Gibbula rarilineata (sınıf: gastropoda) aktin geninin cDNA klonlaması ve filogenetik analizi

Aktin, tüm ökaryotik hücrelerde en fazla miktarda bulunan proteinlerden biridir ve tek hücrelilerden insana kadar pek çok canlı grubunda yüksek korunmuşluk gösterir. Aktin, hücre iskeletinde ve kas kasılmasındaki geniş dağılımlı başlıca rolleri gereği en çok çalışılmış proteinlerden biridir. Bunun yanında, aktinlerin, kökeninin çok eski olduğu düşünüldüğünden, aktinin farklı taksonomik sınıflarda değişken sayıdaki izoformlarının sınıflandırılmasının ökaryotik hücrelerin evrimi hakkında öngörü sağlayacağı düşünülmektedir. Omurgalı aktinleri iyi çalışılmıştır ve iki sınıflandırması mevcuttur. Ancak omurgasız aktinleriyle ilgili çalışmalar kısıtlıdır. Yetersiz genetik veri sebebiyle, omurgasız aktinlerine özel bir sınıflandırma mevcut değildir. Çalışmamızda Gibbula rarilineata aktinini klonlayarak mevcut protein veri bankasının içeriğine katkıda bulunmayı amaçladık. Çalışmamızda G. rarilineata örnekleri Marmara Denizi'nden toplandı. Örneklerin ayak dokusundan total RNA izolasyonu yapıldı ve izolatlar cDNA sentezi için kullanıldı. G. rarilineata aktini, tasarlanan gen spesifik primerlerin PZR'de kullanımıyla çoğaltıldı. Elde edilen PZR ürünleri klonlandı ve G. rarilineata aktin nükleotid dizisi bölgesel olarak dizilendi. Nükleotid dizileri, amino asit dizilerine translasyonu yapıldı ve insan aktin izoformları ile GenBank'ten elde edilen diğer gastropod aktin amino asit dizileriyle hizalandı. Filogenetik analiz, G. rarilineata aktininin sınıfladırılması için kullanıldı.