Balıkesir/Antandros Antik Kenti kazısı toprak örneklerinin metagenomik analizi

Mikroorganizmalar, biyosferde varlığını sürdüren canlıların büyük bir kısmını oluşturmaktadır. Kültürleme koşullarının kısıtlı olmasından dolayı biyosferdeki mikroorganizmaların tespiti ve teşhisi kolaylıkla yapılamamaktadır. Bugüne kadar, biyosferde bulunan mikroorganizmaların çok azı kültürleme metoduyla tespit ya da teşhis edilebilmiştir. Kültürlenmemiş ya da kültürlenemeyen mikroorganizmalar ise, mikrobiyal çeşitliliğin büyük bir bölümünü oluşturmaktadır. Metagenomik analiz, kültürleme yapılmaksızın, çevreden direkt alınan örneklerin DNA izolasyonu sonrasında elde edilen mikroorganizmaların tür tayininin yapılmasına, genetik çeşitliliğinin, popülasyon yapısının ve bu mikroorganizmaların insan yaşantısını da etkileyen ekolojik rollerinin anlaşılmasına olanak vermektedir. Metagenomik; ilaç, biyoyakıt, biyoteknoloji, tarım, ekoloji gibi birçok farklı çalışma alanında yardımcı disiplin olarak önemli rol oynamaktadır. Paleomikrobiyoloji çalışmalarında da son yıllarda sıkça kullanılmaya başlanan metagenomik, insanlık tarihindeki mikrobiyal evrim araştırmalarına katkı sunar ve bize geçmiş zamanların mikro ekosistemini anlama perspektifi verir. Bu tez çalışmasında, Balıkesir/Antandros Antik Kenti nekropolünden kültürleme yapılmaksızın direkt alınan toprak örneklerindeki mikroorganizmaların DNA izolasyonu yapıldı ve sonrasında 16S rRNA genlerinin V3-V4 bölgeleri PZR yöntemi ile çoğaltıldı. Çoğaltılan bölgeler Illumina MiSeq sistemi ile dizilendi. Elde edilen dizilerin metagenomik analizi QIIME 1.9.1 kullanılarak yapıldı ve mikrobiyal çeşitlilik belirlendi. Bu çalışma, Antandros Antik Kenti kazılarında elde edilen arkeolojik bulguların, metagenomik verilerle desteklenebileceğini, yapılan arkeolojik çalışmalara multidisipliner bakış açısıyla katkı sunulabileceğini, elde edilen verilerle geçmiş döneme dair tahmin ve yorumların yapılabileceğini gösterdi. Bu tez çalışması, Türkiye'de antik kentlerde yapılan ilk metagenomik çalışma olması sebebiyle önem arz etmektedir ve bu çalışmanın bu alanda yapılacak olan yeni çalışmalara katkı sunması beklenmektedir.