplasma gondii enfeksiyonunun rolünün araştırılması
Alzheimer Hastalığı (AH) etiyolojisi ve patogenezi tam olarak anlaşılamamış, tüm dünyada gittikçe artan en yaygın demans türüdür. Toxoplasma gondii (T. gondii) ise tüm dünyada insan ve hayvanlarda yaygın olarak görülen, beyin dahil tüm organları enfekte edebilen zoonoz bir hastalıktır. Bu çalışma; T. gondii ile enfekte dişi ratların yavrularında AH riskini araştırmak amacıyla yapılmıştır. Çalışmada 2-4 aylık Wistar Albino cinsi dişi ratlar kullanılmıştır. Hayvanlar yedişerli beş gruba ayrılmıştır. Bu hayvanların bazı grupları Aβ1-42 çözeltisi 4µg/1µL/taraf bilateral intrahipokampal ve T. gondii RH suşu 1.5x 10⁶ parazit inokulum hazırlanarak intraperitoneal olarak enfeksiyon oluşturulmuş sonrasında sağlıklı erkek ratlar ile çiftleştirilmiştir. Her anne grubundan rastlantısal olarak 8 er yavru seçilmiştir. Tüm çalışma gruplarına Barnes maze davranış testi uygulanmıştır. Tüm hayvanların beyin dokularındaki Aβ kümelerinin varlığı ile ayırıcı tanısı Congo Red boyama yöntemleri ile incelenmiştir. Tüm sonuçlar SPSS aracılığıyla istatistiki olarak değerlendirilmiştir. Annelerin yuvayı bulma süreleri median(IQR) Kontrol 5,35(3,37-6,15)sn., Alzheimer 29,25(16,0-43,4)sn., T. gondii 34,80(21,6-57,0)sn., T. gondii1+Alzheimer2 19,65(14,2-41,6)sn., Alzheimer1+T. gondii2 6,40(3,35-9,8)sn. ölçüldü. Kontrol ile Alzheimer, T. gondii ve T. gondii1+Alzheimer2 grupları arasında istatistiksel anlamlı fark saptandı. Yavruların yuvayı bulma süresi median(IQR) kontrol 5,75(3,55-9,02)sn, Alzheimer 32,70(21,0-40,0)sn., T. gondii 60(16,3-60)sn., T. gondii1+Alzheimer2 50,10(33-60)sn, Alzheimer1+T. gondii2 6,10(3,3-10,07)sn. bulundu. Kontrol ile Alzheimer, T.gondii ve T. gondii1+Alzheimer2 gruplarının bulma sürelerinde istatistiksel anlamlı fark bulunurken, Alzheimer1+T.gondii2 grubuyla fark bulunmadı. Aβ42 uygulanan annelerin yavrularının beyinlerinde %23,8 congo redle Aβ plakları görüldü. AH modeli sonrası T.gondii enfeksiyonu AH' na karşı öğrenme ve hafıza bozukluğunda dirence sebep olabilir. ANAHTAR KELİMELER: Toxoplasma gondii, Alzheimer Hastalığı, Rat, Davranış Testi, Congo Red Boyama
Sıçanlarda yüksek voltaj kesikli galvanik stimülasyonun ve transkütan elektriksel sinir stimülasyonunun (TENS) epileptik nöbete yatkınlığa etkisinin ecog ile değerlendirilmesi
Nöbet, epilepsi haricinde serebral palsi (SP) gibi birçok hastalıkta görülebilmektedir. İlaç tedavilerinin yan etkilere sahip olması gibi elektroterapi yöntemlerinin de epileptik nöbete sebep olabildiği bazı çalışmalarda gösterilmektedir. Elektroterapi yöntemlerinden transkütan elektriksel sinir stimülasyonu (TENS) ve yüksek voltaj kesikli galvanik stimülasyonu (YVKGS) SP'li hastalarda kullanılmaktadır. Bu çalışmanın amacı, penisilin-G ile epileptik nöbet oluşturulan ratlarda, TENS ve YVGKS yöntemlerinin elektrofizyolojik etkilerinin incelenmesidir. Bu çalışmada 40 adet erkek sıçan rastgele 5 gruba ayrıldı: kontrol (saline+TENS), kontrol (salin+YVGKS), epilepsi akut modeli (Penisilin-G, 500 IU/ 2,5 μl, intrakortikal), Model+TENS ve Model+YVGKS. Kontrol gruplarında tedaviler (20 dk) uygulandıktan sonra elektrokortikografi (ECoG) kaydı alındı. Model oluşturulan gruplarda ürethan anestezisi uyguladıktan sonra ECoG kaydı başlatıldı. İlk 5 dk bazal aktivite kaydedildikten sonra penisilin uygulaması yapıldı ve üç saat boyunca kayıt devam etti. Model+tedavi gruplarında önce TENS veya YVKGS uygulamaları yapıldı, ardından model oluşturuldu ve ECoG kaydı alındı. Çalışma bulguları, TENS yönteminin diken dalga frekansını azalttığını, YVKGS'nin ise değiştirmediğini gösterdi. Diken dalga genliklerinde gruplar arasında anlamlı fark gözlenmedi. Sonuç olarak, TENS uygulamasının YVKGS'ye göre epileptik nöbetler üzerine daha etkili olduğu gözlemlendi. TENS ve YVKGS'nin nöbetleri negatif yönde etkilememesi, nöbet gözlenebilen diğer hastalıkların tedavilerinde kullanılabileceklerini göstermektedir.
Ratlarda maksiller ekspansiyonun epilepsi patofizyolojisine etkisi
Çalışmamızda maksiller ekspansiyon (ME) ile nazal kavite hacimleri artırılarak oksijenasyon sağlanan ratlarda penisilinle oluşturulan akut epilepsi modelinde; elektrokortikografi (ECoG) kayıtları ve serum örneklerinden elde edilen TAS (Total Antioksidan Seviye), TOS (Total Oksidan Seviye), OSİ (Oksidan Seviye İndeksi), İMA (İskemi Modifiye Albümin) düzeylerini karşılaştırarak ME'nin epilepsi patofizyolojisine etkisini araştırmayı amaçladık. 20-21°C'de, nisbi nemi %55-60 oranında olan, 12 saat karanlık-12 saat aydınlık ortamda adlibitum besleme yapılan 36 adet her biri 200-250 gr ağırlığında 8-10 haftalık Wistar Albino cinsi erkek sıçandan, her grup 9 hayvan olacak şekilde 4 grup (Kontrol, Epilepsi, ME, ME+Epilepsi) oluşturduk. Deneyin ilk günü iki gruba ksilazin/ketamin genel anestezisi altında ME apareyi uyguladık. 17. günü tüm grupların üretan anestezisi altında bazal kayıtlarının alınmasının ardından Epilepsi ile ME+Epilepsi grubuna intrakortikal penisilin, diğer iki gruba serum fizyolojik (SF) enjeksiyonu yaparak 180 dakika ECoG kayıtları aldık, intrakardiyak punksiyon yöntemiyle sakrafiye ettik. Elde edilen serumlardan TAS, TOS, İMA değerlerine baktık. ECoG kayıtlarının analizi için "LabChart8, ADInstrumentsPtyLtd, CastleHill, NSW, Avustralya" yazılım programı, İstatistiksel analizler için "IBM Statistical Package for Social Sciences (SPSS) versiyon 16" paket programı kullandık. ME+Epilepsi grubunda ortalama latans değeri Epilepsi grubundan daha yüksek bulunurken ilk 50 dakika ve son 40 dakika diken dalga sayılarının, ayrıca ilk 120 dakika diken dalga genliklerinin düştüğünü gördük. TAS, TOS, İMA değerlerinde gruplar arası istatistiksel anlamlı fark olmamakla beraber OSİ değerini Epilepsi grubunda Kontrol ve ME gruplarına kıyasla daha düşük bulduk. Sonuç olarak ME'nin penisilinle indüklenen akut epilepsi modelinde, epileptik nöbet eşiğini yükselttiğini, nöbet sıklığını ve nöbet şiddetini azalttığını tespit ettik.
Akut ve kronik inflamatuar demiyelinizan polinöropatilerde bazı nöroinflamatuar biyomarkerların karşılaştırılması
Sunulan çalışmada, BAİBÜ Eğitim ve Araştırma Hastanesi Nöroloji kliniğine başvurmuş ve akut veya kronik inflamatuar demiyelinizan polinöropati (AİDP veya KİDP) tanısı almış hastaların beyin omurilik sıvısı (BOS) örneklerinden nöronal inflamasyonla ilişkilendirilen bazı biyomarkerların (nörofilament hafif zincir [NfL], nörofilament ağır zincir [NfH], sfingomiyelin [SM], glial fibriler asidik protein [GFAP], beyin türevli nörotrofik faktör [BDNF]) oranı saptanarak, bu oranların çeşitli demografik faktörler, kan değerleri ve elektrofizyolojik (EMG) verilerle ilişkisini araştırmak amaçlanmıştır. BAİBÜ Eğitim ve Araştırma Hastanesi Nöroloji polikliniğine Aralık 2023-Ekim 2024 tarihleri arasında başvuran ve tanı amaçlı lomber ponksiyon (LP) yapılarak BOS alınan hastaların dosyaları geriye dönük incelenerek 20 AİDP, 18 KİDP ve sağlıksız kontrol grubu olarak 15 Psödötümör serebri (PTS) hastasının örnekleri ve verileri çalışmaya dahil edilmiştir. AİDP grubuna ait BOS NfL, NfH, GFAP, SM ve BDNF düzeyleri PTS grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı derecede yüksek çıktı (p<0,05). KİDP grubuna ait BOS NfL, GFAP ve SM düzeyleri PTS grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı derecede yüksek çıktı (p<0,05). KİDP grubunda BOS NfH ve BDNF düzeyleri ile kontrol grubu arasında anlamlı bir fark yoktu. AİDP grubunun BOS NfH ve BDNF düzeyleri KİDP grubuna göre anlamlı derecede yüksek çıktı (p<0,05). Bu sonuçlardan yola çıkarak AİDP ve KİDP hastalarında; ikincil proksimal aksonal hasara bağlı olarak BOS'ta NfL, NfH ve GFAP seviyelerinin yükseldiğini, SM'nin miyelin yıkımı ve yeniden yapılanmasının bir göstergesi olabileceğini ve BDNF'in remiyelinizasyonu iyileştirmeye yönelik telafi edici etkisini desteklediğimizi söyleyebiliriz. Sonuç olarak AİDP ve KİDP hastalıklarının erken teşhis ve ayırıcı tanısında bu beş biyomarkerın umut vadeden hedefler olabileceği önerilmektedir.
Tp53, östrojen sinyal yolaği, ve 14q32.31 miRNA grubu'nun CHRNA5 deplesyon ifade profili üzerine etkilerinin belirlenmesi ve syneRgy uygulamasının geliştirilmesi
Cholinergic receptor subunit alpha 5 (CHRNA5) is a ligand-gated ion channel expressed in not only the nervous system but also other tissues. Differential expression and the polymorphisms of CHRNA5 have been associated with addiction, particularly nicotine and various cancer types. The tumor-suppressive properties of CHRNA5 depletion, i.e., decrease in cell proliferation, induction of DNA damage response, and drug sensitivity, have been identified in breast cancer cell lines. This thesis focuses on identifying critical factors modulating or modulated by the knock-down of CHRNA5 in breast cancer cell lines using both wet-lab and bioinformatics approaches. Here I have first found the significant correlation between CHRNA5 and DNA damage response in breast cancer tumor datasets. Moreover, I discovered that the introduction of siTP53 antagonized the actions of siCHRNA5 and reverted the siCHRNA5-mediated cell cycle inhibition and drug sensitivity in the MCF7 breast cancer cell line. Furthermore, siCHRNA5 was found to inhibit the secondary signaling of estrogen/ESR1 in time and dosage-dependent manners. CHRNA5 depletion also downregulated the conserved 14q32.31 miRNA cluster expression. Among those miRNAs, miR495-3p appeared to be the most prominent candidate, exhibiting a similar expression profile with selective estrogen degraders and partially with siCHRNA5. However, the inhibitory effect of the combinatorial treatment with siCHRNA5 and miR495-3p on the secondary targets of estrogen signaling indicated that siCHRNA5 and miR495-3p might target converging pathways, evidenced by the antagonism (rather than addictiveness) between them. In addition, the Shiny-based syneRgy app was developed to analyze the transcriptome-based synergy between treatments and/or genetic modifications. As a case study, syneRgy analysis using novel MDM2 inhibitor and/or temozolomide treated neuroblastoma cell lines revealed that although the tumor-suppressor effect of combination therapy was more than each individual treatment, it was less than additive. syneRgy was applied to understand the combinatorial treatment of siCHRNA5 with siTP53 as well as siCHRNA5 with miR495-3p mimic and enhanced our understanding of the TFs that might have a role in the crosstalk. To our knowledge, syneRgy is the first-ever online tool to perform statistical synergy analysis using RNAseq count or logFC transcriptomic data and synreg, i.e. our novel methodology allowing for statistical tests of TF target enrichment using regression models.