20
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Ağrı yöresel beyaz peynirlerden laktik asit bakterilerinin izolasyon ve karakterizasyonu
Laktik asit bakterileri genelde besin değeri yüksek olan et, sebze ve süt ürünlerinde bulunan ve çevrelerin mevcut karbohidratları kullanarak fermente ürünlerin oluşmasını sağlayan önemli mikroorganizmalardır. Bu mikroorganizmalar laktik, asetik ve sitrik asit gibi özel bileşikler üreterek hem fermente ürünleri korur hem de daha sağlıklı ve uzun ömürlü olmasını sağlar. Bu bilgiler ışığında, bu çalışmada Ağrı İli'ni temsil eden 7 farklı bölgeden toplanan 14 yerel beyaz peynir örneğinden 55 bakteri izolatı elde edilmiştir. Bu izolatların tanımlanması için morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal testlerin yanı sıra, safra tuzu toleransı, antibiyotik duyarlılık ve antagonistik aktivite parametreleri de yapılmıştır. Moleküler testler kapsamında 55 izolatın DNA izolasyonu, 16S rDNA gen bölgesinin amplifikasyonu ve 16S rDNA gen bölgesinin dizi analizi yapılmıştır. 16S rDNA gen bölgesinin dizi analizine göre beş farklı cinse (Streptococcus, Enterococcus, Lactococcus, Leuconostoc ve Lactobacillus) ait izolatlar LAB olarak tanımlandı. Ayrıca peynir yapım süreçlerinden geçebilecek on farklı bakteri cinsi de (Staphylococcus, Microbacterium, Phyllobacterium, Micrococcus, Hafnia, Shigella, Serratia, Leifsonia, Stenotrophomonas ve Paenibacillus) belirlenmiştir.
Yeni sentezlenmiş aril (3-metil-benzofuran-2-il) keton türevlerinin ve vulpinik asitin sitotoksik ve apoptotik etkisinin normal ve kanserli hücrelerde ın vıtro araştırılması
Benzofuranlar pek çok doğal bileşende yaygın olarak bulunduğu için ilgi toplamış bileşiklerdendir. Vulpinik asit biyolojik etkisi olduğu bilinen liken metabolitlerindendir. Bu tezde yeni sentezlenmiş üç aril (3-metil-benzofuran-2-il) keton türevlerinin HepG2 ve F2408 hücreleri üzerine sitotoksik, apoptotik ve bazı mikroorganizmalar üzerinde antimikrobiyal etkisi araştırıldı. Sonuçta hücre canlılığını azaltıcı, mikroorganizmal büyümeyi inhibe edici etki gözlenmedi. Vulpinik asitin aynı hücre hatları üzerine sitotoksik, apoptotik ve apoptoz yolağı ile ilgili 84 genin anlatımına olan etkisi araştırıldı. Sonuçta vulpinik asitin her iki hücre hattı üzerinde zamana ve doza bağlı toksik etki gösterdiği bulundu. Hücrelerin 48 saat 200 µM vulpinik asitle muamelesinin AO/EB ikili boyamasıyla belirlenen apoptotik hücre oranını anlamlı düzeyde artırdığı gözlendi. Ayrıca vulpinik asitin HepG2?lerde TP53, TNFRSF21, TRAF4, RIPK2, BIRC2, TNFRSF10B genleri anlatımını kontrol grubuna göre 2 ile 4 kat artırdığı BAK1 geni anlatımını ise yarıdan daha az seviyeye düşürdüğü bulundu. Bu bulgular vulpinik asitin TP53 geni anlatımını artırarak hücrelerde apoptoza neden olduğunu düşündürmektedir.
Tek veya ikili patojen ilişkili moleküler kalıplarla yüklü lipozomal aşıların in vivo uygulamaları
Nucleic acid-based pattern recognition receptor (PRR) agonists are promising adjuvants and immunotherapeutic agents. Combination of PRR ligands potentiates immune response by providing synergistic immune activity via triggering different signaling pathways and may impact antigen dependent T-cell immune memory. However, the duration of short circulation due to nuclease attacks is hampering their clinical performance. Liposomes enable protein and nucleic acid based compounds to have high encapsulation efficiency. Herein, we aimed to develop liposomal carrier systems that co-encapsulating single TLR9 or combinations with TLR3 or STING ligands and assess their potential as adjuvants and immunostimulatory agents in in vivo applications. Liposomal dual nucleic acid formulations induced synergistic innate immune activation, enhanced cytokine production along with internalization capacity of ligands. In anti-cancer vaccine study, CpG ODN and poly(I:C) co-encapsulation significantly increased OVA-specific Th1-biased immune even after eight months post-booster injection. Challenge with OVA-expressing tumor cell line, E.G7, demonstrated that mice immunized with liposomes co-encapsulating CpG ODN and poly(I:C) had significantly slower tumor progression dependent on OVA-specific cytotoxic memory T-cells. In our second in vivo application, liposomal CDN and TLR9 therapy led to 80% remission of established melanoma tumor. Increased IgG2c/IgG1 ratio in mice treated with liposomal formulations indicating the development of antigen specific Th1-biased immunity was observed. Furthermore, along with the treatment, IFN-γ producing CD8+ T-cells significantly increased and M2-type macrophages decreased at the tumor bed. In conclusion, co-encapsulating dual ligands into liposomes enhanced the anti-tumor activity of single ligands. In the third part, immunization with CpG ODN loaded liposomal formulations together with antigens increased antigen-specific humoral response against FMDV and Helicobacter. In addition, the liposomal CpG ODN reduced bacterial gastric colonization by antigen-dependent Th1 and Th17 immune responses after helicobacter challenging.
ROBO2?ye bağlı hücresel fenotipe özel odakla SLIT-ROBO yolağı üyelerinin hepatoselüler karsinom tanı ve takibinde araç olarak analizi
Hepatocellular carcinoma is the sixth most common cancer in the world, with an annual incidence exceeding half a million. It is associated mainly with hepatitis B and C viral infections; and is the main cause of death among cirrhotic patients. Aflatoxin B1 exposure, chronic alcohol consumption and virtually all cirrhosis-inducing conditions are of the other etiologies. For early diagnosis of HCC, surveillance of the risk groups is a crucial task requiring the development of novel markers for HCC with stronger sensitivity and specificity. In addition, description of biomarkers specific to hepatocellular carcinoma subtypes could identify novel targets for therapy. In this study, we analyzed members of the SLIT-ROBO gene families as novel diagnostic and prognostic markers in hepatocellular carcinoma. Wedefined an expression signature for members of the SLIT-ROBO gene families in HCC cell lines and tissues by real-time quantitative RT-PCR analysis. We showed that ROBO1 was overexpressed as stage and differentiation of the HCC proceeds. Furthermore, ROBO4 downregulation and SLIT2 overexpression marked late stage and poorly differentiated HCCs. Our results suggest that the expression of ROBO1 and ROBO4 can be used in early diagnosis of HCC. As another focus, we stably knockdowned ROBO2 expression in a model AFP positive cell line Huh7 and characterized the associated cellular phenotype. ROBO2 downregulation caused a significant decrease in proliferation rate whereas in wound-healingassay no significant difference in migration rate was observed. In addition, we performed a microarray experiment and found the differentially expressed genes between stable ROBO2 knockdown and negative clones. In this analysis, we found an overexpression of CK19, CD44, ABCG2/ BCRP1 hepatic progenitor cell markers and CD133 that is also a putative cancer stem cell marker of HCC, in stable ROBO2 knockdown clones. In addition KLF4 expression was augmented in these ROBO2 knockdown clones. We propose a genetic association between SLIT-ROBO pathway and CD133 at transcriptional level.
Wnt/β-katenin sinyal yolağının zebrabalığı modeli kullanılarak beyin rejenerasyonundaki rolünün araştırılması
Regeneration ability is highly limited in the mammalian central nervous system. On the contrary, one of the teleost models zebrafish has enormous brain regeneration capacity among vertebrates. Taking the brain regeneration ability of adult zebrafish as an advantage, elucidation of molecular mechanisms of brain regeneration has a pivotal role for regenerative medicine research. Wnt signaling is one of the tightly regulated signaling pathways that involve in organ regeneration and tissue homeostasis. Dysregulation and certain mutation in both components and downstream targets of Wnt signaling lead to improper tissue regeneration and cancer. Identification of novel Wnt modulators paves the way for the treatment of various Wnt signaling dependent diseases. In the scope of this thesis, traumatic brain injury model was performed in the adult zebrafish telencephalon. Reporter activity was measured by q-PCR in both injured and uninjured hemispheres of the telencephalon in Wnt reporter line at two separate stages; early-stage and proliferative stage. In addition, localization of Wnt signaling was detected in the regions of telencephalon by immunohistochemistry staining. RNA Sequencing was also performed to identify Wnt modulators which involve in brain regeneration. In conclusion, novel Wnt modulators and their potential interactors have been identified at two crucial stages of brain regeneration.
Tam reseptör tirozin kinaz ailesinin farklı ligandlara karşı seçiciliği
TAM (Tyro3, Axl, Mer) proteins belong to the receptor tyrosine kinase family. One of the prominent TAM activation pathways involves the interaction of TAM's extracellular Ig domains with a ligand. The most commonly studied TAM ligands are two paralogous Vitamin K-dependent proteins, i.e. Gas6 and Pros1. Although Gas6 and Pros1 sequences are significantly similar, Gas6 can bind to all TAM receptors (with the highest affinity towards Axl) while Pros1 can interact only with Tyro3 and Mer (with little or no affinity towards Axl). Expanding on this knowledge, in this thesis, we aim at characterizing the molecular grounds of Axl's ligand selectivity through a structure-based approach. For this, we modeled the complex structures of all possible TAM-ligand interactions, by using the available Axl-Gas6 complex structure as a template. This process was followed by refinement of each complex with HADDOCK. Strikingly, HADDOCK score of each complex, obtained at the end of each refinement session, correlated very well with the observed experimental binding affinities. In order to have a deeper understanding of Axl-ligand selectivity, we later focused on two extremities: the best binder, i.e. Axl-Gas6 and the worst one, i.e. Axl-Pros1. To that end, we run four parallel 200 ns molecular dynamics simulations yielding 800 ns ensembles of Axl-Gas6 and Axl-Pros1. Detailed interaction analyses of these pairs highlighted that electrostatic interactions are dominating Axl's partner selection, which disappear in the case of Axl-Pros1. By combining these results with the conservation and comparative analysis, we identified three specificity determining positions directing Axl's ligand selectivity, i.e. ARG 48Axl, GLU 70Axl and GLU 83Axl.
Bolu'da tüketime sunulan balık ve kıymalarda hareketli Aeromonas türlerinin varlığının ve bazı patojenite kriterlerinin belirlenmesi
Motile Aeromonas species, A. hydrophila, A. caviae and A. veronii biovar sobria were found among the bacteria causing foodborne gastroenteritis. They are recognized as potential foodborne pathogens because of their wide spread in the environment. They have been frequently isolated from foods such as seafood and food of animal origin. In the present study, the presence and incidence of motile Aeromonas species were investigated in fish and ground beef. Motile Aeromonas spp. were isolated from 49 (44.1 %) of the 111 samples tested. Other Aeromonas spp. were also isolated from 89 (80.1 %) out of the 111 samples. In general, among motile Aeromonas spp., A. caviae was detected in 31 (27.9%) of the samples, followed by A. hydrophila in 9 (8.1%) and A. veronii biovar sobria in 9 (8.1%). In this research, the 138 isolated Aeromonas spp. were examined for extracellular enzyme activities, virulence characteristics and antimicrobial resistance. Lecithinase, protease on calcium caseinate and skim milk agar, lipase, DNase, hemolysin, siderophore and slime activity were found in 85.8%, 96%, 75.5%, 100%, 96%, 53.1%, 30.6%, and 93.9% of motile Aeromonas isolates, respectively. The activities of lecithinase, protease on calcium caseinate and skim milk agar, lipase, DNase, hemolysin, and siderophore and slime production were common among other Aeromonas spp. Besides all motile Aeromonas isolates showed 100% of resistance to ampicillin. In addition, the highest resistances encountered were 91.8% to vancomycin. In contrast, more than 90% of the isolates were susceptible to ceftriaxone, cefotaxime, piperacillin/tazobactam, piperacillin, imipenem, chloramphenicol, enrofloxacin, amikacin, gentamicin, polymyxin B, and ciprofloxacin. In general, all 138 Aeromonas isolates showed high levels of the resistance to ampicillin (94.9%) and vancomycin (88.4%). Multi-drug resistance pattern was shown in 63% of the 138 Aeromonas isolates to at least three or more antimicrobial agents. In this study, Aeromonas spp., exhibiting the extracellular enzymes and virulence factors which play role in the pathogenicity and antimicrobial resistance, were isolated mainly from fish and ground beef. The presence of Aeromonas spp. from these sources may be a health threat for consumers.
Nükleik asit temelli yanal akış testi (LFT) ile COVID-19 teşhisi
The new coronavirus, official name was determined by the WHO as SARS-CoV-2, is thought to have first appeared in the seafood market in Wuhan, China, in late December 2019. The virus is highly contagious and fatal, especially older age groups. Many studies continue to be developed for viral diagnosis. The most common and reliable one is the RT PCR recommended by WHO, and it is especially aimed at the N gene regions. This region has been important in molecular diagnosis as it is the most conserved and specific region. However, rapid tests have an important place in relieving laboratory and controlling antibody development. Among rapid tests, LFTs are the most common and practical. In long time, there will always be the possibility of viral contamination and the need for practical diagnostic tests will continue. For this purpose, our study aimed to identify the N gene regions specific to SARS-CoV-2 with a LFT platform. The LFT platform is designed on the basis of hybridization with sandwich model based on Gold nanoparticles (AuNP). The designed LFT platform was designed specifically for the conserved regions of the N gene. AuNP was conjugated with DNA oligonucleotides complementary to N gene. Sequences that will hybridize to this conjugation product were drawn on the nitrocellulose membrane as test lines. The sample containing the target sequence hybridizes with the sequences in the test lines based on the capillary flow principle when applied to the sample pad. A red color formation from AuNP can be seen with the naked eye. According to the research findings, the designed LFT specifically recognized the SARS-CoV-2 N gene regions and it was revealed that it could be an alternative to molecular diagnosis.
Soğuk stresi ve diyete bağlı olarak bazı sıçan dokularında vasküler endotelial büyüme faktörü ve endostatin düzeylerinin araştırılması
Çağımızın hastalığı olan obezite, vücutta fazla miktarda yağ dokusu olması ile ortaya çıkan bir durumdur. Obezite sadece basitçe kilo artışı ile ilgili endişeli bir durum değildir. Kalp hastalığı, diyabet, yüksek tansiyon ve bazı kanserler gibi diğer hastalık ve sağlık sorunları riskini artıran tıbbi bir sorundur. Bu tezde soğuk stresi, yüksek yağlı diyet ve propolisin vasküler endotelyal büyüme faktörü (VEGF) ve endostatin düzeylerine etkisi araştırıldı. Yapılan çalışmada İnönü Üniversitesi Deney Hayvanları Üretim ve Araştırma Merkezi'nde üretilen 3 aylık 36 adet Wistar dişi sıçan kullanıldı. Çalışmada her grupta altı sıçan olmak üzere altı gruba ayrıldı. Propolis uygulaması, suda çözünmüş propolis iki hafta boyunca her gün 2 mL gavaj yoluyla sıçanlara verildi. Sıçan ağırlıklarında %20 artış olduğunda ötenazi yapılarak kalp, karaciğer, akciğer, kahverengi ve beyaz yağ dokuları alındı. Dokular homojenize edildikten sonra enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) yöntemiyle endostatin ve vasküler endotelyal büyüme faktörü (VEGF) seviyeleri ölçüldü. Çalışmada kahverengi yağ dokusunda VEGF düzeyi artarken endostatin düzeyleri azalmıştır. Kalp ve beyaz yağ dokusunda endostatin düzeylerinde artarken akciğer ve karaciğer dokusunda azalma saptanmıştır. VEGF düzeyleri ise kalp dokusu hariç diğer dokularda artış gösterdiği bulunmuştur.
Kalp ilacı olan verapamil'in insan flora bakteriler üzerine etkisi, DNA ile etkileşiminin in vitro ve in siliko analizi
Sentetik bir papaverin türevi olan Verapamil, ülkemizdeki yüksek tansiyon ve kalp hastalıklarının tedavisinde milyonlarca hasta tarafından yaygın olarak kullanılmaktadır. Kalsiyum kanal blokörü olan antihipertansif ilaçlar kimyasal olarak heterojenite gösterdiklerinden son yıllarda yan etkileri bakımından üzerinde en çok tartışılan ilaç grubu olmuştur. Verapamil-DNA etkileşimini analiz etmek için Verapamil ile süpersarmal plazmid DNA muamele edilmiş ve agaroz jel elektroforezinde analizi yapılmıştır. Bu deney askorbik asit, hidrojen peroksit, demir, demir artı hidrojen peroksit, bakır, bakır artı askorbik asit varlığında tekrarlandı. Verapamil-DNA etkileşimleri UV-Vis spektrofotometre yöntemi ve in siliko analizi yapılarak incelenmiştir. Verapamil'in bazı insan bağırsak flora bakterileri üzerindeki etkisine Broth seyreltme metodu ve agar disk difüzyon metodu kullanılarak bakılmıştır. Agaroz jel elektroforez sonuçlarına göre Verapamil, süpersarmal plasmid DNA üzerinde doğrudan herhangi bir hasara neden olmadı ve demir ve bakır kaynaklı DNA hasarlarına karşı da hiçbir koruma etkisi göstermedi. UV-Vis spektrofotometre analizinde Verapamil, DNA ile herhangi bir etkileşim göstermedi. Buna karşın, in siliko analizi ilacın 6 hidrojen bağı, hidrofobik etkileşimleri ve -7,3 bağlanma enerji değeri ile çift sarmal DNA'nın ÖZET (devam ediyor) minör oluğuna bağlandığını gösterdi. Enterococcus faecalis'in (gram pozitif suşu) ve Escherichia coli'nin (gram negatif suşu) büyümesini 9, 18 ve 25 mM ilaç derişimleri % 90'a kadar inhibe etmiştir. 9 mM olan ilaç derişimi iki bakteri suşu için hem MİK hem de MBC değeri olarak belirlenmiştir.
Flukonazol ilacının flora bakteriler üzerine etkisinin araştırılması, DNA'ya bağlanmasının in vitro ve in siliko metot ile analizi
Flukonazol, antifungal bir ilaç olarak dünya çapında özellikle ülkemizde yaygın olarak kullanılmaktadır. İlacın toksik etkileri hakkında bazı çalışmalar olmasına rağmen, çalışmamıza göre Flu-DNA etkileşimleri ve antibakteriyel etkisi ile ilgili bir çalışma bulunmamaktadır. Bu çalışmada, Flukonazol'un oksidatif ve antioksidatif etkileri, Flukonazol-DNA etkileşimi; UV-Vis spektrofotometresi, agaroz jel elektroforezi ve in-siliko metodu kullanılarak incelenmiştir. Ek olarak, ilacın bazı insan flora bakteri suşları üzerindeki etkisi disk difüzyon ve sıvı besiyerinde seyreltme yöntemleri ile incelenmiştir. İlaç, süpersarmal plazmid DNA üzerinde hidroksil radikallerinin kırma etkisine karşı bir miktar koruyucu etki gösterirken; demir, bakır, askorbik asit ve bakır artı askorbik asit varlığında DNA üzerinde herhangi bir etki göstermedi. Flukonazol-DNA etkileşiminin UV Titrasyon metodu ile analizinde, absorbanstaki artış, ilacın DNA ile bazı etkileşimlere sahip olduğunu göstermiştir. Bu yöntemde ilacın DNA ile bağlanma sabiti 179 M-1 olarak elde edildi. In-siliko analizi, -3.09 bağlanma enerjisi ile 3 hidrojen bağı ve hidrofobik bağlar yaparak ilacın süpersarmal DNA'nın minör oluğuna tutunduğunu göstererek UV Titrasyon yönteminin sonucunu doğruladı. İlacın 24 mM konsantrasyonu, Enterococcus faecalis, Proteus mirabilis, Enterobacter cloacae ve Escherichia coli suşlarının büyümesini sırasıyla %35, %22, %20 ve %20 olarak inhibe etti.
Deksametazon ilacının antibakteriyel etkilerinin araştırılması, DNA'ya bağlanmasının in vitro ve in siliko analizi
Anti-inflamatuar etki gösteren bir ilaç olan deksametazon (Dex) dünya çapında yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu nedenle bu çalışmada ilacın DNA ve bazı flora bakteriyel suşları üzerindeki etkisi araştırıldı. Dex'in DNA kırılmalarına etkisi, süpersarmal plazmid DNA'sının Dex ile muamele edilmesi ve ardından agaroz jel elektroforezi ile analiz edildi. Analiz demir, hidrojen peroksit, askorbik asit, demir artı hidrojen peroksit, bakır ve bakır artı askorbik asit varlığında tekrar edilmiştir. Ek olarak, ilaç-DNA etkileşimleri UV-Vis spektrofotometresi ve in siliko yöntemleri kullanılarak çalışılmıştır. İlacın bazı flora bakteri suşları üzerindeki etkisi, disk difüzyonu ve sıvı besiyeri seyreltme yöntemleri ile araştırılmıştır. Bu in vitro çalışmada, ilaç, süpersarmal DNA'yı insan plazmasında bulunanlardan daha yüksek konsantrasyonlarda (1700, 170, 17, 1,7 ve 0,42 µM) bile kırmamıştır. Dex'in DNA üzerindeki etkisi, Asc, H2O2, demir ve bakır varlığında değişmedi. İlacın DNA ile bağlanma sabiti, 7256 1/M olarak elde edildi. İn siliko analizi, ilacın, -5.84'lük bir bağlanma enerjisi ile çift sarmal DNA'nın minör oluğuna bağlandığını, 3 hidrojen bağı ve hidrofobik bağlar yaptığını gösterdi. İlacın 2264 µM'si, E. cloacae, E. coli, E. faecalis ve P. mirabilis koloni oluşturan birimlerini (CFU) sırasıyla % 10, % 23, % 42 ve % 10 arttırmıştır. Aynı zamanda, ilacın 1132 µM'si, E. coli ve E. faecalis'in CFU' sunu sırasıyla % 30 ve % 19 arttırmaktadır. Sonuç olarak, deksametazon, bazı flora bakterilerinde bir artışa neden olurken, in vitro durumda DNA üzerinde herhangi bir etki göstermemektedir.
Psoriasis ile Sitokin Sinyal Baskılayıcıları (SOCS) arasındaki ilişkinin araştırılması
Psoriasis, keskin sınırlı, plak veya papüller üzerinde yerleşmiş parlak, sedefi skuamlarla karakterize, tekrarlayan seyirli, inflamatuar bir cilt hastalığıdır. Dünya çapında görülme sıklığı etnik, coğrafik ve çevresel faktörlere bağlı olarak değişkenlik göstermektedir ve her yaştan kadın ve erkeği etkileyebilmektedir. Hem genetik hem de tetikleyici faktörler hastalığın etiyolojisinde yer almaktadır. Psoriasis lezyonlarındaki özellikler, epidermiste ve dermiste T lenfositlerinden oluşan inflamatuar hücre infiltrasyonu, keratinosit hiperproliferasyonu, doku inflamasyonu şeklindedir. İmmün sistemin aktivasyonu sonucu bu değişiklikler ortaya çıkmaktadır. Sitokin sinyal baskılayıcıları (SOCS), çeşitli sitokinler tarafından tetiklenen proinflamatuar yolakların endojen inhibitörleri olarak işlev gören sekiz hücre içi protein ailesidir. Sitokinler yapısal olarak birbirleriyle ilişkili olup immunite ve inflamasyonunun düzenlenmesinde görev alır. SOCS proteinleri sitokin sinyalinin inhibitörleridir ve ekspresyonları JAK/STAT yolağı ile indüklenir. Bildiğimiz kadarıyla SOCS gen polimorfizmleri ile psoriasis arasındaki ilişkiyi araştıran bir çalışma bulunmamaktadır.Çalışmamıza psoriasis tanısı konmuş, akraba olmayan 100 hasta ve herhangi bir inflamatuar hastalığı olmayan 100 sağlıklı birey dahil edildi. SOCS3 rs4969169 ve SOCS7 rs3748726 polimorfizmleri polimeraz zincir reaksiyonu-restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi (PCR- RFLP) yöntemiyle tespit edildi. SOCS3 rs4969169 genotip frekansı; CC ve CT genotipleri hasta grubunda %67, %33; kontrol grubunda %73, %27'dir. SOCS7 rs3748726 genotip frekansı; TT, TC ve CC genotipleri hasta grubunda %89, %9, %1; kontrol grubunda %91, %8, %1'dir. SOCS3 rs4969169 ve SOCS7 rs3748726 polimorfizmlerinin psoriasis patogenezinde etkin bir rolünün olmadığı tespit edilmiştir. Psoriasiste rs4969169 ve rs3748726 etkisinin araştırıldığı ilk çalışma olması sebebiyle çalışmanın daha fazla sayıda hasta ve sağlıklı bireyle farklı etnik popülasyonlarda tekrar edilmesi faydalı olacaktır.
Akciğer kanseri patogenezinde Sirtuin'in rolü
GLOBOCAN 2018 verilerine göre, akciğer kanseri, en sık rastlanan kanser türlerinden biri olmakla birlikte, kanserden ölümlerin yaklaşık beşte birinden sorumludur. Akciğer kanserinde, SIRT1 ekspresyonunun arttığı ve kötü prognozla ilişkili olduğu, SIRT2 ekspresyonunun ise azaldığı bulunmuştur. Akciğer adenokarsinomlarında çoğunlukla KRAS proto-onkogen mutasyonları görülürken, küçük hücreli akciğer karsinomunda tümör baskılayıcı gen p53 mutasyonu ile EGFR amplifikasyon ve mutasyonu daha sık görülür. SIRT1 ekspresyonunun ve/veya aktivitesinin artmasının, p53'ü ve potansiyel olarak başka tümör baskılayıcı genleri inhibe ederek kanser riskini arttırabileceği öngörülmektedir. Genel olarak, SIRT2 aşırı ifadesinin ise, hücre proliferasyonunu azalttığı ve DNA hasar stresine cevap olarak hücre ölümünü düzenlediği bulunmuştur. Ayrıca, SIRT2'nin akciğer adenokarsinomlarında sıklıkla görülen KRAS proto-onkogenini deasetile ettiği ve aktivitesini düzenlediği bilinmektedir. Memeli sirtuinleri hücrenin strese karşı direncinde ve hücre ölümünün düzenlenmesinde önemli rol oynar. Sirtuinlerin, NAD+ bağımlı deasetilaz ya da mono-ADP-ribozil-transferaz aktiviteleri bilinmektedir. Çeşitli transkripsiyon faktörlerinin ve enzimlerin deasetilasyonu ile birçok hücresel mekanizmayı düzenlemektedir. Memelilerde Sirtuin ailesinin farklı hücresel bölmelerde lokalize olan ve çeşitli etkilere sahip yedi üyesi bulunmaktadır (SIRT 1-7). Bu çalışmada Sirtuin ailesi üyelerinden sırasıyla SIRT1 ve SIRT2'ye ait iki polimorfizmi (rs11596401 C/T ve rs2015 A/C) araştırdık. Çalışma popülasyonu 100 akciğer kanserli hasta ve 100 sağlıklı kontrolden oluşmaktaydı. EDTA içeren tüplere kanlar toplandıktan sonra genomik DNA izolasyonu yapıldı. Genetik polimorfizmler; polimeraz zincir reaksiyonu- restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi (PCR- RFLP) yöntemiyle tespit edilmiş olup sonuçlar ki-kare testi ve lojistik regresyon ile analiz edildi. Yaptığımız analizler sonucunda SIRT1 rs11596401 (C/T) gen polimorfizmi için genotip dağılımı (p=0.593) ve alel dağılımı (p=0.617) arasında istatiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunamadı. SIRT2 rs2015 (A/C) gen polimorfizmi için elde ettiğimiz verilere göre genotip (p=0.306) ve alel dağılımı (p=1.0) arasında da anlamlı bir farklılık bulunamadı. Sirtuin gen polimorfizmleri ile akciğer kanseri arasındaki ilşkiyi araştırdığımız bu çalışmanın sonucunda SIRT1 rs11596401 (C/T) ve SIRT2 rs2015 (A/C) gen polimorfizmleri ile insan akciğer kanseri arasında anlamlı bir ilişki saptanamamıştır.
Bazı domates alanlarında insektisidal Bacillus thuringensis izalasyonu ve tanımlanması
Bu çalışmada; domates bitkisinde zarara neden olan domates güvesi zararları üzerine Bacillus thuringiensis bakterilerin izolasyonu ve karakterizasyonu için Ankara ilinin farklı domates ekim alanlarından alınan toprak, zarar görmüs dal yaprak ve meyve (domates) örneklerinden gerçekleştirildi. Toplanan örneklerden Nutrient Agar büyüme ortamında sporlanma özelliği olan 11 Gram-pozitif bakteri izolasyonları yapıldı. Kolorimetrik ve mikroskopik identifikasyon neticesinde morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal özellikleri (Gram +/-, hemoliz, indol, katalaz, oksidaz vb.) tanımlanarak Bacillus cinsine ait izolatlar belirlendi. Bakteri tanımlama sonunda 7 Bt izolatımızın domates ekim alanlarında güve ile biyolojik mücadelede kullanılabilir entomopatojen Bacillus türü izolatlar olabileceği gözlendi.
Multipl skleroz hastalarından ve sağlıklı bireylerden uyarılmış pluripotent kök hücre hatlarının üretimi ve karakterizasyonu
Multiple Sclerosis (MS) is an autoimmune disease characterized by inflammation, demyelination, and axonal damage resulting in neurodegeneration in the central nervous system (CNS). Relapsing-remitting MS (RRMS) is the most common form of the disease known to affect more than 2 million individuals globally, and the prevalence of the disease is increasing worldwide. As a chronic condition without a cure, RRMS manifests in a relapsing-remitting form with sporadic attacks suddenly appearing, causing neurological dysfunction to proceed by a recovery phase where all symptoms suddenly disappear. Although the factors causing or contributing to MS initiation/progression are not well understood, previous literature has implicated many potential risk factors for the etiology of the disease, including Epstein-Barr virus, smoking, and Vitamin D deficiency. Another potential risk factor implicated in RRMS is sex. Epidemiological studies strongly suggest that MS is a sexually biased disease that is more common in females. Moreover, the disease progression and severity appear to be sexually dimorphic since the progression and the symptoms are worse in males; however, more inflammatory in females. Importantly, research suggests that biological sex differences beyond gender-related factors may be crucial in RRMS; however, how biological sex differences affect the disease initiation or progression remain unknown. The hallmark of MS is demyelination, which is the loss of the myelin sheath around axons in the CNS. Oligodendrocytes are the glial cells generating myelin sheath to axons in CNS. It is well established that autoimmune response in MS leads to damage and potentially loss of oligodendrocytes, eventually leading to neurodegeneration. Current therapeutic approaches for MS are only limited to eliminating the symptoms caused by the autoimmune attacks. While such disease-modifying therapies help suppress autoimmune attacks and eventually lower the frequency of attacks, there are no available therapeutics to induce remyelination. Clearly, there is a need for more advanced approaches in MS that would induce remyelination besides immunosuppression. To develop effective therapeutic options that can induce remyelination to complement existing immunosuppressive drugs, a better understanding of cellular processes in remyelination is needed. To facilitate such studies, reliable model systems are necessary for mechanism and drug discovery studies. Human induced pluripotent stem cells (iPSCs) based approaches can provide such systems. Due to their nature and ability to form every possible cell type from the three embryonic germ layers, they can now be easily generated from patients' somatic cells to generate patient-specific cell types. iPSCs can be utilized to obtain cell types that are normally very hard to obtain on a large scale, especially for CNS disease modeling. Indeed, numerous studies have demonstrated that iPSCs can be successfully differentiated to neuronal and glial cells, and importantly such cells exhibit disease-specific phenotypes in culture. MS iPSCs have also been generated by various groups, and cells differentiated from the iPSCs exhibit disease characteristics, suggesting that these cells can be utilized for MS studies. The main goal in this thesis was to generate and fully characterize iPSC lines from male and female patients and matched controls to facilitate future studies. Towards this goal, blood samples were obtained from age, and sex-matched RRMS patients (3 females and 3 males) and 6 healthy individuals (3 females and 3 males) and Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMCs) were isolated. Following, the PBMCs were reprogrammed using Sendai virus-based reprogramming method, and a total of 12 iPSC lines were established, and their pluripotent characteristics were experimentally characterized. The established iPSC lines will serve as excellent tools for modeling RRMS, enabling us to test multiple approaches to understand the mechanisms governing sex-specific differences and remyelination.
Trabzon ve Giresun illerindeki çeşitli hastanelerde izole edilen Klebsiella pneumoniae suşlarında antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi ve beta-laktamaz genlerinin araştırılması
Antibiyotiklerin klinik kullanıma girmesinin ardından kullanıma bağlı olarak zaman içerisinde bakterilerde antibiyotiklere karşı direnç meydana gelmiştir. Bunların içerisinde en yaygın olan grup beta laktamazlardır. Bu çalışma da Trabzon ve Giresun illerindeki hastalardan izole edilen Klebsiella pneumoniae suşlarının antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi ve bu iki ildeki betalaktamaz genlerinin çeşitlerinin ve sıklığının araştırılması amaçlanmıştır. Bu çalışmada, 2013-2014 yılları arasında Akçabat Haçkalı Baba Devlet Hastanesi ve Giresun Devlet Hastanesi'nin çeşitli kliniklerinden RTEÜ Fen Ed. Fak. Biyoloji Bölümü Moleküler Biyoloji Laboratuvarı'na gönderilen örneklerden izole edilen 81 adet Klebsiella pneumoniae suşları 16S rRNA gen sekansı ile doğtulandıktan sonra PZR yöntemi ile betalaktamaz genleri tespit edildi. Klonlama sonucu elde edilen plazmitler sekans için Macrogen'e gönderildi ve sekans sonuçları değerlendirildi. Akçaabat Haçkalı Baba Devlet Hastanesinde çalışılan 26 örneğin Ampisilin-sulbaktam ve trimetoprim-sulfometaxazol antibiyotiklerine yüksek oranda dirençlilik gösterdiği, imipenem ve meropenem antibiyotiklerine karşı oldukça duyarlı olduğu gözlendi. Giresun Devlet hastanesi'nde çalışılan 55 örneğin seftazidim ve sefazoline dirençlilik gösterdiği ayrıca Akçaabat Haçkalı Baba Devlet Hastanesinde çalışılan örneklerle benzer olarak imipenem ve meropenem antibiyotiklerine karşı duyarlı olduğu saptandı. Ayrıca yapılan çalışma sonunda blaIMP, blaOXA-48, blaOXA-58, blaPER-2, blaGES, blaVIM, blaVEB, blaNDM-1 direnç genleri tespit edilemezken, 40 suşta blaSHV, 10 suşta blaTEM,10 suşta blaCTX-M1,1 suşta blaCTX-M2,9 suşta blaOXA-23, 2 suşta bla0XA-24 ve 2 suşta blaOXA-51 saptandı.
Rize ili'ndeki çeşitli hastanelerden izole edilen Klebsiella pneumoniae suşlarında antibiyotik direnç profilerinin belirlenmesi ve beta- laktamaz genlerinin araştırılması
Bu çalışma Rize Devlet Hastanesi ve Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hstanesi'ndeki hastalardan alınan örneklerin beta-laktamaz varlığını araştırmak amacıyla E testi yöntemiyle belirlenmiştir. Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi ve Rize Devlet Hastanesi 2011-2013 yılları arasında 121 hastaya ait 121 örnekte hastane enfeksiyonu kökenli Klebsiella pneumoniae izole edilmiştir. Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü Moleküler Biyoloji Laboratuvarı'na gönderilen örnekler PZR yöntemi ile beta-laktamaz genleri tespit edildi. Klonlama sonucu elde edilen plazmitler DNA dizi analizi için Macrogen'e gönderildi ve sekans sonuçları değerlendirildi. Rize'deki hastanelerden izole edilen 121 örneklerden bir kısmında meropenem ve imipenem antibiyotiklerine duyarlılık gösterirken ampisiline yüksek oranda dirençlilik gösterdiği saptandı. Yapılan PZR çalışmaları sonunda blaIMP, blaOXA-48, blaOXA-58, blaPER-2, blaGES, blaVIM, blaVEB, blaNDM-1 direnç genleri tespit edilemezken 42 suşta blaSHV, 19 suşta blaTEM, 9 suşta blaCTX-M1, 2 suşta blaCTX-M2, 25 suşta blaOXA-23 ve 10 suşta blaOXA-51 saptanmıştır
Mikroakışkan sistemlerde kemik-kıkırdak arayüzünün geliştirilmesi
Bone-cartilage interface is one of the most affected areas in bone and cartilage disorders. In this regard, tissue engineering approaches have been extensively utilized to regenerate the damaged skeletal tissues. Despite the significant progress in clinics, there is still unmet need for in vitro osteo-chondral models to study the mechanisms of these diseases. In their native environments, cells are spatially organized within complex structures known as the extracellular matrix. Current in vitro 2D culture platforms have limited capacity to recapitulate physiological clues. Bioengineered systems with 3D cell culture potential provide new venues for generating in vitro disease models. Microfluidic systems enable scientists to mimic native niche of organ and tissues in microscale. Such engineered systems are perfect platforms to examine the natural responses of the tissues, like their native microenvironments. Some of advantages using tissue and organ models as, i) minimizing the number of animals used in research, ii) identification novel therapeutics, iii) defining the drug administration techniques. This study, aims to generate a novel in vitro disease model for bone-cartilage defects by combining 3D cell culture systems with stem cell technologies. Here, we design a microfluidic system that allows for the direct differentiation of ADMSCs in hydrogel-based 3D micro environment. The capacity of the novel microfluidic system provides simultaneous formation of osteogenic and chondrogenic tissues in the same microenvironment.
Mitokondriyal toksin etidyum bromür'ün hücre çekirdeği üzerindeki etkisi
Mitochondria take part in many cellular events, such as ATP generation by oxidative phosphorylation, cellular signaling, and apoptosis. These organelles contain a genome (mtDNA), inherited from a bacterial progenitor, which plays a major role in mitochondrial function. Damage to mtDNA can cause disease and may play a causal role in aging. In this thesis, we have engaged in two studies related to the study of mtDNA using the budding yeast Saccharomyces cerevisiae. Our major focus was on the cellular effects of the mitochondrial toxin ethidium bromide (EtBr). EtBr rapidly causes the destruction of mtDNA in S. cerevisiae and also engenders mtDNA loss in other organisms. For nearly fifty years, it has been suggested that EtBr solely affects mtDNA, leaving the nuclear DNA unscathed. However, we have now demonstrated that the effects of EtBr are, in fact, not limited to that organelle. We found that mutants lacking the ability to repair double-stranded DNA breaks in the nucleus are acutely sensitive to EtBr, even when mtDNA products or mtDNA itself are already lacking. We demonstrated that this toxic effect of EtBr in the nucleus causes an increase in nuclear genomic instability as measured by a novel assay of gene conversion. Our findings will have a major impact on the interpretation and design of experiments using this commonly used reagent. In additional studies, we are seeking new proteins involved in mitochondrial division. Mitochondria constantly fuse and divide, and mutations perturbing mitochondrial dynamics affect the segregation and maintenance of mtDNA. We created a yeast strain that is inviable when mitochondria are able to divide. Subsequently, we are seeking genes that when overexpressed would potentially alter the stoichiometry or regulation of complexes involved in mitochondrial division, leading to a block in this process. I will discuss our progress so far in seeking novel mitochondrial division components.