Identification of surface proteome of B cell lymphoblastic leukemia cell line

B hücreli akut lenfoblastik lösemi, B lenfositlerinin aşırı ve kontrolsüz ifadesi ile karakterizedir. B-ALL, anormal sitozolik sinyal iletimi ve gen mutasyonları, anormal protein etkileşimleri ve durdurulmamış hücre döngüsü gibi moleküler anormalliklerin bir sonucu olarak ortaya çıkabilir. Bu anormallikler nedeniyle, proteomun üçte birini oluşturan yüzey proteinleri, sağlıklı hücrelere kıyasla farklı ifadeler gösterir. Bu farklılıklar günümüzde tanı ve tedavi yaklaşımlarında kullanılmaktadır. Bu çalışmada, iki farklı yüzey protein izolasyon stratejisinin karşılaştırılması ile kütle spektrometrisi tabanlı proteomik yaklaşımı ile yeni, ek olası hedef antijenleri belirlemek için CCRF-SB hücre hattının yüzey proteinlerini izole etmeyi ve tanımlamayı amaçladık. CCRF-SB hücrelerinin yüzey proteinleri, biyotinilasyon yöntemi ve N-bağlı glikoprotein zenginleştirme yöntemleri ile izole edildi. Biyotinilasyon yöntemi ile % 1 FDR oranı ile 782 protein izole ettik. Gene Ontology Cellular Component analizi, bu izole edilmiş proteinlerin 467'sinin 'Membran' ile ilişkili, 263'ünün "Hücre Dışı Boşluk" ile ilişkili olarak tanımlamıştır. Bu izole edilmiş hücre yüzeyi proteinlerinin, HLA protein komplekslerini ve iyi bilinen CD19 yüzey işaretleyicilerini içerdiği gösterilmiştir. N-bağlı glikozillenmiş protein zenginleştirme yöntemi ile %1 FDR oranı ile tanımlanan 229 protein Gene Ontology Cellular Component 155'inin "Membran" olarak, bu proteinlerin 132'sinin "Hücre Dışı Boşluk" ile ilişkili olarak açıklandığını gösterdi. Her iki yöntem de birbirinden farklı proteinleri tanımlamıştır. Bu sonuç, hücre yüzeyini proteomunu haritalamak için bu iki zenginleştirme yöntemini birleştirmenin gerekli olduğunu gösterdi.