Tissue specific transcriptome of zebrafish in ache mutant embryos

Bazı genler tüm dokularda yakın miktarlarda ifade olunurken bazı genler bir veya birkaç dokuda diğerlerinden fark edilebilir miktarda yüksek olarak ifade edilmekte olup bu genlere "dokuya özgü gen" ismi verilmektedir. Dokuya özgü genler, dokuların fenotipini anlamamıza yardımcı olabilecek genlerdir. Zebrabalığı dokularına ait özgün genleri tespit ederek, susturalan/silinen genlerin işlevlerini anlamamız kolaylaşacaktır. Bu çalışmada, herkese açık olarak sunulan ve 5-9 aylık yetişkin zebrabalığına ait 15 dokunun RNA dizileme örnekleri, zebrabalığına ait dokuya özel genlerin tespiti için kullanıldı. Literatürde mevcut olan SD, RPKM ve TPM normalizasyon metotlarını uygulandıktan sonra yine literatürde varolan dokuya özgü genleri hesaplamak için kullanılan formüller, R kullanılarak uygunalarak sonuçlar birbirleri ile karşılaştırılarak.dokuya ait genlerin bulunması hedeflenmiştir. Bir sonraki aşamada, bu veriseti, asetilkolinesteraz (ache) mutant 3 günlük balık (3dpf) embryosu RNAseq veriseti ile karşılaştırılarak, ache geninin rolü hakkında daha fazla bilgi edinilmesi hedeflenmiştir. Analiz sonucunda retina, kas ve karaciğere ait genlerin (örneğin arr3a, rpe65a, rom1b and fabp10a) ache geninin yokluğunda daha az ifade edildiği keşfedilmiş ve bazıları 3 ve 5 dpf balık embryolarında qRT-PCR deneyleri ile doğrulanmıştır. Buna ek olarak, ache geninin ışık ve karanlık döngüsünden nasıl etkilendiğinin anlaşışması için değişik ışık-karanlık döngüsünde yetiştirilen balıklarla pilot bir çalışma yapılmış ve bu çalışmada 3 günlük ache mutant balıkların retinaya özel genlerinin bu değişimden ışıktan bağımsız olarak daha fazla etkilendiği bulgulanmıştır.