Detection of circular rnas in hepatocellularcarcinoma treated with different therapeutic agentsusing RNA-seq data

Karaciğer kanserinde tedavi ajanlarının keşfedilmesi bir çok zorluk içermektedir, çünkü karaciğer kanseri moleküler fenotipler açısından fazla heterojenlik içerir. Karaciğer kanseri tedavisinde çembersel RNA'ların rolünü anlamak çok önemlidir. Çembersel RNA'lar küçük, kodlanmayan endojenik, tek sarmalı, kovalent bağlı RNA yapılarıdır. Yüksek stabiliteleri sayesinde çembersel RNA'ların önemi ortaya çıkmıştır. Bu zamana kadar çembersel RNA'ların belirlenmesi çembersel RNA isoformu kullanılarak özgül deneylerle yapılıyordu. Ancak RNA-seq verisi kullanılarak ters uç birleştirme yerleri üzerinden çembersel RNA'ları belirlemek mümkündür. Bu tezin amacı bahsedilen ham ve haritanlamamış veriler ile olası ek birleşme yerleri hesaba katılarak çembersel RNA'lar bulmak ve çembersel RNA'ların farklı koşullardaki (farklı tedavi uygulanmış-tedavi uygulanmamış) transkript seviyelerini analiz etmektir. Mahlavu ve HUH-7 kanser hücre hatlarına ait 12 adet RNA-seq verisi kullanmıştır. Kullanılan RNA-seq verileri; mahlavu ve HUH-7 kanser hücre hatlarının sorafenib, PI3K-α, PI3K- β inhibitörü, ve bu ilaçların kombinasyonları olarak sorafenib ve PI3K-α inhibitörü ve sorafenib ve PI3K-α, PI3K- β inhibitörü ile muamele edilmiş verileridir. Bir çok farklı tespit yöntemlerini; CIRI, CircExplorer2, DCC, findcirc ve circRNAfinder, aynı anda çalıştırılmasına olanak sağladığı için çembersel RNA'ların tespitinde ve kantitatif analizinde CirComPara programı kullanılmıştır. HUH-7 hücre hattında toplam 136 tane çembersel RNA tespit edilirken, Mahlavu hücre hattında ise 122 tane çembersel RNA tespit edilmiştir. İki hücre hattında herhangi bir tedavi ajan ile muamele edilmemiş iki hücre hattında ortak 12 tane çembersel RNA tespit edilmiştir; tedavi ajanlarıyla muamele edilmiş hücre hatlarında ortak bir çembersel RNA tespit edilememiştir.