Identification and characterisation of two endoplasmic reticulum protein isoforms encoded by senescence-associated FAM134B gene

Karaciğer kanseri dünyada beşinci sıklıkla görülen kanser türüdür. Yakın bir zamana kadar, tümör hücrelerinin sonsuz bölünebilme kapasitesine sahip olduğu düşünülmekteydi. Önceki çalışmalarımızın birinde, p53 ve p16INK4a proteinlerinden yoksun olan karaciğer kanseri hücre hatlarında kendiliğinden gelişen hücre yaşlanmasını gösterdik. Bunu takip eden bir çalışmada, elde etmiş olduğumuz senesant ve ölümsüz klonlarin Affymetrix gen ifade profillerini inceledik. Klonlarda ifadesi fark gösteren genler arasından, bu çalışmada, yeni bir gen olan ve senesant klonlarda ölümsüz klonlara göre ifadesi istatistiksel olarak anlamlı artış gösteren (p-değeri=1.097E-06) FAM134B geni üzerinde yoğunlaştık. FAM134B geni beşinci insan kromozomunun p15.1 bölgesi üzerinde yer almaktadır ve kodladığı protein ürünü henüz karakterize edilmemiştir. Başlangıç olarak, revers transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu kullanarak FAM134B geninin senesant klonlarda ölümsüz klonlara göre ifade artışını doğruladık. Bir sonraki adımda, hepatosellüler karsinoma mikro-dizinlerinin meta-analizi, FAM134B geninin ifadesinin normal karaciğer dokusuna göre metastatik olmayan ve metastatik hepatosellüler karsinomada dereceli olarak azaldığını gösterdi. Bu nedenle, bu genin protein ürününü karakterize etmeye karar verdik. Bilinen iki transkript formu kullanılarak (tahmini moleküler ağırlıkları 30 ve 50 kDa olan iki izofomu kodlayan) FLAG-işaretli ifade vektörleri oluşturuldu. Hücrelerde bu vektörlerin geçici ifadesi sonrasında yapılan immüno-boyama deneyleri, hem uzun hem kisa FAM134B protein izoformlarının endoplazmik retikuluma lokalize olduğunu gösterdi. Her iki protein izoformu, iyi bilinen bir endoplozmik retikulum şaperonu olan kalneksin proteini ile ortak lokalizasyon gösterdi. Buradan anlaşıldığı gibi, senesant hücrelerde endoplazmik retikuluma lokalize olan FAM134B protein izoformlarınn ifadesi artarken, kanser hücreleri bu izoformlarin ifadesinden yoksundular. Ayrica, bu iki protein izoformunun bir karaciğer kanseri hücre hattında sürekli ifadesi yoluyla işlev-kazanım deneyleri yaptık. bu protein izoformlarının senesansta ve endoplazmik retikulum stresindeki potansiyel rol veya rollerini sorguladık. Çalışmalarımızın sonuçları, bu protein izoformlarinin hücrelerde yüksek seviyedeki ifadesinin senesans indüklenmesine yol açacak bir rol oynamadığı ve hücrelerin bölünme hızını değiştirmediği yönünde bilgi verdi. Ayrica bu iki izoformu yüksek seviyede ifade eden hücrelerin tunikamisin ile indükenen endoplazmik retikulum stresine karşı yanıtlarında bir değişiklik gözlemlemedik. Dolayısıyla, FAM134B geninin senesansa girmiş olan hücrelerde henüz tanımlayamadığımız bir işlevi söz konusu olabilir. Sonuç olarak, FAM134B tarafından kodlanan ve endoplazmik retikuluma lokalize olan iki protein izoformu belirledik ve bu izoformların hücre içindeki görevleri ve senesansla olan bağlarının ilerki çalışmalarla ortaya koyulması gerekmektedir.