Hazelnut genome and transcriptome analysis under biotic and abiotic stress

Avrupa fındığı, sağlık ve ekonomik önemi büyük olan bir ağaç türüdür. Tarımda önemli bir yere sahip olmasına rağmen moleküler düzeyde C. avellana ile ilgili sınırlı sayıda çalışma mevcuttur. Bu tezin amacı, biyotik ve abiyotik stresler altında genlerin mekanizmalarını ortaya koymak ve Türkiye'nin en önemli çeşitlerinden biri olan cv Tombul genomunun analizini yapmaktır. İlk olarak, yeni ortaya çıkan külleme patojeni Erysiphe corylacearum ve büyüyen salgın içindeki genetik çeşitlilik derecesi DNA barkod analizi ve moleküler belirteçler ile analiz edildi. Bu örneklerde herhangi bir genetik varyasyon gözlenmedi ve bu sonuçlar mevcut salgının yeni bir bulaşma olayından kaynaklandığını düşündürdü. Mahsul ıslahında mevcut fındık genetik kaynaklarından yararlanmak için, cv Tombul için gen anotasyonu, hibrit sekanslama stratejisi ile üretilmiş tamamen birleştirilmiş bir genom dizisi aracılığıyla gerçekleştirildi. Genom, 27.270 yüksek güvenilirlikli protein kodlama geni içerir; bunların 20.000'den fazlası, fonksiyonel olarak işlevselliği homolojiye dayalı bilinen bitki proteinleriyle açıklanmıştır. Bu genom dizileme projesinin bir parçası olarak, tam kloroplast genomu birden fazla anotasyon araçlarıyla analiz edildi. Tipik bir dört parçalı yapıya sahip olan tam kloroplast genomu oluşturuldu. Bu kloroplast genomu, Corylus cinsinin evrimi hakkında kapsamlı bir genetik kavrayış sağlayabilir. Son olarak, soğuma stresiyle ilgili genler ve gen ağları hakkında yeni bilgiler elde etmek için transkriptom analizi yapıldı. Toplam 2.440 farklı olarak ifade edilen gen tespit edildi ve bunlardan 1.368'i soğutma stresi altında yukarı regüle edildi. Bu çalışma ağaç türlerinde üreme yaklaşımları için faydalı olabilecek donma tolerans mekanizmaları üzerine daha fazla çalışmayı kolaylaştırabilir.