Arpada ağ benek leke hastalığına neden olan Drechslera teres F. maculata fungusunun misel proteom profillemesi

Buğdaydan sonra en önemli tahıl olan arpa üretim miktarında Türkiye dünya ülkeleri arasında FAO verilerine göre 8. sırada yer almaktadır. Üretim miktarını ve verimi etkileyen faktörler arasında tarıma ayrılan alanların erozyon, kuraklık gibi çeşitli nedenlerle azalması, kullanılan tohumlar hakkında çiftçilerin yeterli bilgiye sahip olmaması, hastalıklara dayanıklı ve sertifikalı tohum kullanımının azlığı ve çeşitli biyotik ve abiyotik faktörler sayılabilir. Verimi etkileyen biyotik faktörlerin başında fungal hastalıklar gelmektedir. Drechslera teres etmeninin iki biyotipi bulunmaktadır. Drechslera teres f. teres ağ tipi ve Drechslera teres f. maculata nokta tipi belirtiler oluşturmaktadır. Ülkemizde iki biyotip de görülmekte olup nokta formu daha yaygın olarak görülmektedir. Bu çalışmada in vitro olarak geliştirilen Drechslera teres f. maculata patojeninin yüksek virülens izolatı (GPS 79) nın miselyum proteom profilini elde etmeyi amaçladık. Bu amaçla jel bazlı proteomik yaklaşım kullanıldı. İzolat miselyumundan total protein ekstraksiyonu yapıldıktan sonra 2-DE yöntemi ile pH 4-7 gradyentinde proteinlerin ayrımı gerçekleştirildi. 932 protein spotu belirlendi ve protein spotları jelden kesilip tripsin ile muamele edildikten sonra oluşturulan triptik peptidlerin nano-LC-MS/MS ile 108 spota ait protein profili çıkarıldı. Sonuç olarak 108 spota karşılık 158 protein tanımlandı, dört spot veritabanındaki proteinlere hit vermedi. Tanımlanan proteinlerin % 94'ü hipotetik protein %61'i sitozolik proteindir. Tanımlanan 108 spottan 12 spota karşılık 10 tek protein sinyal peptid içermekte ve ekstraselüler proteinlerdir. Bu proteinlerden 1 tanesi transit peptid içermektedir. Bu proteinler patojenin virülensliğinden sorumlu aday efektör proteinler olma özelliğindedirler.