An effort to identify novel proteins in alternative polyadenylation

Poliadenilasyon, yeni sentezlenmekte olan bir mesajcı RNA (mRNA) molekülüne poli (A) kuyruğunun eklenmesi olarak tanımlanan, oldukça sıkı bir biçimde kontrol edilen ve transkripsiyon ile eş zamanlı gerçekleşen bir süreçtir. Öncül mRNA'ların 3'-Uç bölgelerinin işlenmesini kapsayan bu süreç çok sayıda proteinin katılımıyla oluşan büyük bir protein kompleksi tarafından koordine edilmektedir. Alternatif poliadenilasyon (APA) ise bir mRNA molekülü üzerinde yer alan alternatif poli (A) sinyallerinden birinin seçilmesi olarak tanımlanmaktadır. İnsan genomunda yer alan genlerin büyük çoğunluğunun birden fazla poli (A) sinyali taşıdığı gerçeği alternatif poliadenilasyonun (APA) fonksiyonel önemini vurgulamaktadır. APA, farklı cis-regülatör bölgelere sahip 3' UTR izoformları oluşturarak mRNA'ların stabilitesini, lokalizasyonunu ve transkripsiyonel aktivitesini etkilemekte ve sonuç olarak söz konusu mRNA moleküllerinin posttranskripsiyonel kaderini değiştirmektedir. Proliferatif sinyallerin normal hücrelerde ve kanser hücrelerinde poli (A) sinyal seçilimini etkilediği ve genel olarak transkriptlerin 3'UTR uzunluklarında kısalmaya neden olduğu bilinmektedir. Daha kısa 3'UTR bölgesine sahip olan bu transkriptler, mikroRNA'lar gibi negatif-düzenleyici etkiye sahip trans-faktörlerden kaçabilmekte ve bu durum kodlanan protein miktarının artmasına neden olabilmektedir. Gerçekleşen bu olaylar, kanser hücrelerinde, aktivasyon mutasyonlarından bağımsız bir şekilde anlatımı artan kimi proteinler için bir açıklama oluşturabilmektedir. Öte yandan, proksimal poli (A) sinyal seçiliminin ardında yatan mekanizma henüz tam anlamı ile izah edilememiştir. Poliadenilasyon sürecinde rol oynadığı bilinen temel proteinlerin yanı sıra poli (A) sinyal seçiliminde rol oynayan, henüz tanımlanamamış yeni proteinlerin de mevcut olabileceği düşünülmektedir. Bu tezin amacı alternatif poliadenilasyonda rol oynaması muhtemel, yeni aday proteinlerin tespit edilmesidir. Bu hedefle, yakınlıktemelli biyotin tanımlamasını mümkün kılan yöntemlerin kütle spektormetresi ile birleştirilmesinden faydalanılarak CSTF2 proteini ile etkileşim halinde olan yeni proteinlerin tespit edilmesi amaçlanmıştır. Elde edilecek sonuçların specifik poli (A) sinyallerinin seçilmesinin arkasında yatan mekanizmayı aydınlatacağı düşünülmektedir.