Patojen-insan protein-protein etkileşimlerinin biyoinformatik analizi ile enfeksiyon mekanizmalarının incelenmesi

Enfeksiyöz hastalıklar eski çağlardan günümüz modern dünyasına değin insan ölümlerinin başlıca nedenleri arasında gelmektedir. Enfeksiyon yapıcı mikroorganizmalar, patojenler, insan vücuduna girdiklerinde insan proteinleri ile etkileşerek, insanın hücresel mekanizmalarını kendi yararlarına kullanarak enfeksiyona neden olurlar. Bu patojen-konak moleküler etkileşimlerinin anlaşılması, enfeksiyon mekanizmaları hakkındaki bilgimizi arttıracak ve yeni tedavi çözümlerinin bulunmasını sağlayacaktır. Genom, proteom ve sonrasında interaktom verilerindeki gelişmeleri takiben, büyük ölçekli patojen-insan arası protein etkileşimleri son yıllarda üretilebilmektedir. Bu tez kapsamında, patojen-konak etkileşimleri (PKE) hakkında detaylı bilgi sunan patojen-konak etkileşim arama aracı, PHISTO yeni bir Web-erişilebilir platform olarak geliştirilmiştir. PHISTO, insan ile arasında deneysel olarak bulunmuş protein etkileşim verisi olan bütün patojen tipleri için en güncel PKE verisine ulaşmayı sağlamaktadır. Bu platform kullanıcılara ayrıca PKE ağyapılarının görselleştirilmesi, patojenler tarafından hedef alınan insan proteinlerinin grafik teorisi ile analizi ve BLAST arama konularında hesaplamalı analiz araçları sunmaktadır. PHISTO, böylelikle enfeksiyöz hastalıklar için potansiyel ilaç hedefleri belirleyebilecek PKE çalışmalarını kolaylaştırmayı hedeflemektedir. PHISTO?daki PKE verileri kullanılarak, öncelikle bakteri ve virüs sonrasında da DNA virüs ve RNA virüs enfeksiyon mekanizmalarının aydınlatılması amacıyla, karşılaştırılmalı interaktom analizleri, bu çalışmayla literatürde ilk defa bu kadar kapsamlı olarak gerçekleştirilmiştir. PKE ağyapılarının biyoinformatik analizleri sonucu patojen tipleri tarafından ortak ve özel olarak kullanılan enfeksiyon stratejileri hakkında önemli bulgular elde edilmiştir.