Mathematical modeling of MMPs in cancer

Biyolojide, matematiksel modelleme gibi yeni yaklaşımlar, tümör gibi karmaşık biyolojik sistemler hakkındaki kapsamlı veri birikimini açıklamak için ortaya çıkmıştır. Yaklaşık elli yıldır araştırılan matematiksel tümör modelleri, temel biyoloji prensiplerini klinik ve deneysel verilerle birleştirerek, tümör gelişiminin dinamiklerini ve karakteristiklerini incelemeyi ve öngörüde bulunmayı amaçlamıştır. Kanser gelişimi esnasında, genetik ve mikro-ortamsal faktörler, karşılıklı olarak birbirini moleküler ölçekte etkilerler ve bu, doku ölçeğinde hastanın hayatını tehlikeye sokan bir davranışa neden olur. Moleküler ve doku ölçeğinde gerçekleşen olaylar çoğunlukla bilinmekle beraber, bu ikisinin arasındaki ilişkiyi, lineer mantıkla keşfetmek imkânsızdır. Bu olayların birbiriyle nasıl ilintilendiğinin keşfi, tedaviler için potansiyel hedefler görmemize ve mevcut tedavilerle deney yapmamıza yardımcı olur. Bu motivasyon sayesinde, bu tezde tümör gelişiminin matematiksel bir modelini oluşturduk. Sürekli modelleme yaklaşımını kullanarak tümör gelişimini, karışım teorisi çerçevesinde modelledik. Ekstra-selüler matris parçalayıcı enzimin aktivitesine, MMP'ye ve MMP'nin inhibisyonuna odaklandık. MMP inhibitörlerinin taşınmasını incelemek amacıyla, kanla taşınan kimyasalların ve diğer maddelerin aktivitesini simüle etmemize de yardımcı olabilecek bir dinamik damar ağı oluşturduk.