Bayes ağları ve harici biyolojik bilgiler kullanarak gen etkileşim atlası çıkarımı

Son ilerlemeler ışığa çıkardı ki, birbirleriyle bağlantılı karmaşık hücresel olayları içeren biyolojik patikalar düşünüldüğünden çok daha karmaşık yapılıdırlar. Bu zor durum biyolojik fenomenin ardındaki çok dallı mekanizmayı anlamayı zorlaştırmaktadır. Buna çözüm olarak biyoenformatik dünyası modülerlik kavramını biyolojik gerçekliklerin anlaşılmasını kolaylaştırmak için öne sürmektedir. Yüksek işlem hacimli veri teknolojilerinden biri olan mikrodiziler güçlü bir araç olup sistematik tarzda tek bir deneydeki genomun genel bir tasvirinin sağlanmasının yanı sıra, gen türleri ve gen kavramlarının paralel analizi için tasarlanmıştır. Öncelikli bilgi birleşiminin yanı sıra yetersiz örnek sayısı ve deneysel hatalar ile başa çıkma yeteneklerinden dolayı, olasılıklı grafik modeli olan Bayes ağları, mikrodizi verilerinden gen düzenleyici ağ oluşturmada kendisini iyi kanıtlamış bir tekniktir. Bu çalışmada BNP adı ile sunduğumuz algoritma, seçilen biyolojik patikaların ilişkilerine derinlemesine bir anlam kazandırır. Modelimizden alınan sonucu güçlendirmek ve genler arasındaki yeni etkileşimleri keşfetmek için, harici biyolojik bilgiyi dahil ederek Bayes ağları üzerinden bir gen etkileşimi atlası inşa ettik. Ayrıca FLAT adındaki, harici bilgi kullanmaksızın yapılan hesaplamalarla, kendi metodolojimizi karşılaştırdık. Tüm simulasyonların sonuçlarına göre BNP'nin FLAT'tan daha iyi performans gösterdiğini gördük.