37
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Kullanılmış kozmetik ürünlerden izole edilen aerop bakteriler ve antibiyotik direncinin değerlendirilmesi
Kozmetik, Yunancada süsleme ustası anlamında olan "kosmetikos" kelimesinden türemiştir. Geçmişten günümüze kadar güzel ve bakımlı görünmek her dönemde önem arz etmiştir. Yaşanılan çağa ve koşullara göre güzellik anlayışı farklılık gösterse de her çağda güzelliğin temelinde kozmetik ürünlerin kullanımı vardır. Günümüzde insanların sağlığını koruma, koruyucu sağlık tedbirleri, hastalığa değil sağlığa yönelik yapılan yatırımlar ve kişiyi hastalanmadan bilinçlendirme adına yapılan projeler kapsamında denetlenen binlerce sektörden biri de kozmetik sektörüdür. Kozmetiklerin istenmeyen etkilerini en aza indirmek için sağlıklı koşullarda üretilip korunması gerekmektedir. Bu çalışmada, Van bölgesinde 500 kozmetik ürün kullanıcısından, kullanılmış kozmetik ürünler toplandı. Kullanılmış kozmetik ürünlerden (n=500) toplamda 101 (%20,2) tane bakteri izolasyonu yapıldı. Vitek 2 cihazında gerçekleştirilen identifikason sonucunda izolatların sırasıyla S. epidermidis (47, %46,5), S. hominis (17, %16,8), S. aureus (6, %5,9), E. coli (16, %15,8), K. pneumoniae (11, %10,9) ve P. aeruginosa (4, %4,1) olduğu belirlendi. Fenotipik antibiyotik değerlendirmesi sonucunda 1 izolatın metisilin dirençli S. aureus (MRSA) olduğu görüldü. İzole edilen 10 gram negatif bakterinin kabapenem ve genişlemiş β-laktamaz direnci profili gösterdiği belirlendi. Bu çalışmada, kozmetik ürün kullanımında kişisel hijyen, zaman, kozmetik ürünün bulunduğu ortam ve kendinize ait olmayan ürünlerin kullanımına dikkat edilmemesi sonucu ciddi infeksiyonlara maruz kalınabileceği sonucuna varıldı.
Kortikosteroidlerin Candida albicans biyofilm yapımına etkisinin in-vitro incelenmesi
DAHA SONRA DOLDURULACAKTIR
Probiyotik özellikteki lactobacillus ve bifidobacterium kökenleri ile patojen bakteriler arasındaki etkileşimin araştırılması
Yüzyıllardır insanların diyetlerinde yer alan probiyotiklere ilgi son yıllarda daha çok artmış, probiyotiklerin bağırsak faaliyetlerinin iyileştirmesi, diyare, laktoz intoleransı, alerji, bağışıklığın güçlenmesi ve hatta kanser hücrelerinin yok edilmesi gibi önemli etkileri üzerinde durulmaya başlanmıştır. Bu çalışmada Escherichia coli, Klebsiella pneumoniea ve Staphylococcus aureus klinik izolatları ile probiyotik özellikteki Lactobacillus acidophilus ve Bifidobacterium animalis subs. lactis arasındaki etkileşimin araştırılması amaçlanmıştır. Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Bakteriyoloji laboratuvarında izole edilen her türden beş adet E. coli, K. pneumoniea ve S. aureus kökeni çalışmaya dahil edildi. Klinik izolatlar ile probiyotik bakteriler arasındaki etkileşimin araştırılması amacıyla, bir klinik izolat ile bir probiyotik bakteri sıvı besiyerinde birlikte kültür edildikten sonra katı besiyerine pasaj yapılarak, inkübasyondan sonra koloni sayılarındaki değişim incelendi. Probiyotik bakterilerin süpernatanlarının inhibisyon etkisini incelemek amacıyla agar difüzyon yöntemi ve optik yoğunluk ölçümüne dayalı yöntem uygulandı. Agar difüzyon yönteminde klinik kökenler katı besiyerine ekildikten sonra besiyerlerinde kuyular açılarak probiyotik bakterilerin kültürlerinden elde edilen süpernatanlar bu kuyulara konuldu. İnkübasyondan sonra kuyular etrafında oluşan inhibisyon zon çapları değerlendirildi. Optik yoğunluk ölçümüne dayalı yöntemde ise, 0.5McFarland bulanıklığındaki klinik kökenler mikroplakalara konulup üzerlerine probiyotik süpernatanları eklenerek inkübasyona bırakıldı ve inkübasyon sonunda optik yoğunlukları ölçüldü. Elde edilen veriler SPSS 22.0 ile yorumlandı. Klinik izolatlar ile probiyotiklerin birlikte inkübasyonu sonrasında bazı klinik kökenlerin koloni sayılarında anlamlı düzeyde olmasa da azalma gözlenirken, probiyotik bakterilerin son pasajlarında üreme görülmedi. Bu yöntemde yapılan tekrarlarda farklı sonuçlar elde edildi. Bu nedenle yöntemin tekrarlanabilirliği ve güvenilirliğinin arttırılması için modifiye edilmesi gerektiği düşünüldü. Agar difüzyon yönteminde, probiyotik bakteriler klinik kökenlerinin tümünün üzerine inhibitör etki gösterdi. Optik yoğunluk ölçümleri sonucunda, B. animalis subs. lactis'te L. acidophilus'a göre daha yüksek olmak üzere, probiyotik bakterilerin klinik kökenler üzerine %39 ile %86 arasında değişen oranlarda inhibisyon gösterdiği saptandı. Probiyotiklerin olumlu etkilerinin daha geniş kapsamlı araştırılması ve insan sağlığı üzerindeki etkilerinin netleştirilmesi önemlidir. Bu amaç doğrultusunda bu çalışmanın bundan sonra gerçekleştirilecek araştırmalara bir temel oluşturacağını düşünmekteyiz. Kullanılan yöntemler modifiye edilerek, tekrarlanabilir ve güvenilir yöntemler geliştirilmelidir. Probiyotiklerin insan sağlığı üzerindeki etkilerini daha iyi gözlemlemek ve netleştirmek için in vivo çalışmaların gerçekleştirilmesi de önemli ve gereklidir.
Bazı ilaç moleküllerinin klinik acinetobacter baumannii biyofilm yapısı üzerine etkilerinin gerçek zamanlı hücre analizi yöntemi ile incelenmesi
Acinetobacter baumannii, ventilatör ilişkili pnömoni ve kateter ilişkili bakteriyemi gibi ciddi nozokomiyal enfeksiyonlara neden olabilen, önemli bir fırsatçı patojendir. Bu bakterinin biyofilm oluşturma özelliği gibi virülans faktörleri ve son yıllarda hızla artan antibiyotik direnci, patogeneze katkı sağlayarak, enfeksiyonların tedavisini zorlaştırmaktadır. Farklı ülkelerde yürütülen çok sayıda araştırma, çoklu ilaç dirençli A.baumannii izolatlarının artışına ve bu izolatlarda biyofilm üretim kapasitesinin de yüksek olduğuna işaret etmektedir. Bu açıdan, antibakteriyel ve antibiyofilm etkinliğe sahip ilaç veya ilaç kombinasyonlarına yönelik araştırmalar değer kazanmaktadır. Ayrıca, tedavi başarısızlıklarında önemli bir rolü olan biyofilm oluşumunun hızlı ve doğru bir şekilde belirlenmesi, enfeksiyonlarla mücadele açısından kritik bir öneme sahiptir. Çalışmamızda, tigesiklin (TGC), n-asetilsistein (NAS) ve asetilsalisilik asit (ASA) gibi çeşitli ilaç moleküllerinin, klinik A. baumannii izolatlarının biyofilm yapısı üzerine etkilerinin, konvansiyonel ve gerçek zamanlı hücre analizi (Real Time Cell Analyses-RTCA) yöntemleri ile incelenmesi amaçlanmıştır. Ayrıca, incelenen etken maddelerin A. baumannii suşlarında biyofilm ile ilişkili bazı genlerin ekspresyon seviyelerine etkisi de araştırılmıştır. Ege Üniversitesi Hastanesi'nden izole edilen ve klonal olarak ilişkisiz 22 A.baumanni izolatının biyofilm oluşturma kapasiteleri öncelikle spektrofotometrik mikroplak-kristal viyole yöntemi ile belirlendi. Güçlü biyofilm üreticisi olduğu belirlenen altı temsilci kökenin biyofilm oluşturma kapasiteleri RTCA yöntemi ile de araştırıldı ve elde edilen sonuçların konvansiyonel yöntem ile uyumlu olduğu saptandı. RTCA yöntemi ile 8-10 saat içinde güçlü biyofilm üreticisi kökenler ile zayıf üretici ve negatif kontroller arasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulundu. Tigesiklin, NAS ve ASA moleküllerinin tek başlarına ve kombine halde, kökenlerin biyofilm oluşumu ve olgun biyofilmleri üzerine etkileri her iki yöntemle de değerlendirildi ve sub-MİK konsantrasyonlarda TGC+NAS ve TGC+ASA kombinasyonlarının sinerjik etkili olduğu tespit edildi. İncelenen etken maddelerin A. baumannii kökenlerinin biyofilm oluşumu üzerine etkilerini saptamak açısından konvansiyonel ve RTCA yöntemleri paralel sonuçlar verirken, olgun biyofilm üzerine etkilerin değerlendirilmesinde RTCA yöntemi ile herhangi bir etki belirlenemedi. Temsilci A.baumannii kökenlerinde biyofilm oluşumu ile ilişkilendirilen bazı virülans genlerinin (bap, adeG, csuE, ompA) varlığı polimeraz zincir reaksiyonu ile araştırıldı. Altı kökenin tamamında csuE ve ompA genleri tespit edilirken, ikişer kökende bap ve adeG gen varlığı gözlendi. Fenotipik yöntemlerle sinerjik etkili olduğu saptanan ilaç kombinasyonlarının, bazı suşlarda csuE ve bap gen ekpresyon seviyelerinde düşüşe neden olduğu kantitatif gerçek zamanlı ters transkriptaz kantitatif polimeraz reaksiyonu (RT-qPCR) ile saptandı. Bildiğimiz kadarıyla, A. baumannii kökenlerinde çeşitli ilaç moleküllerinin biyofilm yapısı üzerine etkilerinin RTCA yöntemi ile ilk olarak değerlendirildiği çalışmamızda, genel olarak konvansiyonel yöntem ile uyumlu sonuçlar alınmış, sub-MİK konsantrasyonlarda sinerjik etkili kombinasyonlar saptanmıştır. Ayrıca, incelenen etken maddelerin A. baumannii biyofilmi üzerinde görülen fenotipik etkilerinin, biyofilm ilişkili bazı genlerinin ekspresyon seviyelerindeki azalmaya bağlı olabileceği de ortaya konmuştur. RTCA yöntemi biyofilm üreticisi kökenleri saptamada hızı ve tekrar edilebilirliği ile öne çıkarken, etken maddelerin olgun biyofilm üzerine etkilerinin değerlendirilmesi için uygun gözükmemektedir.
Pseudomonas aeruginosa kökenlerinde virülans, antimikrobiyal direnç ve dezenfektan toleransı
Bu çalışmada, klonal ilişkisiz olduğu belirlenen P. aeruginosa kökenlerinin sık rastlanan virülans faktörlerinin belirlenmesi, dezenfektan ve antimikrobiyal duyarlılıklarının saptanması ve dezenfektan/antimikrobiyallerin biyofilm üzerine tek başlarına ve kombine halde etkilerinin in-vitro koşullarda araştırılması amaçlanmıştır. Ege Üniversitesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Bakteriyoloji Laboratuvarı'nda izole edilen P. aeruginosa kökenlerinin antimikrobiyal duyarlıkları disk difüzyon yöntemiyle, klonal ilişkisi Enterobacterial repetitive intergenic consensus polimeraz zincir reaksiyonu (ERIC-PZR) ile belirlenmiştir. Klonal ilişkisiz kökenlerin çoğunluğu algılama (ÇA) genleri (lasI, lasR, rhlI, rhlR) PZR ile araştırılmış aynı zamanda virülans faktörleri (DNaz, elastaz, proteaz, lipaz, siderofor, pigment ve biyofilm üretimi ve twitching motilitesi) fenotipik yöntemlerle belirlenmiştir. Kökenlerin dezenfektanlara (polihekzanid (PHMB), %2 gluteraldehit (%2 GLT), klorhekzidin (CHX), kuarterner amonyum bileşikleri (KAB)) ve antimikrobiyallerden siprofloksasine (CIP) karşı duyarlıkları CLSI kriterlerine göre sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle, dezenfektanların ve antibiyotiğin (CIP) tek başlarına ve kombinasyon durumlarında biyofilm üzerine etkileri kristal viyole yöntemi ile araştırılmıştır. Dışa atım pompa (DAP) genlerinin varlığı (mexR, nfxB) PZR yöntemiyle, ayrıca DAP inhibitörü fenilalanin-arjinin-beta naftilamid (PAβN) ve 1-(1-naphthylmethyl) piperazine (NMP) varlığında kökenlerin CIP MİK değerleri sıvı mikrodilüsyon yöntemi kullanılarak saptanmıştır. Fenotipik ve genotipik özelliklerin birbirleri ile ilişkisinin araştırılmasında Fisher kesin ki-kare testi kullanılmıştır. Seksen üç P. aeruginosa kökeninden ERIC-PZR yöntemi ile 19 klonal ilişkisiz köken belirlenmiştir. Disk difüzyon ve sıvı mikrodilüsyon yöntemlerine göre klonal ilişkisiz kökenlerin 10'u CIP'ye dirençli, ikisi orta duyarlı ve yedisi duyarlı bulunmuştur. Klonal ilişkisiz kökenlerde ÇA genlerinden lasI geni %89,5, lasR geni %94,7 oranında saptanmıştır. Tüm kökenlerde rhlI geni mevcutken, rhlR geninin %68,4'lük yüzdeye sahip olduğu belirlenmiştir. Virülans faktörlerinden elastaz ve siderofor üretimi tüm kökenlerde saptanırken, pigment üretimi %84,2, twitching motilitesi %79, lipaz üretimi %74 ve proteaz üretimi %26,3 oranlarında bulunmuştur. Kökenlerin hiçbirinde DNaz saptanmamıştır. Kökenlerden dokuzu güçlü biyofilm üretme kapasitesi göstermiştir ve kökenler üzerinde MİK değeri en düşük olan dezenfektanın CHX olduğu görülmüştür. Güçlü biyofilm üreten kökenlerde dezenfektanlarla CIP kombinasyonlarının etkilerine bakıldığında, biyofilm inhibisyonu sağlayan en etkili kombinasyonun CHX-CIP olduğu belirlenmiştir. Ayrıca DAP genleri (mexR, nfxB) birer köken hariç tüm kökenlerde saptanmıştır. DAP inhibitörü PAβN varlığında, 10'u CIP'ye dirençli, ikisi orta duyarlı kökenlerden, dokuzunun CIP MİK değerlerinde dört kat ve üzeri azalma belirlenmiş, NMP varlığında ise kökenlerin CIP MİK değerlerinde bir azalma gözlenmemiştir. Fisher kesin ki-kare testine göre fenotipik ve genotipik özelliklerin birbirleriyle ilişkisi istatistiksel açıdan anlamlı bulunmamıştır (p>0.05). Bu tez çalışmasından elde edilen veriler ile hastanemizde görülen nozokomiyal Pseudomonas enfeksiyonlarından hangi virülans genlerinin sorumlu olduğu, dezenfektanlara tolerans ve antimikrobiyal direnç durumları hakkında bilgi edinilmiştir. Ayrıca çoklu ilaç direncine sahip P. aeruginosa kökenlerinde antibiyotik ve dezenfektan kombinasyonlarının biyofilm oluşumu ve olgun biyofilm üzerine etkinliklerine bakılarak sinerjik etki durumları hakkında bilgi sahibi olunabileceği ve böylece tedavi seçenekleri açısından öneri oluşturulabileceği düşünülmüştür.
Pseudomonas aeruginosa kökenlerinde lipid metabolizması ve antibiyotik direncinde rol alan ACPP ve mMEXA genlerinin antisens oligonükleotitler ile susturulması
Antisens tedavi stratejisi, çeşitli genlerin protein oluşturmadan susturulması amacıyla, oligodeoksiribonükleotitlerin kullanılmasıdır. Antisens mekanizma, hedef mRNA'ya oligonükleotit dizisinin Watsons-Crick baz eşleşme yoluyla bağlanması sonucu gerçekleşmektedir. Bağlanmadan sonra iki temel yolak, ilgili genin protein oluşumunu engeller. Bunlardan ilki, oligonükleotitin bağlandığı bölgede RNaz H aracılı degredasyon oluşturmasıdır. RNaz enzimi ile parçalanan RNA dizisinden translasyon mümkün olmadığı için protein oluşumu engellenir. İkincisi ise oligonükleotitin bağlanarak ilgili mRNA bölgesini kapatmasıyla oluşur. Böylece translasyon (ribozomun gen dizisini okuması) sterik olarak engellenir, posttranskripsiyonel işlemler inhibe edilir ve gen, ürün oluşturamaz. Bu tezin amacı, ülkemizde ve dünyada direnç oluşumu nedeniyle tedavisi gittikçe zorlaşmakta olan Pseudomonas aeruginosa kökenlerine karşı uygun antisens dizi ve formülasyonu kullanarak, bakteri için esansiyel olan açil taşıyıcı protein (Acyl carrier protein- acpP) geninin ve bakteriye antimikrobiyallere karşı direnç kazandıran mex grubu dışa atım pompasına (efluks pompası) ait mexA geninin susturulmasıdır. Bakterinin lipid biyosentezi için esansiyel bir protein olan acpP'nin eksikliği, bakterinin ölümüne sebep olacağından bakteri üremesi engellenecek, pompa geninin inhibisyonuyla da direncin önüne geçilmesi mümkün olacaktır. Bu ajanların P. aeruginosa hücresi içine girişlerini sağlamak amacıyla literatür incelendiğinde, lipozom ve peptid konjugasyonu gibi yöntemlerin denendiği gözlenirken, niozom formülasyonlarının kullanımına rastlanılmamıştır. Çalışmamız kapsamında niozomların bu amaçla kullanımı özgün değerlerden birisidir. Görece yeni bir tedavi yaklaşımı sayılabilecek bu yöntemin, mikrobiyoloji alanında bakteri enfeksiyonlarına karşı etkilerini araştıran çalışmalara ülkemizde rastlanılmamıştır. Proje kapsamında P. aeruginosa'da bulunan acpP ve mexA genlerinin antisens oligonükleotitler kullanılarak susturulması ve böylece bakteri üremesinin ve direnç mekanizmasının engellenmesi için gerekli çalışmalar yapıldı. Çalışmamızda Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarı'nda izole edilen P. aeruginosa kökenlerinin çoklu antibiyotik direnci VITEK MS ile belirlendi ve hedef alınacak genlerin varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile saptandı. Bu çalışmalarda P. aeruginosa ATCC 27853 ve ilgili genleri içeren kontrol kökenleri kullanıldı. İstenen özellikteki kökenler, PZR temelli Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus PZR (ERIC-PZR) ile genotiplendirildi. Farklı genotipe ait oldukları saptanan 11 adet P. aeruginosa kökeni ile çalışıldı. Antisens oligonükleotitleri belirlemek amacıyla hedef alınan genlerin DNA dizi analizi yapıldı. Elde edilen dizi analizi sonuçları, gen bankaları ve literatür bilgileri beraber değerlendirilerek P. aeruginosa bakterisi için kullanılacak antisens oligonükleotitler belirlendi. Antisens oligonükleotitlerin bakteri hücresi içine geçişini arttırabilmek amacıyla niozom formülasyonları hazırlandı. Elde edilen formülasyonun minimum inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri Klinik ve Laboratuvar Standartları Enstitüsü (Clinical and Laboratory Standarts Institute, CLSI) önerileri doğrultusunda sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle belirlendi. Susturulan acpP ve mexA genlerinin ekspresyon düzeyleri gerçek zamanlı nicel RT-PZR ile araştırıldı. VITEK MS sonuçlarına göre farklı kliniklerden 41 adet ÇİD izolat çalışmanın ilk aşamaları için seçildi. Bu izolatlardan 38 tanesinin acpP ve mexA genlerini içerdiği saptandı ve bu izolatların ERIC-PZR sonuçlarına göre, 10 ana klon ve bir alttip olmak üzere 11 farklı ailede yer aldıkları tespit edildi. Her bir aileden seçilen temsilciler için dizi analizleri yapıdı ve acpP geninde mutasyona rastlanmadı. Bununla birlikte mexA geninde sessiz mutasyonlar belirlendi. Tasarlanan ASO dizilerini hedeflemek amacıyla dokuz adet niozom formülasyonu hazırlandı. Sadece F1 ve F5 formülasyonlarının ASO dizileriyle kompleks oluşturduğu saptandı. Bununla birlikte F5 formülasyonunun daha yüksek konsantrasyonda ASO dizisi taşıma kapasitesi olduğu tespit edildi ve sonraki çalışmalarda F5 formülasyonu kullanıldı. Kompleks hale getirilen bu dizilerin RT-PZR sonuçlarına göre ASO-1 ASO-2 ve ASO-6 için sırasıyla altı, dört ve üç izolatta anlamlı gen inhibisyonu saptandı. Diğer dizilerde etkinlik görülmedi. Anahtar Kelimeler: Antisens, Pseudomonas aerguinosa, RT-PZR
Mycobacterium tuberculosis kompleks izolatlarında genotip ve antimikrobiyal direnç arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi
Mycobacterium tuberculosis kompleks' in neden olduğu tüberküloz hastalığı tanı ve tedavi yöntemlerindeki gelişmelere rağmen dünyada ve ülkemizde ciddi bir halk sağlığı sorunu olmaya devam etmektedir. Günümüzde, artan direnç nedeniyle etkili tedavi sağlanamaması, duyarlılık testleri ile bu direncin takibini gerekli hale getirmiştir. Son yıllarda moleküler yöntemlerdeki gelişmeler tüberküloz epidemiyolojisinin anlaşılmasını kolaylaştırmış, reenfeksiyon/reaktivasyon ayrımı, salgınların tanımlanması, hastalığın toplumdaki yayılımının ve laboratuvarlardaki çapraz kontaminasyonların takibinin sağlanması için yararlı olmuştur. Bu tez çalışmasında, 2013-2014 yıllarında Ege Üniversitesi mikobakteriyoloji laboratuvarında izole edilen M. tuberculosis kompleks izolatlarının genotiplendirilmesi, çok ilaca dirençli (ÇİD) izolatlarda ise ikinci seçenek tüberküloz ilaçlarından amikasin (AK) ve ofloksasin (OFL) duyarlılığının belirlenmesi, direnç ve genotip arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Yüzkırkiki izolatın spoligotiplendirilmesi ile edinilen verilere göre; T ailesi baskın bulunmuş, 2014 yılı izolatlarında ise bunu H ailesi (H1, H3, H4) takip etmiştir. MIRU-VNTR yöntemi ile tiplendirmek için seçilen, en az bir primer ilaca dirençli, 15 izolatın spoligotipleri değerlendirildiğinde beşi T1, ikisi LAM7TUR, ikisi Pekin, birer tanesi T2, U, H3, CAS1DELHI olarak tanımlanmış, iki tanesi ise veritabanındaki izolatların hiçbiriyle eşleşmemiştir. Spoligotiplerine göre Pekin, LAM7TUR ve CAS1DELHI ailesindeki suşlar MIRU-VNTR yöntemi ile de aynı gruplarda bulunmuştur. Ayrıca test edilen beş ÇİD izolatta AK ve OFL'ye karşı dirence rastlanmamıştır. Tüm dirençli kökenler değerlendirildiğinde bu çalışmada direnç ve genotipler arasında ilişki tespit edilememiştir. Sonuç olarak bu çalışmada direnç ve genotip arasında bir ilişki bulunmasa da tüberkülozun ve dirençli suşların yayılımının izlenmesi bakımından alternatif moleküler metotlar geliştirilmesi yönünde araştırmalara devam edilmeli ve bu yöntemlerin yaygın kullanımı sağlanmalıdır. Anahtar Kelimeler: Mycobacterium tuberculosis kompleks; genotiplendirme; antimikrobiyal direnç.
Klinik stafilokok izolatlarının transkriptomları ve proteinleri üzerine çeşitli antimikrobiyallerin ve anti-enflamatuvar maddelerin etkilerinin araştırılması
Bu çalışmada, stafilokok kökenlerinin etken olduğu enfeksiyonların tedavisinde kullanılan antimikrobiyallerin ve anti-enflamatuvar ilaçların tek başlarına ve kombine halde in vitro etkinliklerinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla, gen ekspresyonu çalışmaları öncesinde, üç klinik metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) izolatı ile S. aureus ATCC kökeninin antimikrobiyallere (moksifloksasin, vankomisin, siprofloksasin, klindamisin ve gentamisin) ve anti-enflamatuvar ilaçlara (diklofenak, naproksen, ibuprofen, asetilsalisilik asit ve asetaminofen) duyarlılıkları disk difüzyon yöntemi ve mikrodilüsyon yöntemi ile belirlendikten sonra, sinerji çalışmaları (dama tahtası yöntemi) ve minimum inhibitör konsantrasyon (MİK) değişimi çalışmaları yapılmıştır. Staphylococcus aureus kökenlerinde virülans faktörlerini kodlayan genler ile düzenleyici genlerdeki (spa, sarA, RNAIII, sigB, mepA, mgrA ve srtA) ekspresyon değişimlerini belirlemek amacıyla, bakteriler etken maddelere maruz bırakıldıktan sonra RNA düzeyinde gen ekspresyon oranları kantitatif gerçek zamanlı ters transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu (RT-qPCR) yöntemi ile araştırılmıştır. RNA düzeyinde baskılayıcı veya indükleyici etki saptanan etken madde konsantrasyonları değerlendirilerek, protein miktar tayini, bakteriyel proteinlerin izolasyonu yapılmıştır ve stafilokokal protein A (spa) ekspresyon düzeyleri Western blot yöntemi ile araştırılmıştır. Disk difüzyon yöntemi sonuçlarına göre, beş anti-enflamatuvar ilaç arasında inhibisyon zon çapı en yüksek olan ilacın diklofenak olduğu saptanmıştır. İbuprofenin inhibisyon zon çapının diklofenaka oranla daha düşük olduğu belirlenmiştir. Mikrodilüsyon yöntemi sonuçları değerlendirildiğinde; diklofenak, 195,31 ve 390,63 µg/ml konsantrasyonlarda ikişer kökene karşı inhibe edici etki göstermiştir. Asetilsalisilik asitin ATCC kökenine karşı MİK değerinin 390,63 µg/ml olduğu saptanmıştır. Dama tahtası yöntemi bulgularına göre; gentamisin+asetaminofen kombinasyonunun üç kökene karşı, gentamisin+diklofenak, gentamisin+ibuprofen, vankomisin+asetilsalisilik asit, siprofloksasin+diklofenak ve vankomisin+naproksen kombinasyonlarının iki kökene karşı sinerjistik etkili oldukları saptanmıştır. MİK değişimi deneyleri bulguları değerlendirildiğinde, tüm klinik izolatlara ve standart kökene karşı en etkili kombinasyonların, gentamisinin diklofenak, ibuprofen ve naproksen ile olan kombinasyonları ve klindamisinin diklofenak ile olan kombinasyonu olduğu sonucuna varılmıştır. Ayrıca siprofloksasin+diklofenak kombinasyonunun iki klinik izolatta ve ATCC kökeninde siprofloksasin MİK değerini belirgin şekilde düşürdüğü görülmüştür. Klinik izolatlar ve ATCC kökeninde MİK düzeyindeki tüm anti-enflamatuvar ilaçlarla 4 ve 16 saatlik inkübasyon sonucunda bakterilerin üremesi üzerine inhibe edici etki saptanmıştır. Farklı konsantrasyonlarda antibiyotiklerin ve anti-enflamatuvar ilaçların bakterilerin virülans faktörlerinde ve düzenleyici genlerde neden oldukları değişimin antibiyotiklere ve virülans faktörlerine/düzenleyici genlere bağlı olarak farklılık gösterdiği belirlenmiştir. Çalışmamızda, mepA geninin ekspresyonunun artmasına rağmen, siprofloksasin ve gentamisin MİK değerlerinin düştüğü, bu değişimin mepA geninden bağımsız olduğu düşünülmektedir. İmmunoblotlama deneyi bulguları ile spa proteininin ekspresyonunun, MİK düzeylerindeki anti-enflamatuvar ilaçlar ve kombinasyonlar ile azaldığı, sub-MİK düzeylerindeki gentamisin, vankomisin, asetilsalisilik asit, diklofenak ve naproksen ile indüklenebildiği gösterilmiştir. Bu çalışma ile anti-enflamatuvar ilaçların tek başlarına veya antibiyotiklerle kombinasyonları sonucunda bakteriyel virülans faktörlerinde neden oldukları değişim ile stafilokokal enfeksiyonlara karşı etkili olabilecekleri düşünülmüştür. Antimikrobiyal direnç ve ilaçlar arasındaki ilişkiyi incelemeyi amaçlayan ve anti-enflamatuvar ilaçların etki mekanizmalarının anlaşılmasına katkı sağlayan daha fazla sayıda fenotipik, transkripsiyonel ve protein analizi çalışmalarının yapılması bu alana önemli katkılar sağlayacaktır.
Yara enfeksiyonu etkeni çoklu dirençli bakterilere karşı fotodinamik ajanların antibakteriyel etkinliği
Yaralarda kritik kolonizasyon veya enfeksiyon yaygın görülen bir problemdir. Enfeksiyon doku iyileşmesi geciktirmenin yanı sıra derin dokulara ilerleyip, osteomiyelit, bakteriyemi, sepsis gibi ciddi komplikasyonların gelişmesine de neden olmaktadır. Bu araştırmada yara enfeksiyonu etkeni çoklu ilaç dirençli bakterilere karşı fotodinamik ajanların antibakteriyel etkinliğinin araştırılması amaçlanmıştır. Araştırmada çoklu ilaç dirençli (ÇİD) metisiline dirençli Staphylococcus aureus (Methicillin Resistant Staphylococcus aureus-MRSA), Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli, Acinetobacter baumannii, Klebsiella pneumoniae klinik izolatları kullanıldı. Araştırmada fotosensitizan olarak literatürde yer almayan sentezini gerçekleştirildiğimiz PM, PE, PPN ve PPL olarak isimlendirdiğimiz yeni katyonik porfirin türevleri (KPT); ışık kaynağı olarak bilgisayar kontrollü 655-nm dalga boyunda 41,5 mW'lık çıkış gücüne sahip diyot lazer kullanıldı. Araştırmada, ÇİD klinik izolatları üzerinde farklı KPT konsantrasyonları (3,125-650 µM) ve farklı enerji dozları (25-150 J/cm2) kombinasyonları ile gerçekleştirilen antimikrobiyal fotodinamik tedavi (antimicrobial photodynamic therapy-aPDT) deneylerinde her bir ÇİD klinik izolatında ≥99,9999 değerlere varan sağkalım azalması saptandı. Çalışmada enerji dozu yükseltildikçe fotoianktivasyon etkinliğinin arttığı, en iyi etkinin 150 J/cm2 enerji dozunda görüldüğü belirlendi. ÇİD klinik izolatlarına karşı en iyi antimikrobiyal etki PPL'nin kullanıldığı aPDT'lerde görülürken, antimikrobiyal etkinliğinin en düşük olduğu fotosensitizan türünün PM olduğu saptandı. Araştırmamızda minimal inhibisyon konsantrasyonu (MİK) değerlerinin altındaki konsantrasyonlarda KPT türevleri ile gerçekleştirilen aPDT'lerin ÇİD yara enfeksiyon etkenlerine karşı güçlü bir antimikrobiyal etkinlik gösterme potansiyelinde olduğu sonucuna ulaşıldı. KPT türüne göre ÇİD izolatlarının duyarlılıklarındaki farklılıkların araştırılması için ileri analizlerin yapılması, maksimal düzeyde antimikrobiyal etki gösteren aPDT parametrelerinin canlı hücre üzerindeki toksisitesinin in vivo koşullarda araştırılması önerilmektedir. Anahtar kelimeler: Yara enfeksiyonları; çoklu ilaç direnci; antimikrobiyal fotodinamik tedavi; katyonik porfirin türevleri
Nisinin farklı nanopartikül formlarının metisilin dirençli staphylococcus aureus (MRSA) izolatları üzerine etkinliğinin araştırılması
Yüksek lisans tez çalışması kapsamında gıda koruyucusu olarak uzun zamandır güvenle kullanılan nisinin, farklı boyut ve formlardaki altın ve gümüş nanopartiküler sistemlerle işlevselleşerek klinik MRSA suşları üzerine sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile antibakteriyel etkinliği araştırılmıştır. Bakterilerde mevcut ajanlara karşı görülen çoklu ilaç direnci en önemli küresel halk sağlığı sorunlarından biri haline gelmiştir. Mevcut antibakteriyellerin sınırlı, uzun süren ve maliyetli üretim süreçleri ve fizikokimyasal özelliklerinden kaynaklanan problemler ve tedavi verimsizlikleri göz önüne alınınca ucuz ve etkili yeni çözümler aranmaya başlanmış ve nanoteknolojiden yararlanarak var olanı iyileştirmek ve etkili kılmak gündeme gelmiştir. MRSA'lar çoklu ilaç direnci gösteren oldukça önemli enfeksiyon etkenleridir. Nanopartiküller ile mevcut antimikrobiyallerin kontrollü üretimi, MRSA gibi patojenlere karşı etkili bir şekilde mücadele etmek için alternatif bir strateji sunar. Lactococcus lactis ssp. lactis tarafından üretilen bir bakteriyosin olan nisin, birçok gram-pozitif bakteri ve gıda kaynaklı patojene karşı yüksek antimikrobiyal aktivite gösterdiği bilinen katyonik bir antimikrobiyal peptittir. Nisinin terapötik potansiyeli, geleneksel antibiyotiklere bir alternatif olarak metisiline dirençli S.aureus gibi antibiyotiğe dirençli bakteriler tarafından enfekte olmuş hastaların tedavisinde antibiyotiklerle ve nanopartiküler sistemlerle sinerjik olarak kullanılma potansiyeline sahiptir. Metalik nanopartiküller bakterilerle savaşmak için yeni bir potansiyel yol sunarlar. Gümüş ve altın nanopartiküller son zamanda önem kazanan nanopartiküler sistemlerdir. Bu çalışmada, nisinin, gümüş ve altın nanopartiküllerin tek başlarına ve antimikrobiyal peptid nisin ile farklı şekil ve boyutlu kombinasyonlarda hazırlanan sistemlerinin MRSA suşları üzerine antimikrobiyal etkileri ortaya koyulmuştur. Sonuç olarak; gümüş nanosistemler altın nanosistemlere göre daha çok etkinlik göstermişlerdir. Altın nanosistemler tek başlarına hiçbir suşa karşı antibakteriyel etkinlik göstermemişken, gümüş nanosistemler tek başlarına düşük derişimlerde bile etkinlik göstermişlerdir. Nisin çok yüksek olmayan konsantrasyonlarda MRSA suşları üzerine antibakteriyel aktivite göstermektedir. Ayrıca nisinin tek başına etkinliği ile karşılaştırıldığında da nanosistemlerin işlevselleştirilmesi sonucu artan antibakteriyel aktivite gözlenmiştir. Bu nisinli nanopartiküler sistemlerin yapılacak çalışmalarla aydınlatılarak tedavi seçenekleri arasında yer alabileceği düşünülmektedir.
Çiğ süt ve peynir örneklerinden izole edilen Lactobacillus sp. izolatlarının antibakteriyel, antibiyofilm ve anti-quorum sensing aktivitelerinin araştırılması
Laktobasiller çeşitli biyolojik aktivitelere sahip ve farmasötik ürün geliştirmede kullanılabilme potansiyeli taşıyan bileşikler üretirler. Bu çalışmada 23 farklı çiğ inek sütü ve 23 farklı peynir örneğinden izole edilmiş, 52 adet Lactobacillus izolatı kullanılmıştır. MALDI-TOF MS ile tanımlanan izolatların süpernatantlarının antibakteriyel, antibiyofilm, anti-QS aktiviteleri araştırılmış ve süpernatantların içeriğinde bulunan DL-p-hidroksifenillaktik asit, ferulik asit, hidrojen peroksit ve asetik asit bileşiklerinin HPLC-UV/DAD metodu ile miktar tayinleri yapılmıştır. Çalışmada izolatların 22 tanesi Lacticaseibacillus casei/paracasei/rhamnosus, 14 tanesi Lactiplantibacillus pentosus/plantarum/paraplantarum, 5 tanesi Levilactobacillus brevis, 3 tanesi Lentilactobacillusparabuchneri, 3 tanesi Latilactobacillus curvatus, 3 tanesi Loigolactobacillus coryniformis ve 2 tanesi Limosilactobacillus fermentumolarak tanımlanmıştır. 10 adet L. pentosusus/plantarum/paraplantarum ve 9 adet L. casei/paracasei/rhamnosus izolat süpernatantının P. aeruginosa üzerinde, 3 adet L. casei/paracasei/rhamnosus izolat süpernatantının E. colive 1 adet L. casei/paracasei/rhamnosus izolat süpernatantının ise K. pneumoniae üzerinde antibakteriyel etki gösterdiği saptanmıştır. En yüksek miktarda hidrojen peroksit, asetik asit ve ferulik asit içerdiği belirlenen 3b (L. casei/paracasei/rhamnosus) numaralı izolat süpernatantının, test bakterilerinin hiçbiri üzerinde antibakteriyel aktivitesinin saptanmaması, görülen antibakteriyel aktivitenin miktar tayini yapılan bileşikler ile doğrudan ilişkilendirilemeyeceğini düşündürmüştür. İzolatlar arasında en yüksek biyofilm inhibisyon değerleri, %83,84 ile 20b (L. corynformis ssp. coryniformis), %83,38 ile 18d (L. casei/paracasei/rhamnosus) ve %80,13 ile 18a (L. fermentum) numaralı izolat süpernatantlarında saptanmıştır. En yüksek biyofilm inhibisyon oranına sahip izolat süpernatantlarından olan 13a (L. parabuchneri)'nın izolatlar arasında en düşük hidrojen peroksit ve asetik asit içeriğine sahip olması ve ferulik asit içermemesi, görülen aktivitenin bu bileşikler ile doğrudan ilişkilendirilemeyeceğini göstermektedir. Çalışmamızda 2b (L. parabuchneri) ve 13a (L. parabuchneri) numaralı izolat süpernatantları dışında bütün bakteri süpernatantlarının violacein inhibisyon zonunu oluşturarak, anti-QS aktivite gösterdiği saptanmıştır. Etki görülmeyen bu iki izolatın miktar tayini yapılan bileşikler açısından benzerlik göstermemesi, görülen anti-QS aktivitenin bu bileşikler ile doğrudan ilişkilendirilemeyeceğini düşündürmüştür. Anahtar Sözcükler:Antibakteriyel aktivite, Antibiyofilm aktivite,Anti-quorum sensing aktivite,HPLC-UV/DAD, Lactobacillus sp.
İlaç, kozmetik ve gıda ürünlerinde kullanılan bazı koruyucuların antimikrobiyal ve antibiyofilm etkisinin araştırılması
Çalışmamızda ilaç, kozmetik ve gıda ürünlerinde kullanılan bazı koruyucuların, antimikrobiyal ve antibiyofilm etkilerinin araştırılması ve yaygın kullanım alanına sahip ?cam? yüzeyde oluşan biyofilm formlarının Minimum Biyofilm İnhibisyon Konsantrasyonu (MBİK) değerleri ile planktonik formlarının Minimum İnhibisyon Konsantrasyonu (MİK) değerlerinin kıyaslanması amaçlanmıştır.Mikroorganizma olarak; Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, Salmonella Thyphimurium SL1344, Staphylococcus aureus ATCC 6538, Staphylococcus epidermidis NCTC 11047, Enterococcus faecalis ATCC 29212, Candida albicans ATCC 10231 standart suşları, koruyucu olarak; sodyum nitrit, metil paraben, propil paraben, potasyum sorbat ve sodyum benzoat ve antimikrobiyal ajan olarak; ampisilin, vankomisin, gentamisin, siprofloksasin, amfoterisin B ve itrakonazol kullanılmıştır.MİK değerleri, Klinik Laboratuvar Standartları Enstitüsü (CLSI) M100-S18 ve M27-A3 önerileri doğrultusunda yapılmıştır. MBİK değerlerinin saptanmasında BioTimer (BT) yöntemi kullanılmıştır. Fenol kırmızısı veya resazurinin renk değiştirdiği süreye karşı çizilen log10CFU grafikleri kullanılarak ?CFU/cam boncuk?, hesaplanmıştır. Tüm deneyler, pH7, pH6.5, pH6 ve pH5.5 olacak şekilde 4 farklı pH değerindeki besiyeri ile yapılmıştır.Mikroorganizmaların planktonik formlarına olan etkiye bakıldığında S. aureus ve E. faecalis dışındaki tüm mikroorganizmalar için en etkili koruyucu sodyum benzoat olarak tespit edilmiştir. Bu bakteriler için en etkili koruyucu ise propil parabendir. Propil paraben ayrıca S. epidermidis için de etkili bulunmuştur. Bununla birlikte, biyofilm formlarına karşı etkiye bakıldığında, inokulum miktarları mikrodilüsyon yönteminde kullanılan inokulum miktarına eşit, daha düşük ya da daha yüksek olduğu durumlarda bile çalışmamızda kullanılan koruyucuların etkisiz oldukları görülmektedir. Çalışmamızın, bu konuda yapılacak olan ileri çalışmalar için yol gösterici olabileceği düşünülmektedir.
Bazı bitkisel ekstrelerde kalitatif ve kantitaif yöntemlerle antidermatofitik aktivite testlerinin karşılaştırılmalı değerlendirilmesi
Araştırmada mikrodilüsyon, kolorimetrik mikrodilüsyon ve kantitatif spektrofotometrik ölçüm olmak üzere üç farklı antimikrobiyal test yöntemi kıyaslanarak; farklı bitkilerden (Hypericum perforatum, Cistus laurifolius) elde edilen ekstre ve alt fraksiyonlarına ait antidematofitik aktivite sonuçları karşılaştırmalı değerlendirilmiştir.Mikrodilüsyon tekniğiyle alınan sonuçlarda dermatofitler (T.rubrum, E. floccosum, M. gypseum) için inkübasyon süresi 7 gün iken, kolorimetrk mikrodülüsyon yönteminde 72 saat gibi kısa sürede sonuç alınmıştır. Spektrofotometrik ölçüm ile elde edilen IC50 değerleri ise kantitaif sonuç vermiştir. Bu üç yöntem karşılaştırıldığında kolorimetrik mikrodilüsyon yönteminin en kısa sürede sonuç vermesi nedeniyle avantajlı olduğunu göstermektedir. Spektrofotometrik yöntem ise aynı şekilde kısa sürede sonuç vermekle birlikte, tüm mikrooorganizma, madde ve konsantrasyonları için ölçüm yapılan absorbansta verilerin detaylı hesaplanması gerekliliği zaman alıcı olarak belirlenmiştir.Mikrodülüsyon ile kolorimetrik mikrodilüsyon yöntemi kıyaslandığında genel olarak metabolik aktivasyonun antimikrobiyal tarafından engellenmiş olduğu konsantrasyonlarda renk değişimine bağlı olarak kısa sürede alınan sonuçlar daha avantajlıdır.Anahtar Kelimeler: Mikrodilisyon, Kolorimetrik Mikrodilisyon, Dermatofit, Resazurin
İdrar yolu infeksiyonlu çocuklardan izole edilen E. coli'lerin özelliklerinin araştırılması
E. coli, idrar yolu infeksiyonlarından en sık izole edilen mikroorganizmadır ve üriner epitelde kolonizasyonlarını ve persistansını kolaylaştıracak virulans faktörlerine sahiptir. Bu çalışmada, Gazi Üniversitesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarından sağlanan 50 adet E. coli suşlarında, hemaglütinasyon, hemolizin oluşumu ve biyofilm oluşturmanın rolü ve önemi araştırılmış ve duyarlılık sonuçları ile virulans faktörlerinin arasındaki ilişkiyi vurgulamak için antibiyotiklere duyarlılık ve GSBL varlığı araştırılmıştır. Levofloksasin, meropenem, siprofloksasin ve gentamisinin minimum inhibitor konsantrasyonları (MİK) CLSI önerileri doğrultusunda saptanmıştır. GSBL fenotipik doğrulama testi CLSI önerileri doğrultusunda yapılmış ve sefotaksim, sefotaksim/klavulanik asit, seftazidim ve seftazidim/klavulanik asit kullanılmıştır. Biyofilm oluşumu, modifiye mikrotitre plak yöntemi kullanılarak saptanmış ve ELISA optik okuyucu ile ölçülmüştür. Ayrıca mannoza dirençli hemaglütinasyon ve hemolizin oluşumu da saptanmıştır. Duyarlılık sonuçları ile virulans faktörleri arasındaki ilişki incelenmiştir. Sonuç olarak, 7 suş siprofloksasine dirençli ve 5 suş da gentamisine dirençli bulunmuştur. Onbeş suşun GSBL ürettiği saptanmış ve bu suşlardan 10 tanesinin biyofilm oluşumu, 2 tanesinin de mannoza dirençli hemaglütinasyon açısından pozitif olduğu saptanmıştır.Beta hemoliz üretimi, GSBL üretmeyen ama mannoza dirençli hemaglütinasyon yapan, sadece 1 suşda saptanmıştır. Sonuç olarak, biyofilm oluşumu ile GSBL üretimi arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmuştur.
Klinik örneklerden izole edilen Escherichia coli'de genişlemiş spektrumlu beta laktamaz varlığının moleküler tekniklerle belirlenmesi
Bu çalışmada Gazi Üniversitesi Hastanesi, Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarında genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL) üretimi çift disk sinerji testi (ÇDST) ile belirlenmiş, 156 Esherichia coli izolatı kullanılldı. Bu izolatlardan kaynatma yöntemiyle DNA elde edildi. 156 E. coli suşunda polimeraz zincir reaksiyonuyla (PZR) TEM tipi beta laktamaz varlığı araştırılmıştır. PZR sonuçlarına göre, 156 GSBL(+) E. coli suşunun %53.2'sinde TEM tipi beta laktamaz varlığı belirlendi. GSBL üretiminin değerlendirilmesi klavulanik asit varlığında ya da yokluğunda amoksisilin ve sefotaksim kullanılarak mikrodilüsyon yöntemiyle yapıldı. Sonuçlarımız GSBL'ın E. coli'de ifade edildiğini göstermektedir.
Bitkisel ürünlerde mikrobiyolojik analiz
Tamamlayıcı tedavi amacıyla kullanılan A,B,C firmalarına ait 63 adet bitkisel ürünün (Artichoke, ß-1,3-D-glucan, Black cohosh, Chitosan, Devil's claw, Echinacea, Feverfew, Cranberry, Garlic, Ginkgo biloba, Ginseng, Glucosamin sulphate, Grape seed, Hawthorn Berry, Horse chestnut, Milk thistle, Pomegranate hull, Saw palmetto, Soy isoflavones, Spirulina, St.John's Worth, Tribulus, Valerian, Flexamine, Pomegranate complex, Echinacea, Cinnamon, Ginseng, Cat's claw, Rutin, Bilberry-Ginkgo, Chlorella, Green tea, Dong quai, Advanced acidophilus, Black cohosh, Advanced antioxidant, Astragalus, Chromium picolinate, St.John's Worth, All in one, ß-1,3 glucan, Milk Thistle, Quercetin complex, Bilberry, Green tea complex, Milk thistle plus, Grape seed, Pomegranate, Valerian root, Psyllium seed husk, Senna, St.John's Worth, Odorless triple garlic, Saw Palmetto, Gotu kola, Milk thistle,Ginseng gold, Gymnema silvestre, Apple cider vinegar, Echinecea root , Ginkgo biloba plus ve Echinacea) MİK değerleri, Gram-pozitif bakterilere (S. aureus, B. subtilis, E. faecalis, B. cereus, S. epidermidis, S. griseus, S. pyogenes), Gram-negatif bakterilere (E. coli, P. aeruginosa, K. pneumoniae, P. mirabilis, A. baumanii, P. vulgaris, E. aerogenes, S. typhimirium, S. dysanteriae, S. enteriditis, V. cholerae ojawa) ve maya benzeri mantarlara (C. albicans, C. parapsilosis) karşı mikrodilüsyon yöntemiyle araştırıldı. Ürünlerin antimikrobiyal etkileri kontrol olarak kullanılan Ampisilin, Ofloksasin, Gentamisin, Flukonazol ve Amfoterisin B'nin etkilerine kıyasla kayda değer bulunmadı. Ürünlerin MİK değerleri ?512 µg/ml-64 µg/ml arasında saptandı.63 ürünün mikrobiyolojik analizleri sonunda; total aerob bakteri ve maya-küf sayımlarında sadece 4 adet üründe >101 kob/ml olarak hesaplandı.Hiçbir üründe S.aureus, P.aeruginosa ve Enterobacteriaceae familyasına ait mikroorganizma gözlenmedi.Anahtar kelimeler: Bitkisel ürün, Antibakteriyal aktivite, Mikrobial kontamin
Klinik örneklerden izole edilen klebsiella pneumoniae türlerinde genişlemiş spektrumlu beta laktamaz varlığının moleküler tekniklerle araştırılması.
TEZ KONUSU: KLINIK ÖRNEKLERDEN ZOLE EDILEN KLEBSIELLAPNEUMONIAE TÜRLERINDE GENIŞLEMIŞ SPEKTRUMLU BETALAKTAMAZ VARLIĞININ MOLEKÜLER TEKNIKLERLEARAŞTIRILMASIÖĞRENC N N ADI VE SOYADI: SELDA ÖZGENTEZ DANIŞMANININ ADI VE SOYADI: YRD. DOÇ. DR. MELAHATKURTULUŞ ÜLKÜERANAB L M DALI: FARMASÖTIK MIKROBIYOLOJIYILI: 2007STATÜSÜ: YÜKSEK L SANS TEZGenişlemiş spektrumlu β-laktamazlar Klebsiella pneumoniae'de yaygın olarak bulunur. SHV tipi β-laktamazları kodlayan genlerdemeydana gelen mutasyonlar çeşitli blaSHV varyantlarının oluşmasına nedenolur.Direnç genlerini taşıyan suşların rutin yapılan mikrobiyolojiktestlerin yanı sıra daha duyarlı olan moleküler teknikleri kullanarak tespitedilmesi önemlidir. Klebsiella pneumoniae izolatlarında GSBL' lerin varlığırestriksiyon site insersiyon-PZR (RSI-PCR) yöntemiyle incelenmiş ve GSBLvaryantları tespit edilmiştir. Basit ve hızlı bir teknik olan RSI-PCR tekniğiKlebsiella pneumoniae izolatlarındaki nokta mutasyonlarınınbelirlenebilmesi için SHV β-laktamaz geninin 179. pozisyonundaki aminoasiti etkileyen mutasyonları belirleyen primer çifti kullanılmış ve tek birrestriksiyon enzimiyle bu bölgede mutasyon taşıyan varyantlar gösterilmiştir.53 Klebsiella pneumoniae izolatından 41' i HinfI enzimi ilekesilmiştir. Bunlardan 23' ünün blaSHV-6, blaSHV-8 ve blaSHV-24 varyantıolduğu belirlenmiştir.
Rujların mikrobiyolojik analizi
Kozmetik ürünler yapısal içeriklerinin uygunluğu sebebiyle mikrobiyal kontaminasyona elverişli ürünlerdendir. Kozmetik ürünlerden rujlar özellikle açıldıktan sonra dudağa temas, nefesle nemlenme ve çevresel etkileşim yolu ile kontaminasyona maruz kalmaktadır. Kişisel kullanım öncesinde hammadde, su, hazırlanma süreci, dağıtım vb. pek çok sebepten kaynaklı olarak farklı yollarla kontaminasyona maruziyet gerçekleşebilmektedir. Kozmetik ürünlerin üretimleri Türkiye İlaç ve Tıbbi Cihaz Kurumu tarafından yayınlanan kılavuz esasları dikkate alınarak yapılır. Çalışmada TİTCK' nın 22.06.2020 tarihinde yayınladığı "Kozmetik Ürünlerde Güvenlilik Değerlendirmesine İlişkin Kılavuz Sürüm 3.0" te yer alan mikrobiyolojik analiz yöntemleri esas alınarak ilgili analizler gerçekleştirilmiştir. Çalışma, çeşitli halk pazarlarından ve bijuterilerden temin edilen kullanılmamış 15 adet ruj örneğinin seri dilüsyonları hazırlanarak, mikrobiyolojik analizler gerçekleştirilmiştir. Ruj örneklerinden mikrobiyal izolasyonlar yapılarak izolatlara kültürel morfolojik inceleme ve boyama yöntemleri uygulanmıştır. Bazı biyokimyasal test yöntemleri ile 3 numaralı örnekte Gram negatif bakteri, 2 numaralı örnekte Gram pozitif bakteri, 4 numaralı örnekte maya mantarı görünümü tespit edilmiştir. Kozmetik Yönetmeliğinin belirttiği mikrobiyolojik limitler ile ruj örneklerinde izole edilen mikroorganizmaların sayıca limit değerleri karşılaştırılmıştır. Karşılaştırılan ruj örneklerinden 2, 3 ve 4 numaralı örneklerin toplam mikroorganizma sayısı limit değerlerin üzerinde bulunmuştur. Çalışma piyasada satılan ve hiç kullanılmamış ruj örneklerinde rastlanılan mikrobiyal kontaminatlar sebebiyle oluşabilecek sağlık risklerine dikkat çekmektedir.
Selonsertib ve fenolik asitlerin In Vitro karaciğer yağlanması modelinde etkilerinin araştırılması
Non-alkolik yağlı karaciğer hastalığı, dünya çapında yetişkin nüfusunun yaklaşık yarısını tehdit eden ciddi bir sağlık problemidir. Hastalık karaciğer yağlanmasıyla başlayıp ciddi bir hastalık olan siroza kadar ilerleyebilir. Patogenezi hala tam olarak çözümlenememiştir, ancak; hastalık ile ilişkili tehlike unsurları oldukça belirgindir. İnsülin direnci, sağlıksız yaşam tarzı, obesite bu belirtilerin arasındadır. İlaç denemeleri devam etmesine rağmen günümüzde belirgin bir ilacı yoktur. Bu tez kapsamında, HepG-2 hücre hattı kullanılarak, oleik asit ile oluşturulmuş in vitro non-alkolik karaciğer yağlanması modeli çalışılmıştır. Karaciğer yağlanmasını önlemek için; oluşturulan yağlanma modelinde MTT yöntemiyle Selonsertib, Fenofibrat, Ferulik asit, Kafeik asit ve Vanilik asit'in sitotoksik etkileri ölçülmüş, IC50 değerleri hesaplanmıştır. İlaç ve fenolik asitlerin apoptotik etkileri, toksik olmayan konsantrasyonlara göre Annexin V-PI yöntemi ile ve hücre içi ve hücre dışı sitokin seviyeleri de akış hücremetrede ölçülmüştür. Analiz sonuçlarına göre; oluşturulan in vitro yağlı karaciğer modelinde oluşan apoptotik etkinin en fazla Ferulik asit ile azaldığı görülmüştür. Selonsertib'in non-alkolik yağlı karaciğer hastalığı ilacı olarak Faz III aşamasında çalışmalarının sonlandırılması, tez kapsamında yapılan deney sonuçlarıyla paralel olarak çıkmıştır. IL-6 ve TNF- α seviyesinin yağlı karaciğer modelinde inhibe eden Kafeik asit olmuştur. IL-10 seviyesini yağlı karaciğer modeline göre iyileştiren maddeler Fenofibrat, ferulik asit, kafeik asit, selonsertib ve vanilik asit olmuştur. Non-alkolik yağlı karaciğer hastalığında ilaçların yanında özellikle ferulik asitin de kullanılması, yeni kombine preparatların ortaya çıkma potansiyeli açısından umut verici olacaktır.
Farklı formülasyonlarla elde edilmiş sinbiyotiklerin biyolojik aktivitelerinin belirlenmesi
Probiyotikler ve prebiyotiklerin birlikte kullanılmaları sinerjik etki yaratmakta ve bağırsakta canlı probiyotik hücre sayısının artmasını sağlamaktadır. Prebiyotikler doğal veya sentetik olarak elde edilebilen, şeker poliolleri içeren sindirilmeyen karbonhidrat molekülleridir. Gastrointestinal sistemde bulunan bağırsak mikroorganizmalarını besleme, metabolik aktivitelerini önemli ölçüde iyileştirme, sindirimi, besin emilim kapasitesini ve bağışıklık sistemini iyileştirme yeteneği nedeniyle patojenik mikroorganizmaların büyümesini engellerler. Prebiyotikler, asidik ortamlarda kalma ve ince bağırsaktaki çeşitli sindirim enzimlerine karşı direnci koruma yeteneğine sahiptir böylece fermente edilen ve kısa zincirli yağ asitlerinin üretimine yol açan yararlı bağırsak mikroorganizmalarının büyümesini sağlar. Tez kapsamında, kolostrumdan izole ettiğimiz probiyotik bakterileri beş farklı prebiyotik ile farklı kombinasyonlarla formülize edip besiyerlerinde geliştirerek biyolojik aktivitelerini belirledik. Çalışmada farklı formülasyonlarla elde edilecek olan sinbiyotiklerin; gıda takviyesi, kozmetik, hayvan sağlığı gibi birçok alanda kullanılabilme potansiyellerini ortaya çıkaracak ve kullanım alanlarına uygun formda ürün tasarlama açısından zengin bir kaynak oluşturacaktır.
Alfa humulenin SH-SY5Y hücre hattı üzerinde oluşturulmuş in vitro ko-kültür modelinde antiproliferatif antiapoptotik ve nöroprotektif etkilerinin araştırılması
Latince ismi ile Humulus Lupulus'un şetbetçiotu bitkisinin majör etken maddesi olan Alfa Humulen, üç eşlenmemiş C═C çift bağ içeren üç izopren biriminden oluşan monosiklik bir seskiterpendir. Şerbetçiotundan başka kenevir, adaçayı, fesleğen ve ginseng bitkilerinde de yaygın olarak bulunur. Aynı zamanda Alfa humulen, Alfa karyofilen adıyla da bilinmektedir. Alfa humulenin; anti-inflamatuar, antimikrobiyal, antioksidan, antikanserojen ve lokal anestezik gibi birçok etkisi vardır. Bu tezde, kemik iliği kökenli insan nöroblastoma hücre hattı olan SH-SY5Y hücre hattında Alfa humulenin sitotoksik etkilerinin konsantrasyon aralığı belirlenebilmek için MTT testi kullanılmıştır. Buna ek olarak, H2O2 tarafından indüklenen nörotoksisite modelinde Alfa humulenin nöroprotektif etkileri, gerçek zamanlı hücre analiz sistemi (xCELLigence RTCA-DP) ile farklılaşmamış SH-SY5Y üzerinde IC50 değeri 221 μg/mL ve farklılaşmış SH-SY5Y üzerinde IC50 değeri > 400 μg/mL'dir. AO/PI boyama yöntemi ile apoptotik etki seviyeleri belirlenmiştir. SH-SY5Y hücre hattı ve LPS ile stimüle edilmiş THP-1 hücre hattı birlikte inkübe edilerek in vitro ko-kültür modeli oluşturulmuştur. Oluşturulan in vitro ko-kültür modelinde LPS stimülasyonu kullanılarak Alfa humulenin immünolojik etkilerini belirlemek amacı ile Cytation 3 Multi-Mode Reader'de floresans ölçümleri alınmış ve birden çok bağımsız görüntü çekilmiştir. Apoptotik etkide Alfa humulen H2O2'nin neden olduğu hücre hasarını azalttığı tespit edilmiştir.
S. cerevisiae'da Asetil- KoA miktarının arttırılmasına yönelik gen modifikasyonlarının gerçekleştirilmesi
Terpenoidler birçok organizma tarafından üretilen sekonder metabolit grubundaki bileşiklerdir. Sekonder metabolitler mikroorganizmalarda klasik mikrobiyolojik yöntemler ile üretilebildiği gibi metabolizma mühendisliği yöntemleri ile de son yıllarda ticari boyutlarda üretilebilmektedir. Yapılan bu çalışmada arka plan hücresi olarak S. cerevisiae kullanılarak birçok terpenoidin üretim yolağı olan asetil-KoA yolağının ana bileşeni olan asetil-KoA' nın miktarının metabolizma mühendisliği yöntemleri ile arttırılması hedeflenmiştir. S. cerevisiae'den köken alan ve daha önce metabolizma mühendisliği çalışmaları ile sekualen üretiminde kullanılan SCIGS22a suşu arka plan suşu olarak kullanılmış ve bu suş üzerinde genetik modifikasyonlar yapılmıştır. Yolak üzerinde, terpenoidlerin üretimi neticesinde oluşabilecek toksisiteyi önlemek üzere ypl062w uzak bölge geninin arka plan hücresinde silinmesi gerçekleştirilmiştir. Bununla birlikte asetil-KoA oluşumunu azaltan ve yolağın asetil-KoA'dan önceki ürünü asetaldehiti paylaşan etanol üretim sürecinin geri yönde aktivitesi arttırılarak asetil-KoA oluşumuna yeni bir destek sağlanmıştır. Yapılan modifikasyonlar sonucu asetil-KoA arttırımına yönelik yeni suşlar meydana getirilmiş oluşturulan suşların genetiklerindeki değişiklik doğrulanmıştır. Anahtar Kelimeler: S. cerevisiae, Metabolizma mühendisliği, asetil-KoA, ypl062w.
Cerageninler ve antimikrobiyal peptidlerin insan havayolu epitel hücresi üzerinde oluşturulan pseudomonas aeruginosa biyofilmi üzerine etkileri
Pseudomonas aeruginosa, özellikle kistik fibrozis (KF) hastalarının akciğerlerindeki kronik enfeksiyonlar sırasında konak dokular ve epitelyal yüzeylerde biyofilm oluşturabilen önemli bir patojendir. P. aeruginosa'nın uzun süre akciğerlerde kolonizasyonu, anormal havayolu epiteline sahip KF'li kişilerde mortalite ve morbiditenin en birincil nedenidir. Antimikrobiyal peptidler (AMP) ve AMP'ler ile aynı antimikrobiyal mekanizmalar aracılığıyla etki gösteren ve sentetik türevleri olarak tasarlanan cerageninler yeni nesil antimikrobiyal moleküllerdir. Bu çalışmada, cerageninler ve AMP'ler ile oluşturulan bir ko-kültür enfeksiyon modeline olan etkisi incelenmiştir. Çalışmada cerageninlerden CSA-13, CSA-44, CSA-90, CSA-131, CSA-131-poloksamer (CSA-131P), CSA-138, CSA-142, CSA-144 ve CSA-192; AMP'lerden ise cecropin, magainin ve LL-37 kullanılmıştır. Bu ajanların P. aeruginosa planktonik hücrelerine olan antimikrobiyal etkileri belirlendikten sonra, insan akciğer epitel hücre hattı olan A549 üzerine olan sitotoksisiteleri de MTT testi ile belirlenmiştir. A549 hücre hattı P. aeruginosa ile enfekte edilerek antimikrobiyallerin hem hücre içi bakterilere olan etkisi incelenmiş hem de hücre hattı üzerine P. aeruginosa'nın adezyon ve biyofilm oluşumunu inhibe etme etkileri araştırılmıştır. Ayrıca bakteriyel enfeksiyon oluşumunun ve antimikrobiyal madde kullanımının hücreler üzerine olan sitotoksisitesini anlamak için laktat dehidrogenaz (LDH) deneyi yapılarak, hücrelerden LDH salınımı belirlenmiştir. Tespit edilen Minimum İnhibitör Konsantrasyon (MİK) sonuçlarına göre, antimikrobiyal etkinliği en yüksek ajan CSA-131 olarak belirlenirken, AMP'lerin antimikrobiyal etkisinin cerageninlerden çok daha düşük olduğu saptanmıştır. En düşük IC50 değerine sahip olan ceragenin, CSA-131'in pluronik F127 ile kombinasyonu olarak belirlenmiştir. CSA-13 hem hücre içi bakterilere etkili olması hem de biyofilm oluşumunu inhibe etme özelliği ile en etkili antimikrobiyal madde olarak saptanmıştır. CSA-13'ün sitotoksisitenin azaltılması amacıyla çeşitli kombinasyonları yapılarak ileri çalışmalarla devam edilmesi gerekmektedir.
Eravasiklinin tek başına ve çeşitli antibiyotikler ile kombinasyon halinde oluşturdukları etkilerinin achromobacter cinsi klinik suşlara karşı araştırılması
Achromobacter cinsi, özellikle Achromobacter xylosoxidans, klinikte son on yılda giderek artan şekilde tanımlanan, çok çeşitli enfeksiyonlardan sorumlu bakterilerdir. Özellikle Kistik Fibrozis (KF) hastalarında solunum yolunu kalıcı olarak kolonize etme yetenekleri ile bu hastalarda giderek daha fazla tanımlanmaktadırlar. Günümüzde Achromobacter cinsinin klinik etkisi ve optimal tedavi yönetimi hakkında nispeten az şey bilinmektedir. Bu çalışmada, yeni bir tetrasiklin olan eravasiklin'in tek başına ve kolistin, meropenem ve seftazidim ile kombinasyon halinde oluşturdukları in-vitro bakterisidal ve sinerjistik aktiviteleri, KF hastalarından izole edilen Achromobacter suşlarına karşı araştırılmıştır. Minimal inhibitör konsantrasyon (MİK)'lar, mikrodilüsyon seyreltme yöntemi ile belirlenmiştir. Test edilen antibiyotik kombinasyonlarının bakterisidal ve sinerjik etkileri, zaman bağlı öldürme eğrisi tekniği kullanılarak belirlenmiştir. Zamana bağlı öldürme eğrilerine dayanarak, 6. ve 24. saatlerde 4xMİK kolistinin tek başına bakterisidal etkiye sahip olduğu bulunmuştur. Kombinasyon çalışmaları sonuçlarına göre, Achromobacter suşlarına karşı 4×MİK'lik eravasiklin-kolistin kombinasyonu 24. saatte sinerjistik ve bakterisidal aktivitelere sahiptir. Eravasiklin-meropenem kombinasyonları ve eravasiklin-seftazidim kombinasyonları additif etkili olarak bulunmuştur. Test edilen kombinasyonlar ile hiçbir antagonist etkileşim gözlenmemiştir. Bu çalışma bulguları, test edilen antibiyotiklerle ampirik veya kombinasyon tedavisi için bazı önemli in-vitro verileri ortaya koymaktadır.
Katyonik steroid antibiyotiklerin burkholderia cepacia kompleks suşlarına karşı oluşturduğu in vitro etkilerin araştırılması
Burkholderia cepacia kompleks (Bcc) türleri aerop, Gram negatif ve non-fermantatif çomaklardır. Bcc, kistik fibrozis (KF) hastalarında asemptomatik taşıyıcılıktan ölümcül pnömoniye kadar değişen klinik tablolara neden olabilmektedir. Bu bakteri kompleksinin birçok antibiyotiğe doğal dirençli olması, hastane ortamında bulaşma olasılığının yüksek olması erken tanı ve tedavinin önemini arttırmaktadır. Tedavi edilmesi güç enfeksiyonlar alternatif antimikrobiyal madde gereksinimini ortaya çıkarmıştır. Bu alternatif maddelerden biri antimikrobiyal peptitlerin benzeri ve bakteri hücre duvarına etkili olan cerageninlerdir (katyonik steroid antibiyotikler-CSA). Çalışmamızda, çeşitli klinik örneklerden izole edilmiş 42 adet Bcc suşuna karşı CSA-13, CSA-131 ve CSA-131-P'nin ve levofloksasin ve trimetoprim- sülfametoksazol (SXT)' ü tek başına ve kombinasyon halinde in vitro etkileri araştırılmıştır. Minimum İnhibitör Konsantrasyon (MİK) veMinimum Bakterisidal Konsantrasyon (MBK) değerleri sıvı mikrodilüsyon yöntemi, kombinasyon halindeki antimikrobiyal etkileri ise zamana-bağlı öldürme yöntemi ile belirlenmiştir. MİK50 (μg/ml) değerleri, CSA-13, CSA-131, CSA-131-P, levofloksasin ve SXT için sırasıyla 16, 16, 16, 2 ve 1/19'dir. MBK değerleri, MİK değerlerinin iki katı olarak saptanmıştır. Zamana-bağlı öldürme deneylerine göre CSA-13 ve ilk altı saatte CSA-131-P bakterisidal etki göstermektedir. CSA-13'ün levofloksasin ve SXT ile kombinasyonlarında sadece 4xMİK'de değil aynı zamanda 1xMİK'de de sinerjistik etki gözlenmiştir. Ayrıca, CSA-131 levofloksasin ile kombinasyon halinde kullanıldığında, sinerjistik etki saptanmıştır. Antagonist etki gözlenmemiştir. Sonuç olarak; CSA'ların, özellikle CSA-13 ve CSA-131' in, tek başına ya da kombinasyon halinde kullanımlarının Bcc enfeksiyonlarının tedavisinde iyi birer aday olacağı düşüncesindeyiz. Ancak, CSA'ların stabilite özellikleri, etkinlikleri ve farmakokinetik özelliklerindeki eksiklikler, gelecekte bu konuda daha fazla araştırma yapılmasını gerektirmektedir.
Bebekler için kullanılan ve piyasada bulunan çeşitli kozmetik ürünlerin mikrobiyolojik olarak değerlendirilmesi
Kozmetik ürünler, formülasyonları ve yapısal özellikleri itibari ile mikroorganizmalar ile kontamine olma riski yüksek ürünlerdir. Özellikle de ciltlerinin daha hassas ve bağışıklık sistemlerinin daha zayıf olması nedeniyle, bebekler için kullanılan kozmetik ürünler, kozmetikler arasında en çok dikkat edilmesi gereken gruptur. Bu çalışmada, bebekler için kullanılan ve piyasada satılan dokuz farklı ürün grubuna ait toplam 63 adet kozmetik ürün temin edilip bu ürünlerin mikrobiyal kontaminasyona uğrayıp uğramadığı kontrol edilmiştir. Ayrıca kozmetik ürünlerin bileşiminde bulunan koruyucuların etkili olup olmadığı da araştırılarak mikrobiyolojik değerlendirmeleri yapılmıştır. Bu amaçla Amerikan Farmakopesi (Unites States Pharmacopea/USP) 24'de bildirilen standartlara göre çalışmamız yürütülmüştür. Mikrobiyolojik limit testi yapılan 63 kozmetik üründen dört tanesinin izin verilen toplam bakteri sayısından, bir tanesinin de toplam mantar sayısından fazla sayıda kontaminant içerdiği tespit edilmiştir. Kozmetik ürün gruplarından bebek şampuanlarından bir tanesinin Candida parapsilosis adlı maya mantarı, bir diğerinin Photobacterium damselae, bir adet diş macununun ise Enterobacter amnigenus adlı Gram negatif bakterilerle, bir adet pudranın ve bir adet güneş kreminin Staphylococcus aureus ile kontamine olduğu belirlenmiştir. Yine USP 24 tarafından bildirilen yöntem kullanılarak yapılan koruyucu etkinlik testi sonuçlarına göre test ettiğimiz ürünlerden dokuz tanesinin içinde bulunan koruyucunun minimum bir test mikroorganizmasına karşı etkisiz olduğu belirlenmiştir. Elde ettiğimiz sonuçlara göre özellikle yerel/az bilinen markalı ve bitkisel/doğal içerikli olan bazı ürünlerde izin verilen limitlerin üzerinde mikrobiyal kontaminasyon saptanmış, benzer şekilde en az bir mikroorganizmaya karşı etkisiz olan koruyuculara da yine yerel/az bilinen markalı ve bitkisel/doğal içerikli ürünlerde rastlanmıştır. Bu bulguların hem tüketicilere kozmetik tercihlerini yaparken yardımcı olacağı, hem üretici firmalar için tarafsız ve doğru bilgi kaynağı olabileceği, hem de konu ile ilgili yapılacak bilimsel çalışmalara yön gösterici katkılar sağlayabileceği görüşündeyiz.
Kırım kongo kanamalı ateşi virüsü kelkit suşunun yapısal olmayan proteinleri ve humoral immunitedeki rolleri
Kırım Kongo Kanamalı Ateşi Virüsü (KKKAV) yaygın görülen bir arbovirüs olup mortalite oranı yaklaşık %5-30 arasında değişen ciddi kanamalı ateşli hastalık etkenidir. Biyogüvenlik seviyesi 4 (BSL 4) ajanı olarak sınıflandırılmış olan bu virüse karşı henüz kabul edilmiş bir tedavi yöntemi veya aşı bulunmamaktadır. BSL 4 çalışma koşulları gerektirmesi araştırmacıları bu patojen ile ilgili olabildiğince fazla bilgi elde edebilmek için alternatif metodlara yöneltmiştir ve rekombinant protein teknolojisi bu metodlardandır. Rekombinant olarak elde edilen proteinler bu gibi virüslerin yaşam döngüsündeki farklı basamakları incelemek için güçlü bir araç sunmaktadır. Diğer proteinlerinin yanı sıra viral yapısal olmayan proteinler vektör/konak immün sistem ile olan interaksiyonları ve viral patogenezdeki rolleri nedeniyle öne çıkmaktadır. Viral yapısal olmayan proteinlerin viral birleşmedeki rolleri, muhtemel adaptör ve bağlayıcı protein benzeri rolleri, apoptotik/antiapoptotik aktiviteleri, interferon temelli reaksiyonların inhibisyonunda ve virüs attenüasyonundaki rolleri artropod kaynaklı bunyavirüsler dahil bir çok cinste gösterilmiştir. Viral yaşam döngüsündeki muhtemel rollerinin yanı sıra bu proteinlerin tanı, tedavi ve aşı geliştirmede işlevsel olabilecekleri gösterilmiştir. KKKAV'nin M (NSm) ve S (NSs) segmentlerinde bir veya muhtemelen iki yapısal olmayan proteini bulunmaktadır. Bu çalışmada KKKAV Kelkit06 suşunun yapısal olmayan proteinlerinin bakteriyel ekspresyonu amaçlanmıştır. Bu amaçla NSm (369 baz çifti), NSs (477 baz çifti)'in optimize sekansları pETSUMO, pET28b ve pET30b vektörlerine klonlanmış ve Escherichia coli BL21 (DE3) suşu N veya C-terminalinde His-tag barındıran proteinlerin ekspresyonunda konak olarak kullanılmıştır. Elde edilen rekombinant proteinler Western Blotlama ve enzim immün assay (EİA) ile KKKAV antikor pozitif ve negatif hasta serumlarında spesifik antikorların aranmasında kullanılmıştır. İki protein de Western Blotlamalarda KKKAV antikor pozitif hasta serumlarıyla reaksiyon vermiş, EİA ile taranan KKKAV antikor pozitif hasta serumlarının % 66'sı NSm ve NSs spesifik IgG yönünden pozitif bulunmuştur. Rekombinant proteinler ile bağışıklanan farelerden ise yüksek titrede antikor elde edilebilmiştir. Bu proteinlerin gerçek rollerinin belirlenmesi için daha ileri çalışmalar gerekmektedir.
Meralarda beslenen ineklerin sütlerinden probiyotik mikroorganizmanın izolasyonu ve tanımlanması
Laktik asit bakterileri (LAB), özellikle süt ve süt ürünleri gibi fermente gıdaların içeriğinde bulunan, gıdalarla tüketilen probiyotik mikroorganizmalardır. Söz konusu çalışmada; Türkiye'nin Eskişehir ili Seyitgazi İlçesindeki meralarda bulunan ve herhangi bir endüstriyel yem tüketmeyen ineklerden elde edilen çiğ süt ürünlerinden LAB'nin izolasyonu ve karakterizasyonu yapılmıştır. Süt ve süt ürünleri, bakteriyolojik incelemeler için elle sağım yapan üreticilerden toplanmıştır. Simental ve Montofon inek ırklarına ait toplam dört örnek alınmış ve laktik asit bakteri izolasyonu yapılmıştır. Toplam 30 adet saf laktik asit bakteri izolatı elde edilmiştir. İzolatlara ait seçici besiyeri ortamındaki morfolojik, biyokimyasal özellikler (katalaz testi, tuz toleransları) değerlendirilmiştir. Bazı çevresel fizyolojik (sıcaklık, karbonhidrat fermantasyonu) koşullardaki üreme fizyolojisi ve antibiyotik direnç testleri uygulanmıştır. Yapılan testlerin sonuçlarına göre, ileri testlerle kanıtlanmak üzere bazı probiyotik özellikleri taşıyan potansiyel izolatlar elde edilmiştir. Türkiye'de doğal sütlerden probiyotik bakteri izolasyonu ve tanımlanması konusunda az sayıda çalışma olması ve endüstriyel yemle beslenmeyen ineklerden alınan çiğ sütte probiyotik bakterilerin izolasyonu ve tanımlanmasına ait bir çalışmaya rastlanılmaması sebebiyle çalışma önem taşımaktadır. Çalışmada elde edilen laktik asit bakteri izolatlarının tür düzeyinde identifikasyonu ve probiyotik özelliklerinin net olarak ortaya konması için ilave testlere gereksinim olduğu sonucuna varılmıştır.
Kolostrumdan elde edilmiş liyofilize postbiyotiklerin sitotoksik ve apoptotik etkileri
Mikrobiyotada meydana gelen disbiyoz sonucunda ortaya çıkan önemli sağlık sorunlarından biride kanserdir. Kolorektal kanser, dünya çapında her yıl tahmini 1.000.000 yeni vaka ve gelişmiş dünyada yaklaşık %33'lük önemli bir ölüm oranı ile kanser insidansının üçüncü önde gelen nedenidir. Sığır kolostrumu (SK), antikanser etki gösterme potansiyelinden ötürü araştırmacıların gün geçtikçe ilgisini çekmeye başlamıştır. SK, güçlü antioksidan, antiinflamatuar, anti-kanser ve anti-mikrobiyal özelliklere sahip bir glikoprotein olan laktoferrin açısından zengindir. Kolostrum probiyotik özellikli bakteriler açısından da fazlaca çeşitlilik içermektedir. Bu tez kapsamında; 21 gün fermente edilmiş kolostrumdan izole edilmiş laktik asit bakterilerinin, klasik ve moleküler yöntemlerle tanımlanması, otoagregasyon ve koagregasyon, biyofilm oluşturma, antibiyotik duyarlılıkları, antimikrobiyal aktivite, laktik asit üretimi, hemolitik aktiviteleri, pH, tuz, safra tuzu ve asit dirençleri belirlenmiştir. Caco-2 hücre hattı üzerinde MTT yöntemi ile sitotoksik ve Anneksin V-PI yöntemi ile de apoptotik etkileri ise liyofilize postbiyotikler kullanılarak araştırılmıştır. Biyolojik aktivite açısından öne çıkan beş tür Lacticaseibacillus rhamnosus olarak tanımlanmıştır. IC50 değerleri 8.657- 15.520 mg/mL arasında bulunmuştur. Akış sitometride yapılan çaşılmalarda ise; liyofilize postbiyotiklerin geç apoptozise neden olduğu bulunmuştur. Postbiyotiklerin, probiyotiklere kıyasla canlı mikroorganizma içermemesi, çözünebilir bakteri metabolitlerini içermesi, saklama koşulları, dayanıklılık gibi üstün özelliklere sahip olması gelecekte gıda, kozmetik ve takviyeler açısından sağlık yararına kullanılma potansiyelini ortaya koymaktadır. Anahtar Sözcükler: Kolorektal kanser, kolostrum, probiyotik, akış sitometri.
Fungal sekonder metabolitlerinin A549 hücre hattında sitotoksik ve apoptotik etkilerinin araştırılması
Kanser, 21. yüzyılın en önemli halk sağlığı sorunlarından biridir. Akciğer kanseri dünya çapında en sık görülen kanser türlerinden biri olup, 2022 yılında 1.9 milyondan fazla yeni vaka görülmüştür. Doğada hemen her yerde bulunabilen, ekstrem koşullara uyum sağlamış mikrofunguslardan elde edilen sekonder metabolitler antimikrobiyal, antikanser, immünosüpresan gibi birçok biyolojik aktiviteye sahiptir. Tez kapsamında, antioksidan aktivitelerine göre seçilen 9 fungus izolatı klasik yöntemle identifikasyonu yapılarak Aspergillus ve Penicillium cinsi olarak belirlenmiştir. Fungus izolatları 30 gün sıvı antioksidan besiyerinde fermente edildikten sonra etil asetat ile ekstraksiyon işlemi gerçekleştirilmiştir. Fungal özütler, DPPH yöntemi ile antioksidan aktivitesi, antimikrobiyal aktivitesi, MTT yöntemi ile sitotoksik etkisi, Annexin V-PI ve Kaspaz 3 yöntemleri ile apoptotik etkileri araştırılmıştır. Fungus izolatlarından bir tanesi Talaromyces flavus olarak tanımlanmıştır. Üç fungus izolatı %70'in üzerinde antioksidan aktivite göstermiştir. IC50 değerlerine göre Talaromyces flavus özütü ve fermentasyon sıvısının liyofilize edilmiş örneği, A549 hücre hattı üzerinde yüksek sitotoksik etki gösterirken, sağlıklı hücre hattı olan BJ hücrelerinde ise düşük sitotoksisite göstermiştir. Akış sitometride yapılan çalışmalarda fungal özütlerin erken apoptoza neden olduğu görülmüştür. Tez kapsamında yapılan çalışmalar Aspergillus ve Penicillium cinslerine ait sekonder metabolitlerin antioksidan, antikanserojenik ve antimikrobiyal olmak üzere birçok biyolojik aktiviteye sahip olduğunu göstermektedir.
Laktik asit bakterilerinden ekzopolisakkarit izolasyonu ve biyolojik aktivitelerinin belirlenmesi
Bu tez çalışmasında kolostrumdan izole edilen laktik asit bakterilerinden ekzopolisakkarit ekstraksiyonu yapılmıştır. Ekzopolisakkaritler bağışıklık sistemini geliştirici, kolesterolü düşürücü, antiülser ve antitümör gibi bir çok etkiye sahiptirler. İzole edilen laktik asit bakterilerinin laktik asit üretimi, hemolitik aktiviteleri, pH, safra tuzu ve asit dirençleri, klasik ve moleküler yöntemlerle tanımlanması, otoagregasyon, koagregasyon, biyofilm oluşturma yetenekleri, antibiyotik duyarlılıkları ve antimikrobiyal aktivitesi belirlenmiştir. İzole edilen ekzopolisakkaritler liyofilize edilerek HepG-2 hücre hattı üzerinde MTT yöntemi ile sitotoksik, Anneksin V-PI yöntemi ile apoptotik etkileri araştırılmıştır. Hücre içi ve hücre dışı sitokin seviyeleride akış hücremetrede belirlenmiştir. Moleküler tanımlama sonuçlarına göre tüm suşların L. rhamnosus olduğu belirlenmiştir. IC50 değerleri 3.02-6.5 mg/mL arasında bulunmuştur. Akış sitometri sonuçlarına göre; liyofilize EPS örneklerinin erken apoptoza neden olunduğu tespit edilmiştir. Sitokin sonuçlarına göre ise, TNF-α, IL-1β ve IL-6 sitokinlerde kontrola göre liyofilize EPS örneği uygulanmış hücrelerde azalma, IL-10 sitokininde ise artış olduğu belirlenmiştir. Laktobasillerden izole edilen ekzopolisakkaritlerin hem immünite hem de sitotoksik aktivite açısından önemli potansiyelleri bulunmaktadır.
Reboksetin kullanımının bağırsak florası üzerine etkisinin biyoinformatik analizi
Mikrobiyom insan vücudunun en karmaşık bileşenleri arasında yer almaktadır. İkinci beyin olarak adlandırılan bağırsak florası en fazla sayıda ve çeşitlilikte mikrorganizma barındırmaktadır. Hastalıklar ve hastalıkların tedavisine olanak sağlayan ilaçlar mikrobiyata çeşitliliğinde ve metabolizma üzerinde etki göstermektedir. Bu tezde ise diyabetle birlikte sıkça gelişen depresyon tedavisinde kullanılan antidepresanlardan seçici noradrenalin geri alım inhibitörü bir antidepresan olan Reboksetinin farklı iki doz kullanımının ve sağlıklı-diyabetik kontrol gruplarının bağırsak florasının üzerindeki etkisinin biyoinformatik analizle ortaya koymayı amaçlamaktadır. Bu amaçla diyabetik ve sağlıklı farelere 8 mg/kg ve 16 mg/kg reboksetin uygulması sonrası gaita örneklerinden DNA izole edilmiştir. Amplikasyon işlemi için 16S rRNA bölgesine spesifik V3-V4 primerler kullanılmış ve Illumina Miseq ile sekanslama yapılmıştır. Önişlemlerden sonra QIIME 1.90 biyoinformatik analiz programı kullanılmış olup alfa metrikler açısından fark gözlenmemiştir. Beta çeşitlilik tüm deney gruplarında, diyabetik-sağlıklı kontrol gruplarında, diyabetiklere uygulanan ilaç dozlarında ( p<0,005) istatiksel olarak anlamlı bulunmuştur. LefSe Analizleri sonrası Lactobacillus, Turicibacter, Streptococcus anlamlı (p<0,05) olarak ilaçsız grupta artış gösterirken, Prevotella, Parabacteroides, Bacteroides, Flexispira, Desulfovibrio anlamlı olarak (p<0,05) reboksetin ilacı uygulanmış grupta artış gösterdiği ortaya konmuştur. Sonuçlar doğrultusunda reboksetinin mikrobiyotada diyabetik vakalara benzer disbiyozise neden olabileceği ortaya koyulmuştur. Anahtar Sözcükler: Reboksetin, Bağırsak florası, Biyoinformatik mikrobiyata analizi.
Topraktan aktinomiset izolasyonu ve bazı biyolojik özelliklerinin araştırılması
Aktinomisetler farklı ve geniş habitatlarda, özellikle doğal toprak habitatlarında yayılış gösteren, mikroorganizmalar arasındaki en kalabalık populasyona sahip bakteri grubudur. Eski zamanlardan beri mikroorganizmaların özellikle toprak mikroorganizmalarının biyoaktif metabolitleri çalışılmakta ve elde edilen bilgiler bilim, tıp, tarım ve farmasötik endüstrilerine katkılar sağlamaktadır. Bu çalışmada orman topraklarından Aktinomiset türlerinin izolasyonu, morfolojik, biyokimyasal ve moleküler metodlar ile tanımlamaları yapılmış olup; izolatların biyoaktif metabolitinin ektraksiyonu yapılmış ve elde edilen ekstrenin antimikrobiyal, antibiyofilm ve sitotoksite gibi biyolojik aktivitelerinin araştırılması geçekleştirilmiştir. Toplanan orman toprakları örneklerinden mikrobiyolojik izolasyon metodları ile elde edilen izolatlarının morfolojik biyokimyasal ve moleküler özellikleri araştırıldıktan sonra, izolatlar Aktinomiset grubunun üyesi, Brevibacterium spp. olarak tanımlanmışlardır. Brevibacterium spp. Aktinomiset cinsinin endüstriyel açıdan önemli bir cinsi olarak bilinmektedir. İzolatların antibiyotik direnç özellikleri standart antibiyotiklerle ve farklı konsantrasyonlarda antimikrobiyal metodlar kullanılarak belirlenmiştir. Genelde Brevibacterium, toprakta bulunan ağır metallere tolerans gösterme potansiyelleriyle bilindikleri için izolatların krom toleransları araştırılmıştır. Brevibacterium spp. izolatları hazırlanan modifiye besiyerinde kültüre edilerek biyoaktif metabolitleri ekstrakte edilmiştir. Ekstrenin antimikrobiyal, antibiyofilm etkileri standart mikroorganizmalar ve sitotoksik etkileri Artemia salina larvaları üzerinde farklı konsantrasyonlar kullanılarak çalışılmıştır. Antimikrobiyal (MİK) değerleri bakteriler için 2500 µg/mL ve mayalar için 1250 µg/mL olarak belirlenmiştir. Antibiyofilm (MBEK) değeri ise 1250 µg/mL'dir. Sitotoksik etkin değer 2500 µg/mL konsantrasyonda bulunmuştur. Bu sonuçlar, elde edilen Brevibacterium spp. izolatının endüstriyel ve farmasötik açıdan bir potansiyel taşıdığını göstermiş olup daha detaylı farmasötik araştırılmalar da planlanmaktadır.
Bir hücre fabrikası olarak saccharomyces cerevisiae'da metabolizma mühendisliği stratejileri kullanarak taksol üretimi
İzoprenoidler doğada birçok yerde bulunmaktadır ve temel hücre bileşenlerinden ikincil metabolitlere kadar çeşitlilik göstermektedir. Terpenoidler (izoprenoidler) gibi doğal ürünler genellikle orijinal kaynaklarından özütlenerek elde edilmektedir, çünkü çoğu zaman birden fazla kiral merkez içeren bu kadar karmaşık yapıların ticari sentezi çok zordur ve ekonomik değildir. İzoprenoid biyosentetik yolu, metabolizma mühendisliği açısından çok dikkat çekmektedir ve bu yollar üzerinde metabolik akışı arttırmada önemli ilerlemeler kaydedilmiştir. İyi bilinen bir izoprenoid olarak taksol çeşitli kanserlerin tedavisinde yaygın olarak kullanılan güçlü bir antikanser ilaçdır. Taksolün orijinal kaynağı T. brevifolia'dır fakat bu ağacın kabuklarından elde edilen miktar oldukça düşüktür. Bu çalışmada metabolizma mühendisliği stratejileri kullanarak bir model organizma olan S. cerevisiae'da taksol öncülerinin miktarının arttırılması hedeflenmiştir. Taksol öncüleri S. cerevisiae'da mevalonat yolağından üretilmektedir ve mevalonat yolağı sitozolde bulunan asetil-KoA yolağı ile beslenmektedir. Dolayısıyla akışı asetil-KoA'ya yönlendirebilmek için indüklenebilen bir promotor olan pHXT7 'yi kullanarak farklı mutant suşlarda ADH2 geninin akışı kontrollü bir şekilde arttırılarak yolak taksadiene doğru yönlendirilmiştir. Taksedien miktarlarındaki değişim GC-MS ile analiz edilmiştir. Anahtar Sözcükler: Saccharomyces cerevisiae, metabolizma mühendisliği, asetil-KoA, taksol, pHXT7
Atomoksetin flukonazol kombinasyonunun candida albicans üzerine antifungal etkisinin transkriptom analizi
Günümüzde artan ilaç dirençleri ve bu direnç mekanizmalarının meydana getirdiği yan etkiler sorunları beraberinde getirmektedir. Antifungal direncin özellikle güçlü bir antifungal olan flukanazole karşı gelişmesi nedeni ile farklı ilaçlara ve ilaç kombinasyonlarına daha fazla ihtiyaç duyulmaktadır. Yapılan çalışmalar baz alınarak bu tezde farklı ilaçların antifungal aktivitesi araştırılmış ve bu ilaçlardan daha önce antimikrobiyal aktivitesi çalışılmamış olan antidepresan Atomoksetinin kontrollerden daha az etkili diğer ilaçlardan daha fazla etkili antimikrobiyal aktivitesine rastlanmıştır. Atomoksetinin antifungal etkisinin günümüzde antifungal olarak kullanılan flukanazol ile kombine kullanıldığında arttığı yapılan ön çalışmalar ile belirlenmiştir. Yapılan dama tahtası analizi ile Atomoksetin ve Flukanazol kombinasyonunun C. albicans üzerine sinerjik etkisi belirlenmiştir. Bir başka antimikrobiyal aktivite analizi olan ölüm kinetiğiyle bu iki maddenin fungisidal aktivitesine rastlanmıştır. Bu antifungal etki transkriptom analizi ile detaylandırılmıştır. İlaçlı ve ilaçsız yapılan transkriptom analizinde kombinasyonun genler üzerindeki etkisi tespit edilmiştir. Anahtar Sözcükler: Atomoksetin, Flukanazol, Antifungal aktivite, Transkriptom analizi
Bazı doğal bileşiklerin biyofilm oluşumu üzerine etkilerinin bağırsak hücreleri üzerinde araştırılması
Mikroorganizmaların planktonik ve biyofilm formları; gıda, sağlık, tarım ve endüstri gibi alanlarda potansiyel bir tehdit kaynağı oluşturmaktadır. Biyofilm oluşumu, mikroorganizmaların planktonik formdan biyofilm formuna geçen süreçde gerçekleşmektedir. Son yıllarda biyofilm oluşumu ile ilgili problemler giderek artmaktadır. Özellikle bağışıklığı bozulmuş kişilerde, fırsatçı patojenlerin oluşturduğu biyofilm kökenli enfeksiyonlar sıklıkla görülmektedir. Tez kapsamında, doğal bileşiklerden gallik asit, resveratrol ve kurkuminin P. aeruginosa, S. aureus, E. faecalis ve E. coli bakterilerine karşı antibakteriyel ve antibiyofilm etkileri ve Caco-2 insan kolon kanseri ve THP-1 insan monosit hücre hatları üzerinde antiproliferatif etkileri araştırılmıştır. Bu araştırmalar sonucunda kullanılan doğal bileşikler konsantrasyona bağlı olarak, bakterilerin ve hücre hatlarının proliferasyonunu azaltmıştır. Özellikle Caco-2 hücresinde gallik asitin IC50 konsantrasyonunun 50 µM olduğu belirlenmiştir. E. coli normal bağırsak florasının baskın türü olduğundan dolayı in vitro ko kültür modelinde inflamasyon oluşturmak için E. coli LPS kullanılmıştır. THP-1 monosit hücreleri, E. coli LPS ile uyarılarak inflamasyon oluşturulmuştur. THP-1 ve Caco-2 hücreleri kullanılarak oluşturulmuş in vitro ko kültür modelinde, 50 µM gallik asitin pro/anti-inflamatuar sitokinleri açısından immünolojik etkileri değerlendirilmiş, TNF-α ve IL-1ß seviyelerinde inhibisyon olduğu gözlemlenmiştir. Aynı zamanda gallik asitin in vivo olarak sıçanlar üzerinde çalışılan ülseratif kolit modelinde etkileri araştırılmış ve patogenez oluşumunu azaltmada önemli bir rol oynadığı görülmüştür. Gallik asit, antimikrobiyal, antibiyofilm aktiviteye sahip, in vitro ko kültür modelinde ve in vivo ülseratif kolit modelinde antiinflamatuar etki gösteren önemli bir doğal bileşiktir.
Klinik Acinetobacter baumannii izolatlarında florokinolon direnç mekanizmalarının araştırılması
Acinetobacter baumannii fırsatçı bir patojen olup, nozokomiyal enfeksiyonların en önemli etkenlerinden biridir. Bir çok antibiyotiğe dirençli oluşu, neden olduğu enfeksiyonların tedavisini zorlaştırmaktadır. Florokinolonlar hastane ve toplum kaynaklı birçok enfeksiyonun tedavisinde kullanılan antibiyotikler olup, direnç gelişiminde rol oynayan mekanizmaların belirlenmesi önem taşımaktadır. Bu çalışmada hastane kaynaklı A. baumannii izolatlarının siprofloksasin (CIP) ve levofloksasin (LEV) minimum inhibitör konsantrasyonlarının (MİK) belirlenmesi, klonal ilişkilerinin incelenmesi, florokinolonlara direnç gelişiminden sorumlu olan DNA giraz ve topoizomeraz IV enzimlerini kodlayan genlerdeki mutasyonlar ile efluks pompalarının aşırı ekspresyonunun araştırılması amaçlanmıştır. Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı'nda farklı klinik örneklerden izole edilen CIP dirençli 79, aynı antibiyotiğe duyarlı iki izolat olmak üzere toplam 81 A. baumannii kökeni çalışmaya alındı. CIP ve LEV MİK değerleri sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle belirlendi. Kökenlerin klonal yakınlıkları ERIC (enterobacterial repetitive intergenic consensus) -PZR yöntemi ile araştırıldı. Her farklı klon ve alttipi temsilen seçilen 16 kökende gyr-A ve par-C genlerindeki mutasyonlar dizi analizi ile belirlendi. Seçilen kökenlerde efluks pompalarının aşırı ekspresyonu, pompa inhibitörleri varlığında gerçekleştirilen sıvı mikrodilüsyon ve florometrik akümülasyon deneyleri ile araştırıldı. İncelenen A. baumannii kökenlerinde MİK50 ve MİK90 değerlerinin CIP için 256 ve ≥256 aynı değerlerin LEV için 32 ve 128 olduğu belirlendi. Genel olarak CIP MİK değerlerinin LEV MİK değerlerine göre yüksek olduğu saptandı. İzolatların 10 farklı klona ayrıldığı, ancak bunların büyük çoğunluğunun klonal olarak ilişkili oldukları gözlendi. Seçilen temsilci kökenlerin gyr-A geninde en sık rastlanan önemli mutasyonlar Ser83Leu ve Asp87Glu, par-C geninde ise Ser80Leu'di. Temsilci kökenlerden yedisinde sadece mikrodilüsyon yöntemiyle, 11 kökende ise sadece florometrik olarak aşırı pompa ekspresyonu gözlenirken, beş kökende her iki yöntemle de olumlu sonuç elde edildi. Mikrodilüsyon yöntemiyle aşırı ekspresyonu saptamada CIP'in LEV'den daha iyi olduğu görüldü. İncelenen hastane kaynaklı ve klonal olarak ilişkili A. baumannii izolatlarında gözlenen yüksek florokinolon MİK değerlerine, hedef bölge mutasyonlarının yanı sıra, efluks pompalarının aşırı ekspresyonunun yol açtığı sonucuna varıldı. Anahtar Kelimeler: Acinetobacter baumannii; Florokinolon; QRDR; efluks; ERIC-PZR