Levan bazlı biyopolimerlerin biyolojik aktiviteleri: In silico yaklaşımı

Oligo ve polisakkaritler bağışıklık sistemi, dokuların yapışması ve hücresel sinyal iletimi gibi biyolojik mekanizmalarda önemli rol oynarlar. Bu sebeple oldukça önemli çalışmalar, yapı-fonksiyon analizleri ile bu polisakkaritlerin biyolojik aktivite mekanizmalarını aydınlatmaya yönelmiştir. Bu çalışmalarda değişik hücre içi ve hücre dışı biyoaktivite deneylerinin kullanımı, kimyasal yapı ile gözlemlenen biyolojik aktivitede konformasyonun ilişkilendirilmesini önlemektedir. Buna ek olarak, polisakkaritlerin konformasyonlarındaki çeşitlilik ve yapısal çokyapımlılık, polisakkaritleri deneysel ve teorik karakterizasyon çalışmaları için en ilgi duyulan biyopolimer tipi haline getirmiştir. Levan, fruktoz halkalarında β (2→6) bağları bulunan ve doğal ortamda oluşsan β-D-fructofuranoz tipi polimerdir. Gıdada, beslenmede, kozmetikte, ilaç ve kimya endüstrisinde fonksiyonel biyopolimer olarak kullanımı yüksek potansiyele sahip bir homosakkarittir. Polisakkaritlerin 3D yapısal analizindeki günümüz teknolojisinin sınırlı gelişmiş olması yapısal-fonksiyon çalışmalarında bilgisayar metotlarının kullanımını desteklemektedir. Bu çalışmanın amacı, levan bazlı polimerlerin moleküler dinamik simülasyonlarını kullanarak değişik ortamlarda, kondisyonlarda ve potansiyel ilaç taşınım sistemlerinde konformasyonlarını çalışmaktır. Levan zincirinin konformasyonları, dönme yarıçapı (RG) iki uç arasındaki uzaklık (R), bağ uzunluğu, bağ açısı, kiriş uzaklığı, torsiyon açısı, radyal dağılım fonksiyonu ve ortalama mesafe değeri hesaplanarak analiz edilmiştir. Biyopolimerlerin biyolojik aktivitesine etkisi olduğu düşünülerek tek levan zincirinin, çoklu levan zincirinin ve sulfatlanmış levan zincirinin değişik ortam ve sıcaklıklardaki konformasyonları elde edilmiştir.