Ko-kültür sistemiyle antimikrobiyal peptid eldesi üzerine çalışmalar

Doğal ekosistem şaşırtıcı derecede çeşitliliğe sahip mikrobiyal türler barındırır. Mikroorganizma popülasyonları besinler ve çevredeki diğer kaynaklara ulaşma bakımından bir ortak yaşam alanı içerisinde bulunur. Mikroorganizmaların ideal laboratuvar koşullarında üretilmesi, onların doğal ekosistem şartlarından uzaklaştırır ve onları kendi mikrobiyal dünyalarından, özellikle de rakiplerinden izole eder. Laboratuvarlarda kullanılan geleneksel saf kültürleme teknikleriyle küçük moleküllerin aracılık ettiği etkileşimler hesaba katılmaz, bu da etkileşimlerin kesin yapısının büyük ölçüde bilinmemesine neden olmaktadır. Ko-kültür sistemleri iki ya da daha fazla sayıda farklı hücre popülasyonunun bir arada üretildiği sistemlerdir. Bu şekilde popülasyonlar arasındaki doğal etkileşimlere ilişkin çalışmalar yapılabilmekte ve doğada gözlenmeyen sentetik etkileşimler sağlanabilmektedir. Bu sistemlerle doğal ürün keşfi, mikrobiyal ekoloji, evrim ve patogenez çalışmaları yapılmaktadır. Ayrıca endüstriyel, çevresel ve tıbbi çalışmalarda ko-kültür sistemlerinin kullanımı karşımıza çıkmaktadır. Bu tez çalışmasında kendi laboratuvarlarımızda bulunan Schizosaccharomyces pombe'nin yabani ırkıyla Escherichia coli'nin DH5α ırkı kendilerine özgü besi yerlerinde çoğaltıldıktan sonra farklı hücre sayısı kombinasyonlarıyla %0,1 glikoz içeren besiyerlerine ekilerek 48 saat ve 72 saat boyunca kültürlenmiş ve hücrelerin besiyerine saldıkları proteinlerdeki farklılaşma SDS poliakrilamid jellerde gözlemlenmiştir. Ko-kültür koşullarında kontrol koşullarından farklı olarak ortaya çıkan yeni protein bantları saptanmış ve bu bantların iki tanesi kütle spektrometresi (MS) yöntemiyle analiz edilmiştir. MS sonucunda 110 tane protein elde edilmiştir. Bu proteinler; çeşitli karbonhidrat bağlayıcı proteinler, çeşitli sinyal moleküllerinin ve antibiyotiklerin tanımlanmasında görevli membran proteinleri ve çeşitli hücresel süreçlerde yer alan diğer proteinler olarak karşımıza çıkmıştır. Sonuç olarak elde edilen proteinlerin kalori kısıtlaması ve rakip popülasyonun varlığında artış gösterdiği görülmüştür.