15
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Hepatoselüler kanser nedeniyle karaciğer nakli yapılan hastaların tümör dokularında kanser kök hücre yüzey belirteçlerinin araştırılması ve bu belirteçlerin prognoza etkisinin değerlendirilmesi
Hepatoselüler kanser (HSK) dünya çapında ölüme neden olan en sık kanserlerdendir. Günümüzde en etkin tedavi seçenekleri, tümörsüz cerrahi sınır elde edecek şekilde karaciğer rezeksiyonu ya da seçilmiş olgularda karaciğer naklidir. Ancak bu tedavilere rağmen HSK rekürrensi sıktır. Güncel çalışmalar HSK rekürrensinde kanser kök hücrelerinin (KKH) sorumlu olabileceğini göstermektedir. Rekürrensten sorumlu olduğu düşünülen HSK kök hücre yüzey belirteçlerinin hedef alınması temelli tedavilerin, rekürrensi önleyebileceği öngörülmektedir. Bu çalışmada kliniğimizde HSK nedeniyle karaciğer nakli uygulanan hastalar incelendi. Çalışmaya uygun olan olguların patolojik preparatlarında, immünohistokimyasal yöntem ile HSK kök hücre yüzey belirteçlerinden CD44, CD47, CD90, CD13 ve EpCAM varlığı değerlendirildi. Bu belirteçlerin varlığı ile hastalık nüksü ve mortalite arasındaki ilişki araştırıldı. Anahtar sözcükler: Hepatoselüler kanser, kanser kök hücre, immünohistokimya, hedef tedavi
SMAC mimetiklerinin nöroblastom hücreleri üzerinde apoptotik ve nekropitotik ölüm mekanizmalarına etkisi
SMAC proteinleri, hücre içerisindeki inhibitör apoptoz proteinlerine bağlanır ve onları ubikutinleyerek parçalanmasını sağlar veya direkt onları bloklarlar. Bu sayede hücre ölüm yanıtının başlatılmasına katkıda bulunurlar. SMAC mimetikleri, SMAC proteinlerinin 3 boyutlu yapısını taklit ederek geliştirilen kimyasal ajanlardır. Birçok farklı hematolojik veya solid kanser hücre hatlarında SMAC mimetiklerinin hücre ölümünü ve kemoterapi etkinliğini arttırdığı gösterilmiştir. Nöroblastom çocukluk çağının en sık görülen solid tümörüdür. Hastaların sağ kalım oranları farklılık göstermekle birlikte özellikle yüksek risk grubu hastaların sağ kalımları halen yüzde ellinin altındadır. Yüksek riskli hastalar için daha iyi tedavilerin geliştirilmesine ihtiyaç duyulmaktadır. Yapılan çalışmada SMAC mimetik çeşitlerinden biri olan LCL-161'in nöroblastom tedavisinde aday ajan olup olamayacağının araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmada farklı prognostik fenotipleri yansıtan iki insan nöroblastom hücre hattı kullanılmıştır: MYCN- pozitif KELLY ve MYCN-negatif SH-SY5Y. LCL-161'in mono veya kombine ajan olarak Etoposid ve Cisplatin ilaçları ile hücre canlılığı ve apoptotik hücre ölümü üzerindeki etkisi incelenmiştir. KELLY hücrelerinin LCL-161'e ve uygulanan kemoterapi ajanlarına SH-SY5Y hücrelerine göre daha duyarlı olduğu saptanmıştır. Kombine kullanımda LCL-161, bu hücre hatlarında Cisplatin etkinliğini arttırırken Etoposid etkinliğini arttıramamıştır. Çalışmanın devamında, mono olarak LCL-161 uygulamasının total gen ekspresyonu değişimleri üzerindeki etkisi RNA sekanslama yöntemiyle, apoptotik, anti-apoptotik ve nekroptotik gen ekspresyonları üzerindeki etkisi eş-zamanlı kantitatif PCR yöntemleriyle incelenmiştir. RNA sekanslama sonuçlarında, LCL-161 uygulamasının hücrelerde endoplazmik retikulum stresi (ER) ile ilişkili genlerin ekspresyonunda önemli bir artışa yol açtığı gösterilmiştir. ER-stres ilişkili genlerin ekspresyonundaki artış PCR çalışmaları ile de doğrulanmıştır. Bunun haricinde LCL-161 uygulamasına bağlı olarak bazı apoptotik genlerde artış, bazı anti-apoptotik genler de azalış saptanırken, nekroptotik genler de ise herhangi bir değişim izlenmemiştir. Sonuç olarak, yapılan tez çalışmamızda ilk defa hücrelerde LCL-161 yanıtında ER-stres aracılıklı yolakların da yer aldığını ve bunun LCL-161 tarafından indüklenen apoptotik yanıtın regülasyonunda önemli bir rol üstlenebileceğini ortaya koyduk.
Sisplatin ototoksisitesinde gen değişimi düzeyinde yeni biyobelirteç geliştirme
Giriş: Sisplatin (CDDP), çocukluk çağı kanserlerinin tedavisinde kullanılan ve DNA platinizasyonu yoluyla etkili olan kemoterapötik bir ajandır. Bu alkilleyici ajanın en önemli yan etkileri nefrotoksisite, ototoksisite ve nörotoksisitedir. CDDP ototoksisitesi genellikle sensörinöraldir. Bilateral, geri dönüşü olmayan ve ilerleyici işitme kaybına neden olur. CDDP'ye bağlı işitme kaybı, özellikle küçük dil ediniminde, öğrenmede ve psikolojik gelişimde zorluklara neden olur ve çocukların hayatlarının geri kalanını da etkileyeceği düşünülür. Sosyal işlevsellikte azalmaya yol açması nedeniyle özellikle önemlidir. Bu çalışmanın amacı, çocukluk çağı kanserlerinde sisplatin ototoksisitesini önceden öngörmemizi sağlayabilecek olan biyobelirteçlerin araştırılmasıdır. Gereç-Yöntem: Öncelikle; ileri derecede işitme kaybı olan hastalar, aday mutasyon araştırması için karşılaştırmalı genomik hibridizasyon ile analiz edildi. İleri derecede işitme kaybı olan 5 hastada ADAM6, SIX3, GNAS, NDUFV1, H19, DEFA4, ZIM2 genlerinin mutant olduğunu tespit ettik. Bu veriler doğrultusunda sisplatin tedavisi alan daha geniş bir çocukluk çağı kanseri hasta popülasyonunda bu 7 genin mutasyon durumunu tespit etmeyi amaçladık. Rutin kontroller için gelen sisplatin tedavisi alan ya da almakta olan 82 hastanın periferik kanından ayrılan mononükleer hücrelerden DNA izole edildi. Daha sonra 7 gen için RT-PCR analizi yapıldı. Hastalar tanıları, kümülatif sisplatin dozlarıyla birlikte Brock ve Muenster skorlamaları ile ototoksisite açısından değerlendirildi. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 82 hastanın; 44'ü erkek, 38'i kız idi. Hastaların tanısal dağılımı: Nöroblastom %42,7, Santral Sinir Sistemi Tümörü %14,6, Germ Hücreli Tümör %11, Hepatoblastom %11, Nazofaringeal Karsinom %6,1, Osteosarkom %4,9, diğer tümörler %9,7 şeklinde idi. Ortanca kümülatif sisplatin dozu 400 mg/m2 (75-800 mg/m2) olarak hesaplandı. Tüm hastaların %28'inde işitme kaybı vardı. Bu hastaların işitme kaybı oranları ise %76,8'inde hafif işitme kaybı, %23,2'sinde ise ileri derecede işitme kaybı olarak görüldü. Ototoksisite varlığı ile ZIM2 geninin amplifikasyonu arasında korelasyon bulundu (korelasyon katsayısı 0,461, p=0,003). ZIM2 gen amplifikasyonu özellikle ileri derecede işitme kaybı olan hastalarda körele idi (korelasyon katsayısı 0,38, p=0,017). Sonuç: Sisplatin ototoksisitesini öngörmek için yeni biyobelirteçlere ihtiyaç vardır. Çalışmamız ZIM2 genini aday biyobelirteç olarak tanımladı. Anahtar Kelimeler: Nöroblastom, Sisplatin, Ototoksisite, Biyobelirteç
Hepatopankreatobiliyer kanserlerde büyüme faktörlerinin ve dolaşan kanser hücrelerinin prognozla ilişkisi
Hepatopankreatobiliyer kanserlerin prognozu kötüdür ve hastalık yönetiminde kullanılabilecek prognostik belirteçler kısıtlıdır. Bu çalışmada, hepatopankreatobiliyer kanserli hastalarda büyüme faktörlerinin ve dolaşan kanser hücrelerinin (CTCs) prognozla ilişkisinin incelenmesi amaçlandı. Vasküler endotelyal büyüme faktörü (VEGF) ve hepatosit büyüme faktörü (HGF) serum düzeyleri ELISA testiyle ölçüldü. Periferik kandan CTCs izolasyonu için OncoQuick® testiyle yoğunluk gradyanlı santrifüjleme yapıldı. Zenginleştirilmiş örneklere akış sitometri analizi yapıldı. CD45 negatif ve EPCAM pozitif hücreler CTCs olarak tanımlandı. Çalışmaya hepatopankreatobiliyer kanserli 74 hasta alındı. Medyan VEGF ve HGF düzeyleri sırasıyla, 22.26 ng/mL ve 329.79 ng/mL saptandı. Metastatik hastalardaki HGF düzeyi, operabl hastalara kıyasla anlamlı olarak yüksek bulundu (198.58 vs. 467.38, p=0.004). Pankreatobiliyer kanser alt grubundaki 62 hastanın medyan HGF düzeyi 329.1 ng/mL tespit edildi. Yüksek HGF grubunda, düşük HGF grubuna kıyasla, monosit, monosit/lenfosit oranı, C-reaktif protein (CRP) ve CRP/albümin oranının medyan değerleri belirgin şekilde yüksek bulundu (p<0.050). CTCs izolasyon ve tanımlaması yapılan pankreatobiliyer kanserli 21 hastanın medyan CTCs sayısı 15 saptandı. Cerrahi sınırı negatif olan hastaların %23.1'i yüksek CTC grubunda saptanırken, cerrahi sınırı pozitif hastaların %83.3'ü yüksek CTC grubunda tespit edildi (p=0.041). Medyan nötrofil/lenfosit oranı (NLR), düşük CTCs grubuna kıyasla, yüksek CTCs grubunda istatistiksel anlamlılığa yakın bir şekilde daha yüksek saptandı (2.37 vs. 1.41; p= 0.055). Metastaz varlığı ve serum HGF düzeyi arasında anlamlı ilişkinin gösterildiği bu çalışma, HGF/c-MET sinyal yolağının metastaz gelişimindeki önemini ortaya koymakta ve serum HGF düzeyinin hepatopankreatobiliyer kanserli hastalarda prognostik biyobelirteç olabileceğini düşündürmektedir. Pankreatobiliyer kanserli hastaların serum HGF düzeyleri ile sistemik inflamasyon belirteçleri arasındaki ilişki, literatürde ilk kez bu çalışmada tespit edildi. Bu ilişkinin, tümör mikroçevresindeki HGF ile inflamasyon arasındaki ilişkinin periferik kandaki yansıması olduğu düşünülmektedir. CTCs'in cerrahi sınır pozitifliği ile anlamlı ilişkisi olduğu ilk kez bu çalışmada tespit edildi, bu da preoperatif hastalarda periferik kandaki CTC sayısının pozitif cerrahi sınırı öngören bir biyobelirteç olabileceğini düşündürmektedir. CTCs ve NLR arasında anlamlılığa yakın ilişki saptayan bu çalışma, lenfositlerin CTCs klerensindeki olası rolü konusunda literatüre önemli ölçüde katkıda bulunmaktadır.
Hedgehog yolağında yer alan Smo inhibitörlerinin ptch1 inhibitörleri ile kombine kullanımının in vitro hücre proliferasyon ve invazyonuna etkisi
Kanser, dünya çapında en yüksek ölüm oranına ve insidansa sahip bir hastalıktır. Her ne kadar kanserin mekanizmaları gün geçtikçe aydınlatılsa da hastalık hakkında hala pek çok bilinmeyen vardır. Sinyal yollarının netleştirilmesi kanser hakkında bilgi birikimini artıracağı gibi kanser tanı ve tedavisinde yol gösterici olabilir. Hedgehog sinyal yolu insanda embriyogenez döneminde hücre proliferasyonu, hücre döngüsü, doku rejenerasyonu, yara iyileşmesi ve homeostazda yer alır. Yetişkinlikte anormal Sonic Hedgehog (Shh) aktivasyonunun neoplastik büyüme, kanser kök hücrelerinin gelişimi ve metastaza yol açan epitelyal-mezenkimal geçiş süreçlerinde önemli bir rol oynadığı gösterilmektedir. Hedgehog sinyalinin yokluğunda, 12-transmembran reseptör ailesinin bir üyesi olan Patched 1 (Ptch1), hücre zarına lokalizasyonunu önlemek için 7-transmembran protein Smoothened (Smo) aktivitesini inhibe etmek için katalitik olarak hareket eder. Hedgehog sinyal yolu aktivasyonu, hücre zarındaki sillerde değişikliklere neden olur. Ptch, Smo üzerindeki inhibisyonu ortadan kaldırır ve Smo sırayla fosforile edilir. Fosforilasyonlar sonrasında aktiflenen Gli1 transkripsiyon faktörünün hücre çekirdeğine translokasyonu gerçekleşir ve hedgehog sinyaline cevap verecek hedef genlerin transkripsiyonu yapılır. Gli1'in bu ifadesi doğrudan ve dolaylı yollarla hücre proliferasyonu ile ilgilidir. Hedgehog sinyal yolunun spesifik inhibitörler ve antagonistler ile inhibisyonu, kanser tedavisinin yenilikçi bir yolu olarak kabul edilir. Bu proje kapsamında yapılan çalışmalar ile ticari glioblastoma hücre hattı olan U87-MG'de hedgehog sinyal yolu varlığı gösterilmiş ve Ptch1 antagonisti olan Robotnikinin ve Smo inhibitörü olan Vismodegib'in kombine kullanımlarının hedgehog sinyal yolu üzerindeki etkisi incelenmiştir. Bu etkinin gözlenebilmesi için hücrede proliferasyon, migrasyon, invazyon analizleri gerçekleştirilmiştir. Bunlara ek olarak kullanılan antagonist ve inhibitörün in silico olarak karşılaştırmaları yapılmıştır ve robotnikininin ilaç benzeri molekül olabileceği sonucuna varılmıştır. In vitro çalışmalardan elde edilen sonuçlar kombine tedavi ile etkin sonuçlar kazanılabileceği yönündedir. Yapılan kombine tedavilerde ajanların birlikte kullanımının tek başlarına kullanımlarından daha etkili olduğu gözlenmiştir. Yapılan bu çalışma literatürde, Hh sinyal yolunun en önemli 2 proteinin olan Smo'nun inhibitörü vismodegib ve Ptch1'in inhibitörü robotnikininin kombine kullanımlarını içeren ilk çalışmadır.
Antosiyaninin kolorektal kanserin biyolojik davranışı üzerine etkisi
Cerrahi operasyon, radyoterapi ve kemoterapi kolorektal kanserin standart tedavi yöntemlerindendir. Bu tedavi yöntemleri kanserin türüne, evresine, moleküler karakteristiğine ve hastanın durumuna göre tek veya kombinasyon şeklinde uygulanabilir. Kemoterapötik tedaviler sitotoksik ajanlar ve biyolojik ajanlar olarak sınıflandırılıp hücre proliferasyonunu, apoptozu veya metastazı gibi çeşitli biyolojik ve biyokimyasal yolları hedeflerler. Fakat kanser hastaları uygulanan bu tedaviye karşı direnç gösterebilirler. ATP-bağlayıcı kaset proteinleri gibi taşıyıcı proteinlerin ekspresyonundaki artış, DNA tamir mekanizmalarının artışı, apoptozun inhibisyonu ve EMT'nin artışı tedaviye karşı gelişen ilaç direncinin başlıca sebepleri arasında gösterilebilir. Literatürde çok az çalışma kolorektal kanserde, artan ROS miktarının EMT'yi indükleyerek hücrenin ilaca karşı direnç geliştirdiğini göstermiştir. Bu çalışmanın amacı HCT-116 kolorektal kanseri hücre hattında oksaliplatine karşı oluşan kemoterapötik direncin sebep olduğu ROS artışının EMT oluşum sürecindeki etkisinin anti-oksidan ve anti-kanser özelliklere sahip olan siyanidin-3-O-glikozit (C3G) tarafından inhibisyonunun araştırılmasıdır. İlaç direnci geliştirme deneyi için hücreler oksaliplatine artan dozlarda maruz bırakıldı. Hücrelerin uygulanan dozda proliferasyon hızının ölüm hızından yüksek olduğu dozda direnç geliştirme deneyi sonlandırıldı. Dirençli hücrelerde artan ROS miktarı ROS Detection Assay Kit ile, EMT biyobelirteçleri qRT-PCR yöntemi ve immunofloresans boyama yöntemiyle, migratif özellikleri yara iyileşmesi yöntemiyle ve dirençli hücrede ilaca karşı azalan hassasiyet ise WST-1 proliferasyon ajanı ile belirlenmiştir. Oksaliplatin direnci geliştirildikten sonra HCT-116 ve HCT-116-ROx arasında ilaç direncinin geliştiğini kanıtlamak amacıyla karakterizasyon deneyleri yapıldı. Dirençli hücrenin migratif özelliği, vimentin ve N-kaderin miktarları parent hücreden daha fazla bulundu. Hücre içi ROS miktarı hem dirençli hem de C3G ile muamele edilen dirençli hücrelerde azalmıştır. Aynı zamanda dirençli hücrelerin oksaliplatine olan hassasiyeti azalmıştır. Deney aşamasında C3G ile muamele edilen dirençli hücrelerin migratif özelliği azalmış, epitelyal biyobelirteci olan E-kaderin miktarı artmış, vimentin ile N-kaderin miktarı azalmıştır. Sonuç olarak, oksaliplatin ilacına karşı gelişen ilaç direnci ROS ile doğrudan ilişkili olmadan EMT yolağı üzerinden gelişebileceği gösterilmiştir. Aynı zamanda C3G'nin EMT sürecini tersine çevirerek ilaç direnci oluşmasını engelleyebilecek bir molekül olarak kullanılabilirliği araştırıldı.
Açık kaynaklı klinik kanser verilerinin R-Shiny uygulaması ile yapay zeka tabanlı web arayüzü destek sisteminin geliştirilmesi
Kanser hastalarında hastalığın prognozu, sınıflandırılması, tedavi stratejilerinin optimizasyonu ve klinik çalışmaların tasarımı için önemlidir. Bu çalışma, kolon kanseri tanısı alan hastalarda hastaya ait sağkalımın sınıflandırmaya dayalı makine öğrenmesi teknikleri kullanılarak tahminlenebilmesi amacıyla yapıldı. Çalışmaya NCI'nın açık erişimli GDC portalındaki "TCGA-COAD" projesinden alınan 454 hastaya ait klinik ve genomik verileri dahil edildi. Klinik verilere uygulanan Kaplan-Meier sağkalım analizi sonucunda anlamlı çıkan parametrelerle gen ekspresyon verilerinin analizi sonucunda sağkalımla anlamlı ilişki içerisinde olduğu görülen dokuz farklı gen risk grubu olarak kullanıldı. Analizler R dilinde yazılan kodlarla gerçekleştirildi. R dilinde yazılan kodları geliştirme aracı olarak RStudio kullanıldı. Risk grupları sınıf etiketi olarak kullanılarak tahminler gerçekleştirildi. Seçilen klinik ve genomik parametreler; Naive Bayes, Destek Vektör Makinesi, Rastgele Orman ve C4.5 Karar Ağacı makine öğrenmesi algoritmalarıyla değerlendirildi. 10 kat çapraz doğrulama yöntemiyle test verisetleri oluşturularak model değerlendirmesi yapıldı. Tahminleme modeli Shiny aracılığıyla web arayüzü kullanılarak kamuya açık yapay zeka tabanlı klinik karar desteği sistemine dönüştürüldü. Çalışmanın sonuçlarına göre; en doğru sağkalım tahmininde bulunan makine öğrenmesi algoritma modelinin Rastgele Orman algoritması olduğu, klinik ve genomik verilerin birlikte kullanılmasının algoritma performansını arttırdığı (%76,2) görüldü. Onkoloji alanında prognoz ve sağkalım sonucuna odaklanan yapay zeka temelli klinik karar destek sistemi modelleri; hasta yaşam kalitesini ciddi anlamda etkileyebilecek kemoterapi tedavilerine başvurulmadan önce tedavinin uygulanmaya değer olup olmadığı konusunda hekim, hasta ve hasta yakınları için bir öngörü olması bakımından önemlidir. Prognoz ve sağkalım analizi yapabilen buna benzer sistemlerin geliştirilip iyileştirilmesi hastalığın yönetimini daha kolay hale getirecek ve hasta için daha doğru kararlar alınmasında yardımcı olacaktır.
Pankreatikobiliyer sistem tümörlerinin moleküler ayırıcı tanısı ve mevcut tedavilerin etkinliğini predikte edebilecek belirteçler
Pankreas ve biliyer sistem tümörleri güncel tedavi protokollerine rağmen sağkalımları kısa ve kötü prognozla seyreden tümörlerdir. Bu bölge tümörlerinde ayırıcı tanıda zaman zaman zorluklarla karşılaşılmaktadır. Özellikle ampulla tümörlerinde tümörün kökenini saptamak çoğu zaman mümkün olamamaktadır. Tedavi seçiminde bu ayrımın yapılabilmesi büyük önem taşımaktadır. Ampuller kanserlerin tedavisinde mevcut tedavilerinin etkinliğini predikte edebilecek veya kanserin prognozunu belirleyebilecek herhangi bir belirteç henüz mevcut değildir. Hangi hastaların hangi kemoterapi protokollerinden daha fazla fayda göreceğini bilmek hem tedavinin etkinliğini arttıracak hem de ciddi toksisitelerin önünü kesecektir. Dolayısıyla bu çalışmanın amacı pankreatikobiliyer sistem tümörlerinden ampulla bölgesi tümörlerinde tümörün köken aldığı dokunun (duodenal duktus, pankreatik duktus veya biliyer duktus) ayırıcı tanısını moleküler yöntemlerle yapmak ve ayrıca bu sistem tümörlerinin tedavisinde kullanılan tedavi protokollerinin etkinliğini predikte edecek belirteçler bulmaktır.Çalışmamızda İzmir Kâtip Çelebi Üniversitesi Atatürk Eğitim Araştırma Hastanesi Tıbbi Onkoloji Kliniğinde 2006-2016 yılları arasında tanısı konmuş ampulla kanserli hastaların parafin blokları temin edilecek ve bu dokulardan immünohistokimyasal olarak, MUC1, MUC2, MUC5AC, CDX2, Sitokeratin 7, Sitokeratin 20, PD-1, PD-L1 ve PCR ile EGFR için analiz yapılacaktır. Verilerine eksiksiz ulaşılan hastaların çalışmaya dahil edilmesi planlanmıştır. Bu belirteçlerin hastaların sağkalımlarını ve verilen tedavilerin etkinliğini predikte edip etmediği değerlendirilecektir. Çalışmamıza katılan olguların medyan yaşı 61 (39-79) 'dir. Altmış hastanın 48'i (%57,8) erkek, 35'si (%42,2) kadın idi. Hastaların evreleri sırasıyla Evre IA için 2 hasta (%2,4), Evre IB için 19 hasta (%22,9), Evre IIA için 17 hasta (%20,5), Evre IIB için 5 hasta (%6,0), Evre IIIA için 28 hasta (%33,7) ve Evre IIIB için 12 hasta (%14,5) olarak bulunmuştur. Hematoksilen eozin ve CAP ikili/üçlü sistem değerlendirmemize göre 27 tümör dokusunun pankreatikobiliyer ve 56'sının ise intestinal tip olduğuna karar verilmiştir. PDL1 ve PD1 İHK boyanması açısından karşılaştırdığımızda sırasıyla intestinal tip tümörlerde %19,6 (n:11), %26,7 (n:15) ve pankreatikobiliyer tip tümörlerde %25,9 (n:7), %29,6 (n:8) pozitif olarak bulunmuştur. EGFR mutasyonu toplam 6 hastada saptanmıştır ve bu 6 mutasyonun 5'i intestinal tip ve 1 tanesi de pankreatikobiliyer tip tümörde görülmüştür. İntestinal tip adenokarsinomu olan hastaların medyan OS'si 23 ay iken, pankreatikobiliyer tip adenokarsinomu olan hastaların medyan sağkalımı 76 aydır (p:0.201). PD1 pozitif, PDL1 pozitif olan hastalarla ve PD1 negatif, PDL1 negatif hastaların sağkalımları karşılaştırıldığında anlamlı fark bulunamamıştır (p:0,118; p:0,884). EGFR mutasyonu olan hastaların sağkalımları olmayanlarla karşılaştırıldığında hem OS hem de DFS açısından anlamlı fark saptanmıştır (p:0,08; p:0,010). Adjuvan tedavinin hastaların medyan sağkalımına herhangi bir katkı sağlamadığını (p:0,741) fakat birinci basamak kemoterapinin hastaların sağkalımını anlamlı bir şekilde uzattığı görülmüştür (p:0,000). Çalışmamızda ampuller adenokanserin intestinal ve pankreatikobiliyer alt tiplerinin farklı klinik seyirleri ve prognozları olduğunu biz de teyit ettik. EGFR mutasyonunun prognostik rolü olabileceğini saptadık. Adjuvan değil ama metastatik dönemde kemoterapinin hastaların sağkalımına katkı sağladığını gördük. Fakat yine de bu nadir tümörlerle ilgili sınırlı sayıda klinik çalışmanın olduğu düşünüldüğünde alt tiplerinin hem ayırıcı tanısı hem de tedavisi açısından birçok çalışma gerekliliği olduğu ortadadır.
Kemik kanserlerinde kullanılan kemo- immünoterapinin ve greft materyallerinin mikroçevre ilişkisi
Osteosarkom malign osteoblastların proliferasyonu ile karakterizedir. Osteosarkom tedavisinde kullanılan neo-adjuvan kemoterapilerin iyi sonuçlarına karşın post-operatif gelişen rekürrensler ortak bir sorun olarak varlığını sürdürmektedir. Post-operatif hastalarda rekürrensi önleyecek yeni yaklaşım arayışları önem taşımaktadır. Çalışmanın amacı in vitro olarak ve rekürrensleri önlemede bu bölgeye uygulanacak sement içine emdirilmiş kemoterapötik ve immunoterapötik ajanların in vivo deney hayvanda mikroçevre ile ilişkisinin değerlendirilmesidir. Osteosarkom K7M2 hücreleri kültüre edildikten sonra mifamurtid ve ifosfamid'in in vitro deneylerle uygun dozları saptanmıştır. Kontrol, sement+SF, sement+ifosfamid, sement+mifamurtid ve sement+ifosfamid+mifamurtid olacak şekilde 5 grup (7 hayvan/grup) oluşturulmuştur. K7M2 hücreleri Balb/c farelerin sağ gluteal bölgesine verilerek tümör oluşumu ardından ve ilgili gruplar uygulanmıştır. Ayrıca atimik nude farelere de sement+SF, sement+ifosfamid, IP ifosfamid uygulanmıştır. Yedi günlük sonra sakrifikasyon yapılıp immunohistokimyasal olarak ile mikroçevre ilişkili CD4, CD8, CD20, CD64, FAPA, NCR1 düzeyleri değerlendirilmiştir. Kruskal Wallis ve Mann-Whitney U testi parametrik olmayan testler ve ki kare testleriyle değerlendirilmiştir. P<0,05 istatiksel olarak anlamlı kabul edilmiştir. İn vitro deneyler sonrasında ifosfamid ve mifamurtid ile hazırlanmış sementin osteosarkom hücre hattı olan K7M2 ile etkileşimleri incelenip uygun doz hesaplanmıştır. Ardından çalışmanın in vivo basamığına geçilmiştir.2 farklı hayvan türünde (balb/c ve nüde mice) çalışılmıştır. Balb/c farelerde tümör oluşumu gözlenmediği için tümör hücrelerinin verildiği bölgeye ifosfamid ve mifamurtid ile hazırlanan sement cerrahi işlem ile implante edilmiştir. İfosfamid ve mifamurtid ile hazırlanan sementin tümör mikroçevresinde etkileşimleri görülmüştür. Nüde farelerde ise subkutan enjeksiyon sonrası bir ay içinde tümör oluşmuştur. İmmün yanıtı olmayan bu hayvanlarda ifosfamidin sement ile hazırlanıp implante edilen grubun IP olarak verilen gruba göre daha efektif bulgular elde edilmiştir. Bulgularımız, kemik çimentosu içinde lokal ifosfamid ve mifamurtid uygulamasının cerrahi sonrası osteosarkomun lokal tedavisine katkıda bulunabileceğini desteklemektedir. Postoperatif biyomalzemeler içinde lokal tedavi, osteosarkomda rekürrensi önlemede katkı tedavi seçeneği olabilir. Anahtar Kelimeler: Osteosarkom, Mifamurtid, ifosfamid, kemik greft materyali
Kemoradyoterapiye bağlı ototoksisite ve darbepoetinin etkisi
Bu çalışmada Wistar türü sıçanlarda Darbepoetin (DPO) uygulamasının sisplatine bağlı ototoksik etkiyi önleyici rolü olup olmadığının değerlendirilmesi amaçlandı. DPO nun ototoksisiteye karşı olası koruyucu rolü nuclear factor (erythroid-derived 2)- like 2 (Nrf-2) ve hedef genleri, ve apoptoz üzerinden incelendi. Çalışmada; kontrol, sisplatin(CDDP) (16mg/kg IP tek doz), DPO (25 μg/kg intraperitoneal (IP), sisplatinden önce DPO (25 μg/kg (IP) uygulanan gruplar oluşturulması amacıyla 28 adet wistar albino rat kullanıldı. Deneyin yedinci gününde işitme ölçümleri sonrasında ratlar sakrifiye edildi. Apoptotik hücre ölümü kulak dokusunda in-situ hibridizasyonla TUNEL analizi ile; kaspaz 3, 8, 9 ve Nrf-2 ve Hem oksijenaz-1, NQQ1 gibi Nrf-2 ilişkili antioksidan ve iNOS, nNOS düzeyleri immünohistokimyasal yöntemle, protein ekspresyon düzeyleri dokuda immunohistokimyasal yöntem ile çalışıldı. Her bir grup kendi içinde karşılaştırılarak değerlendirildi. İstatitistiksel olarak p<0.05 düzeyinde anlamlılık kabul edildi.Sisplatin uygulaması ile işitme ölçümlerinde kontrol grubuna göre ototoksik etkileri gösteren tüm frekanslarda işitme kaybı saptandı. İmmunohistokimyasal doku düzeyinde gerçekleştirilen incelemelerde siplatin uygulanan grupta iç kulakta strüktürel değişiklikler, beyin ve sinir dokularında nekroz ve nekroptoz saptandı. Darbopeotin hem sisplatinin ortaya çıkardığı iç kulak ve beyin hasarlarını önlediği hem apoptotik protein ekspresyonları hem de oksidatif stres ileşikili belirteçler olan Nrf-2 ve ilişkili Hem oksijenaz-1, NQO1 üzerinden gösterirken nitrik oksit sistemi proteinleri üzerinden etkileri de saptandı. Bu çalışmada sisplatinin oluşurduğu ototoksisite fonksiyonel düzeyde gösterilmiştir. Darbopoetinin sisplatine bağlı gelişen iç kulak ve beyin hasarına karşı koruyucu olduğu apoptozun azaltılması, antioksidan Nrf-2 ve hedef protein düzeylerinin artışı ile oksidatif stresin önlenerek geliştiği gösterilmiştir.
Akciğer kanseri radyoterapisinde hasta solunum hareketlerinin doz dağılımına etkisinin farklı tedavi planlama teknikleri için araştırılması
Akciğer kanseri, dünyada en çok ölüme neden olan kanser türüdür. Teşhis konan hastaların ilk ve kesin tedavi şekli cerrahi olmasına rağmen, hastaların fiziksel durumları gibi etkenlerden dolayı cerrahi uygulanamamaktadır. Radyoterapi, inopere hastalarda sıklıkla kemoterapi ile kombine şekilde uygulanan önemli bir tedavi yöntemidir. Radyoterapi'de karşılaşılan en önemli problemlerden organ hareketliliği, hedefin planlandığı gibi ışınlanamamasına,dokuların yüksek dozlara maruz kalmasına ve tedavinin doğru uygulanamamasına neden olur.Aktif solunum kontrolü uygulaması, solunumun neden olduğu hareketi azaltıp tümördeki yer değişimini minimuma indirir ve tedavilerin daha hassasiyetle ve doğru olarak uygulanmasını sağlayabilmektedir. Çalışmamızda akciğer kanserinin serbest solunum ve derin inspirasyon olmak üzere 2 faz ile yapılan aktif solunum kontrollü radyoterapisinde solunum hareketlerinin doz dağılımına etkisinin 3-boyutlu konformal (3B-KRT) ve volümetrik ark (VMAT) tedavi teknikleriyle tedavi planları oluşturulup, hedef hacmin aldığı doz dağılımı, kritik organ dozlarının ve tedavi tekniklerinin birbirlerine karşı üstünlüklerinin karşılaştırılması amaçlandı. Tez çalışmamızda,akciğer kanseri tanısı konmuş 10 hastanın 2 farklı solunum fazı ile bilgisayarlı tomografi (BT) görüntüleri çekilerek,her iki fazda da BT görüntüleri üzerinden hedef hacimler (PTV) ve riskli organlar kontürlenmiştir.Hastalara en uygun tedavi planları oluşturulup, planların konformite ve homojenite indeksleri (KI-HI) hesaplanıp,PTV ve kritik organların aldığı doz değerleriyle tedavi süreleri karşılaştırılmıştır. Çalışmamızın sonunda,akciğer ışınlamalarında kullanılan radyoterapi tekniğinden bağımsız olarak,derin inspirasyon yöntemi ile kritik organ dozlarının azaldığı görülmüştür.Torasik yerleşimli akciğer kanseri tanılı ve solunum kontrol sistemleriyle koopere olabilecek hastaların tedavilerinde derin inspirasyon solunum yöntemi güvenilir bir teknik olarak görülebilir.VMAT tedavi tekniği 3B-KRT tekniğine göre yüksek doz konformite-homojenitesi sağlaması ve kritik organ dozlarının düşürülmesinde daha başarılı olması nedeniyle akciğer kanseri ışınlamalarında tercih edilebilir bir radyoterapi tekniğidir.
Uzun dönem rektum kanseri radyoterapisinde kemik iliği dozlarının farklı tedavi teknikleriyle karşılaştırılması
Kolorektal kanserler dünyada ve ülkemizde en sık görülen kanserler arasındadır. Lokal ileri rektum kanserinin standart tedavi şekli preoperatif kemoradyoterapi ardından cerrahidir. Fakat, kemoradyoterapinin yan etkisi miyolesüpresyon hematolojik toksiteye neden olmaktadır. Hematolojik toksitite tedaviyi kesintiye uğratabilmekte, tedavi süresini uzatabilmekte ve tedavinin başarısız olmasına neden olabilmektedir. Kemoradyoterapi sonrası başarılı bir cerrahi operasyon geçirebilmesi ve cerrahi sonrası hematolojik komplikasyon riskinin azaltılması adına hematolojik toksititenin azaltılması önemlidir. İnsan vücudunda en önemli hematolojik yapı olan kemik iliği radyasyona karşı aşırı duyarlıdır. Rektum kanseri radyoterapisinde ışınlanacak hedef hacmin komşuluğunda bulunan pelvik kemik iliklerinin aldığı dozlar, hastalarda tedavi sonrası oluşabilecek hematolojik komplikasyonları azaltmak adına büyük önem taşımaktadır. Günümüzde rektum kanseri radyoterapisinde genellikle YART (Yoğunluk Ayarlı Radyoterapi) ve YAAT (Yoğunluk Ayarlı Ark Terapi) teknikleri kullanılmaktadır. Kemik iliği oluşturulan planlarda genellikle plan optimizasyonuna katılmamaktadır. YART ve YAAT teknikleri ile konvansiyonel tekniklere kıyasla hedef hacimde daha konformal bir doz dağılımı sağlanırken riskli organların daha iyi korunabildiği bilinmektedir. Çalışmamızda 100 rektum kanseri hastasının YART ve YAAT teknikleri (7 alan YART ve 2 ark YAAT) ile tedavi planları oluşturulmuştur. Hedef hacmin (PTV) %95'inin 45 Gy doz alması hedeflenmiştir. Oluşturulan planlarda PTV, Pelvik kemik iliği (PKİ) ve alt bölümlerinin (Sakrum, Koksal, Pubis Simfizis) dozları araştırılacaktır. Çalışmanın sonucunda YAAT tekniği ile YART tekniğine kıyasla anlamlı bir şekilde daha düşük PKİ dozları elde edilmiştir.Tedavi sürelerinin daha az olması da dikkate alındığında YAAT tekniğinin rektum kanserinde tercih edilebilir olduğu görülmektedir. Rektum kanseri ışınlamalarında hangi teknik tercih edilirse edilsin (YART veya YAAT) pelvik kemik yapılarının tedavi optimizasyonuna katılması(özellikle aktif kısımları) tedavi sonrası oluşabilecek hematolojik risklerin azalmasını sağlayacaktır.
Veri madenciliği ile yeni ilaç hedeflerinin saptanmasına yönelik interaktomikler: İn silico bir senaryo
Kanserin oluşumu sadece genetik mutasyonların oluşumuna bağlı olmayan kapsamlı bir süreçtir. Genellikle karmaşık hücresel ağlardaki (protein-protein etkileşim, transkripsyonel düzenleyici ve metabolik ağlar gibi) bozulmalar sonucunda meydana gelirler. Kanser gibi karmaşık hastalıklar benzer bir fenotip gösterseler de izledikleri yollar her hastada farklılık göstermektedir. Bu çalışmada transkriptom analizi öncesinde ham halde bulunan RNA sekans verilerine ön işleme adımları gerçekleştirildi. Kolorektal kanserinin moleküler mekanizmaları hakkında detaylı bilgi sunan in silico analizler kullanıldı. Analiz edilebilir hale gelen RNA sekans veri üzerinde ekspresyon düzeylerine bakıldı ve istatistiksel olarak anlamlılık gösteren transkriptom analiz sonuçları ile hedef molekül ve yolak analizleri gerçekleştirildi. Potansiyel moleküller üzerinde protein-protein etkileşim ağları oluşturuldu. Analizler sonucunda kolorektal kanserinde hedef olabilecek yolaklar belirlenerek potansiyel ilaç hedefleri ve biyobelirteçler gösterildi. Ksenobiyotik glukuronidasyon mekanizmaları, UDP-glukuronosiltransferaz enzimleri, ilaç direnç mekanizmaları metastatik kolorektal kanseri ile ilişkili bulunmuştur. İlaç direnç metabolizmalarında özellikle UGT1A ailesi ve PPI ağına bağlı olarak CYP3A4 ilişkili bulunmuştur. CD44 ise KRK için aday ilaç hedefi olarak bulunmaktadır. Hastalığa özgü yeni ilaç hedefleri ve biyobelirteçlerin belirlenmesini sağlayan in silico yaklaşımı kolorektal kanserlerine yönelik yeni tanı ve kişiselleştirilmiş tıp tedavi yöntemlerinin tasarlanmasına olanak sağlayacaktır.
İn vivo nöroblastom tümör modelinde sisplatin ve lipoplatinin sitotoksik, nefrotoksik ve ototoksik etkilerinin karşılaştırılması
Amaç: Bu araştırmada subkutan ksenograft nude fare nöroblastom tümör modelinde lipoplatin (LİPO) uygulamasının sisplatin (CDDP) uygulamasına göre sitotoksik, sitostatik, ototoksik ve nefrotoksik etkilerinin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Yöntem: Deneysel olarak planlanan bu çalışmada 20 gr olan, 5-6 haftalık 21 adet erkek nude fareye subkutan yolla C1300 nöroblastom hücreleri verilmiştir. Tümör oluşup 150 mm3 çapa eriştiğinde intraperitonel yolla kontrol grubuna 20mg/ kg serum fizyolojik, CDDP 20 mg/kg ve LİPO 20 mg/kg verilmiştir. Ajanlar verilmeden önce (bazal) ve sonra (72. saat) işitsel fonksiyon testleri yapılmıştır. 72 saat sonunda hayvanlar sakrifiye edilerek tümör ve koklea çıkarılmıştır. İdrar örneklerinde kreatinin değerlendirilmiştir. Parafine gömülen doku örneklerinde TUNEL ile apoptoz ve nekroz, immünohistokimya ile de COX2, SOD2 ve INOS anti-oksidan ve anti-inflamatuar ilişkili protein düzeyleri tespit edilmiştir. Elde edilen veriler gruplar arasında SPSS 22.0 versiyonu ile karşılaştırılmıştır. P değeri 0,05 'den küçük ise anlamlı kabul edilmiştir. Bulgular: Tümörde apoptoz ve nekroz oranları LİPO grubunda CDDP'ye göre daha fazladır (p=0,035 ve p=0,010). Spiral ganglionda apoptoz ve nekroz LİPO grubunda, CDDP'ye göre daha düşüktür (p=0,002 ve p=0,002). Kokleada LİPO ve kontrol grubunda pozitif COX2 paterni mevcut iken CDDP'de negatiftir (p=0,001). SOD2 ve INOS2 gruplar arası fark göstermemiştir (p>0,05). İşitsel fonksiyonlar bazal değerlerde benzer olup, LİPO grubunda CDDP'ye göre kısmen daha iyi işitme eşiklerine sahiptir. Sonuç: Nöroblastom tedavisinde, CDDP'nin doz sınırlayıcı yan etkilerini gidermek üzere LİPO kullanımı yararlı gözükmektedir. Ayrıca LİPO, aynı dozda CDDP 'den daha yüksek anti-tümor etkiye sahiptir. İlerleyen çalışmalarda LİPO'nun bu üstün özelliklerinin mekanizmasının tümör mikroçevresi dahilinde de değerlendirilmesi önerilmektedir. Anahtar Kelimeler: Nöroblastom, Lipoplatin, Sisplatin, Ototoksisite, Sitotoksisite
Rosiglatazonun minimal rezidüel hastalık modelinde nöronal kök hücre diferansiasyonu üzerine etkisi
Nöroblastom (NB) nöral krestten köken alan embriyonik bir tümördür.Klinik remisyon elde edilen ileri evre hastalıkta en büyük sorun minimal rezidüel hastalığın (MRH) varlığıdır. Peroksizom proliferatör-aktive edici reseptör nükleer transkripsiyon faktörü olup hücre çoğalması ve diferansiasyonu regüle etmektedir.Rosiglatazon (RZG) peroksizom proliferatör- aktive edici reseptör agonisti antidiyabetik bir ajandır. Bu çalışmada amacımız; Nöroblastom Minimal rezidüel hastalık hücre modeli oluşturmak ve rosiglatozonun (RZG) minimal rezidüel hastalık modelinde (MRH) nöronal kök hücre diferansiasyonu üzerinde etkili olup olmadığının belirlenmesiydi. Çalışmada N-Myc pozitif KELLY ve N-Myc negatif hücre hattı SH-SY5Y kullanılmıştır.Hücrelerin canlılıkları WST-1 ile analiz edilerek IC50 dozları belirlendi.NB hücrelerine tekrarlı sisplatin (CDDP) uygulamaları ile arta kalan hücrelere dayalı MRH modeli oluşturuldu.PHOX2B gen ekspresyonunun 2 kat ve daha fazla artış/azalışı hücrelerin MRH modelinin oluşmasının bir göstergesi olarak kullanıldı.PHOX2B gen ekspresyonu RT-PCR yöntemi ile belirlendi.MRH modeli oluşturulan NB hücrelerinde CDDP ve RZG hücre canlılığı,apoptoz,nöronal kök hücre farklılaşması ile ilişkili S-100,Oct-3,Nestin,Sox2 ve CD133 protein ekspresyonları aracılığı ile farklılaşma üzerine etkisi değerlendirildi. Bulguların,SPSS22 programında non-parametrik Mann-Whitney-U testi ile istatistik analizi yapılmıştır.p<0,05 değeri istatistiksel anlamlı kabul edilmiştir. SH-SY5Y ve KELLY hücrelerinde RZG IC50 dozları;50,100µM, CDDP IC90 dozları KELLY'de 80µM,SH-SY5Y'de 50µM olarak belirlenmiştir.400µM CDDP ve CDDP+RGZ kombinasyonları NB hücre hatlarında hücre canlılıklarını azaltmış ve hücreleri apoptoza sürüklemiştir.Hücre siklusunda hücrelerin büyük kısmı SubG1'de tutuklanmıştır. Dirençli-MRH gelişmiş hücrelerde CD133+ gözlenmemiştir.Dirençli-MRH gelişmiş KELLY ve SH-SY5Y hücresinin kontrole göre;CDDP+RGZ kombinasyonlarında PHOX2B gen ve OCT3-4 ekspresyonu artmış,Sox2 ekspresyonu azalmıştır. MRH modeli oluşturulan SH-SY5Y hücrelerinde CDDP+RZG kombinasyonu CDDP'e göre daha fazla apoptotik etki oluştururken farklılaşma belirteçlerinin azalması, KELLY hücrelerinde tersi durum gözlenmesi ve RZG etkisinin nöronal farklılaşma ile ilişkili olarak da gerçekleştiğini göstermiştir. Dirençli-MRH gelişmiş SH-SY5Y hücrelerinde CD133+ hücre sayılarının dirençsizlere göre artması CDDP direnci ve MRH modelinde CD133+ kanser kök hücrelerinin de rolü olduğunu göstermiştir.N-MYC(-) ve (+) NB hücrelerinde farklı CD133 hücre oranlarının ortaya çıkması nöroblastomun heterojen tümör olduğunu ve bu heterojenitenin kök hücre profiliyle de karşımıza çıktığını desteklemiştir. RZG, nöroblastom ana tedavi ajanı CDDP ile birlikte nöroblastomun MRH modelinde PPRgama reseptörü olan tümörlerde tedaviyi destekleyecek bir ajan olarak in-vivo NB modellerinde değerlendirilmesi gerekmektedir.