Epileptik ensefalopati hastalarında Arx gen mutasyon taraması ve tüm ekzom dizileme yöntemi

Epileptik ensefalopati terimi; genellikle erken başlangıçlı (doğumdan sonraki ilk yıl içerisinde), tedaviye cevap vermeyen ve zayıf gelişim ile sonuçlanan epileptik sendromları tanımlamaktadır. EE, monogenik veya kompleks kalıtımlı olabilmektedir. ARX, "homeobox"-içeren bir gen olup, Homeobox protein ARX'ı kodlamaktadır ve normal beyin gelişiminde görev almaktadır. ARX gen mutasyonları; Ohtarahara ve West sendromu gibi EE fenotiplerinde rapor edilmiştir. En sık rastlanan ARX mutasyonu, 24 baz-çiftinden oluşan ve alanin sayısını 20'ye çıkaran polialenin bölge genişlemesidir. Bu polialenin genişlemesi, ayrıca zeka geriliğine yol açmaktadır. EE tanısı yalnızca klinik kriterlere göre yapılamamakta olup, ARX gen mutasyonlarının ve tekrar artışlarının hem tanı hem de tedavi için önemli parametreler olduğu düşünülmektedir. Bu çalışmanın amacı, epileptik ensefalopatinin genetik temelinin araştırılmasıdır. EE'nin genetik sebepleri heterojen olduğundan, hastalıktan sorumlu varyantların saptanabilmesi için tüm ekzom dizileme yöntemi gerekmektedir. Fakat, tekrar artışları bu yöntemle tespit edilememektedir. Bu nedenle, ilk olarak ARX gen mutasyonları taşıyabileceği düşünülen fenotipik özelliklere sahip EE hastalarında ARX mutasyonları ve tekrar artışları Agilent ve Sanger dizileme yöntemleriyle analiz edilmiştir. Ek olarak, ARX mutasyonu bulunmayan 3 EE hastasında ekzom dizileme yapılarak patolojik aday varyantlar tanımlanmıştır. ARX tekrar analizleri için tekrar bölgesini içeren ekzon 2.1 bölgesi, seçilen 16 EE hastasında Agilent sistemi kullanılarak analiz edilmiş, fakat anlamlı ölçüde baz artışı gözlenmemiştir. Diğer ekzon bölgeleri, PZR ve Sanger dizileme ile bu 16 hastada analiz edilmiş, ancak verilerin FinchTV yazılımı ile analizleri sonucunda ARX gen mutasyonu tespit edilmemiştir. Bunun üzerine, ARX-ilişkili hastalık fenotipine sahip 16 hastadan 3'ünde tüm ekzom dizileme gerçekleştirilmiştir. Ailesel segregasyon analizlerinin ardından CUL4B ve MAP2 gen varyantları 2 hastada EE için en güçlü aday varyantlar olarak belirlenmiştir