Biyomedikal tam metin makalelerde protein-protein etkileşimi tespit yöntemlerinin betimlendiği pasajları bilgi erişim yöntemleri ile belirleme

Proteinler arası etkileşimlerin birçok biyolojik süreçte aktif rol oynaması, aralarındaki fiziksel etkileşimlere dair bilgileri de fazlasıyla önemli kılıyor. Proteinler arası etkileşimleri doğrulamak için kullanılan deneysel teknikler, etkileşimlerin güvenilirliğini değerlendirebilmek için oldukça önemli. Proteinler arası etkileşimlere ve bu etkileşimleri tespit etmek için kullanılan deneysel yöntemlere dair verilerin önemli bir kısmı sadece bilimsel yayınlarda gömülü durumda bulunuyor. Bu çalışmada, tam metin makalelerde, proteinler arası fiziksel etkileşimleri tespit etmek için kullanılan deneysel yöntemlerin anlatıldığı pasajları belirleme problemine bilgiye erişim alanının arama problemi olarak yaklaşılıyor. Temel sistem, Proteomics Standard Initiative - Molecular Interactions (PSI-MI) ontolojisinde yer alan deneysel yöntem isimleri derlenerek yaratılan sorguların metin içerisinde eşleştirilmesine dayanıyor. Bu temel sistem sorgularının, alakalı terimler ile genişletilmesine dayalı iki yeni yöntem daha geliştirildi. İlk yöntem gözetimli bir yaklaşım olup, terim sıklığı-ilgililik sıklığı (tf.rf) metriğinin, el ile etiketleyip bu çalışmanın ilave çıktısı olarak yayınladığımız 30 makalelik veri kümesinin 13 makalelik eğitim alt kümesi üzerinde uygulanması ile en belirgin terimlerin sorgulara eklenmesine dayanıyor. Bu yöntemin 17 makalelik test kümesi üzerinde değerlendirilmesi sonucu temel sisteme kıyasla bulma skorunda daha başarılı oldugu gözlenmiştir. İkinci yöntem ise gözetimsiz bir yaklaşım olup deneysel yöntem isimleri için öğrenilmiş kelime temsilleri kullanılarak sorgular genişletilmiştir. Bu yöntemin 17 makalelik test kümesi üzerinde değerlendirilmesi sonucu temel sisteme kıyasla bulma ve F-ölçütü skorlarında daha başarılı olduğu gözlenmiştir.