3,747
Archived Theses
1
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Silene sclerophylla chowdh vesilene araratica scischk subsp. araratica bitkilerinin ekolojik, morfolojik, anatomik özellikleri ve uçucu yağ bileşenlerinin belirlenmesi
Bu tez çalışmasında, farklı ekolojilerde yayılış gösteren Silene sclerophylla Chowdh ve Silene araratica Scischk subsp. araratica taksonlarının morfolojik, anatomik, polen ve tohum özellikleri, uçucu yağ özellikleri ve ekolojik özellikleri belirlendi ve aralarındaki farklar ortaya koyuldu.Polenler ve tohumlar hem ısık hem de Scanning Elektron Mikroskobunda (SEM) incelendi. Morfolojik çalışmalarda taksonların; gövde, yaprak, çiçek, meyve, tohum ve polen kısımlarının ölçümleri yapılarak ayırt edici özellikleri tablolar halinde belirtildi. Anatomik çalışmalarda el ile alınan kesitler safranin-fast green ikili boyama yöntemiyle boyandı. Araştırma mikroskobuyla preparatların fotoğrafları çekildi ve ayırt edici özellikleri tespit edildi. Uçucu yağ bileşenlerinin belirlenmesinde, bitkilerin toprak üstü kısımları kurutularak hidrodistilasyon yöntemiyle uçucu yağları izole edildikten sonrauçucu bileşenleri GC-MS ile analiz edildi. Ekolojik çalışmalarda, bitkilerin genellikle kayalık, taşlık ve step alanlarda yayılış gösterdiği, Akdeniz ikliminin hüküm sürdüğü yerleri tercih ettiği, kumlu-killi-tın ve kumlu-tınlı topraklarda yetiştiği ve topraktaki besin madde durumlarının alandan kaynaklı olarak oldukça yüksek olduğu tespit edildi.
Van'ın Bahçesaray ilçesi Sterrhinae türleri üzerine faunistik bir çalışma (lepidoptera, geometridae)
Tezde, Van İli Bahçesaray ilçesindeki Sterrhinae altfamilyası faunistik olarak araştırılmıştır. Çalışma sonucunda bu altfamilyadaki 5 tribusa ait toplam 25 tür tespit edilmiştir. Alanda tespit edilen tribuslar ve bunlara ait tür sayıları şöyledir: Sterrhini (10), Scopulini (8), Rhodostrophiini (4), Cosymbiini (2) ve Rhodometrini (1). Idaea proclivata ve Rhodostrophia cuprinaria türleri sadece Doğu Anadolu'da bulunur. Buna karşılık, Rhodostrophia bahara, R.cuprinaria, Idaea proclivata, I. humiliata, Scopula transcaspica ve S. diffinaria türleri ise Türkiye, Kafkasya, Iran ve Afganistan başta olmak üzere lokal olarak yayılış gösterir; bundan dolayı nadir türler olarak değerlendirilir.
Van balığı (Alburnus tarichi)'nda üreme göçü sırasında osmoregülasyonda etkili bazı hormonların incelenmesi
Van Gölü, dünyanın en büyük sodalı gölleri arasındadır. Gölün ekstrem özellikleri canlı yaşamını büyük ölçüde sınırlar. Diğer canlılar için ölümcül olan bu ortama Van balığı (Alburnus tarichi) adapte olan tek omurgalı türdür. Van balıkları her yıl üremek için tatlı sulara göç ederler. Üremesini tamamlayan balıklar göl ortamına geri dönerler. Balıklar göç sırasında farklı sucul alanlara maruz kalırlar. Çok hücreli canlılarda olduğu gibi balıklarda da fizyolojik düzenlenmeler endokrin sistem kontrolü altındadır. Bu çalışmada Van balığının üreme göçü sırasında maruz kaldığı göl, mansap, akarsu giriş ve akarsu üst bölgelerdeki suların pH, sıcaklık ve iyon seviyeleri (Na, K, Cl) belirlendi. Ayrıca balıklarda üreme göçü üzerine etkili olduğu bilinen Kortizol, Serbest Triiyodotronin (FT3), Serbest Tiroksin (FT4), İnsülin Benzeri Büyüme Hormonu (IGF-I), Büyüme Hormonu (GH), Prolaktin Hormon (PRL) seviyleri incelendi. Örneklenen iyonların tatlı su lokalitelerinde göl lokalitelerine gore azaldığı, serum iyon seviyelerinin ise belirli düzeyde tutulduğu gözlendi. Hormon seviyelerinin üremenin başladığı göl ortamından üremenin tamamlandığı akarsu üst bölgelerinde farklılık gösterdiği belirlendi. Sonuç olarak, ölçülen hormonların diğer teleost türlerinde olduğu gibi Van balıklarında da osmoregülasyon üzerinde direkt ve dolaylı etkilerinin var olduğu belirlendi.
Pervari (Siirt) ilçesi arı bitkileri
Bu tez çalışmasında, 2017-2019 yılları arasında Pervari (Siirt) ilçesi ve çevresindeki köylerde arıcıların yoğun olarak bulunduğu arı istasyonlarının etrafındaki arı bitkilerinin tespiti yapılmıştır. Ayrıca bu bitkilerin bilimsel adları; nektar, polen ve salgı grupları, yerel ve literatürlerdeki adları, yetiştikleri yerler, yükseklikleri ve bu bitkilerle ilgili zehirli, tıbbi, aromatik, kullanım alanı veya içeriği ile bitkilerin genel özellikleri verilmiştir. Pervari (Siirt) ilçesi Türkiye'nin Güneydoğu Anadolu bölgesinde, Coğrafi Grid sistemine göre C9 karelerine girmektedir. Yapılan çalışmalarda yörede arıcılıkla uğraşan yöre insanlarıyla birebir görüşmeler yapılmış, Pervari Arıcılar Birliğindeki bazı dernek üyelerinden bilgiler alınmıştır. Ayrıca arı ürünleri satan arıcılarla görüşmeler yapılarak arıların yoğun bulunduğu bazı alanlar tespit edilip bu alanlarda arazi çalışmaları yapılıp bitki örnekleri alındı ve fotoğrafları çekildi. Yapılan arazi çalışmaları sonucunda arılar için nektar, polen veya salgı kaynağı olan toplam 50 familyaya ait 264 takson belirlenmiştir. Bu taksonlardan 222 takson otsu, 22 takson çalı formunda, 20 takson Ağaç, 14 takson endemik ve 23 taksonun kültür bitkisi olduğu tespit edildi.
Orta derecede mikrodalga enerjisinin buğdayda çimlenme ve bazı fizyolojik parametreler üzerine etkisi
Bu çalışmada, orta derecede mikrodalga enerjisinin buğday (Triticum aestivum L. Elbistan Yazlığı ve Kayseri Pınarbaşı popülasyonu) tohumlarında çimlenme, erken fide büyümesi, total klorofil, protein, GST ve tiyol miktarı üzerindeki etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. İki ekmeklik buğday çeşidine ait tohumlar ev tipi bir mikrodalga fırında 0.5, 1 ve 1.5 dk süre ile orta dereceli enerjiye (460 W) maruz bırakılmıştır. Mikrodalgaya maruz bırakılmış tohumların çimlenme yüzdeleri kontrol bitkilerine göre önemli oranda düşük bulunmuştur. Bu etki, sürenin uzamasına bağlı olarak artmıştır. Islatılarak 1.5 dk mikrodalgaya maruz kalan buğday tohumlarında çimlenme olmadığı gözlemlenmiştir. Fidelerin kök ve gövde uzunluğu üzerinde mikrodalga enerjisinin negatif bir etkisi gözlenmemiştir. Kuru tohumlarda yaş ağırlık parametresinin mikrodalga enerjisinden olumsuz etkilemediği, fakat ıslatılmış tohumlarda süreye bağlı olarak yaş ağırlığın azaldığı görülmüştür. Total klorofil miktarına bakıldığında uygulanan mikrodalga enerjisinin süresi arttıkça klorofil miktarının azaldığı tespit edilmiştir. Protein konsantrasyonununda mikrodalga enerjisinden anlamlı bir şekilde etkilenmediği belirlenmiştir.Total sitozolik GST aktivitesi Kayseri-ıslak, Kayseri-kuru ve Elbistan-kuru örneklerde zamana bağlı artış gösterirken, Elbistan-ıslatılmış örnekte zamana bağlı azalma olduğu belirlenmiştir. Toplam tiyol oranı Kayseri-ıslatılmış ve Elbistan-kuru örneklerde artarken, Kayseri-kuru ve Elbistan-ıslatılmış örneklerde azalmıştır. Anahtar kelimeler: Çimlenme, Mikrodalga enerjisi, Triticum aestivum, Vejetatif büyüme
Türkiye'de yayılış gösteren Muscari mill. (Asparagaceae) cinsi taksonlarına ait morfoloji, palinoloji ve tohum yüzeyi araştırmaları
Bu tez çalışmasında, Türkiye'de doğal yayılışı olan Muscari Mill. (Asparagaceae) cinsine ait taksonların morfolojisi, palinolojisi ve tohum yüzeyi özellikleri araştırılmıştır. Taksonların betimlemeleri yapılmış, teşhis anahtarı hazırlanmış, habitat özellikleri ve arazi gözlemlerine dayalı tehlike kategorileri IUCN kriterlerine göre yeniden düzenlenmiştir. Taksonların palinolojik özellikleri ışık mikroskobu ve taramalı elektron mikroskobu ile belirlenmiştir. Muscari cinsine ait taksonların polenleri monad, monosulkat, şekilleri subprolat-prolat ve ornamentasyonları retikulat olarak tespit edilmiştir. Taksonlara ait tohum yüzeyi özellikleri taramalı elektron mikroskobu ile belirlenmiştir. Tez çalışmasında M. botryoides türü ülkemizden yeni kayıt olarak verilmiştir. M. artvinense ile M. tauricum türleri M. botryoides türünün, M. tuzgoluensis türü M. neglectum türünün sinonimi olduğu yapılan detaylı incelemeler sonucunda tespit edilmiştir. Ayrıca Türkiye'den tanımlanan ve daha sonra sinonim yapılan M. haradjianii türü geçerli isim yapılmış, M. sabihapinari türü de bilim dünyasına yeni bir tür olarak kazandırılmıştır. Bu tez çalışması kapsamında Muscari cinsinin ülkemizdeki tür sayısının 39 olduğu tespit edilmiştir.
Oltu ve narman (Erzurum) ilçelerinde yetişen makromantar üzerinde taksonomik bir araştırma
Bu çalışma, Oltu ve Narman (Erzurum) ilçe sınırları içerisinde doğal olarak yetişen ve 2018-2019 yılları arasında toplanan makromantar örnekleri üzerinde yapılmıştır. Arazi çalışmaları sırasında toplanan mantar örneklerinin yetişme ortamlarında renkli fotoğrafları çekilmiş, mantarların ekolojik ve morfolojik özellikleri ile yöre halkının makromantarlar hakkındaki bilgiler kaydedilmiştir. Arazi ve laboratuvar çalışmaları sonucunda teşhisleri yapılan örneklerin Leotiomycetes, Pezizomycetes, Sordariomycetes, Agaricomycetes ve Dacrymycetes sınıflarına ait 12 takım, 45 familya ve 92 cins içerisinde dağılım gösteren toplam 208 makromantar türü olduğu tespit edilmiştir. Bunların 66'sı yenen, 103'ü yenmeyen, 31'i ise zehirli olarak belirlenmiş ve 8 türün ise yenilebilirlik durumu tespit edilememiştir. Ayrıca 10 makromantar türü ilk defa bu çalışma ile tespit edilerek ülkemiz mikotasına yeni kayıt olarak ilave edilmiştir. Bunlar: Hyaloscypha aureliella, Parascutellinia carneosanguinea, Agaricus leptocaulis, Lepiota bouderi, Cortinarius confirmatus, C. smithii, Entoloma lampropus, Galerina vittiformis, Hebeloma anthracophilum ve Inocybe sublilacina'dır. Teşhisleri yapılan makromantar türlerinin sistematikleri, bazidiokarp, askokarp ve spor fotoğrafları, diğer özellikleri, yayılışları ve yeni kayıt olan türlerin deskripsiyonları verilmiştir.
Van Gölü kıyı kumlarından izole edilen Spathidiid siliyatlar (Ciliophora, spathidiida) üzerinde morfolojik ve moleküler filogenetik araştırmalar
Bu çalışmada Van Yüzüncü Yıl Üniverstesi yerleşkesi kıyılarındaki kum ve toprak örneklerinde yaşayan spathidiid siliyatlar izole edildi, morfolojik özellikleri ile moleküler filogenetik özellikleri araştırıldı. Petri kültürlerinde farklı morfolojik özelikler gösteren üç spathidiid popülasyonu belirlendi. Bu popülasyonların morfolojik özellikleri canlı incelemeler ve gümüş boyama teknikleri kullanılarak ortaya çıkarıldı. İzole edilen popülasyonların 18S rDNA gen bölgesi çoğaltılarak dizileri belirlendi. Kültür ortamında birbiri ardınca çoğalan popülasyonların gen dizileri karşılaştırıldığında, üç popülasyonun da birbirine benzer diziye sahip olduğu anlaşıldı. Bu benzerlikten dolayı izole edilen popülasyonların aynı popülasyonun farklı yaşam döngülerindeki morfolojik varyasyonlar olduğuna karar verildi. Bu popülasyonlar hücre şekli, oral ve somatik siliyatür ile nüklear organizasyon bakımından Spathidium spathula'ya yakın fakat 18S rDNA gen dizisi bakımından ondan farklı olduğu anlaşıldığından, izole edilen bu popülasyon herhangi bir türe dahil edilmedi ve Spathidium sp. olarak bildirildi. Bu çalışmada izole edilen Spathidium sp. popülasyonunun diğer spathidiid siliyatlar ile aynı ana kladda yer almakla birlikte hemcinslerinden ziyade Lagynophrya acuminata, Enchelys gasterosteus ve Balantidion pellucidum ile daha yakın ilişki içerisinde olduğu görüldü. Haptorid siliyatların morfolojik ve filogenetik sınıflandırma modelleri arasında uyumsuzlukların olduğuna dair önceki çalışmalarda pek çok kayıt mevcuttur. Bu sorun, haptorian siliyatların morfolojik taksonomisinde kullanılan karakterlerin homolojiyi temsil etmediği, farklı soy hatlarında birbirinden bağımsız olarak birden çok kez ortaya çıkmış olmasından kaynaklanabilir. Bu sorunun üstesinden gelmek için genetik olarak benzer siliyatların taşıdıkları ortak morfolojik karakterler belirlenerek morfolojik taksonominin yeniden değerlendirimesi önerilmektedir.
Bisfenol S'nin erkek ratlarda adrenal bez üzerindeki toksik etkilerinin araştırılması
Bu çalışmada, polikarbonat plastikler ve epoksi reçinelerin üretiminde bisfenol A'nın yerine bir alternatif olarak tercih edilen bisfenol S (BPS)'nin, erkek Wistar albino ratların adrenal bezi üzerindeki toksik etkilerinin incelenmesi amaçlandı. Bu amaç doğrultusunda 28 adet erişkin erkek rat, rastgele olarak her birinde 7 hayvan olacak şekilde, 4 gruba ayrıldı. Grup I'deki hayvanlara oral gavaj ile günlük olarak çeşme suyu verildi. Grup II'deki hayvanlara oral olarak test kimyasalının çözündüğü bir vehikıl (etanol-zetinyağı karışımı) verildi. Grup III ile IV'deki hayvanlara ise sırasıyla; BPS'nin 5 ve 20 mg/kg/vücut ağırlığı dozları, oral gavaj ile günlük olarak uygulandı. Bütün uygulamalar, 28 gün sonunda sonlandırıldı. Daha sonra ratların adrenal bezleri çıkartıldı ve bazı antioksidan savunma sistem göstergelerinin (malondialdehit (MDA) düzeyi, glutatyon S-transeraz (GST) aktivitesi ve redükte glutatyon (GSH)) analizleri ile histopatolojik incelemeler, gerçekleştirildi. BPS'nin adrenal bezdeki MDA düzeyinde anlamlı artışlara neden olduğu bulundu ve GST aktivitesini en yüksek dozda azalttığı belirlendi. Bununla birlikte, adrenal bez GSH düzeyinin BPS maruziyeti sonrasında, anlamlı değişimler göstermediği bulundu. BPS'nin adrenal korteksin zona fasikulata tabakası hücrelerinde vakuolizasyon artışı ile vakuolar dejenerasyona sebep olduğu gözlendi. Bu çalışmadan elde edilen veriler, BPS'nin adrenal bezde oksidatif stresi uyarabildiğini ve yapısal değişikliğe neden olabildiğini göstermektedir. BPS'nin böbreküstü bezi üzerindeki olumsuz etkileri ve bu etkiler ile ilişkili olarak ortaya çıkacak muhtemel sağlık problemleri göz önünde tutularak, tüketici ürünlerindeki kullanımından kaçınılmalıdır.
Van Balığı (Alburnus tarichi, Güldenstädt, 1814) hematolojisindeki değişimlerin üreme göçü sırasında incelenmesi
Türkiye'nin en büyük gölü olan Van Gölü, sahip olduğu yüksek pH, tuzluluk ve alkalinite oranları (pH 9.8, tuzluluk ‰18-22, alkalinite 151.2 mEq/L) ile sodalı göller sınıfındadır. Dünyanın en büyük soda gölü ve üçüncü en büyük kapalı havza gölü olan Van Gölü'nün tuzlu-alkali özelliği canlı türlerinin yaşamlarını kısıtlar. Gölün bu zorlayıcı koşullarına adaptasyonunu sağlamış olan Van Balığı (Alburnus tarichi, Güldenstädt, 1814) omurgalı ve anadrom bir balık türüdür. Van balıkları beslenme ve gelişim aşamasını Van Gölü'nde geçirdikten sonra, hava sıcaklığının artmaya başlamasıyla nisan-temmuz aylarında göle dökülen çevre akarsulara üremek için göç ederler. Üreme döneminde Van Gölü'nden tamamen farklı bir ortama geçiş yapan balıklar her iki ortama da adaptasyonlarını gerçekleştirirler. Kan doku bu adaptasyon sürecinde homeostatik dengeyi sağlayan önemli dokulardan biridir. Bu çalışmada Van Balığının üreme göçü döneminde hematolojik (RBC, Hb, Hct, MCV, MCH, MCHC, WBC, periferik kan analizi) ve biyokimyasal (ALT, AST, kalsiyum, kolesterol, klor, kreatin, glukoz, potasyum, magnezyum, sodyum, fosfor, total protein, trigliserid, üre, albümin, ALP) parametrelerin analizi yapıldı. Hematolojik ve biyokimyasal analizler sonucunda elde edilen bulgular lokalite (Van Gölü ve Karasu Çayı) ve cinsiyete göre karşılaştırıldı. Hematolojik parametrelerin lokalitelere göre karşılaştırılması sonucunda RBC MCH ve WBC parametrelerinde farklılık olduğu belirlendi. Hb, HCT, MCV, MCHC parametrelerinde ise farklılık gözlenmedi. Van Balığı hematolojik parametrelerinin cinsiyet gruplarına göre incelenmesinde RBC, MCH, MCHC parametrelerinde farklılığın olduğu görülürken; Hb, Hct, MCV ve WBC değerlerinde farklılık görülmedi. Van Balığının sitokimyasal boya ile boyanan periferik kan yayma preparatları ışık mikroskobu ile incelendi. Balık kanında bulunan eritrositler, lökositler ve trombositlerin hücre yapıları incelendi. Kan hücreleri morfolojik olarak incelendi ve sitolojik ölçümleri yapıldı. İncelenen preparatlarda farklı gelişim aşamasında olan hematopoetik kan hücreleri gözlendi. Biyokimyasal analizler cinsiyet ve lokasyon gruplarına göre karşılaştırıldı. Elde edilen analiz sonuçlarına göre gruplar arasındaki farklılıklar belirlendi. Van Balığı serum kalsiyum ve ALP seviyelerinin incelenmesinde dişi ve erkek balıklar arasında anlamlı bir farkın olduğu görüldü. Ayrıca kalsiyum ve ALP parametreleri dışında ALT, AST, kolesterol, klor, kreatin, glukoz, potasyum, magnezyum, sodyum, fosfor, total protein, trigliserit, üre, albümin seviyelerinin karşılaştırılmasında ise anlamlı bir farklılık tespit edilmedi. Van Balığı serum AST, kalsiyum, kreatin, magnezyum, total protein, trigliserid, kolesterol, albümin ve ALP seviyeleri lokalitelere göre karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı bir farkın olmadığı görüldü. Ancak glukoz, ALT, potasyum, üre, klor, fosfor ve sodyum parametrelerinde ise istatistiksel açıdan anlamlı bir farkın olduğu belirlendi. Sonuç olarak RBC, MCH, MCHC, WBC glukoz, ALT, potasyum, üre, klorür, fosfor ve sodyum parametrelerinin Van balıklarının üreme göçü sırasında önemli ölçüde değişen kan parametreleri olduğu belirlendi. Tam kan ve serum analizleri sonucunda ölçülen bu parametrelerin, farklı fizikokimyasal özelliklere sahip su koşullarına (pH, sıcaklık, tuzluluk) uyum stresi, göç sırasında yoğun yüzme aktivitesi, metabolik stres, üreme stresi ve cinsiyet gibi faktörlere bağlı olarak değiştiği gözlemlendi.
Hakkâri merkez ve Çukurca ilçesinde yetişen makromantarlar üzerinde taksonomik bir araştırma
Bu çalışma Hakkâri merkez ve Çukurca ilçesi sınırları içerisinde kendiliğinden yetişen ve 2020-2022 yılları arasında yapılan arazi çalışmaları sonucu toplanan makromantar örnekleri üzerinde yapılmıştır. Yapılan arazi çalışmaları sırasında toplanan mantar taksonlarının yetişme yerlerinde renkli fotoğrafları çekilip bu mantarların ekolojik ve morfolojik özellikleri ile yörede yaşayan halkın makromantarlar hakkındaki bilgileri kaydedilmiştir. Gerçekleştirilen arazi ve laboratuvar çalışmaları neticesinde tayinleri yapılan örneklerin Dothideomycetes, Leotiomycetes, Orbiliomycetes, Pezizomycetes, Sordariomycetes, Agaricomycetes ve Tremellomycetes sınıflarına ait 17 takım, 74 familya ve 155 cins içerisinde dağılım gösteren toplam 370 makromantar türü olduğu tespit edilmiştir. Bunların 79'u yenen, 254'ü yenmeyen, 37'si ise zehirli olarak belirlenmiştir. Ayrıca 18 makromantar türü ilk defa bu çalışma ile tespit edilerek ülkemiz mikotasına yeni kayıt olarak ilave edilmiştir. Bunlar; Pterulicium gracile, Lindtneria trachyspora, Bisporella pallescen, Discina fastigiata, Entoloma phaeocyathum, Flammulaster carpophilus, Hemimycena hirsuta, Lachnella alboviolascens, Mycena arcangeliana, Mycena citrinomarginata, Mycoacia livida, Cyathicula amenti, Pyrenopeziza baraliana, Mollisia rosae, Pyrenopeziza atrata, Pachyella adnata, Clavaria falcata ve Ascobolus lignatilis'tir. Teşhis edilen makromantar türlerinin sistematikleri, bazidiokarp, askokarp ve spor fotoğrafları, diğer özellikler, yayılışları ve yeni kayıt türlerin tanımlamaları sunulmuştur.
Turna (Keşiş) gölü ornitofaunası üzerine bir araştırma
Bu araştırma ile Van İli Gürpınar İlçesi'nde bulunan Turna (Keşiş) Gölü'nün ornitofaunası araştırıldı. 12 ay süren bu çalışmada Turna Gölü'ndeki kuş popülasyonu gözlemlendi. Toplamda 11 Takım ve 26 Familya'ya ait 74 tür ve 1 alttür tespit edildi. Bu tür sayısı, Türkiye'de gözlemlenen 530 kuş türünün yaklaşık % 14.1'ine ve Van Gölü Havzası'nda gözlemlenen 234 kuş türünün yaklaşık % 32.1'ine denk gelmektedir. Uluslararası Doğayı Koruma Birliği (IUCN) kriterleri baz alındığında alanda tespit edilen türlerden; 2 türün Endangered (EN), 1 türün Vulnerable (VU), 3 türün Near Threatened (NT) ve 69 türün de Least Concern (LC) kategorisinde olduğu tespit edildi. Avrupa Yaban Hayati ve Yaşamlarınn Korunması Sözleşmesi (BERN) kategorisinde Ek II Listesinde toplam 45 tür ve Ek III Listesinde 24 tür bulunmaktadır. BERN kategorisine göre 6 tür kapsam dışındadır. Alanda yaşayan kuş türlerinin Bölge Statüsü durumuna bakıldığında 14 türün rastlantısal (R), 56 türün yaz ziyaretçisi (YZ) ve 2 türün transit göçmen (T) ve 3 türün kış ziyaretçisi (KZ) olduğu belirlendi. Yaz ziyaretçisi türlerin araştırma alanında ürediği gözlemlendi. Van Gölü Havzasının en yüksek konumunda bulunan Turna Gölü; birçok kuş türü için üreme, barınma, beslenme ve dinlenme alanı teşkil etmektedir.
Kurtalan (Siirt) ilçesinde yetişen makromantarlar üzerine taksonomik bir araştırma
Bu çalışma, Kurtalan (Siirt) ilçe sınırları içerisinde, 2023 ilkbahar ve sonbahar ayları arasında doğal ortamlarında yetişen makromantarlar üzerine yapılmıştır. Arazi çalışmaları esnasında toplanan örneklerin gelişim gösterdikleri doğal ortamlarında renkli fotoğrafları çekilmiş, araştırma alanı halkı tarafından; ekolojik, etnomikolojik ve morfolojik özellikleri hakkında gerekli bilgiler arazi defterine kaydedilmiştir. Arazi ve laboratuvar çalışmaları sonucunda teşhis edilen örneklerin Agaricomycetes, Pezizomycetes ve Leotiomycetes sınıflarına ait 7 takım, 27 familya içerisinde dağılım gösteren toplam 76 makrofungus taksonu olduğu tespit edilmiştir. Bunların 8 tanesinin yenen, 66'nün yenmeyen, 2'sinin zehirli olduğu belirlenmiştir. Yapılan bu çalışma ile 5 yeni makromantar türü ülkemiz biyoçeşitliliğine kazandırılmıştır. Bunlar; Saccobolus truncatus Velen. (Helotiaceae), Geopora tenuis (Fuckel) T. Schumach (Pyronemataceae), Tulosesus pellucidus (P. Karst.) D. Wächt. & A. Melzer (Psathyrellaceae), Amylocorticiellum molle (Fr.) Spirin & Zmitr. (Amylocorticiaceae), Peniophora albobadia (Schwein.) Boidin (Peniophoraceae)'dır. Teşhisleri yapılan makromantar örneklerinin sistematikleri belirlenmiş, basidiokarp ile spor fotoğrafları çekilmiş ayrıca yayılışları, yenilebilirlik durumları, diğer özellikleri, yeni kayıt olanların deskripsiyonları da verilmiş olup Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Mikoloji Araştırma laboratuvarında (VANF) saklanmaktadırlar.
Fasulye (Phaseolus vulgaris L.) bitkisinde maneb'in fizyolojik fenolojik, anatomik ve morfolojik etkileri
Bu çalışma, pestisit olarak fasulye bitkisinde antraknoz ve pas hastalığında yaygın kullanılan bir fungusitin (%80 maneb + %16 manganez +%4 çinko iyonu) önerilen 2 gr/L dozu yanında iki kat alt ve iki kat üst dozlarının (kontrol, 0.5 gr/L, 1gr/L, 2gr/L, 4gr/L, 8gr/L) uygulamasının fasulye (Phaseolus vulgaris L.) bitkisinde meydana getireceği fizyolojik, fenolojik, anatomik ve morfolojik etkilerinin yanı sıra bitkide oluşabilecek pestisit kalıntı miktarı değerlendirilmiştir. Kum kültürü denemesi, beş tekrarlı tesadüf blokları deneme desenine göre oluşturulmuştur. 70 günün sonunda deneme tamamlanarak belirlenen parametreler ölçülmüş ve veriler kayıt altına alınmıştır. Fungusit uygulaması sonucunda kontrol grubuna kıyasla anatomik bulgularda önerilen doz 2 gr/L ve yüksek dozlar 4 gr/L ve 8 gr/L uygulama gruplarında azalma tespit edilmiştir. Fizyolojik bulgularda bitki kök, gövde, yaprak kısımlarında maneb kalıntı miktarında artış, klorofil karotenoid miktarlarında ve yaş kuru ağırlık oranlarında azalmalar tespit edilmiştir. Morfolojik bulgularda kök, gövde uzunluklarında, kök, gövde ve yaprak alanlarında azalmalar tespit edilmiştir. Fenolojik bulgularda çiçek ve meyve oluşum sürelerinde değişimler kaydedilmiştir. Sonuç olarak uygulanan fungusit konsantrasyon artışına paralel olarak fasulye bitkisinde fizyolojik, fenolojik, anatomik, ve morfolojik parametrelerde toksik etkiler meydana getirmiştir.
Gürpınar (Van) ilçesi ve çevresi zehirli bitkileri
Bu çalışma, 2022-2024 yılları arası Van ili, Gürpınar ilçesi ve çevresindeki köylerde yetişen, insanlar ve hayvanlar tarafından yenildiğinde zehir etkisi yapan ve sağlığı olumsuz yönde etkileyen bitkileri tespit etmek amacıyla yapılmıştır. Çalışmada bitkilere ait bilimsel isimler, yöresel isimler ve bitkilerin zehirli kısımları belirtilmiştir. Gürpınar ilçesi, Davis'in kareleme sistemi çerçevesinde Türkiye'nin B9 karesi içerisinde bulunmaktadır. Araştırma esnasında, bölge insanları ile görüşmeler yapılmış ve bilgiler alınmıştır. İnsan sağlığı, hayvan sağlığı ve hayvansal üretim açısından zehirli bitki zararının en az düzeye indirgenebilmesi amacıyla toksik madde içeren bitkilerin tanınması, biyolojilerinin ve özelliklerinin belirlenmesi ve teşhisi büyük önem arz etmektedir. Aynı zamanda meralardan yararlanan üreticilere ve hayvancılıkla uğraşan çiftçilere bu bitkilerin tanıtılması gerekmektedir. Bu anlamda bölgede yetişen zehirli bitkilerin belirlenmesi, hem bilimsel literatürde hem de yöre insanının faydalanması açısından yarar sağlayacaktır. Yapılan arazi taramaları sonucunda insanlar ve hayvanlar için zehirli olan ve tehlike arz edebilecek düzeyde 36 familyaya ait 168 takson tespit edilmiştir. Bu taksonların 153 tanesinin otsu yapıda, 9 tanesinin ağaç, 6 tanesinin çalı formunda, 41 tanesinin endemik bitki ve 10 tanesinin de kültür bitkisi olduğu belirlenmiştir.
Edremit sazlığı (Van) ornitofaunasının tespiti
Bu çalışma, Van İline bağlı Edremit ilçe sınırlarında yer alan Edremit Sazlığındaki ornitofaunanın tespitini yapmak amacıyla gerçekleştirildi. Bir yıllık bir gözlem ve araştırmanın neticesinde alanda yıl boyunca ve belirli mevsimlerde bulunan kuş türleri ve popülasyon durumları tespit edildi. Dört mevboşluğu siliniz.boşluğu siliniz.simi kapsayan bir yıllık arazi çalışmaları neticesinde 12 Takım (Ordo), 27 Aile (Familya) ye ait 85 kuş türü tespit edildi. Tespit edilen türlerin Uluslararası Doğayı Koruma Birliği (IUCN)'ne göre statülerine bakıldığında; Dikkuyruk (Oxyura leucocephala) ve Küçük Akbaba (Neophron percnopterus) türlerinin Tehlike Altında (EN-Endangered), Gök Kuzgun (Coracias garrulus), Kız Kuşu (Vanellus vanellus), Kervan Çulluğu (Numenius arquata), Çamur Çulluğu (Limosa limosa) ve Vangölü Martısı (Larus armenicus)'nın Yakın Tehdit Altında (NT- Near Threatened) statüsünde olduğu, Elmabaş Patka (Aythya ferina) türünün Hassas (VU-Vulnerable) statüsünde olduğu, geriye kalan 77 türün ise Asgari Endişe (LC-Low Critically) statüsünde olduğu belirlendi. Alanda belirlenen kuş türlerinin 15 tanesi Yerli, 63 tanesi Yaz Ziyaretçisi göçmen ve 7 tanesi de Rastlantısal olarak değerlendirildi. Edremit İlçesi Van Gölü'nün kıyısında sosyal açıdan bir rekreasyon alanı niteliğinde olan bir ilçedir. Edremit Sazlığı da bu sosyal yapıya biyolojik olarak katkı sunup doğal bir ortam sunmaktadır.
Hakkarı̇ ilı̇ geometridae (lepidoptera) türlerı̇ üzerı̇ne taksonomı̇k ve moleküler araştırmalar
Bu çalışma, 2019-2023 yılları arasında Hakkâri il çevresi de dâhil; Yüksekova, Şemdinli, Çukurca ve Derecik ilçelerinde toplam 44 farklı istasyonda Geometridae familyası üzerine gerçekleştirilmiştir. Araştırma bölgesinden söz konusu familyadan Desmobathrinae, Ennominae, Geometrinae, Larentiinae ve Sterrhinae altfamilyalarına ait 67 cinsten 145'i tür düzeyinde, toplamda 153 takson belirlenmiştir. Rhodostrophia peripheres Prout, 1938, Triphosa silviae Wanke, Hausmann & Rajaei, 2019, Eupithecia thurnerata Schütze,1958 ve Eupithecia zagrosata Mironov & Ratzel, 2012 türleri Türkiye faunasına yeni olarak kaydedilmiştir. Bununla birlikte, Charissa cinsine ait üç, Idaea cinsinde iki, Eupithecia ve Cyclophora cinslerinden birer tür olmak üzere, yedi takson cins kategorisinde değerlendirilmiştir. Günümüze kadar dişisi bilinmeyen Nychiodes rayatica için alandan tespit edilen bir dişi allotip olarak seçilmiş ve tanımlanmıştır. Çalışma alanından toplanan Scopula semnana populasyonu içerisinde incelenen bir örnek kanat desenleri ve kanat renklenmesi dikkate alınarak form albina tanımlanmıştır. Tez çalışmasında tespit edilen 56 tür, Hakkâri faunasına ilave olmuştur. Ayrıca, Charissa mardinaria, Isturgia hopfferaria ve Drapanupterula limaria türlerinin dişilerine ait morfolojik özellikler ilk kez bu tez çalışmasında ayrıntılı olarak sunulmuştur. Çalışma kapsamında 27 farklı taksona ait mitokondriyal DNA barkod verilerine (mtCOI geni) ulaşılmıştır. Bunlardan 16 taksonun DNA barkod analizleri değerlendirilmiştir. Elde edilen moleküler veriler, Rhodostrophia peripheres ve Triphosa silviae türlerinin kesin teşhislerinde belirleyici olmuştur. Bütün bu süreçte alanda tespit edilen her takson taksonomik açıdan tartışılmış ve morfolojik özellikleri detaylı tarif edilmiştir.
Batman ili batı raman bölgesi pyraloıdea faunasıüzerine araştırmalar (lepıdoptera)
Bu çalışma, Batman ilinin Batı Raman bölgesinde Pyraloidea üst familyasına ait türlerin tespiti amacıyla yürütülmüş tez sonuçlarına dayanmaktadır. Arazi çalışmaları 2023 yılı Mayıs-Eylül ve 2024 yılı Nisan-Mayıs ayları arasında gerçekleştirilmiş olup, çoğunlukla gece aktif türler üzerinde yürütülmüştür. Çalışma sonucunda, Pyralidae ve Crambidae familyalarından toplam 47'si tür ve 2'si cins kategorisinde olmak üzere 49 takson tespit edilmiştir. Bunlar arasında 36 tür Batman faunası için yeni kayıt olarak ilave olmuştur. Elde edilen bulgular literatür ile karşılaştırılmış, morfolojik karakterler dikkate alınarak genellikle faunistik ve bazı türlerde ise taksonomik değerlendirmeler yapılmıştır. Bu kapsamda, Synaphe morbidalis'in erkek genitali ile Eurhodope cinerea hem dış morfolojik özellikleri hem de üreme organı fotoğraf olarak ilk kez bu tez kapsamında ortaya konulmuştur. Ayrıca türlerin Türkiye ve dünya genelindeki coğrafi yayılışları dikkate alınarak, bazı türlerin ise ekolojik tercihleri de değerlendirilmiştir. Elde edilen verilere göre, Türkiye ve dünyada sınırlı yayılış gösterdiği belirlenen türler arasında Keradere tengstroemiella, Susia uberalis, Eurhodope cinerea, Pyrausta neglectalis, Metasia ossealis ve Elegia iozona yer almaktadır. Dünya genelinde yayılış alanı dar olan türler arasında Acrobasis atrisquamella, Pyrausta ferrealis ve Metasia rosealis öne çıkmaktadır. Ephestia elutella, Euchromius ocellea, Cadra figulella, Helula undalis, Ostrina nubilalis ve Nomophila noctuella gibi türlerin, hem Türkiye'de hem de dünya genelinde yaygın, ekolojik toleransı geniş türler olduğu belirlenmiştir
Erciş (Van/Türkiye) Pınarlı meydan kalderası ornitofaunası
Bu araştırmanın amacı Erciş Pınarlı Meydan Kalderası'nın kuş çeşitliliğini ortaya çıkarmaktır. 13 ay boyunca yapılan saha çalışmalarında 19 takım (Ordo)'a ait 38 familyadan (Familia) 126 kuş taksonu kaydedilmiştir. Tespit edilen kuş taksonlarından 125'i tür (Species) ve 1'i alttür (Subspecies) dür. Çalışma sahasında tespit edilen kuşların IUCN statüleri baz alındığında, kategoriler;1 tür Tehlike Altında (EN-Endangered), 2 tür Hassas (VU-Vulnerable), 3 tür Tehlikeye Yakın (NT-Near threatened), 118 tür Asgari Endişe (LC- Least Concern) ve 2 kuş türü Kapsam dışı olarak tespit edilmiştir. BERN kategorileri esas alındığında 86 tür Ek liste II, 32 tür Ek liste III ve 8 tür Kapsamda değil kategorisinde bulunmaktadır. MAKK (2025-2026) kriterlerine göre çalışma sahasında gözlemlenen kuş türlerinden 24'ü Ek liste I, 15'i Ek liste II ve 87'si Kapsamda değil kategorisindedir. CITES kriterleri göz önüne alındığında çalışma sahasında gözlemlenen kuş türlerinden 18'i Ek liste II, diğer 108 kuş Kapsamda değil kategorisinde bulunmaktadır. Alanda yaşayan kuş türlerinin Bölge Statüsü durumuna göre, 12 Transit (T), 52 Yerli (Y), 54 Yaz Ziyaretçisi (YZ) ve 8 türün Kış Ziyaretçisi olduğu tespit edildi. Yerli ve Yaz Ziyaretçisi türler çalışma sahasında ve etrafında üreme yapan kuşlardır. Bu bağlamda 106 tür Pınarlı Meydan Kalderası ve etrafında üreme yapmaktadır. Sonuç olarak çalışma sahası ve etrafında üreme yapan kuşlar alanda tespit edilen tüm kuşların %84'ünü kapsamaktadır ve Pınarlı Meydan Kalderası ve etrafının alanda üreyen kuşlar için son derecede önem arz ettiği tespit edilmiş ve alanın mutlaka korunması gerektiği değerlendirilmiştir.
Cizre (Şırnak-Türkiye) ornitofaunası
Bu araştırmanın amacı Cizre ilçe sınırları içindeki kuş türlerini tespit etmektir. 13 aylık saha araştırmaları neticesinde 18 Ordo içerisinde yer alan 39 Familia'a ait 128 kuş taksonu saptanmıştır. Bu kuş taksonlarından 127'si tür ve 1'i alttürdür. IUCN kategorilerine göre çalışma sahasında tespit edilen kuş statüleri;1 tür Tehlike Altında (EN-Endangered), 2 tür Hassas (VU-Vulnerable), 3 türTehlikeye Yakın (NT-Near Threatened), 120 tür Asgari Endişe (LC-Least Concern) ve 2 kuş türü kapsamda değildir. BERN'e göre 85 tür Ek liste II'de, 33 tür Ek liste III'te ve 10 tür ise liste kapsamına girmemektedir. MAKK'a göre yapılan karşılaştırmada sahada saptanan kuşlardan 22'si Ek liste I'de, 17'si Ek liste II'de ve 89'u liste kapsamı dışıdır. CITES'e göre saptanan kuş türlerinin 18'i Ek liste II'de bulunurken, geriye kalan 110 tür listenin kapsamı dışındadır. Sahada bulunan kuşların mevsimsel statüsüne göre değerlendirilmesi yapıldığında 11 türün T, 54 türün Y ve 56 kuş türünün YZ ve 7 kuş türünün ise KZ olduğu görüldü. Y ve YZ olan türler çalışma sahasında veya etrafında üreyen kuş türleridir. Bunun toplamında 110 tür Cizre'de üremektedir. Bu gözlenen türlerin %86'sını oluşturmaktadır. Bu tespit, Cizre'nin kuşların üreme ve barınma açısından önemini gösterir.
Doğal adsorban olarak Maclura pomifera (raf.) c. k. schneider meyvesi ile sulardan boyar madde gideriminin incelenmesi
Bu çalışmada, İstanbul ili ekolojik şartlarında yetişen Moraceae üyesi olan Maclura pomifera (ayı dutu, yalancı portakal) meyvesi, düşük maliyetli ve çevre dostu bir biyosorbent olarak değerlendirilmiş olup metilen mavisi, malahit yeşili ve kristal viyole boyar maddelerinin sulu çözeltilerden adsorpsiyon ile giderimi araştırılmıştır. Adsorpsiyon deneyleri 298 K, 308 K ve 318 K sıcaklıklarda 5, 10, 15, 20, 25 ppm konsantrasyonlarda gerçekleştirilmiştir. Elde edilen veriler Langmuir, Freundlich, Temkin izotermleri ve kinetik modelleri ile hesaplanmıştır. Hesaplamalar sonucunda adsorpsiyonun Freundlich izoterm modeline uygun gerçekleşmiş olup yalancı ikinci derece kinetik modeline iyi uyum sağlamıştır. Yapılan termodinamik (ΔG°, ΔH°, ΔS°) analizleri sonucu ise adsorpsiyonun spontane ve farklı derişim, sıcaklık ve yüzey doluluk koşullarına bağlı olarak adsorpsiyonun termodinamik davranışı değişmektedir. Bu durum, adsorpsiyonun çok aşamalı bir süreç olduğunu ve koşullara bağlı olarak ekzotermik veya endotermik karakter gösterebildiğini ortaya koymaktadır. SEM–EDX analizleri ise, biyosorbentin heterojen ve pürüzlü yüzey yapısı ile fonksiyonel grupların varlığının bu yüksek adsorpsiyon performansını desteklediğini göstermektedir. Sonuç olarak Maclura pomifera meyvelerinin farklı boyar maddelerin gideriminde etkili, çevre dostu ve düşük maliyetli bir biyosorbent olduğu belirlenmiştir.
Oksidatif stres kaynaklı nöron hasarında antioksidanların koruyucu etkisinin incelenmesi
Sunulan bu tez çalışması kapsamında nöronal bir hücre hattı olan SH-SY5Y insan nöroblastoma hücre hattında, iki boyutlu in vitro oksidatif stres modeli oluşturulması ve bu modelde iki farklı antioksidanın koruyucu etkilerinin incelenmesi hedeflenmiştir. Bu hedef doğrultusunda SH-SY5Y hücreleri kültüre edilmiş ve hidrojen peroksit ile hücrelerde oksidatif stres modeli oluşturulmuştur. Bu model üzerinde artan dozlarda n-asetil sistein ve selenyumun koruyucu etkileri deneysel çalışmalarla incelenmiştir. Antioksidanların hücre canlılığına olan etkileri 24, 48 ve 72. saatlerde yapılan 3-(4,5-dimetiltiyazol-2-il)-2,5-difenil-tetrazolyum bromür kalorimetrik testi ve akridin/orange propidyum iyodür floresan boyaması ile belirlenmiştir. 72. saatte, hücrelerde oluşan toplam antioksidan ve oksidan kapasite tayini yapılarak oksidatif stres indeksi tespit edilmiştir. Elde edilen sonuçlara göre, n-asetil sistein ve selenyumun belirlenen doz aralıklarında hücreleri oksidatif hasara karşı koruduğu, ancak yüksek dozlarda hücreler için toksik olabilecekleri belirlenmiştir. 24, 48 ve 72 saatlik uygulamalarda hidrojen peroksit hücre canlılığında önemli ölçüde azalmaya sebep olurken, hidrojen peroksit uygulaması öncesinde n-asetil sistein ve selenyum uygulanan gruplarda hücre canlılığı anlamlı derecede yüksek bulunmuştur. Toplam antioksidan ve oksidan kapasitesi tayinleri sonucu elde edilen oksidatif stres indekslerinde hidrojen peroksit uygulanan grubun en yüksek oksidatif strese sahip olduğu, antioksidan uygulanan gruplarda ise oksidatif stresin daha düşük olduğu tespit edilmiştir. Selenyum ve n-asetil sistein koruyucu etkileri arasında ise anlamlı bir farklılık bulunmamıştır. Bu doğrultuda, n-asetil sistein ve selenyumun oksidatif stres kaynaklı nörodejenerasyonda koruyucu olabileceği sonucuna ulaşılmıştır. Bununla birlikte, gelecekte yapılacak olan kapsamlı in vitro ve in vivo çalışmalarla bu sonucun desteklenmesi sayesinde bu iki antioksidan molekülün etkileri çok daha iyi anlaşılmış olacaktır.
Türkiye'deki bazı Ornithogalum L. (Subgenus Ornithogalum Baker) (asparagaceae) türlerinin polen morfolojisi
Bu tez kapsamında, Türkiye'de doğal olarak yayılış gösteren Ornithogalum L. (Subgenus Ornithogalum Baker) cinsine ait 15 türün (Ornithogalum armeniacum Baker, O. comosum L., O. fimbriatum Willd., O. isauricum, O.D. Düşen & Sümbül, O. lanceolatum Labill, O. malatyanum Mutlu, O. montanum Cirillo, O. nallihanense Yıld. & Doğru-Koca, O. nivale Boiss., O. orthophyllum Ten., O. pascheanum Speta, O. refractum Kit. ex Schltdl, O. sigmoideum Freyn & Sint, O. umbellatum L., O. wiedemannii Boiss.) polen morfolojisi ayrıntılı olarak tespit edilmiştir. Polen preparatları, ülkemizdeki çeşitli herbaryumlardan elde edilen çiçekli örneklerden asetoliz metodu ile hazırlanmıştır. Polenlerin morfolojik özellikleri ışık mikroskobu (LM) ve Taramalı Elektron Mikroskobu (SEM) incelenmiştir. Her bir taksona ait polenlerin mikrofotoğrafları çekilmiştir. Işık mikroskobunda yapılan incelemeler sonucunda, incelenen türlerin polen boyutlarının, sulkus boyunun ve sulkus eninin türden türe farklılık gösterdiği gözlemlenmiştir. İncelenen Ornithogalum L. (Subgenus Ornithogalum Baker) türlerine ait polenlerin apertür tipinin monosulkat, polen şekillerinin oblat ve suboblat, ekzin ornamentasyonun ise foveolat-perforat olduğu belirlenmiştir. Bu çalışma sonucunda elde edilen verilere göre taksonlara ait polen tanımları yapılmış ve teşhis anahtarı hazırlanmıştır.
Türkiye'deki bazı verbascum l. (Grup J) (Scrophularıaceae) türlerinin polen morfolojisi
Bu çalışmada Türkiye'de yayılış gösteren Verbascum L. (Grup J) (Scrophulariaceae) cinsine ait (Verbascum caesareum Boiss, V. amanum Boiss, V. agastachyum Hub.-Mor, V. vulvanicum var. viridans Hub.-Mor, V. vulcanicum var. vulcanicum Hub.-Mor, V. urceolatum Hub.-Mor., V. galilaeum Boiss, V. flavipannosum Hub.- Mor., V. stenostachyum Hub.- Mor.) 9 taksonun palinolojik özellikleri incelenmiştir. İncelenen taksonların, polen preparatları Wodehouse ve Asetoliz metoduna göre hazırlanmıştır. Taksonlara ait polenlerin morfolojik özelllikleri ışık mikroskobu ile saptanmış ve ardından hem ışık mikroskobu ile hem de SEM ile mikrofotoğrafları çekilmiştir. Işık mikroskobuyla yapılan palinolojik incelemeler sonucunda polenlerin boyutlarında (polar eksen, ekvatoral eksen, Amb çapı) apertürlerin ebatlarında (kolpus boyu, kolpus eni, por boyu ve por eni) ve ayrıca ekzin kalınlıklarında farklılıklar gözlenmiştir. İncelenen Verbascum (Grup J) cinsine ait taksonların polenlerinin trikolporat, polen şekillerinin oblat sferoid ve ekzin ornemantasyonun ise mikroretikülat olduğu tespit edilmiştir. Bu çalışmadan elde edilen verilere göre her bir taksona ait polen tanımları yapılmış ve teşhis anahtarı hazırlanmıştır. Ayrıca polenlerin polar eksen, ekvatoral eksen ve Amb çap uzunluk değerlerine ait dal yaprak grafikleri verilmiştir.
Nefrojenik diabetes insipidus hastalığına sebep olan mutantlar üzerinde bazı farmakolojik şaperonların etki mekanizmalarının araştırılması
G-protein bağlı reseptörler (GPCR) vücudumuzda birçok fizyolojik sürecin yönetilmesinde görev alan büyük bir integral membran proteini ailesidir. Reseptör üzerindeki amino asit dizilerinde meydana gelen mutasyonlar, reseptörü konformasyonel değişikliğe uğratarak çeşitli hastalıkların ortaya çıkmasına neden olmaktadır. Diabetes insipidus (DI), GPCR ile ilişkili mutasyonlardan kaynaklı gelişebilen bir hastalıktır. DI kendi içinde Santral DI (CDI), Nefrojenik DI (NDI), primer polidipsi ve gebelik sonucu meydana gelen poliüri olmak üzere alt gruplara ayrılmaktadır. X kromozomu üzerinde yer alan AVPR2 geninde görülen mutasyonlar sonucu ortaya çıkan NDI, polidipsi ve poliüri ile karaterize olan nadir kalıtsal bir hastalıktır. Bu mutasyonlar proteinlerin yanlış katlanmasına, endoplazmik retikulum (ER) kalite kontrol sistemlerinde takılmasına ve dolayısıyla fonksiyon kaybına neden olabilmektedir. Bu tezin amacı, NDI'da fonksiyon kaybına neden olduğu önceki çalışmalarla gösterilmiş olan R68W, V162A ve T273M mutant AVPR2 proteinlerinin üzerinde YM087 ve VPA985 farmakolojik şaperonlarının uygulanması sonucu bu mutant proteinlerin ER kalite kontrol sisteminden kurtarılıp kurtarılamadığının araştırılmasıdır. Bu tez kapsamında yapılan tüm deneysel çalışmalarda uygulanan YM087 ve VPA985 farmakolojik şaperonların dozlarının belirlenebilmesi için MTT ve Tripan mavisi yöntemi ile % hücre canlılıkları hesaplanmıştır. Yabanıl tip ve mutant pLV2R vektörleri COS-1 hücrelerine transfekte edilmiştir. Yabanıl tip ve mutant AVPR2 genini içeren pLV2R vektörlerinin hücre yüzeyindeki ve hücre içerisindeki total miktarının tayini için hücre yüzey ELISA ve total ELISA yöntemi uygulanmıştır. Ayrıca mutant reseptörlerin hücre yüzey karakteristiklerinin ölçülmesi için Flow sitometri yöntemi uygulanmıştır. Sonuçlar literatür taraması yapılarak farklı şaperon uygulamaları ile karşılaştırılmıştır. Tez kapsamında yapılan çalışmalarda R68W, V162A ve T273M mutant reseptörleri üzerinde uygulanan YM087 ve VPA985 farmakolojik şaperonların hücre yüzeyindeki ifadelerini mutant proteinlerin tipine göre değişen düzeylerde arttırdığı görülmüştür.
Farklı organik asitlerin, bal arılarındaki (Apıs mellıfera L.) Amerikan yavru çürüklüğü hastalığı etkeni paenıbacıllus larvae üzerine antimikrobiyal etkisi
Amerikan Yavru Çürüklüğü etkeni Gram (+), streptobasil ve sporlu bir bakteri olan Paenibacillus larvae'dir. Bal arısı (Apis mellifera L.) larvaları P. larvae ile enfekte olduğunda ölüm mutlaka gerçekleşmektedir. Larvalarda ölümün gerçekleşmesi koloninin devamlılığını etkilemekte ve hızlı gerçekleşen koloni çöküşlerine sebep olmaktadır. Yapılan çalışmaların pek çoğunda uygulanan mücadele yöntemleri vejetatif forma karşı başarı elde etse de spor forma karşı bu yöntemler etkisiz olmaktadır. Ayrıca kullanılan mücadele yöntemlerinin arılarda toksik etki bırakmaması, arı ürünlerinde kalıntıya sebep olmaması, arıcılık sektöründe uygulanabilir ve ulaşılabilir olması gerekmektedir. Bu nedenle şimdiye kadar P. larvae'nin spor formuna etkili, arı ürünlerinde kalıntı bırakmayacak, arıcılık sektöründe uygulanabilir veya ulaşılabilir bir yöntem henüz keşfedilmemiştir. Bu tez çalışmasının amacı, büyük koloni kayıplarına sebep olan başka bir arı zararlısı Varroa destructor ile mücadele yöntemlerinde hâli hazırda kullanılmakta olan organik asitlerin (oksalik asit, formik asit, laktik asit, asetik asit), P. larvae'nin vejetatif, sporo- ii vejetatif ve spor formlarına bir etkisinin olup olmadığının ortaya çıkarılmasıdır. Organik asitler daha önce P. larvae üzerinde denenmemiş olup, literatürde tespit edilen eksikliğin kapatılması yönünde bir çalışma gerçekleştirilmiştir. Tez çalışması kapsamında P. larvae'nin tüm formlarının eldesine dair metot geliştirilmiş, fakat sporovejetatif formun stabilliğini koruyamaması nedeniyle deneyler vejetatif ve spor formlar ile yeniden düzenlenmiştir. Organik asitlerin arıcılıkta V. destructor ile mücadelesinde kullanılan konsantrasyonlara (oksalik asit %3.5, formik asit %60, asetik asit %50, laktik asit %15) uygun olarak hazırlanmıştır. Organik asitler farklı dozları (5 mL, 2,5 mL ve 1,25 mL), farklı muamele sürelerini (1 gün, 3 gün, 7 gün) ve farklı bakteri yoğunluklarını (1x104 KOB, 1x103 KOB ve 1x102 KOB) içerecek şekilde P. larvae üzerinde test edilmiştir. Deney gruplarında organik asitlerin etkinliğinin test edilmesi amacıyla dökme plak yöntemiyle canlı hücre sayımı gerçekleştirilmiştir. Organik asitler, P. larvae'nin spor formuna uygulanmadan önce yıkama işlemleri gerçekleştirilmiştir. Ardından dökme plak yöntemiyle sonuç alınamayınca spor formun vejetatif forma dönüşün desteklenmesi amacıyla deneyler sıvı ortamda yeniden gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak organik asitlerin P. larvae'nin vejetatif formuna bakterisidal etki gösterdiği ve spor forma karşı etkisiz olduğu gözlemlenmiştir. Arıcılıkta organik asitlerin sahada V. destructor mücadelesinde kullanımının erken ilkbaharda kovanda mevcut olan P. larvae sporlarının vejetatif forma dönüşmesini ve ilk yavru döneminde ortamda bulunması muhtemel vejetatif formlarının dezenfeksiyonunun sağlandığı düşünülmektedir. Organik asit kullanımının P. larvae enfeksiyonunu önleyici bir etkisi bulunmamasına rağmen ortamdaki vejetatif formları yok etmesi dolayısıyla enfeksiyon oranını azaltıcı ve bulaşım oranını düşürücü bir etkisi olduğu kanıtlanmıştır.
İnsan plasenta ve endotel hücre hatları ile 3b kriyojel ortak kültür sisteminin oluşturulması ve etkinliğinin araştırılması
Gebelik ile birlikte oluşan plasenta bariyeri, yapısı ve transfer kapasitesi ile besin maddelerinin maternal-fetal geçişini, geçiş gradiyentini, feto-plasental ve utero-plasental kan akışını belirlemektedir. Gebelik boyunca kimyasal madde ve ilaç kullanımına maruz kalma oranlarında büyük bir artış meydana gelmiştir. İnsanlar üzerinde etik kısıtlamalar sebebi ile testler yapılamamaktadır. Plasenta bariyerinin geçirgenliği hakkındaki eksikliği tamamlamak için güncel plasenta bariyer modelleri oluşturularak yapılacak olan çalışmalara ihtiyaç artmıştır. Bu tez çalışmasında, insan plasenta koryokarsinom hücreleri (BeWo) ve insan göbek kordonu ven hücreleri (HUVEC) ile birlikte üç boyutlu (3B) ortamda farklı özellikler ile hazırlanmış kriyojel üzerinde mono ve ortak kültür sistemleri oluşturulmuştur. Kriyojeller, hücrelerin tutunmasını ve çoğalmasını sağlayabilecek birbirleriyle bağlantılı makro gözeneklerden oluşmaktadırlar. Tez çalışmasında, 3B por yapısına sahip biyouyumlu poli (2-hidroksietil metakrilat) (PHEMA) kriyojeller, hücre dışı maddeler (HDM) açısından desteklenerek in vivo'ya daha yakın bir sistem oluşturulmuştur. PHEMA temelli kriyojel kullanılarak jelatin içeren kriyojeller (PHEMAGEL) sentezlenmiştir. Tüm PHEMA ve PHEMAGEL kriyojellere folik asit (FA) bağlanmıştır, ayrıca fibronektin (FN) veya kolajen tip IV (KOL Tip IV) yapıya katılarak plasenta dokusuna yakın bir ortam oluşturulmuştur. Farklı içerikler ile sentezlenmiş olan 4 kriyojel grubunun PHEMA, PHEMA+KOL Tip IV, PHEMAGEL ve PHEMAGEL+FN'in karakterizasyon çalışmaları kapsamında şişme testleri yapılarak jellerin şişme özellikleri değerlendirilmiştir. Jelatin, FA, FN ve KOL Tip IV'ün kriyojellerin yapısına katılıp katılmadığı fourier dönüşümlü kızılötesi (FTIR) spektrometresi ile incelenmiştir. Mikro bilgisayarlı tomografi (Mikro-CT) ile kriyojellerin 3B karakterizasyon analizleri yapılmıştır. Kriyojellerin gözenek boyutlarını ve hücrelerin tutunma potansiyelleri taramalı elektron mikroskobu (SEM) ile incelenmiştir. FA bağlanan kriyojellere in vitro salım analizleri yapılmıştır. Sentezlenen kriyojel gruplarının sito-uyumluluğunu ve hücrelerin proliferasyon yeteneklerini inceleyebilmek için 2, 4 ve 7 gün boyunca hücreler ile birlikte inkübe edilmiştir ve hücrelerin canlılıkları değerlendirilmiştir. Gebelikteki kullanımı ile ilgili literatürde yeterli bilgiye rastlanmamış bir antidepresan etken maddesi olan Vortioksetin, oluşturulan 3B kriyojel ortak-kültür sisteminde değerlendirilmiştir. 30 μM ve 60 μM'lık konsantrasyonlarda 2, 4 ve 7 gün boyunca hücrelerle inkübe edilmiştir. 3-(4,5-dimetiltiyazol2-yl)-2,5-difeniltetrazolyum-bromür (MTT) canlılık analizi ile etkinliği incelenmiştir. İnsan koryonik gonadotropin (β-hCG) hormon üretim miktarı ve matriks metalloproteinaz-2 (MMP-2) ile matriks metalloproteinaz-9 (MMP-9) protein seviyeleri ölçülmüştür. Kriyojellerin şişme özellikleri incelendiğinde PHEMA temelli kriyojellerde makrogözenek derecesinin daha yüksek olduğu görülmüştür. Jelatine bağlı olarak makrogözeneklilik derecesi, şişme derecesi ve şişme oranlarında düşüş gözlenmiştir. FTIR analizi sonucuna göre jelatinin, FA'nın, FN'nin ve KOL Tip IV'ün kriyojellerin yapısına başarılı bir şekilde katıldıkları görülmüştür. Mikro-CT sonucu kriyojellerin farklı gözenek boyutlarında dağılıma sahip olduğunu göstermiştir. Bu durum hücrelerin tutunmasında ve çoğalmasında artış sağlamıştır. SEM görüntüleri ile birbiriyle bağlantılı oldukça geniş gözeneklere sahip kriyojellerin sentezlendiği görülmüştür. FA'in in vitro salımında inkübasyon süresine bağlı olarak azalma görülmüştür. Kriyojellerin sito-uyumluluğunu anlayabilmek için yapılan MTT analizi sonucunda hücrelerin çeşitli özellikler ile sentezlenen kriyojellere uyumlu olduğu, hücreler üzerinde toksik bir etki yaratmadığı gözlenmiştir. 3B kriyojel ortak kültür sistemine Vortioksetinin yüksek dozlarında mono kültürlerde hücre canlılığında azalma görülmüştür ancak ortak kültürün aynı dozlarındaki hücre canlılığında beklenen azalma görülmemiştir. BeWo ve ortak kültür grubunda β-hCG hormon miktarı ölçülmüştür ve PHEMA+KOL Tip IV'ün BeWo hücresinde en fazla hormon salımı görülmüştür. MMP-2 ve MMP-9 protein seviyelerinde Vortioksetin doz uygulamasına bağlı olarak anlamlı azalma görülmemiştir. Bu tez çalışmasında, yapısında jelatin, FN ve KOL Tip IV içeren kriyojeller sentezlenerek FA ile bağlanmıştır. Plasental BeWo ve endoteliyal HUVEC hücreleriyle biyouyumlulukları gösterilmiş ve ortak kültür ortamında ilk kez PHEMA kriyojeller üzerinde üretilmiştir. Oluşturulan 3B sistem ile gebelikte kullanılan Vortioksetin antidepresan etken maddesinin toksisitesi değerlendirilmiştir. Sonuçlar kriyojel sisteminin mono ve ortak kültürler için biyouyumlu olduğunu, sitotoksisite açısından ise mono kültürlere kıyasla ikili ortak kültür gruplarında canlılığı düşürmek için dozların daha yüksek olması gerektiğini göstermiştir. Bu 3B kriyojel sistemi yeni ilaç, kozmetik madde, gıda toksisitesi gibi alanlarda in vivoyu yansıtan ve benzer cevaplar veren bir sistem olarak kullanılabileceğini göstermiştir.
Arabidopsis thaliana'da tuz ön uygulaması ile bor tolerans kazanımında antosiyaninin çoklu fonksiyonel rollerinin araştırılması
Bu tez kapsamında model bitki Arabidopsis thaliana'da tuz ön uygulaması ile bor tolerans kazanımının 1) bazı fizyolojik, fotokimyasal ve antioksidan enzim aktiviteleri ve 2) çoklu fonksiyonlara sahip antosiyaninin sentez yolağında yer alan bazı genlerin ifade değişimleri araştırılarak, aydınlatılması amaçlanmıştır. Arabidopsis tohumları MS besiyeri ortamı içeren petri kapları içerisinde 3 gün +4°C'de karanlık koşullarda stratifikasyon işlemine tabi tutulduktan sonra çimlenen bitkiler kontrollü iklim kabininde (22± 1 °C sıcaklık, 16/8 fotoperiyot, 200 µmol.m-2s-1 ışık şiddeti ve %50-60 nem koşullarında) 12 gün boyunca yetiştirilmiştir. Ardından ön uygulama grupları 3 gün boyunca NaCl tipi tuz içeren besiyerlerine aktarılmış, 3 günün sonunda ön uygulamasız gruplar ile beraber farklı bor konsantrasyonları içeren (3 ve 5 mM H3BO3) petri kaplarına transfer edilerek 7 gün süre ile bor toksisitesine maruz bırakılmışlardır. Arabidopsis bitkisinde bor birikimine bağlı olarak, sürgün biyokütlesi ve yaprak yüzey alanı azalmıştır. Bunun yanı sıra, bor toksistesi, Arabidopsis bitkilerinin sürgününde bor birikimi ile birlikte Cl- alımının artmasına, K+ alımının ise azalmasına neden olmuştur. Yapraklara taşınan borun toksik seviyeleri, fotosentetik aparatları ve fotosentetik aktiviteyi olumsuz etkilemiştir. Bor toksisitesi, tilakoid membranlardaki fluoreans geçişlerinde (Kaustky eğrisi), spesifik (ABS/RC, TRO/RC, ETO/RC, DIO/RC, RE/RC) ve fenomenolojik (ABS/CS, TRO/CSO, ETO/CSO, DIO/CSO) enerji akışlarında, kuantum veriminde (EO), PSII'nin donör (VK/VJ) ve PSI'in akseptor (ΔVIP) kısımlarının etkinliğinde değişimlere yol açmıştır. Bu değişimler fotosentetik performans (PIABS / PITOP) bileşenlerinde de önemli düzeyde azalmalara sebep olmuştur. Bor toksisitesi altındaki bitkilerin fotokimyasal etkinliğindeki azalışın, aktif reaksiyon merkezindeki azalış ve enerjinin ısı şeklinde kaybındaki artış ile ilişkili olduğunu ortaya konulmuştur. Ayrıca B toksisitesinin her iki fotosistemi de olumsuz etkilediği ve PSI 'in PSII'ye göre daha fazla etkilendiği belirlenmiştir. Model bitkide bor toksisitesinin neden olduğu bu olumsuz etkilenmenin membran bütünlüğü ile anten ve aktif reaksiyon merkezlerindeki pigment miktarlarını etkilese de bu etkinin, fotosistemlerin işlevselliklerini durduracak düzeyde olmadığı ve tuz ön uygulaması ile hafifletilebildiği belirlenmiştir. Bu bulgular MDA sonuçları ve biyokütledeki değişim ile de uyumludur. Arabidopsis bitkisi, tuz ön uygulaması ile antioksidan enzim aktivitelerinde ve fenolik bileşikler (antosiyanin ve flavonoid) içeriğindeki artışlar ile koruyucu savunma sistemlerini düzenleyerek bor toksisitesine karşı tolerans kazanmıştır. Toksik bor seviyelerinde antioksidan enzimlerden özellikle POD aktivitesinin belirgin ve tutarlı bir şekildeki artışı, oksidatif hasar sonucu oluşan H2O2 detoksifikasyonunda etkin rol aldığını göstermektedir. Bunun yanısıra askorbat-glutatyon yolunda yer alan APX ve GR ile GST aktivitelerindeki artışlar, hasarlara karşı bitkiyi korumada rol almışlardır. Tüm bu enzimlerin aktiviteleri tuz ön uygulamalı gruplarda daha yüksek çıkmıştır. Antosiyaninin savunmadaki çoklu fonksiyonları, antosiyanin sentezinde görev alan bazı genlerin ve transkripsiyon faktörlerindeki ifade değişimleri incelenmiştir. Transkripsiyon faktörlerinden olan MYB75, MYB114 ve MYBD ifadelerinde toksisite altında artış görülmüştür. Sentez yolağında görev alan PAL2, 4CL3, C4H genlerinin ifadesi artmış olup, ANS geninde herhangi bir fark görülmemiştir. GSH1 ve GST26 genlerindeki ifade artışı, antosiyanin-GSH ve/veya GST-antosiyanin kompleksleri oluşturarak ve bor elementini bağlayarak, oksidatif hasara karşı korumada rol almış olabileceğini gösterir. Tuz ön uygulamasının bitkilerin savunma sistemini yıkıcı toksisiteyle karşılaşmadan önce uyarıyor ve yüksek konsantrasyonda bor ile karşılaştığında bu duruma tolerans kazanımı sağladığı ortaya konulmuştur. Bunun yanında antosiyanin sentez yolağında yer alan ve antosiyaninle ilişkili genlerdeki artan ifade miktarları bu sistemin savunmada önemli bir rol aldığını göstermektedir.
Türkiye'de yayılım gösteren kum sineği (dıptera: psychodıdae) türlerinin konak tercihleri
Vektör kaynaklı hastalıkların bulaşma döngülerinin aydınlatılması ile ilgili çalışmalarda en önemli basamaklardan birisi vektörlerin konak tercihlerinin belirlenmesidir. Türkiye, vektörlüğü kum sineği türlerince yapılan visseral leishmaniasis ve kutanöz leishmaniasisin endemik olduğu ülkeler arasında yer almaktadır. Türkiye'de yayılım gösteren kum sineği türlerinin konak tercihleri ile ilgili az sayıda çalışma gerçekleştirilmiştir. Bu tez çalışmasının amacı farklı coğrafi alanlardan örneklenmiş kum sineği türlerinin hangi omurgalı konaklar üzerinden beslendiğinin tespit edilmesidir. Kum sineği kaynaklı hastalıkların kaydedildiği alanlarla birlikte hastalığın şimdiye dek kaydedilmediği coğrafyaları da kapsayacak biçimde ayrıntılı konak tercihi analizi yapılmıştır. Konak tercihi analizi gerçekleştirilen kum sinekleri Hacettepe Üniversitesi Biyoloji Bölümü Vektör Ekolojisi Araştırma Grubu'nun koleksiyonunda bulunan, 2006 – 2019 yılları arasında örneklenmiş, morfolojik ve/veya moleküler yöntemler kullanılarak teşhis edilmiş tam beslek ve yarı gravid dişi bireyler arasından seçilmiştir. Phlebotomus, Paraphlebotomus, Larroussius, Adlerius, Transphlebotomus ve Sergentomyia alt cinslerine ait 265 bireyin konak tercihleri mitokondrial cytochrome b ve 12S rRNA genlerinin Sanger dizi analizi yöntemi ile değerlendirilmiştir. Kum sineklerinin beslenme örüntüleri Null model analizi ile belirlenmiş, farklı kum sineği taksonlarının konak tercihleri bakımından benzerlikleri Chao – Jaccard bolluk temelli benzerlik indeksi kullanılarak hesaplanmıştır. Sanger dizi analizi 224 birey için başarılı sonuç vermiş, 15 farklı kum sineği taksonu için dokuz farklı omurgalı konağın varlığı tespit edilmiştir. Konak tercihleri belirlenen kum sineği bireylerinin %80,35 (n=180) Bos taurus, % 8,48 (n=19) Gallus gallus, % 5,80 (n= 13) Capra hircus, % 2,67 (n=6) Mus musculus, % 0,89 (n=2) Homo sapiens, % 0,89 (n=2) Ovis aries, % 0,44 (n=1) Canis lupus familiaris, % 0,44 (n=1) Felis catus ve % 0,44 (n=1) Sitta spp. üzerinden beslendiği belirlenmiştir. Phlebotomus sergenti'nin beş; Phlebotomus papatasi, Phlebotomus major s.l. ve Phlebotomus perfiliewi s.l.'nin dört, Phlebotomus kandelakii s.l., Phlebotomus tobbi, Phlebotomus halepensis, Phlebotomus simici ve Adlerius sp.'nin iki farklı konak türü üzerinden beslendiği, Paraphlebotomus spp., Phlebotomus balcanicus, Phlebotomus kyreniae, Phlebotomus anatolicus, Phlebotomus killicki ve Sergentomyia dentata'nın ise bir omurgalı türünü konak olarak tercih ettiği tespit edilmiştir. Kum sineği taksonlarının kümeli bir beslenme örüntüsüne sahip oldukları ortaya konulmuş, benzerlik analizleri sonucunda kum sineklerinin konak tercihlerinde belirgin bir çakışma tespit edilse de Paraphlebotomus alt cinsine ait türlerin ağırlıklı olarak ornitofilik, Phlebotomus, Larroussius, Adlerius, Transphlebotomus ve Sergentomyia alt cinslerine ait türlerin ağırlıklı olarak mamofilik beslendiği görülmüştür. Elde edilen sonuçların kum sineği kaynaklı hastalıkların epidemiyolojisi ile ilgili çalışmalara sağlayacağı katkı değerlendirilmiştir.
Yüksek rakım türlerinden urkeklik (Tetraogallus Caspius gmelin, 1784), dağ horozu (Lyrurus mlokosiewiczi taczanowski, 1875) ve kafkas urkekliği (tetraogallus caucasicus pallas, 1811)'nin iklim değişimine verdiği cevapların ekolojik niş modeli ile incelenmesi
Günümüzde küresel iklim değişikliğinden en fazla etkilenen tür grubu, dağılım alanları sınırlı olan endemik ve yüksek rakım türleridir. Bulundukları habitatlarda ekstrem farklılıklar yaşayan bu türler günümüz iklim değişikliğine karşı savunmasızdır. İklim değişikliğinin alpin kuş türleri üzerine etkisini göstermek için Orta Doğu ve Kafkasya coğrafyalarında dağılım gösteren göç etmeyen üç farklı alpin kuş türü urkeklik (Tetraogallus caspius), Kafkas urkekliği (Tetraogallus caucasicus) ve dağ horozu (Lyrurus mlokosiewiczi) seçilerek ekolojik niş modellemesi yapılmıştır. MAXENT algoritması kullanılarak her üç türün Son Buzul Maksimumu (~22000 yıl önce), Orta Holosen (~6000 yıl önce), günümüz, 2050 ve 2070 yıllarına ait dağılımları belirlenmiştir. Çoğunlukla ılıman kuşak türleri için geçerli olan Buzul Sığınağı hipotezininde görülenin aksine, bu çalışma sonucunda Son Buzul Maksimumu'nda çalışılan yüksek rakım türlerinin dağılım alanlarını genişlettiği görülmüştür. İklimin daha sıcak olduğu dönemlerdeyse dağılım alanlarının daraldığı görülmüştür. 2050 ve 2070 yıllarına ait gelecek iklim dağılımlarının belirlenmesi için üç farklı karbon salınımı senaryosu kullanılmıştır (RCP 2.6, RCP 4.5 ve RCP 8.5). Gelecek için modellenen bütün bu senaryolar her üç türün de dağılım alanlarını daraltacağını öngörmektedir. Sıcaklığa karşı duyarlı olan ve Alpin biyocoğrafyada dağılım gösteren bu türlerin günümüzde dahi popülasyon büyüklükleri giderek azalmakta ve nesilleri tehlike altına girmektedir. Bu tez çalışmasıyla her üç türün de dağılımlarını giderek daraltacağı ve yok olma tehdidi ile karşı karşıya kalacağı öngörülmektedir. Anahtar Kelimeler: İklim değişikliği, alpin kuş türleri, yüksek rakım, ekolojik niş modellemesi
Türkiye'de üreyen turnaların (Grus grus lınnaeus, 1758) göç davranışlarının araştırılması
Bu tez kapsamında Turna (Grus grus) türünün, diğer alttürlerden izole bir popülasyon oluşturmuş Transkafkasya popülasyonunun Türkiye'de üreyen kısmının yazlama, kışlama ve göç sırasındaki alan kullanım davranışları, göç fenolojisi ve yaşam alanlarında tercih ettiği arazi özellikleri incelenmiştir. Bölgedeki popülasyonun izole bir popülasyon olması koruma biyolojisi açısından son derece önemli olduğundan ve ilgili alanyazında popülasyonun bir alttür olduğu ileri sürüldüğünden, hareketlerin incelenmesinden elde edilen sonuçların Türkiye'deki koruma çalışmalarında bir temel teşkil etmesi beklenmektedir. Turna hareketlerinin çalışılması kapsamında öncelikle 2014 – 2019 yılları arasında GPS vericileri ile izlenen turnaların yazlama, kışlama ve göç dönemleri yıllara göre ayrı olarak değerlendirilmiştir. İlk yaz dönemlerinde kullandıkları yurt büyüklüğü tüm Türkiye'de 53.576,29 ha iken, bunun 13.057,72 ha'lık kısmı Kernel Yoğunluk Tahmini ile belirlenen çekirdek alanlardır. İkinci yaşlarındaki yazlama alanları ilk yazlarından istatistiksel olarak anlamlı bir şekilde farklı olup, toplam yurt büyüklüğü 95.648,7 ha, çekirdek alanların toplamı ise 79.503,6 ha'dır. Kışlama alanlarında yurt büyüklükleri artmakta olup, bunun sebebini büyük ölçüde tüneme alanlarının beslenme alanlarına olan uzaklığı oluşturmaktadır. Kışlama alanları arasında da yaşlara göre anlamlı bir fark bulunmuştur. Turnaların sonbahar göç dönemlerinin başlangıcının ortalama olarak Eylül – Kasım ayları arasında, ilkbahar göç dönemlerinin başlangıcının ise Ocak – Mart ayları arasında değiştiği görülmüştür. Kışlama için gidilen alan yıldan yıla farklılık göstermekte olup, genellikle ikinci yıllarındaki göçlerinde daha kısa mesafeleri tercih etmektedirler. Yazlama alanlarında en çok tercih ettikleri habitat tipi sulanan veya sulanmayan ekilebilir tarım alanları iken, kışlama alanlarında bu durum kışı geçirdikleri alana göre değişmekle birlikte ekilebilir tarım arazileri yine büyük çoğunluğu oluşturmaktadır.
Nonsteroid anti-inflamatuvar ilaçlarla alevlenen hava yolu hastalığında (N-ERD) platelet-lökosit kümelerinin rolünün araştırılması
Nonsteroid anti-inflamatuvar ilaçlarla alevlenen hava yolu hastalığı (N-ERD), ağır astım ve nazal polip oluşumu gözlenen kronik rinosinüziti olan hastalarda, aspirin ve diğer seçici nonsteroid anti-inflamatuvar ilaç alımı sonrası ağır klinik semptomlar gösteren heterojen bir hastalıktır. Hastalık erişkin dönemde tanı almakta ve semptomlar zaman içinde gelişerek kendini göstermektedir. Hastalığın farkındalığının düşük olması nedeniyle görülme sıklığına yönelik bildirilen veriler kesinlik taşımamaktadır. Ancak, toplum genelinde N-ERD görülme sıklığının erişkin astımlı hastalarda ortalama %7 iken ağır astımlı hastalarda %15 olduğu tahmin edilmektedir. N-ERD hastalarında aspirin ve nonsteroid anti-inflamatuvar ilaç (NSAİİ) alımı sonrasında siklooksijenaz-1 (COX-1) enzim aktivitesinde kalıcı bir inhibisyon gerçekleşmektedir. Bu durum; araşidonik asit (AA) metabolizmasını 5-lipoksijenaz (5-LO) yönünde kaydırarak güçlü lipid mediyatörleri sınıfından olan sisteinil lökotrienlerin (CysLT) aşırı artmasına neden olmaktadır. Ayrıca, N-ERD patogenezinde önemli olduğu belirtilen Prostaglandin D2 (PGD2) lipid mediyatörünün, pro-inflamatuvar özellik sergileyerek N-ERD hastalığında ciddi artış gösterdiği; Prostaglandin E2 (PGE2)'nin ise anti-inflamatuvar özellik göstermesi ile N-ERD hastalığında kritik seviyelerde olduğu bilinmektedir. Son dönemde yapılan çalışmalar N-ERD hastalarında platelet-lökosit kümelerinin varlığına dikkat çekmektedir. Özellikle N-ERD patogenezinde normal koşullar altında tek başlarına CysLT üretemeyen plateletler, P-selektin, GPIIb / IIIa (Glikoprotein CD41/CD61) ve CD40 ligand gibi yüzey reseptörleri aracılığıyla lökositler üzerinde bulunan P-selektin glikoprotein ligand 1 (PSGL-1), Makrofaj adezyon molekülü-1 (Mac-1) ve CD40 ile birleştikten sonra CysLT üretimine katkı sağlayabilmektedirler. Aspirin desensitizasyonu (AD), mast hücre aktivasyonu ve CysLT üretimi ile karakterize edilen bir astım fenotipi olan N-ERD için mevcut tek hedefli tedavidir; AD'yi takiben günlük aspirin uygulaması, birçok hastanın klinik seyrinde önemli bir iyileşme ile sonuçlanmıştır. Yakın tarihli bir çalışmada, N-ERD hastalarının %83,5'inin herhangi bir önemli komplikasyon olmaksızın desensitizasyonu tolere edebildiği gösterilmiştir. Aspirin duyarsızlaştırma ve günlük yüksek doz aspirin uygulaması N-ERD'li hastaların çoğu için başarıyla sonuçlansa da tüm hastalarda bu başarıya ulaşılamamakta ve diğer tedavi çeşitlerine de gereksinim duyulmaktadır. Ayrıca, AD tedavisinin N-ERD hastalarında platelet-nötrofil kümeleri üzerindeki etkisi ve bu etkinin hastalık patofizyolojisi ile ilgisi bilinmemektedir. Ancak literatürde alternatif anti-platelet odaklı tedavilere yönelen ve N-ERD patogenezinde önemli olan platelet-lökosit kümelerinin nedenlerini araştıran çalışmalar da bulunmaktadır. Tez kapsamında, AD uygulanan ve uygulanmayan N-ERD hastalarının kanındaki nötrofillere yapışan plateletlerin seviyeleri belirlenerek astımlı ve sağlıklı bireylerle karşılaştırılmıştır. Bu çalışmanın amacı, platelet-nötrofil kümelerinin ve potansiyel olarak bu kümeleşmeyle ilişkili moleküllerin N-ERD patogenezindeki rolünü araştırmaktır. Yapılan çalışmalar sonucunda, AA metabolitlerinden biri olan platelet türevli 12-HETE'nin seviyesi, platelet-nötrofil kümelerinin yüzdesi, sP-selektin ve PF4'ün plazma seviyeleri, sağlıklı kontrollere kıyasla N-ERD hastalarında önemli ölçüde daha yüksek seviyelerde bulunmuştur. Ayrıca, platelet-nötrofil kümelerinin yüzdesi ile üriner LTE4 konsantrasyonu pozitif korelasyon göstermiştir. Ancak, N-ERD hastalarına uygulanan AD tedavisi platelet-nötrofil kümelerinin yüzdesini değiştirmemiştir. Bu bulgulara dayanarak, N-ERD'li hastalarda platelet aktivasyonunun baskılanmasının, hastalık patogenezi için potansiyel bir terapötik hedef olabileceği düşünülmektedir.
Sigara dumanıyla uyarılan nazal epitel hücrelerde oksidatif stres cevabında görev alan SEEP1, NCF2, SFTPD, CC15 ve PTGS1 genlerinin metilasyon profili ve kurkumin uyarımının bu profile etkisi
Sigara tüketimi, bütün dünyada oldukça yaygın olan alışkanlıklardan biridir. Her ne kadar sigaranın sağlığa zararlı olduğu uzun yıllardır bilinen bir olgu olsa da, dünyada her yıl 7 milyondan fazla insan sigara tüketimi nedeniyle ortaya çıkan hastalıklardan hayatını kaybetmektedir. Sigara dumanı içerisinde bulunan binlerce kimyasal madde kanserojen ve toksik etkiye sahip olup, solunum sistemi başta olmak üzere vücudun birçok doku ve organında tahribata yol açmakta; kanser, kalp ve damar hastalıkları, üreme sistemi bozuklukları, solunum sistemi sorunları gibi birçok hayatı tehdit eden birçok hastalığın ortaya çıkmasını tetiklemektedir. Sigara dumanına maruz kalmanın sonucunda, bu dumanın içerisindeki kimyasal maddelere maruz kalan hücrelerde oksidatif stres durumu ortaya çıkmaktadır. Ayrıca, moleküler mekanizmalarının bozulması nedeniyle bu hücrelerde epigenetik değişiklikler meydana gelmekte, metilasyon gibi mekanizmalar ile normal gen ifadelerinde değişiklikler ortaya çıkmaktadır. Oksidatif stres mekanizmasında görev alan SEPP1, NCF2, SFTPD, CCL5 ve PTGS1 genlerinin ifadelerinde sağlıklı hücrelerde görülmeyen artış ve azalış gözlemlenmektedir. Oksidatif stres kaynaklı yaşanan epigenetik değişikliklerin kurkumin gibi antioksidan bileşikler ile önlenebileceği ve tersine çevrilebileceğini gösteren literatür çalışmaları sınırlı sayıda olup, hücre ve gen temelli çalışmalara ihtiyaç vardır. Grubumuzun daha önceki çalışmalarında sigara dumanı ile tetiklenen oksidatif stresle ilişkili olarak antioksidan ve oksidan gen ifadelerinin değiştiğini göstermiştir Bu tez çalışmasında ifadesi değişen genler arasından beş aday gen seçilerek (SEPP1, NCF2, SFTPD, CCL5 ve PTGS1) bu genlerin antioksidan kurkumin tedavisine verdikleri cevap hücresel ve epigenetik düzeyde araştırılmıştır. Tez çalışmasında RPMI-2650 hücre hattının kurkumin ve sigara dumanı ile uyarılması sonucu hücre sitotoksisitenin belirlenmesi için canlılık testleri yapılmıştır. Canlılığın tespiti için EtBr/Kalsein AM boyaması, MTT, LDH ve ROS analizleri yapılmıştır. Hücrelerden mRNA izolasyonu ve cDNA dönüşü ile elde edilen DNA üzerinden qPCR testi yapılarak seçilen beş gene ait ifade analizi yapılmıştır. Hücrelerin toplam metilasyon profilleri ise kurkumin ve CSC uyarımlarında ayrı ayrı incelenerek, kurkuminin toplam metilasyon profili üzerindeki epigenetik etkisi araştırılmıştır. Çalışmalar kapsamında ayrıca bisülfit dönüşümü analizi yapılmış ve CSC uyarımı sonucu ortaya çıkan C-T nükleotit dönüşümünün kurkumin uyarımı ile normal haline getirilip getirilemeyeceği araştırılmıştır. Tez çalışmasında elde edilen sonuçlara göre, hem kurkumin hem de CSC yüksek konsantrasyonlarda öldürücü etki yapmakta olup, kurkumin 5 μM'dan fazla, CSC ile 50-100 μg/μL konsantrasyon aralıklarında kullanılmalıdır. Her iki uyaran için de belirtilen değerlerden yüksek olan konsantrasyonlar öldürücü etki yaratmaktadır. Çalışmada elde edilen bir diğer bulgu ise, nazal epitel hücrelerde sigara dumanı nedeniyle ortaya çıkan oksidan stres ve epigenetik değişikliklerin, kurkumin muamelesi ile tersine döndürülebileceğidir. Toplam metilasyon profilinin incelendiği deneyler sonucunda, sigara dumanına maruz kalmanın sonucu olarak nazal epitel hücrelerin toplan metilasyon profillerinde, kontrol grubuna göre ciddi ölçüde artış görülmekte, ancak bu artış kurkumin muamelesi ile önlenebilmekte ve sağlıklı seviyeye döndürülebilmektedir. Tez çalışmasının bir diğer önemli bulgusu ise, hücre içi oksidan stresin önlenmesinde görev alan SEPP1, SFTPD ve PTGS1 genlerinde, sigara dumanı ile ifade azalması gözlemlenirken, kurkumin muamalesi bu ifade azalmasını önleyici etki göstermektedir. Benzer şekilde, hücre içi oksidan stresin gelişmesinde görev alan NCF2 ve CCL5 genleri ise sigara dumanı ifade artışı yaşarken, kurkumin bu genlerin sigara dumanı nedeniyle artan ifadelerini azaltmaktadır. Dolayısıyla, kurkumin hücre içi oksidan mekanizmasını düzenleyici bir role sahip olup, CSC uyarımı sonucu normal şartlara göre ifadesi artı ya da eksi yönde değişen genlerin ifadelerini normal düzeylere getirebilmek için hem upregüle hem de downregüle etki gösterebilen bir bileşiktir. Anahtar kelimeler: sigara, oksidatif stres, epigenetik regülasyon, nazal epitel hücre, antioksidan, kurkumin, DNA metilasyonu
Entomopatojen fungusların sentezlediği beauverisinin bazı tarım zararlıları üzerindeki etkisinin araştırılması
Bu çalışmada fungal kaynaklardan beauverisin saflaştırılmasında moleküler baskılanmış kriyojel kolon kullanılmıştır. Çalışmanın amacı; 3 farklı Beauveria bassiana (Lül1, KVL 03129, Ank12) ve 3 farklı Paecilomyces fumosoroseus (Bey9, 0614, Bb12) suşlarının sentezlediği BEA'yı moleküler baskılanmış kriyojel kolon ile saflaştırmak ve farklı uygulama yöntemleri ve değişik konsantrasyonlar (0.001 M, 0.0001 M, 0.00001 M ve 0.000001 M BEA) kullanarak Galleria mellonella, Tenebrio molitor ve Leptinotarsa decemlineata larvaları üzerindeki entomopatojen etkinin test edilmesidir. Çalışmada, 3 farklı B. bassiana ve 3 farklı P. fumosoroseus suşlarından sentezlenen BEA, moleküler baskılanmış kriyojel kolon kullanılarak saflaştırılmıştır. Beauverisin-baskılanmış kriyojel kolondaki maksimum BEA adsorpsiyonunun, pH 6.5 MES [2-(N-morpholino) ethanesulfonic acid] tamponunda, 25°C'de 1 mL/dk akış hızında gerçekleştiği bulunmuştur. Altı farklı fungal kaynaktan saflaştırılan BEA ve ticari BEA enjeksiyon ve püskürtme yöntemleri ile G. mellonella ve T. molitor larvaları üzerinde denenmiştir. G. mellonella larvaları üzerinde enjeksiyon ve püskürtme yöntemi ile uygulanan Ank12-BEA; böcek populasyonunun yarısını sırasıyla, 2.370 günde ve 2.819 günde öldürmüştür. T. molitor larvaları üzerinde enjeksiyon ve püskürtme yöntemleri kullanılarak uygulanan KVL 03129-BEA böcek populasyonunun yarısını sırasıyla 1.904 günde ve 4.918 günde öldürmüştür. Altı farklı fungal kaynaktan saflaştırılan BEA ve ticari BEA enjeksiyon, püskürtme ve yaprak daldırma yöntemleri ile L. decemlineata larvaları üzerinde denenmiştir. L. decemlineata larvaları üzerinde enjeksiyon, püskürtme ve yaprak daldırma yöntemleri kullanılarak uygulanan 0614-BEA böcek populasyonunun yarısını sırasıyla 8.053 gün, 9.160 gün ve 10.831 günde öldüğü bulunmuştur. Altı farklı fungal kaynaktan saflaştırılan BEA, tüm uygulama yöntemleri ve tüm BEA konsantrasyonlarında zararlı böcekler üzerinde başarılı bulunmuştur. LT50 değerlerine göre en yüksek BEA konsantrasyonunun en etkili olduğu bulunmuştur. 5., 8. ve 10. günlerdeki öldürücü doz değerlerine göre, BEA'ya böceklerin maruz kalma süresi arttıkça, böcek popülasyonunun yarısını öldürmek için gereken BEA dozu azaldığı bulunmuştur.
Androktonus crassicauda zehirinin apoptoz üzerine etkilerinin araştırılması
Hücre ölümü, gelişim esnasında organların oluşmasında ve istenmeyen hücrelerin yok edilmesi ile doku homeostazının düzenlenmesinde önemli role sahip olan hücresel bir tepkimedir. Apoptoz ise gereksiz veya zararlı hücreleri ortadan kaldırarak doku homeostazının gelişiminde ve korunmasında önemli rol oynayan programlı hücre ölümüdür. Apoptozun düzenlenmesi, hücrenin hayatta kalması ve hastalığı önlemek için gerekli olan ölüm sinyali arasındaki hassas dengeyi korumak için gereklidir. Apoptoz, DNA hasarı, stres ve hipoksi gibi hücre içindeki sinyaller veya ligandların hücre yüzeyi ölüm reseptörlerine bağlanması gibi dışsal sinyallerle tetiklenebilir. Apoptozun çeşitli yollarla engellenmesi hücrelerin kontrolsüz biçimde çoğalarak kansere dönüşmelerine neden olur. Biyotoksinler, diğer organizmaları öldüren veya onlara zarar verebilen canlı organizmalar tarafından üretilen bileşiklerdir. Hem toksikolojik hem de farmakolojik etkiye sahiptirler. Kanser gibi çeşitli patofizyolojik problemlerin önlenmesinde ilaç tasarımları için başlangıç materyali olarak kullanılabilen bol miktarda doğal kaynak içerirler. Biyotoksin türevi olan zehirler olumsuz etkileri ile bilinir ve insanlarda ciddi sağlık sorunlarına neden olur; nörotoksisite, nefrotoksisite, sitotoksisite, solunum durması, dermatit, alerjik reaksiyonlar, kanama ve yaygın damar içi pıhtılaşmaya neden olabilecek çeşitli bileşikler taşır. Zehir, organizmaların zehir bezinden sentezlenen bir salgısıdır. Birçok biyotoksin anti-tümör etkiye sahiptir; bazıları tümör hücrelerini doğrudan öldürür, bazıları tümör anjiyogenezini ve tümör büyümesini inhibe eder. Akrep zehirlerinin, apoptozu indükleyerek kanser ilerlemesine karşı etkili olan çok sayıda biyoaktif bileşiğe sahip oldukları bilinmektedir. Bu çalışmanın amacı, Androctonus crassicauda (Olivier, 1807) türü akrep ham zehirinin hücre canlılığı, apoptoz ve gen ekspresyonu üzerindeki etkisini incelemek ve elde edilen bulgular neticesinde başta kanser olmak üzere hücre ölümüyle ilişkili hastalıklarda tedavi stratejilerine katkı sağlamaktır. Bu tez çalışmasında A. crassicauda zehrinin MDA-MB-231 meme kanseri hücrelerinde sitotoksik etkisi belirlenmiş ve bu sitotoksik etkinin pro-apoptotik ve anti-apoptotik genler olan Kaspaz-3, P21, P53, NOXA, PUMA, BCL-2 ve BCL-XL genlerinin ifadesine olan etkileri gerçek zamanlı PZR (GZ-PZR) yöntemi ile araştırılmıştır. Araştırma neticesinde, bu türe özgü ham zehirin MDA-MB-231 meme kanseri hücre hattında anti-tümör etki gösterdiği bulunmuştur.
Kanser tanısında kullanılmak üzere yeni nesil kolorimetrik biyosensörlerin geliştirilmesi
Meme kanseri, kadınlar arasında görülen en yaygın kanser türüdür. Günümüzde meme kanserinin teşhisi uzman analizi gerektiren, taşınması zor, pahalı ve zaman alıcı tekniklerle belirlenmekte olup, spesifik ve aşırı duyarlı yeni cihazlara olan ihtiyaç artmaktadır. Kanserin erken teşhisi, hastanın hayatta kalması ve tedavinin başarısı için oldukça önemlidir. Biyosensör teknolojisinin kanser teşhisinde kullanılmasıyla beraber birçok araştırmacı düşük maliyetli, hızlı, kullanıcıyla uyumlu ve hasta bakım noktasında kullanılabilen biyosensörlerin geliştirilmesine yönelmiştir. Bu tez çalışmasında, meme kanseri teşhisine yönelik yeni nesil kolorimetrik bir biyosensör tasarlanmıştır. Sensör platformu olarak, optik-immüno-algılama için kullanışlı olan cam kapiller tüpler tercih edilmiştir. Cam yüzeyler sıvı ve gaz fazında iki farklı yöntem kullanılarak, aminle fonksiyonel hale getirilmiştir. Cam yüzeyler, X-ışını fotoelektron spektrometresi (XPS) ile analiz edilerek, gaz fazında yapılan aminleme işleminin daha etkili olduğu belirlenmiştir. Gaz fazında aminleme için, basıncın ve APTES konsantrasyonunun aminlemeye olan etkisi incelenerek, en iyi aminlemenin 50 μl APTES ile 0.06 Mpa basınç altında gerçekleştiği tespit edilmiştir. Biyolojik algılama elemanı olarak, insan epidermal büyüme faktörü reseptörü-2 (HER-2) ve kanser antijeni 15-3 (CA15-3) meme kanseri antikorları kullanılmıştır. Oksidasyon işlemiyle aktif hale getirilen belirleyici antikorlar (det-ab) amin ile fonksiyonel hale getirilmiş cam yüzeyler üzerine immobilize edilmiştir. Hedef molekül (belirteç) olarak, HER-2 ve CA15-3 antijenleri ve SK-BR-3 HER2(+) meme kanseri hücreleri kullanılmıştır. Kolorimetrik biyosensörde meme kanseri belirteçlerinin saptanması ve görselleştirilmesi için sinyal verici olarak, eşsiz optik özelliklere sahip olan altın nanopartiküller (AuNP) kullanılmıştır. Modifiye ettiğimiz kimyasal yöntemle sentezlenen AuNP' ler, spesifik tanıma ve bağlanma bölgeleri oluşturmak için MUA ile kaplanarak tek katmanlı hale getirilmiştir. AuNP' ler Zeta-Sizer, UV-VIS, FTIR, TEM gibi çeşitli teknikler kullanılarak karakterize edilmiş ve 25 nm boyutunda AuNP' ler elde edilmiştir. Sentezlenen AuNP' ler yakalayıcı antikorlar ile muamele edilerek, antikorların AuNP yüzeyine konjugasyonu gerçekleştirilmiştir. Tasarlanan cam kapiller tabanlı kolorimetrik biyosensör; belirleyici antikor, kanser antijeni ve yakalayıcı antikor kaplı AuNP' ler ile muamele edilerek validasyon gerçekleştirilmiştir. Belirleyici antikor miktarı, AuNP' ler ile muamele edilen yakalayıcı antikor miktarı, antijen konsantrasyonu ve inkübasyon süresi gibi farklı parametrelerin immobilizasyona etkisi incelenerek biyosensör optimize edilmiştir. Cam yüzey üzerinde gerçekleşen immobilizasyon FTIR tekniği ile karakterize edilerek, -NH pikleri ve amid bantlarının görülmesi ile doğrulanmıştır. Tasarlanan kolorimetrik biyosensörün validasyon sonuçları herhangi bir cihaza ihtiyaç duyulmadan çıplak gözle ve mikroskop altında görüntülenmiştir. Meme kanseri biyobelirteçleri (HER-2 ve CA15-3) ve HER2(+) hücreleri kullanılarak gerçekleştirilen immobilizasyon işlemi, cam yüzeylerde meydana gelen renkli tabakalaşma ile tespit edilmiştir. Gerçekleşen renk oluşumları meme kanseri teşhisi için tasarlanan yeni nesil kolorimetrik biyosensörün çalışma etkinliğini doğrulamıştır. Tasarlanan biyosensörün taşınabilir boyutu, uzman kişilere ihtiyaç duymadan kolaylıkla uygulanabilme ve sonuç elde edebilme gibi özellikleri ileride kanser teşhisi için tasarlanacak tarama testlerine önemli bir katkı sağlayacaktır. Bu tez çalışmasının, meme kanseri teşhisi için kullanımı kolay, uygun maliyetli ve hasta bakım noktasında uygulanabilir bir yaklaşıma sahip yeni nesil biyosensörlerin geliştirilmesine fayda sağlayacağı düşünülmektedir.
Bazı Bombus Latreille, 1802 (Hymenoptera: Apidae) türleri üzerinde sistematik ve transkriptom çalışmaları
Kimyasal uyarıların algılanması böceklerin yaşam döngüsü boyunca besin bulma, üreme ve predatörlerden kaçınma gibi hayati kararlarda rol oynamaktadır. Koku alma duyusu, sınırsız kimyasal bilgi spektrumundaki hassas ayrım gücü ve yorumu, böceklerin hayatta kalmalarında doğrudan katkıda bulunan çeşitli davranışsal kararları etkilemektedir. Böcekler esas olarak antenlerinde bulunan koku alma duyu nöronları aracılığı ile uçucu molekülleri tanımlarlar. Bu süreçte kemosensör ailelerden koku reseptörleri (OR), tat/temas reseptörleri (GR), iyonotropik reseptörler (IR), koku bağlayıcı proteinler (OBP), kemosensör proteinler (CSP) ve duyusal nöron membran proteinlerinin (SNMP) katılımı gereklidir. Bombus cinsi içerisinde türlerin dil uzunlukları; kısa, orta ve uzun olmak üzere üç grupta incelenmektedir. Dil uzunluğu besin tercihini dolayısıyla beslenme mekanizmasını etkileyen faktörlerden birisidir. Bu çalışma kapsamında besin tercihlerinde rol oynayan kemosensör gen ailelerindeki ifade farklılaşmasını belirlemek amacıyla, kısa-dilli B. (Kallobombus) soroeensis ve uzun-dilli B. (Subterraneobombus) fragrans işçi bireylerinin antenlerinde de novo transkriptom inşası gerçekleştirilmiştir. Referans temelli biyoinformatik yaklaşımlar ile birlikte B. soroeensis anten transkriptomunda 96 OR, 9 GR, 17 IR, 11 OBP, 5 CSP ve 1 SNMP; B. fragrans anten transkriptomunda ise 107 OR, 9 GR, 18 IR, 10 OBP, 5 CSP ve 2 SNMP geninin ifadesi tespit edilmiştir. Kemosensör gen ailelerinin Bombus cinsi filogenisi inşa edilmiş ve her bir gen ailesinde seçici baskılar belirlenmiştir. Karşılaştırmalı analizler sonucunda B. soroeensis ve B. fragrans anteninde OR, GR, IR, OBP ve CSP ifadelerinde türe özgü ligand duyarlılıklarındaki farklılaşmalar ortaya konmuştur.
Drosophila melanogaster populasyonlarında kromozomal inversiyonların iklim değişimine adaptasyon ve çevresel streslere verilen cevap ile ilişkisi
Kromozomal inversiyonlar birçok canlı grubunda tanımlanmıştır ve canlıların adaptif cevaplarına etkisi olduğu bilinmektedir. İnversiyon frekanslarının populasyonlarda zamansal ve mekânsal varyasyon göstermektedir. İklimsel ve coğrafi değişkenlerle ilişkilendirilebilen inversiyon polimorfizmleri bu sayede iklim değişiminin genetik etkilerinin takip edilebileceği belirteçler olarak önerilmektedir. İklim değişikliğinin en önemli etkilerinden birinin sıcaklık olduğu bilinmektedir. Kuraklık ve tuzluluk gibi çevresel değişkenler de iklim değişikliğinin neden olduğu önemli değişkenlerdendir. Hızlı ve güçlü bir şekilde değişen bu çevresel streslerle canlıların başa çıkması zorlaşacaktır. Bu nedenle kuraklık ve tuzluluk streslerinin şiddetli olduğu çevrelerde yaşayan populasyonlarda bu streslere karşı lokal adaptasyonun varlığı, bu streslerle karşılaşmamış veya daha düşük şiddette karşılaşmış populasyonlarda adaptif süreçlerin meydana gelebileceğini gösteren güçlü bir kanıt olarak kabul edilebilir. Bu hipotezi test etmek için kurak, yarı-kurak ve nemli bölgelerden toplanmış beş doğal Drosophila melanogaster populasyonunda çevresel değişkenlerle yakından ilişkili olan In(2L)t, In(3R)K ve In(3R)Payne inversiyonlarının frekansı hesaplanmış ve bu populasyonların soy hatlarının susuzluk toleransı ile farklı tuz konsantrasyonlarında ergin öncesi gelişim süreleri ve yaşayabilirlikleri ölçülmüştür. Elde edilen verilerle iklimsel ve coğrafi değişkenlerle genotip ve fenotipik karakterlerin ilişkisi analiz edilmiştir. Böylece, inversiyonlar ile kuraklık ve tuzluluk stresleri arasındaki ilişkinin araştırılması hedeflenmiştir. Sonuçlar In(2L)t inversiyonu ile susuzluk toleransı arasında anlamlı bir ilişki ortaya koymuştur. İnversiyonu taşıyan soy hatları susuzluk stresi ile daha iyi başa çıkmışlardır. Ayrıca susuzluk toleransı ve sıcaklık değişkeni arasında pozitif, nem ve boylam arasında negatif bir ilişki bulunmuştur. In(2L)t inversiyonu da susuzluk toleransı süresi ilişkisini açıklayacak şekilde, ortalama aylık sıcaklık arttıkça frekansının arttığı bulunmuştur. In(3R)P inversiyonu güçlü bir rakımsal klin göstermiş, rakım arttıkça inversiyon frekansı azalmıştır. Araştırılan inversiyonlarla tuz toleransı arasında bir ilişki bulunamamıştır.
Phlebotomus tobbi Adler, Theodor & Lourie, 1930 (Diptera: Psychodidae)'ni̇n sıcaklığa bağlı gen ekspresyon seviyelerindeki değişimler
Phlebotomus tobbi Adler, Theodor ve Lourie, 1930, Türkiye'de geniş yayılım gösteren vektör kum sineği türlerinden biridir. Bu tür Leishmania infantum, Nicolle, 1908 protozoan parazitlerinin ülkedeki kanıtlanmış vektörü olup çok sayıda Phlebovirus suşunun da taşınması ve bulaşmasında önemli bir rol oynamaktadır. Bu tez çalışmasında çevresel etmenlerin P. tobbi vektörüne ait transkriptlerin ifade seviyelerine olan etkileri incelenmiştir. Sıcaklığın gen ifadesine olan direkt etkisini ölçmek amacıyla farklı sıcaklık koşulları (23oC ve 27 oC) altında P. tobbi laboratuvar kolonileri yetiştirilmiştir. Bu kolonilerden elde edilen ergin dişi bireylerin hayatta kalma, gelişim ve hastalık oluşumuna etki eden Cacophony (PtCac), Salivary Gland Protein 32 (PtSP32) ve Salivary Gland Protein 38 (PtSP38) genlerinin ifade seviyelerindeki farklılıklar ortaya konmuştur. Çevresel etmenlerin gen ifadesine olan etkisini gözlemlemek amacıyla üç farklı coğrafi bölgede yayılım gösteren (Adana, Datça ve Yozgat) P. tobbi populasyonlarındaki ilgili üç genin ifade seviyeleri karşılaştırılmıştır. Gen ekspresyon seviyeleri ile çevresel faktörler arasındaki ilişkiler, örneklem alanlarına ait ortam sıcaklığı ve bağıl nem verileri kullanılarak istatistiksel olarak test edilmiştir. Ayrıca MALDI-TOF MS protein profili analiz yöntemi ile P. tobbi doğal populasyonlarının protein örüntüleri ortaya çıkarılarak, yöntemin coğrafi populasyonların ayrımındaki etkinliği araştırılmıştır. Hem laboratuvar kolonilerinin hem de doğal populasyonların PtCac gen ifade seviyeleri arasında farklılıklar gözlenmiştir. Laboratuvar kolonilerine ait gen ifadesi analizleri, PtCac gen ifade seviyesi ve sıcaklık arasında pozitif korelasyon olduğunu göstermiştir. Ancak doğal populasyonlarda, çevresel sıcaklık ile negatif bir korelasyon tespit edilmiştir. Bu populasyonlarda ayrıca PtCac gen ifade seviyeleri ve çevresel bağıl nem arasında da negatif bir korelasyon ilişkisi olduğu gözlenmiştir. Öte yandan PtSP32 gen ifade seviyelerinde laboratuvar kolonilerinde 23oC ve 27 oC sıcaklık koşulları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark gözlenmezken, doğal populasyonlar arasında çevresel bağıl nem ile negatif korelasyon gösteren farklılıklar tespit edilmiştir. Laboratuvar kolonilerinde PtSP38 gen ifade analizleri itibariyle iki grup arasında sıcaklıkla pozitif ilişkili farklılıklar gözlense de, doğal populasyonların PtSP38 gen ifadelerinde istatistiksel olarak anlamlı bir fark tespit edilememiştir. Doğal populasyonların protein profil analizlerine göre, populasyonlar arasında ufak farklılıklar gözlense de MALDI-TOF MS protein profil analiz yönteminde mevcut referans veri tabanı ile P. tobbi'nin coğrafi populasyonları arasında net bir ayrım yapılamamıştır. Bu tez çalışması ile L. infantum vektörünün farklı çevresel koşullardaki gen ifade değişimleri ilk kez ortaya konmuş, Türkiye'deki P. tobbi coğrafi populasyonların protein profilleri ile ayrımı ilk kez test edilmiştir. Elde edilen sonuçlar bu vektörün değişen çevresel koşullardaki dinamiklerini anlamaya yardımcı olurken, vektör-parazit-konak ilişkilerini ve hastalık oluşma riskini belirlemek için yapılacak olan gelecek çalışmalara katkıda bulunacaktır. Ayrıca MALDI-TOF MS protein profil analizi ile elde edilen sonuçlar P. tobbi proteomik veri tabanına katkıda bulanarak bu yöntemin geliştirilmesini desteklemektedir.
Endokrin bozucu bileşiklerden Tetrabromobisfenol A'nın gebe sıçanlara etkisinin araştırılması
Yanma geciktiriciler arasında en çok üretimi gerçekleşen TBBP-A (tetrabromobisfenol-A) yüksek konsantrasyonlarda tekstil, plastik polimer, elektrikli ekipmanlar ve endüstriyel ürünlerde bulunmaktadır. Endokrin bozucu olduğu bilinen ve konserve iç kaplamalarda kullanılması günlük hayatta özellikle beslenme yoluyla maruz kalmayı arttırmaktadır. Gebeler için bu durumun daha riskli olduğu düşünülmektedir. Bu sebeple çalışmamızda gebelerin oral yolla TBBP-A'ya maruz kalmasından sonra plasenta dokusu üzerindeki etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Sıçanlardaki üç haftalık gebelik süresi üç trimester (1'er hafta) şeklinde gruplandırılmakta ve insanların üç trimester (3'er ay) dönemlerine denk gelmektedirler. Çalışmamızda bu bilgiler doğrultusunda üç trimesterin inceleneceği bir deney düzeneği oluşturulmuş ve gebelikle beraber gelişen plasenta dokusunun incelenmesi esas alınmıştır. Çalışmamızda 72 adet gebe Rattus norvegicus tür sıçan kullanılmıştır. Damızlık olarak temin edilen erkek sıçanlarla çiftleştirilip dişi smear örneklerinde sperm tespit edilen her dişi, gebe kabul edilip deney gruplarına dahil edilmiştir. Deney grupları: GD10 (10.gebelik günü) kontrol (mısır yağı), 20mg/kg (minimum), 200mg/kg (orta), 400mg/kg (yüksek) doz; GD15 (15.gebelik günü) kontrol, 20mg/kg, 200mg/kg, 400mg/kg doz; GD20 (20.gebelik günü) kontrol, 20mg/kg, 200mg/kg, 400mg/kg doz şeklindedir. Her grup gebelik günü boyunca (10, 15 ve 20. günler) mısır yağında çözdürülen TBBP-A'ya oral gavaj yöntemiyle maruz bırakılmıştır. Her bir grupta 6 sıçan bulunmaktadır. Uygulama süresince sıçanların yem-su tüketimi, ağırlık değişimleri kaydedilmiş, son aşama diseksiyondan sonra plasenta, böbrek, karaciğer ve ovaryum dokuları alınmış, ağırlıkları kaydedilmiş, histopatolojik yönden ışık mikroskobunda incelenmek üzere doku takibi aşamalarından geçirilmiştir. Tüm dokular H&E ile plasenta dokusu buna ek olarak PAS boyama yöntemi ile boyanmıştır. Sıçanların kalplerinden alınan kandan elde edilen serumlardan Folikül Stimule Edici Hormon (FSH), progesteron, Luteinize Edici Hormon (LH), östrojen hormon analizleri yapılmıştır. GD20 grubu dişi fetüslerin ovaryum doku homojenatından östrojen, erkek fetüslerin testis doku homojenatından ise testosteron hormon değerlerine bakılmıştır. Deney sonunda GD20 grubu sıçanların besin ve su tüketimleri ile bitiş ağırlıklarında azalma tespit edilmiştir. Doku ağırlıkları bulgularında, GD20 grubu sıçanların böbrek ve plasenta rölatif ağırlık değerlerinin azaldığı görülmüştür. GD15 grubu sıçanların plasenta ağırlık, embriyo ağırlık, plasenta X ekseni uzunluk ile GD20 grubu sıçanların embriyo uzunluk ve göbek kordon uzunluklarında azalma tespit edilmiştir. GD15 grubu sıçanların sol böbrek ağırlık ve plasental indeks değerlerinde artış saptanmıştır. Histopatolojik yönden incelenen dokulardan, karaciğer dokusunda konjesyon ve sinüzoidal genişleme; böbrek dokusunda konjesyon, glomerular atrofi, glomerulus pariyetal yapraklarda açılma, tübüler dejenerasyon görülmüştür. Plasenta dokusunda, GD10 200mg/kg, GD10 400mg/kg, GD15 ve GD20 gruplarının tüm doz gruplarında konjesyon; GD15 ve GD20 gruplarının tüm doz gruplarında labirent bölge dejenerasyonu, dev hücrelerde sitoplazmik erime ve piknozis ile spongiyotrofoblastlarda dejenerasyon tespit edilmiştir. Alcian Blue ve Alizarin red ile boyanan kontrol ve TBBP-A uygulama gruplarına ait GD20 grubu fetüs iskeletlerinin kemik ölçüm değerlendirmesi yapılmıştır. İskelet ölçümlerinde x-y eksen iskelet çapı, sağ-sol skapula, sağ-sol humerus, sağ-sol radius, sağ-sol ulna, sağ ilium, sağ femur, sol tibia gerçek uzunlukları kontrol grubuna göre anlamlı azalma gözlenmiştir. Serum FSH değerleri GD20 grubunda istatistiksel olarak artış göstermiştir. Serum progesteron ve LH değerleri GD15 grubunda istatistiksel olarak artış göstermiştir. Serum östrojen değerlerinde artış ve azalmalar varsa da istatistiksel olarak anlamlı değillerdir. GD20 dişi fetüslerin östrojen hormon değerleri 20mg/kg uygulama grubu kontrol grubuna göre istatistiksel olarak azalma gösterirken, 200mg/kg uygulama grubu kontrol grubuna göre istatistiksel olarak artış göstermiştir. GD20 erkek fetüslerin testosteron hormon değerleri göre istatistiksel olarak artış göstermiştir. Sonuç olarak gebelere oral yolla uygulanan TBBP-A'nın etkileri hem maternal hem fetal bazı olumsuzluklara sebep olmuştur. Plasenta dokusunun detaylı histopatolojik incelenmesi ile birlikte incelenen hormonlar üzerine etkisi dikkate alındığında endokrin bozuculuğu gösterilmiştir.
Kan dolaşımındaki tümör hücrelerinin uzaklaştırılması için lektin bağlı kriyojellerin geliştirilmesi
Kanser, ölüm nedenleri sıralamasında ikinci sırada yer alan, buna bağlı olarak erken tanı ve tedavinin hayati önem taşıdığı bir hastalık grubudur. Klinikte gelecek vaad eden, bir yöntem olan sıvı biyopsi ile hastadan alınan basit bir kan örneği üzerinden, etkin bir şekilde gerçekleştirilen dolaşan tümör hücreleri (DTH) saptama, yakalama ve ayrıştırması yapılabildiği takdirde, kanserin profillendirilmesinin ve gidişat takibinin yapılabilmesini mümkün kılabilmektedir. Bu hedef doğrultusunda, pek çok farklı prensiplere sahip DTH ayrıştırma tekniği denenmiş ve teknolojiler geliştirilmiştir. Tez çalışması kapsamında, bulundukları birincil tümör bölgesinden ayrılarak dolaşıma karışan ve dolaşımda taşınarak uzak organ metastazına sebep olabilen DTH'lerini yakalayıp ayrıştırmak amacı ile; Concanavalin A (Con A) lektinini ligand olarak içeren, poli(2-hidroksietil metakrilat) PHEMA-BSA (sığır seum albümin) kriyojellerin kullanımına dayalı affinite sistemi geliştirilmiştir. Con A lektininin, MCF-7 ve MDA-MB-231 meme kanseri hücrelerinin, normal hücrelerden farklı olarak, değişen yüzey moleküllerini ve artan şeker yapısını etkin bir şekilde tanıma ve bağlanma özellikleri, bu çalışmadaki affinite kromatografisinin temelini oluşturmaktadır. Hedeflenen sistemin etkin bir şekilde çalışabilmesi adına, ideal kriyojel materyalinin seçilmesi büyük önem taşımaktadır. Bu amaçla; içeriğinde değişen BSA konsantrasyonları içermesi ve BSA'nın çapraz bağlayıcısı olan gluteraldehiti bulundurup bulundurmaması gibi değişkenlere bağlı olarak, farklı özelliklere sahip kriyojel grupları oluşturulmuştur. Söz konusu değişkenlerin kriyojellerin üzerinde yaptığı etkiler; çeşitli karakterizasyon analizleri olan şişme deneyleri, Taramalı elektron mikroskobu (SEM) görüntüleme, Mikro bilgisayarlı tomografi (Mikro-CT) ve Fourier dönüşümlü transform kızılötesi (FTIR) ve in-vitro hücre deneyleri olan tripan boyası ile hücre sayımı, 3-[4,5-dimetiltiazol-2-il]-difeniltetrazolyum bromür (MTT) ve hücreli örneklerde SEM görüntülemesi sonucunda elde edilen veriler ışığında, kriyojel gruplarının başarılarının birbirleri ile kıyaslanması yoluyla değerlendirilmiştir. Yapılan tüm deneysel çalışmaların ve analiz çalışmalarının sonunda (% 681.4 şişme oranı, % 77.6 makrogözenek miktarı, 1 gram polimer başına 4.478 mg Con A lektini bağlaması ve in-vitro deneylerde inkübasyon sürelerinde ortalama en fazla % canlılık oranına sahip), en başarılı kriyojel grubunun: yapısında en yüksek konsantrasyonda BSA'yı ve onun çapraz bağlayıcısı gluteraldehiti içeren, Con A bağlı, PHEMA-G-BSA100-ConA olduğu ortaya çıkmıştır. Geliştirilen bu sistem, özellikle metastatik karakterdeki bir meme kanseri hücre hattı olan MDA-MB-231 hücrelerini canlı bir şekilde başarıyla tutuklaması sayesinde, söz konusu kanser grupları ile kanser profillendirmesi, kanserin gidişatının belirlenmesi gibi çeşitli tanı ve tedavi çalışmalarında kullanım potansiyeli taşımaktadır.
Hypericum L. cinsi Origanifolia Stef. seksiyonunun taksonomik revizyonu
Bu araştırma ile Hypericum L. cinsi Origanifolia Stef. seksiyonu üyelerinin Türkiye revizyonu yapılmıştır. Karışık ve benzer morfolojik karakterlere dayalı tür tayin anahtarı gözden geçirilmiş ve yenisi oluşturulmuştur. Taksonların betimleri genişletilmiş, coğrafik yayılışları güncellenmiş, çiçeklenme-meyvelenme dönemleri ve bitki coğrafyası bölgeleri verilmiştir. Yapılan taksonomik değerlendirmelerde Origanifolia Stef. seksiyonuna ait 10 takson [Hypericum salsugineum Robson & Hub.-Mor., H. imbricatum Poulter, H. origanifolium Willd., H. trachyphyllum Griseb., H. aviculariifolium Jaub. & Spach var. aviculariifolium, H. aviculariifolium Jaub. & Spach subsp. albiflorum (Hub.-Mor.) Yıld. & Top, H. uniflorum Boiss. & Heldr., H. bourgaei (Boiss.) N. Robson var. bourgaei, H. bourgaei (Boiss.) N. Robson var. leprosum (Boiss.) Yıld. & Top, H. bourgaei (Boiss.) N. Robson var. depilatum (Freyn & Bornm.) Yıld. & Top] belirlenmiştir. Sonuç olarak 1 kombinasyon ve sıtatü [Hypericum aviculariifolium Jaub. & Spach. subsp. albiflorum (Hub.-Mor.) Yıld. &Top], 2 kombinasyon [H. bourgaei (Boiss.) N.Robson var. leprosum (Boiss.) Yıld. & Top, H. bourgaei (Boiss.) N.Robson var. leprosum (Boiss.) Yıld. & Top], 4 sinonim (H. laxiflorum N. Robson, H. ichelense N. Robson, H. cymbiferum Boiss. & Balansa, H. papillare Boiss. & Heldr.) yapılmıştır. Hypericum L. cinsi Origanifolia Stef. seksiyonuna ait 10 taksonun morfolojik, nümerik taksonomik, palinolojik, anatomik özellikleri ve tehlike basamakları sunulmuştur.
Türkiye sularında avlanan Engraulis encrasicolus (Linnaeus, 1758)'un kas dokusu yağ asidi kompozisyonunun lokasyona ve mevsime göre değişimi
Sunulan tez kapsamında Türkiye'de Karadeniz ve Marmara Denizi'nden avlanan hamsi balığının (Engraulis encrasicolus) kas dokusundaki yağ asidi içeriğinin mevsimsel ve lokasyona bağlı değişimi araştırılmıştır. Her lokasyondan av sezonu boyunca aylık alınan balık kas örnekleri paçal yapılarak elde edilen yağ örneklerinin gaz kromatografisi (GC) ile yağ asitleri kompozisyonu incelenmiştir. Farklı lokasyon ve avlama mevsimlerine bağlı olarak hamsi etinin yağ asidi kompozisyonundaki değişimlerinin belirlenmesi ile su ürünlerinde sağlık açısından besin değeri araştırmalarına katkıda bulunmak amaçlanmıştır. Gaz kromatografi sonuçlarına göre kas dokusunda hem Marmara Denizi hem de Karadeniz için tüm avlanma aylarında en yüksek yüzdeye sahip doymuş yağ asidi palmitik asittir. Toplam doymuş yağ asidi (SFA) oranı Marmara popülasyonunda %29,89 ile en yüksek Mart ayında görülmüşken; %19,43 ile en düşük Aralık ayında görülmüştür. Karadeniz'de ise bu oranlar %25,52 (Aralık) ve %16,22 (Ocak) şeklindedir. Toplam SFA oranında, aylık karşılaştırmalarda her iki popülasyon için de istatistiki açıdan önemli farklılıklar gözlenmiştir (p<0,05). Marmara ve Karadeniz popülasyonları için toplam MUFA (tekli doymamış yağ asidi) yüzdeleri sırasıyla 23,78 – 24,93 ve 16,06 – 23,57 arasındadır. Karadeniz'de ΣMUFA içinde Aralık ve Mayıs aylarında C18:1 n-9 baskın bulunurken diğer avlanma ayları olan Kasım, Ocak, Şubat ve Mart aylarında C16:1 baskın bulunmuştur. Marmara'da ise ΣMUFA içinde Kasım ve Mart aylarında C18:1 n-9 baskın bulunurken, Aralık ayında C16:1 baskın bulunmuştur. Toplam MUFA oranında her iki popülasyon için de avlanma ayları arasında istatistiki açıdan önemli bir farklılık gözlenmemiştir. Hamsinin tüm av sezonu ve lokasyonunda önemli miktarlarda DHA ve EPA içerdiği tespit edilmiştir. Tüm avlanma aylarında hem Karadeniz hem de Marmara hamsisinde DHA (dokosahekzanoik asit) seviyeleri EPA'dan (eikosapentanoik asit) daha yüksek bulunmuştur. Karadeniz hamsisinde Kasım, Şubat ve Mart aylarında ΣPUFA (çoklu doymamış yağ asidi) yüzdelerinde istatistiki farklılık (p<0,05) gözlenmiş ancak Aralık, Ocak ve Mayıs aylarında bu yüzdeler istatistiki olarak benzer bulunmuştur. Marmara hamsisinde ise avlanma sezonu boyunca ΣPUFA yüzdelerinde istatistiki bir farklılık gözlenmemiştir. Ortalama ΣPUFA yüzdeleri ise Karadeniz ve Marmara için farklılık (p<0,05) göstermiş, Marmara sularında yakalanan hamsilerde bu yüzdenin daha fazla olduğu tespit edilmiştir. ∑PUFA ile ∑n-3 yüzdeleri bu çalışmada, hem Karadeniz hem de Marmara Denizi'nde deniz suyu sıcaklığıyla doğru orantı yakalamıştır. Karadeniz popülasyonunda kondisyon faktörü ile n-3 PUFA arasında doğru orantılı bir ilişki yakalanmış ve kondisyon faktörünün yüksek olduğu aylarda n-3 PUFA yüzdelerinin de yüksek olduğu saptanmıştır. N-3/n-6 oranı Karadeniz'de tüm avlanma sezonu boyunca istatistiksel olarak farklılık göstermiştir.
Derekuşunun (Cinclus cinclus) dağılım dinamiklerinin filocoğrafya ve ekolojik niş modeli ile araştırılması
Dünyada gerçekleşen küresel iklim değişimine canlılar farklı biyolojik cevaplar vermektedirler. Son buzul ve buzullar arası dönemler özellikle Palearktik Bölge'de dağılım gösteren türlerin günümüz dağılımlarını oluşturmasında büyük önem taşımaktadır. Bu noktadan hareketle birçok çalışma küresel ısınmanın da türlerin dağılımını etkileyeceğini göstermektedir. Küresel iklim değişiminin en önemli etkisi tür dağılımındaki değişimler olarak değerlendirildiği için, bu durumun birçok tür açısından test edilmesi artık kaçınılmaz bir gereksinimdir. Bu tez çalışmasında Palearktik Bölge'de geniş bir dağılıma sahip, akarsulara bağımlı bir tür olan Derekuşu (Cinclus cinclus) model organizma olarak ele alınmıştır. Türün dağılımı geçmiş dönemler (Son Buzullar Arası, Son Buzul Maksimumu, Orta Holosen) için ekolojik niş modelleme ile tahminlenmiş ve geçmiş hakkında çıkarımların güçlenmesi için daha önce yayınlanmış mitokondrial DNA dizileri ile (Kontrol bölgesi, ND2, Cyt-b gen bölgeleri) Bayes temelli demografik analizler gerçekleştirilip sonuçları birleştirilerek tarihsel sığınakları tespit etmek amaçlanmıştır. Aynı zamanda türün gelecekteki olası karbon salınımı senaryolarına göre dağılabileceği alanlar da ekolojik niş modelleme ile tahmin edilmiştir. Sonuçlar, demografik analizler ile ekolojik niş modeli tahminlerinin tutarlı olduğunu göstermiştir. Son Buzul Maksimumundan sonra etkin popülasyon büyüklüğünde bir artış olmuş ve Son Buzullar arası dönemde dikkat çeken allopatrik bir Kafkas bölgesi sığınağı bulunmuştur. Bu çalışma, Pleistosen döneminde farklı zaman dilimlerinde gerçekleşen iklimsel salınımlar sırasında çoklu sığınakların kanıtlarını göstermektedir. Gelecek iklim senaryolarına bakıldığında tür oldukça geniş bir alanda dağılım göstermesinden dolayı dramatik bir daralma yaşanmamış fakat alansal olarak bir daralma göstermiştir. Anahtar Kelimeler: Biyocoğrafya, Hayvan coğrafyası, Tür dağılımları, Tarihsel biyocoğrafya, Filocoğrafya, İklim değişimi, Derekuşu, Cinclus cinclus
Sarıkamış ayı, Ursus arctos arctos (Linnaeus, 1758), popülasyonunun antropojenik kaynaklara bağlı besin içeriklerinin belirlenmesi
Bu çalışmada, Sarıkamış ayı (Ursus arctos arctos) popülasyonunun antropojenik kaynaklara bağlı besin içeriklerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Türkiye'nin Doğu Anadolu bölgesindeki Kars ilinin Sarıkamış ilçesini merkez alan 550 km² büyüklüğündeki bir alanda, 2013-2016 yılları arasında toplanan ayı (Ursus arctos arctos) dışkı örnekleri fiziksel olarak incelenerek bu canlıların beslenme alışkanlıkları belirlenmiştir. Çalışmada bu bölgenin tercih edilmesinin sebebi, Sarıkamış'ın Doğu Anadolu'da insan-ayı çatışmasının en belirgin olduğu noktalardan birisi olmasıdır. Dışkılardan elde edilen hayvansal ve bitkisel besin artıkları incelenerek, Sarıkamış boz ayısının beslenme tercihlerinde antropojenik etkilerin varlığı araştırılmıştır. Bu amaçla 127 adet örnek, analiz edilmiştir. Dışkı içeriklerindeki artıkların uygun metotlarla ayrıştırılması sonucunda artık miktarı oransal olarak belirlenmiştir. İncelenen diyet içerikleri, standart makroskopik ve mikroskopik yöntemler kullanılarak mümkün olan en iyi taksonomik çözünürlüğe göre tanımlanmıştır. Tanımlamalar, kıl, kemik, deri parçaları, tüyler gibi sindirilemeyen ve meyveler, tohumlar, dallar gibi kısmen sindirilebilen parçalar aracılığıyla yapılmıştır. Veriler tek örneklem t testine ve ki-kare testlerine tabi tutulmuşlardır. Bitkisel beslenmenin beklenenden daha fazla, hayvansal beslenmenin ise daha az olduğu tespit edilmiştir. Sarıkamış'ın coğrafi yapısının bu sonuçlara neden olabileceği düşünülmektedir. İncelenen örnekler yakın bölgedeki (İran) popülasyonların verileriyle karşılaştırılmıştır. Bu karşılaştırmada Pianka Endeksi ve Manly's Alpha ölçeği kullanılmıştır. Karşılaştırmalarda Sarıkamış popülasyonunun beslenme tercihlerinin Alborz popülasyonu ile örtüştüğü Zagros ile örtüşmediği tespit edilmiştir.
Güneybatı Anadolu'da rakımsal bir gradiyent boyunca bitki komünitelerinin fonksiyonel karakter yapısının değişimi
Fonksiyonel karakterler, türlerin yaşadıkları çevreye ve ekolojik koşullara göre sahip olduğu uyarlanmaları, hayatta kalabilirliklerini ve nesillerinin devamını doğrudan ve dolaylı olarak etkileyen ölçülebilir ve gözlemlenebilir karakterler bütünüdür. Fonksiyonel karakterler, türlerin yaşam öyküsü karakterlerini ve evrimsel-biyocoğrafik tarihini anlamakla doğrudan ilişkilidir. Bitki komünite dinamiklerini ve bitki komünitelerinin müdahalelere verdikleri cevapları anlamak için, fonksiyonel karakter yaklaşımı son yıllarda ekolojik çalışmalarda sıkça kullanılmaya başlanmıştır. Sahip olduğu yüksek seviyedeki tür çeşitliliğine karşın, Anadolu'da bu alanda yapılmış çalışma sayısı oldukça azdır. Türkiye'de rakımsal bir gradiyent boyunca bitki fonksiyonel karakterlerinin komünite düzeyindeki değişimi ise hiç araştırılmamış bir konudur. Bu tez çalışması kapsamında güneybatı Anadolu'da farklı Akdeniz vejetasyon kuşaklarını içeren deniz seviyesinden 3007 m'ye kadar yükselen bir rakımsal gradiyent boyunca, bitki komünitelerinin fonksiyonel karakter örüntüsündeki değişimler araştırılmıştır. Çalışmada, bitki karakterlerinin rakımsal gradiyentle ve iklimsel değişkenler ile olan ilişkisi ortaya konmuştur. Rakımsal gradiyent boyunca doğrudan arazi örneklemesiyle yaprak ve gövde örnekleri toplanarak uygun yöntemlerle fonksiyonel karakterlerin arazi ve laboratuvar ölçümleri alınmıştır. Ölçülen temel fonksiyonel karakterlerin başlıcaları; yaprak özgül alanı, kalınlığı, bitki boyu, gövde yoğunluğu, yaprak kuru madde içeriğidir. Analizler sonucunda elde edilen bulgularla Akdeniz için temsili olduğu düşünülen bir dağda rakımsal gradiyent boyunca komünitelerdeki fonksiyonel karakter örüntüsü, karakterlerdeki değişim ve çeşitlilik ortaya konmuş, ayrıca komüniteler boyunca bitkilerin farklı büyüme şekillerine göre karakterlerin dağılımı incelenmiştir. Rakım arttıkça komünitelerin bitki karakterleri yapısında görülen değişimler, temel istatistikler, genelleştirilmiş toplamsal modeller ve doğrusal modellerle sınanmıştır. Birçok karakter için rakım gradiyenti boyunca doğrusal ilişki saptanmamış, değişim daha çok salınım şeklinde kendini göstermiştir. Çalışmadan elde edilen bulgular, Akdeniz Havzasında rakımsal gradiyent çalışmalarında, gradiyentin tüm Akdeniz kuşaklarını barındırması ve deniz seviyesinden dağ zirvesine kadar geniş bir aralığı kapsamasının, gradiyent boyunca fonksiyonel karakter değişimlerinin saptanmasında gerekli olduğunu göstermiştir. Ayrıca literatüre Anadolu gibi kıymetli bir coğrafyadan veri sağlaması, uzun vadede koruma biyolojisi odaklı çalışmalar için kaynak oluşturması ve bu alanda yapılabilecek diğer çalışmalar için öncü nitelikte olmasıyla ekoloji alanına katkı sunacaktır.
The relationships between gene variations and climate in two bird species breeding in Anatolia
CLOCK protein is encoded by the Clock gene in a negative feedback loop which regulates the circadian clock in response to environmental stimuli by functioning as a transcription activator. Glutamine repeat variations are found at the C-terminus of the product of this gene. The other gene, Adcyap1, expressed in vertebrates encodes pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide (PACAP). This product has several impacts on physiological and behavioral characters. Studies have revealed simple sequence repeat variation in the 3' non-translational region of the Adcyap1 gene, possibly leading to RNA transcript modifications. Studies based on the effects of these candidate genes on life history phenologies show that different allelic variations are associated with circadian rhythm-related characters such as feather change, dispersal timing and distance, migration timing, migration restlessness, migration distance, migration status, clutch size, incubation duration, laying and hatching date, and breeding latitude. However, further studies are needed to reveal the extent to which the Clock and Adcyap1 genes constitute the genetic basis of these phenologies. In this thesis, the geographic structure of the Clock and Adcyap1 polymorphisms in the common chaffinch (Fringilla coelebs) and the European greenfinch (Chloris chloris) populations was tried to be discovered by calculating fixation indices and using analysis of molecular variance, principal component analysis, and STRUCTURE software. In addition, associations of bioclimatic variables (e.g., seasonality of temperature, precipitation, and climate heterogeneity), spatial variables (e.g., latitude, longitude, and altitude), and morphological characters (e.g., wing and body length) with allele lengths were investigated by linear models in chaffinch and greenfinch species. As a result, no population differentiation was found for these 2 finch species. However, especially the Adcyap gene showed remarkable relationships with bioclimatic variables. According to linear models, the distribution of chaffinch alleles was positively correlated with climate heterogeneity and temperature seasonality, as hypothesized above. Similarly, Clock allele length of chaffinch was correlated with longitude. Positive associations were also found between the migration-related morphological characters, primary, tail, and body length, and Adcyap1 length in both species. The combined results suggest that the minimum allele lengths might show dominant effects for both gene regions. Finally, it was observed that the heterozygosity of greenfinch populations was associated with the mean Clock gene length.
Erkek sıçanlarda metil paraben ve propil parabenin birlikte etkisinin hipofiz-adrenal ekseni üzerinde incelenmesi
Endokrin bozucu aktiviteye sahip olduğu bilinen propil paraben ve metil paraben, birçok farmasötik, gıda ve kozmetik üründe koruyucu olarak kullanılan kimyasallardır. Bu ürünlerde genellikle metil paraben ve propil parabenin birlikte karışım halinde kullanımı tercih edilmektedir. Bu nedenle, günlük hayatımızda endokrin bozucu etkileri olduğu bilinen parabenlere sık sık maruz kalmaktayız. Bu çalışmanın amacı, metil paraben ve propil paraben karışımının endokrin bozucu etkisini hipofiz-adrenal eksen üzerinde araştırmaktır. Çalışmada 2 kontrol (yağ kontrol ve pozitif kontrol 50 mg/kg/gün BPA (Bisfenol A)) ve 3 doz uygulama (10, 100 ve 500 mg/kg/gün) olmak üzere 5 deney grubu tasarlanmıştır. Metil paraben ve propil paraben 1:1 oranında karıştırılarak 42 günlük erkek sıçanlara 30 gün boyunca oral gavaj yöntemi ile uygulanmıştır. Deney sonunda kalpten elde edilen kan örneklerinden tam kan analizi, serum örneklerinden ise hormon (ACTH (adrenokortikotropik hormon), kortizol, aldosteron, androstenedion, DHT (dihidrotestosteron)) ve biyokimya analizleri (ALT (alanine aminotransferaz), AST (aspartat aminotransferaz), albumin, trigliserit, kreatinin, üre, glikoz) yapılmıştır. Histopatolojik etkiler hipofiz bezi, adrenal bezler ve toksik maddelerin metabolizmasında önemli rol oynayan karaciğer ve böbrek dokularında, CYP11B1 (11 ß Hidroksilaz) ve CYP11B2 (aldosteron sentaz) enzimlerinin immünohistokimyasal boyamaları ise adrenal dokusunda yapılmıştır. Artan kortizol ve aldosteron hormon seviyelerine paralel olarak iki enziminde BPA (50 mg/kg/gün) pozitif kontrol grubu ve 100 mg/kg/gün metil paraben+propil paraben doz grubunda yağ kontrol grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı arttığı tespit edilmiştir. Histopatolojik bulgularda, dokularda dejenerasyon, konjesyon ve ödem tespit edilmiş olup serum kortizol, aldosteron, adrenokortikotropik hormon ve androstenedion düzeyleri 100 mg/kg/gün metil paraben+propil paraben, 50 mg/kg/gün BPA; serum dihidrotestosteron hormon seviyeleri 10 mg/kg/gün metil+propil paraben, 500 mg/kg/gün metil paraben+propil paraben, 50 mg/kg/gün BPA ve serum trigliserit düzeyleri 100 mg/kg/gün metil paraben+propil paraben; serum glikoz seviyeleri 50 mg/kg/gün BPA, 100 mg/kg/gün metil paraben+propil paraben; serum AST değerleri 50 mg/kg/gün BPA, 10-500 mg/kg/gün metil paraben+propil paraben gruplarında kontrol grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı arttığı tespit edilmiştir. Serum üre seviyelerinin 10 mg/kg/gün metil paraben+propil paraben, serum albümin değerlerinin ise tüm deney gruplarında anlamlı olarak azaldığı tespit edilmiştir. CYP11B1 ve CYP11B2 enzimlerinin incelendiği immünohistokimyasal boyamalarda sırasıyla artan kortizol ve aldosteron seviyesine bağlı olarak CYP11B1 ve CYP11B2 enzimlerin de arttığı tespit edilmiştir. Elde edilen sonuçlar propil paraben ve metil parabenin birlikte etkisinin HPA (Hipolamik-Hipofiz-Adrenal Ekseni) ekseni hormonal aktivitesi ve incelenen karaciğer, böbrek, adrenal ve hipofiz dokuları üzerinde negatif etkiye neden olduğunu göstermiştir. Anahtar Kelimeler: Propil paraben, metil paraben, endokrin bozucular, erkek sıçan
Hayat tablosu verileri kullanarak elde edilen matematiksel model ve uygulamaları
Sıcaklık sivrisinek popülasyon dinamiği üzerindeki en baskın faktördür. Sıcaklığın farklı evrelerdeki bireylerin gelişim süreleri ve mortalite oranlarına olan etkileri hayat tablolarıyla gösterilir. Hayat tabloları matematiksel modelleme çalışmaları için yeterince detaylı veriler sağlar. Bu tez çalışması kapsamında hayat tablosu verileri bilinen Culex quinquefasciatus türüne ait matematiksel popülasyon modeli (sPop) oluşturulmuştur. Bu popülasyon modeli kullanılarak, iklim verileri bilinen bölgelere ait popülasyon dinamiği tahminleri yapılması amaçlanmıştır. Bu doğrultuda, Ankara ilinde arazi çalışmaları yapılarak dört bölgede 15 farklı lokaliteden yaklaşık altı ay boyunca toplam 1178 adet sivrisinek toplanmış ve yedi farklı konumdan sıcaklık verisi alınmıştır. Yapılan karşılaştırmalar sonucunda popülasyon modeli tahminlerinin ve popülasyon dinamiğinin en uyumlu olduğu lokalite İmrahor-1 olarak tespit edilmiş, Dodurga-1 lokalitesinde de kısmi uyum gözlenmiştir. İnternet tabanlı ERA5 sıcaklık verileri ile yapılan karşılaştırmalarda ise Karaoğlan, Dodurga ve İmrahor bölgelerinde popülasyon modeli ve popülasyon dinamiğinin kısmi olarak uyumu gözlenmiştir. Tüm lokalitelerde ve bölgelerde yapılan karşılaştırmalarda, sıcaklık verilerinin çözünürlüğü arttıkça modelin daha iyi sonuçlar verdiği gösterilmiştir. Ortam sıcaklığı kullanılarak çalıştırılan bu modele yağış, bağıl nem, su sıcaklığı gibi daha fazla iklimsel parametrenin eklenmesi ve modelde daha yüksek çözünürlüklü veri kullanılması ile bu popülasyon modelinin tahminleme gücünün artacağı öngörülmektedir.
Diyabet modeli oluşturulan INS-1E pankreas beta hücrelerinde neoeriositrinin koruyucu etkisinin araştırılması
Diyabet günümüzde çok yaygın görülen ve görülme sıklığı giderek artan metabolik bir hastalıktır. Diyabette ilaç kullanımının yanı sıra alternatif olarak bitkisel kökenli antidiyabetik özellik taşıyan ürünler de kullanılmaktadır. Flavonoidlerin çeşitli türlerinin antiinflamatuvar, antioksidan, antidiyabetik gibi fitoterapötik etkileri bilinmektedir. Pankreas beta hücre hasarı tip-2 diyabet hastalığında önemli bir etkendir. Tip-2 diyabette oluşan hasarın sebebi tam olarak bilinmemekle birlikte en büyük sebebin oksidatif stres olduğu bildirilmektedir. Flavonoidlerin antioksidan etkileri bilinmekle birlikte neoeriositrin flavonoidi hakkında fazla bilgi bulunmamaktadır. Neoeriositrin, birçok Citrus türünü içeren bazı bitkilerin meyve özütlerinde ve meyve sularında bulunan bir flavonoiddir. Tez çalışmasında streptozotosin (STZ) uygulamasıyla diyabet modeli oluşturulan INS-1E pankreas ß hücre hattında neoeriositrinin (0,25 µM, 0,5 µM ve 1 µM konsantrasyonlarda) antioksidan ve antidiyabetik etkisi araştırılmıştır. Çalışmada kristal viyole, tripan mavisi ve akridin oranj/propidyum iyodit hücre canlılık testleri ve oksidatif stres değerlendirmesi için ROS (reaktif oksijen türleri) ve malondialdehit (MDA) ölçümleri yapılmıştır. Ayrıca, glukoz miktarına bağlı olarak INS-1E hücrelerinin insülin cevabına neoeriositrinin etkisi de belirlenmiştir. Pozitif kontrol olarak antidiyabetik ve antioksidan etkisi bilinen N-asetil L-sistein (NAC) kullanılmıştır. Sonuç olarak neoeriositrinin konsantrasyona bağlı olarak hücre canlılığını arttırdığı tespit edilmiştir. Diğer yandan neoeriositrinin konsantrasyonuna bağlı olarak MDA ve ROS miktarlarını azalttığı tespit edilmiştir. Glukoz uyarımlı insülin testi sonuçlarımız, neoeriositrinin glukoz miktarına bağlı olarak INS-1E hücrelerinin insülin cevabında bir artışa neden olduğunu göstermiştir, ancak bu artış istatistiksel olarak anlamlı bulunmamıştır. Sonuç olarak, çalışmadan elde edilen bulgularımız neoeriositrinin pankreas beta hücrelerindeki oksidatif hasara karşı koruyucu olabileceği ve diyabet için yeni bir aday ajan olabileceğini düşündürmektedir. Anahtar Kelimeler: Diyabet modelleme, flavonoid, koruyucu etki, neoeriositrin, oksidatif stres, INS-1E pankreatik beta hücre hattı