Büyük yapısal değişiklikler geçiren proteinlere ligand bağlanma uygulamaları

Adenilat kinaz enzimine ligand bağlanma ve buna bağlı yapısal değişiklikleri incelemek adına bir doking (bağlanma) programı kullanılmıştır. Daha önceki bir çalışmada ClustENM adlı konformer örnekleme algoritması ile elde edilmiş 92 ara yapının dinamikleri, Autodock programıyla incelenmiştir. Öncelikle ClustENM ile elde edilmiş bu yapıların iç yapı geometrilerini doğrulama amaçlı bir çalışma yapılarak, Molprobity server kullanılmıştır. En düşük enerji ve en düşük RMSD değerlerini verecek uygun bağlanma alanlarını inceleyebilmek için, AP5, ATP, ADP ve AMP olarak dört farklı ligand yapısı seçilmiştir. Tüm ligandlar için en iyi sonuçlar LID tarafında bir kapanmaya yönelen ATP ligandı ile elde edilmiştir. En düşük RMSD değeri yine ATP'nin LID tarafına bağlandığı durum için, 0.63 Å olarak belirlenmiştir. Farklı bir çok konformer için alternatif ligandların LID tarafına bağlandığı seçenekler başarılı sonuçlar verirken, aynı ligandların NMP tarafına bağlanmalarında başarı elde edilememiştir. Özellikle ATP ile yapılan çalışmalar, farklı bir bağlanma programı olan GOLD ile tutarlı sonuçlar vermiştir. Protein-ATP pozlarının dinamiğindeki değişiklikleri analiz etmek adına Dynomics server kullanılmıştır. Ayrıca, Ligplot ile kapalı kristal yapıdaki fosfat gruplarının etkileşimlerini işaret eden, önemli protein-ligand etkileşimlerini incelemek adına bir çalışma yapılmıştır. Yarı kapalı LID yönelimi gösteren ara yapıların başarılı sonuçlar vermesi, kilit-anahtar kuramı ve yapı arama algoritmaları arasında bir kombinasyon örneği gösteren bir bağlanma metodunu işaret etmektedir.