Investigation of the effects of MAS5, RMA and gcRMA preprocessing methods on an affymetrix zebrafish genechip® dataset using statistical and network parameters

Mikrodizi veri ön işlemesi, ifade profili çıkarma çalışmalarının kesinlik ve tekrar edilebilirliğinin önemli bir belirleyici faktörüdür. Güncel çalışmalar, farklılaşmış ifade analizleri kullanılarak ön işleme metodolojilerinin kontrol probları içeren mikrodizi veri kümeleri ve qRT-PCR doğrulamaları yoluyla karşılaştırılması üzerine yoğunlaşmıştır. Diğer yaklaşımlarsa dizi ve prob boyunca karşılaştırmalarla birlikte, seçilmiş gen ağ parametrelerinin karşılaştırmalarını içermektedir. Ancak zebrabalığı GeneChip veri kümelerinde henüz böyle bir karşılaştırma kullanılmamıştır, ayrıca, bilinen ağ parametreleriyle ilgili olarak anlatımı artan veya azalan gen öbeklerinin detaylı analizi farklı ön işleme metodolojileri üzerinden iyi bir biçimde tanımlanmamıştır. Bu çalışmada bir zebrabalığı hipoksi mikrodizi veri seti (GSE4989; Marques et al. 2008) MAS5, RMA ve gcRMA metodları ile analiz edilmiştir. Karşılaştırmalar, farklı ifade edilen gen öbekleri açısından ?öbeklenme katsayısı?, ?derece dağılımı? ve ?aradalık merkeziyeti? olarak adlandırılan ağ parametreleri referans alınarak yapılmıştır. Bulgularımız gcRMA ve RMA metotlarının farklı ifade edilen genler ve ağ parametreleri açısından daha yüksek bir benzerlik gösterdiğini işaret etmektedir. Bunun yanı sıra ağ analizi, anlatımı artan ve azalan gen öbeklerinin farklı ağ yapılarına sahip olduğunu, pozitif korelasyon gösteren probsetler açısından anlatımı azalan probsetlerin her üç ön işleme metodunda da daha yüksek öbeklenme katsayısı değerleri ve ağ grafiğinde daha fazla bağlantıya sahip olduğunu göstermiştir. Bu durum MAS5 metoduna göre gcRMA ve RMA metotları tarafından işlenen verilerde daha ön plana çıkmıştır. Bu durum da ön işleme metotlarının gen ifade ağlarının yapılarını şekillendirmekte farklı etkilerinin olduğunu göstermektedir. RMA, gcRMA ve MAS5 ile ön işlemeye tabi tutulan verilerden oluşturulan ağlar arasında ağ topolojisi bakımından en az değişiklik gösteren bir probset öbeği seçilmiş ve zebrabalığı hipoksi veriseti için fonksiyonel olarak analiz edilmiştir. Bu tezin sonuçları, ağ yapılarının anlatımı artan ve azalan gen kümeleri açısından ön işleme metotları tarafından değiştirildiğini önermektedir. Buna göre, farklı ifade edilen gen kümelerinin tespitinin tekrarlanabilirliğini arttırmak için ağ topolojilerindeki değişimlere dayanıklı genleri filtrelemek yararlı olabilir.