An ontology for computer-aided modeling of cellular processes

Hücresel işlemler canlıların en alt seviyedeki donanımlarıdır. Bu düzeydekiu s ubozukluklar halihazırda tedavi edilemeyen pek şok hastalıktan sorumludur.cHücresel işlemler hakkındaki bilgilerimiz hızla artmaktadır. Ancak, günümüzu s uu umoleküler biyolojisi bu işlemleri kurallı bir şekilde güsterecek yüntemlerden yok-u s s o osundur. Bilgi dağarcığının büyük bir kısmı bilimsel yazında, bilgisayarlı mod-g g uuelleme ve şüzümlemeye uygun olmayan bir bişimde durmaktadır. Cüzülmeyeco u c şo uşalışılan sistemin karmaşıklığı güzününe alındığında, uygun bir güsterim sistemics s g oou g ove araşlarına duyulan ihtiyac aşıktır.c cBu şalışmada hücresel sistemleri modellemek icin bir ontoloji üneriyoruz. Bucs u oontoloji, soyutlamaları, şoklu ayrıntı düzeylerini, hücresel bülmeleri ve molekülc u u o uhallerini güsterebilmek gibi tekil üzelliklere sahiptir. Ayrıca tümleme, sorgu-o o ulama, şüzümleme ve gürselleştirme kolaylığı gibi birtakım kullanıcı ve sistemco u o s gihtiyaşlarını karşılamak uzere tasarlanmıştır.c s ü sBu ontolojiyi taban alarak bir dizi yazılım aracı geliştirdik. Patikasaraşlarının temel kullanım hedefleri tümleme, gürselleme ve sorgulamadır. Buc u ohedeflerde elde ettiğimiz tatmin edici sonuşların ontolojinin kullanılabilirliğinig c gdoğruladığını düşunüyoruz.g g usü uHalihazırdaki yolak güsterme ve sorgulama aracları ile karşılaştırıldığındao ss gPatika düzenli bir güsterim sistemi, ileri sorgulama yüntemleri, aşık gürsellemeu o o c oarabirimi gibi avantajlara sahiptir. Bunun yanısıra Patika'dan elde edilen mod-eller, akım analizi ya da yolak etkinliği şıkarımı gibi yüntemlerle şüzümlenebilir.gc o co uAnahtar süzcükler : Biyoenformatik, ontoloji, yolak.ouvi