Characterization of interferon regulatory factor 4 (İRF4) target genes in melanoma cell lines

IRF4, bağışıklık hücrelerinin gelişiminde ve işlevlerinde öneme sahip bir transkripsiyon faktörüdür. IRF4 regülasyonunun çeşitli miyeloid ve lenfoid malignansilerde bozulduğu bilinmektedir. IRF4 anlatımının sadece bağışıklık hücreleri ile sınırlı olduğu sanılmaktayken, yakın zamandaki çalışmalar, IRF4 anlatımının melanosit hücreleri gibi, bağışıklık hücresi olmayan hücrelerde de gerçekleştiğini göstermiştir. Önceki çalışmalarımızda, belirli melanoma hücre hatlarında IRF4 anlatımının olduğu ve bu anlatımın B-hücrelerinde olduğu gibi, melanoma hücrelerinin de canlılığı için önemli olduğu gözlemlenmiştir. Melanomada IRF4'un rolü ile ilgili bilgi eksikliği olduğu için, IRF4'un transkripsiyonel hedef genlerini tespit etmek amacıyla yeni nesil dizileme yaptık. Hedef genleri belirlemek, IRF4'un hangi yolaklarda yer aldığını ve hangi biyolojik süreçleri düzenlediğini anlamamıza yardımcı olacaktır. Bunun için ilk adım olarak, analiz için en uygun koşulları belirledik. Sonra, IRF4'u susturulmuş hücreler ile kontrol hücrelerin gen anlatım profillerini yeni nesil cDNA dizilemesi (RNA-seq) ile karşılaştırdık. Biyo-informatik analizler yaparak, farklı anlatımı olan genleri belirledik. Seçilen aday genlerin RNA-dizileme sonuçlarının doğrulamasını gerçek zamanlı yarı kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile gerçekleştirdik. Daha sonra, gen ontolojisi analizi yaparak farklı anlatımı olan genlerin, zenginleştirilmiş fonksiyonel sınıflarının karakterizasyonunu gerçekleştirdik. Analizlerimiz, IRF4'ün özellikle hücre bölünmesi ile ilişkili genleri ağırlıklı olarak aktifleştirdiğini, lipit metabolizmasını ile ilişkili genleri baskıladığını göstermiştir. Ek olarak, RNA-dizileme sonucu elde ettiğimiz veriler ışığında, IRF4'ün, öne çıkan bir melanosit transkripsiyon faktörü üzerinde etkisini ve belirli melanoma hücre hatlarındaki yaşamsal yolaktaki rolünü belirlemiş olduk.