Glikoz metabolik ağındaki genlerin sistem bazlı modüler yaklaşım ile işlevsel analizi

Bu çalışmada, Glikoz Metabolik Proses ile ilintili bütün proteinler ve bunlar arasındaki en yüksek değerlikli etkileşimler belirlenmiştir. Çalışmanın başlangıcında Glikoz Metabolik Ağ ve Genel Ağ adı altında iki adet protein-protein etkileşim ağı oluşturulmuştur. Genel Ağ (GN) mayada STRING veri tabanındaki etkileşimler temel alınarak oluşturulmuş, Glikoz Metabolik Ağı (GMN) ise sadece Glikoz Metabolik Proses gen ontoloji terimine ait olan proteinler arasındaki etkileşimler temel alınarak oluşturulmuştur. Bu iki ağın topolojik nitelikleri belirlenmiş ve karşılaştırılmıştır. Glikoz metabolik ağının, diğer biyolojik ağlarda olduğu gibi, ölçeksiz bir ağ olduğu saptanmıştır. Modül tanımlamada kullanılan ve modüllerin özgünlüğünü belirlemeye yardımcı olan parametreler optimize edilmiştir. Genel Ağ modül üyelerinin sayısının daha fazla ve bu modüllerin daha genel GO süreç terimleri ile ilintili olduğu belirlenmiştir. Glikoz Metabolik Ağ'ında toplam 65 adet modül bulunmuştur ve bu ağ içerisinde saptanan modül üyelerinin daha kompakt ve daha özgün işlevlerle ilgili GO süreç terimleri içermesi sebebiyle Glikoz Metabolik Ağı'nda bulunan beş elemanlı modüller incelenmiştir. Bu modüllerin belirli görevlere sahip olduğu ve modül elemanlarının ya kompleksin bir parçası ya da bir sinyalizasyon yolunun elemanı olduğu belirlenmiştir. Modüllerin genişletilmesi ayrıca aynı işleve ya da farklı fonksiyonel ilişkiye sahip olan proteinlerin görülmesini sağlamıştır. Bütün bu ilişkiler mevcut literatürdeki araştırılmış sinyal yolları ve kompleksler aracılığı ile doğrulanmıştır. Modül incelemede kullanılan metodun güvenilirliği, aynı modül içerisinde bulunan proteinler hakkında olası fonksiyonlar atamamızı sağlamıştır. Bu şekilde tanımlanmamış ya da karakterize edilmemiş genler hakkında tanımlama yapılabilir ya da daha önceden fonksiyonu tanımlanmış proteinlere ek fonksiyonlar atanabilir. YGR067c, Roy1p, Nnk1p proteinlerinin sırasıyla ?Ubiquitin'e Bağlı Protein Katabolik Süreç?, ?İnterfaz? ve ?Proteoliz? GO süreç terimleri ile ilintili oldukları bulunmuştur.