Proteinlerin konformasyon geçiş yol izleri üzerinde çatlamanın incelenmesi

Protein biliminde önemli bir konu olan yapı-işlev ilişkisini açıklamak için pek çok hesaplamalı yöntem geliştirilmiştir. Elastik ağyapı modelleri konformasyonel geçişleri incelemek için basit bir yöntem olup, oldukça başarılı sonuçlar vermektedir. Anizotropik ağyapı modeli (ANM) yalnızca C? atomlarını kullanarak, ürettiği kollektif hareketlerin yavaş modları ile yapıyı deforme ederek çalışır. Bu yöntemlerin çoğunda hedef yapıya ulaştıracak şekilde zorlanmış deformasyon yapılır. Ancak büyük konformasyon değişimi geçiren moleküller farklı yolizlerini takip edebilirler. Bunun için örnekleme metodları kullanılarak istatistiksel olarak hedef yapıya ulaşma şansı artırılır. Ağırlıklı örnekleme metodu (WE) ilerleme koordinatını küçük parçalara ayırarak dinamikler sonucu her parçada sabit sayıda ve olasılıkta simülasyon kalmasını ayarlar. Bu çalışmada ANM metodunun ürettiği en yavaş beş moddan bir tanesi rastgele seçilerek yapı o yönde deforme edilir. Daha sonra MC metoduyla enerji minimizasyonu yapılır. Üç farklı protein için iki farklı etkileşim uzaklığı (18 Å ve 10 Å) kullanılarak 13 sistem çalıştırılmıştır. AdK sistemleri farklı bölgelerinin sırayla hareketlerini içeren yolizlerini ortaya çıkarmıştır. CaM yolizleri birbirine benzerken GBP yapısı gereği çok hareketlidir ve en başından itibaren farklı yolizlerini takip eder. Çalışmanın diğer bölümünde ise gerilme enerjisi ile dönme açılarının yüksek olduğu yerlerde çatlamanın (ikincil yapıda bozulma) gösterilmesi amaçlanmıştır. Buna gore AdK ve CaM için iki bölge bulunmuştur. GBP hareketinde ise çatlamaya rastlanmamıştır.