Algorithms for effective querying of graph-based pathway databases

Bilimsel merak, kalıtım-ülşekli bilginin sistem seviyesindeki araştırmalarınaoc syünelirken, molekül düzeyindeki hücresel süreşler hakkında uretilen verilero uu u uc ühızlanan bir oranla artmaktadır. Cizge tabanlı yolak ontolojiler ve veri tabanlarışbu tarz bilgiler işin geniş bir kullanım alanına sahiptir. Bu güsterim, hücreselc s o uağların programlı bir şekilde bütünleştirilmesinin yanı sıra yapısal ve dinamikg s uu süzelliklerini tahmin etmeye yünelik olarak şizge teorinin iyi anlaşılmış kavramlarıo o c s skullanılarak araştırılmasını mümkün kılmaktadır. Bu kapsamda, büyle bütünleşiks uu o uu sgeniş ağların, ilgili alt-ağların etken algoritmalar ve yazılım araşlarının yardımıylasg g cseşilerek şıkarılması amacıyla, etkili olarak sorgulanması zaruridir.c cBu amaşla, protein-protein etkileşiminden, metabolik yolaklara hatta sinyalc syolaklarına her türlü şizge tabanlı yolak veri tabanlarına uygulanabilir olmaku ucuzere, basit komşuluk sorgularından en kısa yol yolaklarına ve geri beslemeü sdüngülerine pek şok şizge teorik algoritmalar beraberinde bir sorgulama şerşevesiou cc ccgeliştirdik. Bu algoritmalar ayrıca yolak veritabanı işinde mevcut bileşik veyas c sbirbirinin işine yerleştirilmiş yapıları da oluşturulabilir ve Patika (Entegrasyonc s s sve Bilgi Kazanma işin Yolak Analiz Araşları) yazılımlarının sorgulama unsurlarıc cişerisinde uygulanmıştır. Ayrıca, süzkonusu algoritmaların geniş bir şizge tabanlıc s o s cyolak veritabanı işin biyolojik olarak ünem arz eden pek şok sorgunun cevap-c o clandırılması işin kullanışlı olduğu gürülmüştür.c s g o u us uAnahtar süzcükler : Cizge Algoritmaları, Cizge Sorgulama, Biyolojik Yolaklar,ou ş şYolak Veri Tabanları.iv