Chilo ıridescent virüs replikasyonunun başlamasında rol oynayan hücresel proteinlerin belirlenmesi

Iridoviridae familyasına ait bir böcek virüsü olan Chilo iridescent virus (CIV), çift zincirli DNA genoma (212,482 baz çifti) ve ikozahedral morfolojiye sahiptir. DNA genom, bir lipit tabaka ve bu tabakanın üzerinde protein yapıdaki kapsid ile çevrilidir. Enfekte ettikleri hücreden ayrılış biçimine göre zarflı (tomurcuklanma ile ayrılma) veya çıplak (liziz ile ayrılma) olabilmektedirler. CIV, çok sayıda zararlı böcekte ölümcül ve ölümcül olmayan enfeksiyonlar oluşturmasından dolayı biyopestisit olma potansiyeline sahiptir. Ayrıca CIV'nin memeli hücrelerine girebilmesi fakat bu hücrelerde replike olmaması özelliği de virüsün insan hücrelerine gen aktarmada kullanılabileceğini göstermektedir. CIV'den bilimsel olarak etkili bir şekilde faydalanabilmemiz için virüsün anatomisinin, replikasyonunun ve moleküler mekanizmalarının aydınlatılması gerekmektedir. Proteomik çalışmalar CIV'nin 54 adet yapısal proteine sahip olduğunu göstermiştir. Bu yapısal proteinlerden biri virüs replikasyon döngüsü için hayati bir öneme sahip olabilecek 118L açık okuma zinciri (ORF) tarafından kodlanmaktadır. 118L bütün iridovirüs ve askovirüslerde homoloğu bulunan bir gendir. Homologları ile yapılan araştırmalar, 118L'nin CIV'nin hücreye giriş-füzyon kompleksinin bir üyesi olabileceği ve virüs replikasyonunda önemli bir rol üstlenebileceğini göstermektedir. Bu bilgiler doğrultusunda bu tez çalışmasında, CIV'ye ait bir zarf proteini olan 118L'nin Spodoptera furgiperda (Sf9) konak hücresinde etkileşime girdiği protein/ler araştırılmıştır. İlk olarak Sf9 hücrelerinden izole edilen total membran proteinleri 118L proteini ile hibridize edildi. Hibridizayon sonucu oluşan protein bandı LC-MS analizine tabii tutuldu. Analiz sonucu protein bandının, potansiyel olarak Sf9 hücrelerindeki Eukaryotic translation initiation factor 3 (EuTIF3), Transitional endoplasmic reticulum ATPase (TER94), Eukaryotic translation elongation factor 2 (TEF2) ve Calcium-transporting ATPase sarcoplasmic/endoplasmic reticulum (ctATPser) isimlerinde dört proteine benzer olabileceğini gösterdi. Yapılan in silico deneylerde TER94 proteininin 118L ile yüksek oranda etkileştiği görüldü. Bu etkileşim Baculovirus ekspresyon vektör sisteminde üretilen TER94 proteini ile bakteriyel sistemde üretilmiş 118L proteininin in vitro'da pull-down analizinde etkileşim göstermesi ile doğrulandı.