Bazı mavi-yeşil bakteri suşlarının RAPD-PCR yöntemiyle genetik karakterizasyonu

Siyanobakteriler; geniş yaşam alanına sahip, yüksek çeşitlilik gösteren, ekolojik açıdan önemli organizmalardır. Bu canlıların tanımlanmaları, sınıflandırılmaları oldukça zor ve karmaşıktır. DNA fingerprint ve diğer PCR temelli moleküler yaklaşımlar, son yıllarda bu canlıların moleküler sistematik ve genetik karakterizasyonunda benimsenmeye ve kullanılmaya başlanmıştır. Bu çalışma kapsamında toplamda 7 bakteri izolatı, 15 farklı rastgele seçilen primerler kullanılarak RAPD-PCR tekniği ile analiz edilmiştir. Bakteri izolatları, tamamı polimorfik olan 306 adet RAPD-PCR ürünü oluşturmuştur. Seçilen primerlerin %100 polimorfik fragmanlar ortaya çıkardığı ve bakteri türlerinin tanımlamasında yüksek verimlilik sağladığı tespit edilmiştir. En az 12 ve en fazla 35 farklı PCR fragmanı sırasıyla OPA-14 ve HİP-GC primerleri ile elde edilmiştir. RAPD-PCR ürünlerinin fragman büyüklüğü 175-3000 bç arasında değişmektedir. Bakteri izolatları arasındaki genetik akrabalık ilişkisini ortaya çıkarmak için Nei's Genetik Uzaklık değerleri kullanarak iki farklı dendrogram (UPGMA ve Neighbor Joining) oluşturulmuştur. Bu verilere göre Synechoccus elongatus ve Pseudoanabaena moniliformis en uzak türler, Anabaena affisinis ve Arthrospira sp. ise birbirine en yakın türler olarak tespit edilmiştir. Sonuç olarak, çalışmalarımızda kullandığımız RAPD-PCR yönteminin ve kullanılan random primerlerin farklı Siyanobakteri izolatlarının genetik karakterizasyonunda ve moleküler sistematiğinde başarılı bir şekilde kullanılabileceği görülmüştür.