HIV-1 ters transkriptaz ve integraz enzimleri için ikili inhibitör tasarımı: Docking çalışması

Retrovirüslerin lentivürüs ailesi üyesi olan HIV-1 AIDS hastalığının etken virüsüdür. Virüs dünya çapında yaygın olup insan bağışıklık sistemini baskılayarak vücudu enfeksiyonlara karşı savunmasız bırakır. HIV-1 Ters Transkriptaz (Revers Transcriptase;RT) ve İntegraz (Integrase;IN) virüs yaşam döngüsünün önemli işlevlerini yerine getiren iki enzimdir. AIDS tedavisinde son yıllarda birden fazla hedefi inhibe eden ilaçların tasarımı üzerinde çalışılmaya başlanmıştır. Bu bakımdan, RT ve IN dual inhibitör geliştirilmesi bakımından uygun iki enzimdir. Bu çalışmada tasarlanan 858 ligand filtrelenerek ilaç olma özelliği olan 426 ligand Autodock4 programı ile bir RT kristal yapısı olan 4g1q.pdb ve tam uzunluktaki HIV-1 IN kristal yapısı bulunmadığından katalitik bölge açısından aynı özellikleri taşıyan Prototype Foamy Virus IN kristal yapısı 3oya.pdb aktif bölgelerine yerleştirildi. Yerleştirme sonucunda B099 ligandı -12.63 kcal/mol’lük skor ile RT enzimine ve B249 ligandı -19.83 kcal/mol’lük skor ile IN enzimine en iyi bağlanan ligandlar olarak belirlendi. B051, B053, B099, B103, B107, B205, B206, B211, B213, B223, B231,B241, B242, B249, B250, B251, B253, B254, B308, B324, B352 ve B353 ligandlarının her iki enzim için iyi yerleşme skorları verdiği gözlendi. Sonuç olarak dual inhibitör adayı olan yeni ligandların tasarımı gerçekleştirildi