Bakteriyel enfeksiyon stratejilerinin bakteri-insan protein-protein etkileşimleri kullanılarak biyoinformatik araçlar ile incelenmesi

Eski çağlarda insan yaşamı için ciddi tehdit oluşturan enfeksiyöz hastalıklar, günümüzde de çok sayıda ölüme ve sakatlığa sebep olmaktadırlar. Çeşitli patojen molekülleri insan proteinleri ile etkileşerek, insanın hücresel mekanizmalarını patojenin kendi yararına kullanmasına izin verdirerek enfeksiyona neden olurlar. Türler arası (patojen-insan) bu etkileşimlerin detaylı aydınlatılması patojenezi bütünüyle anlamak için gereklidir. Enfeksiyöz hastalıklarla mücadelede kilit nokta patojenler tarafından konak ile etkileşime geçmek için kullanılan stratejilerin (genellikle belirli patojenlere ortak ya da farklı türlere özgü) tanımlanması ve çözümlenmesidir. Bu çalışma çerçevesinde, bakteri-insan protein-protein etkileşimleri yoluyla bakteriyel enfeksiyon mekanizmalarının ortaya çıkarılması amaçlanmıştır. Hedeflenmeyen proteinlerden farklı belirli özelliklere sahip olan ve hedef alınan insan proteinlerinin özelliklerinin incelenerek yeni araştırma olanaklarına öncülük etmesi beklenmektedir. Çalışılan her insan protein seti ile istatistiksel olarak anlamlı ve önemli ilişkisi bulunan terimleri belirlemek için tüm gen ontolojisi terimleri taranmıştır. Gen ontoloji terimlerinin yanısıra, hedeflenen insan proteinlerinin Kegg izyolları, transkripsiyon faktör hedefleri ve ortak izyolları incelenmiştir. Bakteri-insan protein etkileşim ağyapılarının biyoinformatik tabanlı kapsamlı bir analizi literatürde henüz mevcut değildir. Bu tez, bakteri-insan protein-protein etkileşimleri sayesinde bakteriyel enfeksiyon stratejilerinin ortaya çıkarılmasında en geniş kapsamlı çalışmalardan biri olmuştur. Bakteri-konak protein-protein etkileşim verilerinin toplanarak ve incelenerek değişik bakteri türlerinin ortak ve farklı olan enfeksiyon stratejilerinin araştırılmış olması, bu çalışmanın özgün değerini oluşturmaktadır.