Determination of miRNA profile and partial protein analysis in secreting exosomes from chordoma cells

Kordoma, nadir görülen, embriyonik notokord kalıntılarından köken alan, yavaş büyüme, yüksek nüks oranı ve ilaç direnci özelliklerine sahip bir çeşit kemik tümörüdür. Kanser kök hücreleri, tümörlerin nüks etmelerini ve kanser hücrelerinin agresifliklerini yönendirebilmektedir. Tümörküre kültür methodu, kanser kök hücrelerinin anoikis direnci ile küre yapılarını oluşturmasına dayanmaktadır. Eksozomlar, kargo molekülleri olan miRNAlar, proteinler ve lipitler aracılığıyla hücre-hücre iletişimini destekleyen hücreler arası keseciklerdir. Çalışmamızda ilk olarak tümörküre kültürlerinin kanser kök hücre zenginleştirmesinde öncülük ettiği tespit edilmiştir. Daha sonrasında bu tümörkürelerden ve parental hücrelerden eksozom izolasyonları gerçekleştirilmiş, bu eksozomların karakterizasyonları NTA analizi, eksozomların yüzey tetraspaninlerinin tespiti ve akış sitometrisi vasıtasıyla yapılmıştır. Eksozom uygulamasının kordoma hücre hatları üzerindeki etkilerini araştırmak için hücre canlılığı, invazyon-migrasyon kapasitesi, köklülükle ilişkili gen ifadeleri ve prognostik biyobelirteç ifadeleri gösterilmiştir. Bu sonuçlara göre devam eden omik çalışmaları için CH22 ve JHC7 hücre hatları seçilmiştir. miRNA mikrodizin analizlerine göre hücre döngüsü, büyüme faktörü sinyal yolakları, JAK/Stat yolakları ve köklülükle alakalı yolakların kordoma kanser kök hücrelerinden salgılanan eksozomlar ile düzenlendiği tespit edilmiştir. Ek olarak, protein dizin sonuçlarına göre içsel apoptotik yolak proteinlerinin kordoma kanser kök hücre eksozomlarında azaldığı tespit edilmiştir. Özellikle EGF sinyallerinin artışı olmak üzere birçok büyüme sinyallerinin düzenlenmesinden kordoma kanser kök hücre eksozomlarının ilişkili olabileceği tespit edilmiştir. Tüm bunlar göz önüne alındığında, bu tezin çalışmalarının tamamlanmasıyla birlikte, kordoma kanser kök hücreleri tarafından salgılanan eksozomların özellikleri ve ayrıca bu eksozomların kordoma saldırganlığını tetikleyen çeşitli kargo molekülleri belirlenmiştir.